单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of adult mouse testes 2018-09-11, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2018.192 PMID:30204153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年小鼠睾丸中的精子发生过程	首次使用单细胞RNA测序技术对成年小鼠睾丸中的所有精子发生阶段进行全面分析	仅限于8周龄的C57Bl/6J小鼠，可能不适用于其他品种或年龄的小鼠	揭示成年小鼠睾丸中精子发生的分子机制	成年小鼠睾丸中的精子发生细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	2500个细胞，来自两只8周龄的C57Bl/6J小鼠
22	2024-08-09	Deciphering the differentiation trajectory from hematopoietic stem cells to mast cells 2018-09-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2018019539 PMID:30206100	综述	本文通过整合早期细胞培养实验结果与单细胞转录组学数据，提出了一种造血分化景观模型，并重点讨论了肥大细胞的分化过程	引入高通量单细胞RNA测序技术，对传统的基于树模型的造血分化过程提出了质疑，并提出了新的分化景观模型	NA	探讨从造血干细胞到肥大细胞的分化轨迹	造血干细胞、肥大细胞及造血分化过程	NA	血液系统肿瘤系统性肥大细胞增多症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
23	2024-08-09	GraphDDP: a graph-embedding approach to detect differentiation pathways in single-cell-data using prior class knowledge 2018-09-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05988-7 PMID:30206223	研究论文	本文介绍了一种名为GraphDDP的图嵌入方法，用于结合先验类别知识在单细胞数据中检测分化途径	GraphDDP通过结合聚类信息和密度梯度强调分化轨迹，提供了一种直观的方法来识别其他方法难以检测的分化途径	NA	开发一种新的方法来更好地理解和可视化单细胞数据中的细胞分化过程	肠道上皮细胞和髓系祖细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图嵌入	单细胞表达谱	具体样本数量未在摘要中提及
24	2024-08-09	Generation and assembly of human brain region-specific three-dimensional cultures 2018-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0032-7 PMID:30202107	研究论文	本文描述了如何从人类多能干细胞（hPSCs）生成和组装特定脑区的三维（3D）模型，即脑区特异性类器官	本文介绍了生成和组装特定脑区类器官的方法，这些类器官能够模拟体内神经元的相互作用，并可用于多种实验研究	NA	研究人类脑发育，并为健康个体和患者提供对神经系统的深入理解	人类多能干细胞（hPSCs）生成的特定脑区类器官	数字病理学	NA	NA	NA	细胞	NA
25	2024-08-09	MEG3 is increased in idiopathic pulmonary fibrosis and regulates epithelial cell differentiation 2018-09-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.122490 PMID:30185671	研究论文	本文研究了MEG3在特发性肺纤维化（IPF）中的表达及其对肺上皮细胞分化的影响	首次揭示了MEG3在IPF肺组织中的高表达及其与气道上皮基因表达模式的关联，以及MEG3对肺上皮细胞分化的调控作用	NA	探讨MEG3在特发性肺纤维化中的作用及其对肺上皮细胞分化的影响	特发性肺纤维化患者的肺组织和肺上皮细胞	数字病理学	肺病	单细胞RNA测序	NA	RNA	IPF肺组织中的肺上皮细胞
26	2024-08-09	Transcriptional and epigenomic landscapes of CNS and non-CNS vascular endothelial cells 2018-09-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.36187 PMID:30188322	研究论文	本文分析并比较了来自小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞的转录组、可及染色质和DNA甲基化组景观，揭示了共享和器官特异性的内皮细胞调控网络。	本文首次全面分析了中枢神经系统（CNS）和非CNS血管内皮细胞的转录和表观基因组景观，并发现了新的内皮细胞亚型标记。	NA	探索控制血管内皮细胞器官特异性分子和细胞特化的基因组机制。	小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组、染色质可及性和DNA甲基化数据	小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞样本
27	2024-08-09	Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq 2018-09-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06052-0 PMID:30181541	research paper	本文通过单细胞RNA测序技术研究了三阴性乳腺癌中的亚克隆异质性和侵袭性疾病状态	本文揭示了基因型驱动个体亚群的基因表达表型，并发现了一个与治疗抵抗和转移相关的独特亚群，该亚群的特征是激活了糖神经鞘脂代谢和相关先天免疫途径	NA	研究三阴性乳腺癌中的亚克隆异质性和侵袭性疾病状态	三阴性乳腺癌中的细胞异质性和基因表达模式	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-seq	NA	gene expression	超过1500个细胞来自六个原发性三阴性乳腺癌样本
28	2024-08-09	Single-cell genomics to guide human stem cell and tissue engineering 2018-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0113-0 PMID:30171231	研究论文	本文讨论了如何利用单细胞基因组学技术优化人类细胞和组织工程	应用单细胞基因组学技术生成细胞多样性的高分辨率图谱，并探讨其如何深入理解工程和疾病过程	NA	理解人类发育和疾病，以及再生受损组织	特定细胞类型和3D微环境	生物技术	NA	单细胞基因组学	NA	细胞	NA
29	2024-08-09	clusterExperiment and RSEC: A Bioconductor package and framework for clustering of single-cell and other large gene expression datasets 2018-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006378 PMID:30180157	研究论文	介绍了一个名为clusterExperiment的Bioconductor R包，该包实现了基于重采样的序列集成聚类（RSEC）策略，用于处理单细胞和其他大型基因表达数据集的聚类问题	RSEC策略允许用户基于不同技术和相关调优参数轻松创建多个竞争性聚类，并通过整合多个聚类形成最终的共识聚类	NA	开发一种通用的、灵活的聚类策略，用于发现生物学上有意义的样本亚型，特别是在处理大量样本的基因表达数据时	单细胞转录组测序（RNA-Seq）数据和其他大型基因表达数据集	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	大量样本
30	2024-08-09	A Comprehensive Roadmap of Murine Spermatogenesis Defined by Single-Cell RNA-Seq 2018-09-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.07.025 PMID:30146481	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对成年小鼠睾丸中的约35,000个细胞进行了分析，揭示了精子发生过程中不同细胞类型的发育轨迹	本文首次识别了所有已知的生殖细胞和体细胞类型，并发现了两种新的体细胞类型	NA	研究精子发生过程中生殖细胞和体细胞的发育轨迹	小鼠的精子发生过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	约35,000个细胞
31	2024-08-09	Some deterministic and stochastic mathematical models of naïve T-cell homeostasis 2018-09, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.12696 PMID:30129198	review	本文综述了关于幼稚T细胞稳态维护的多种基本数学模型，包括确定性模型和随机模型	讨论了随机模型如何明确追踪幼稚T细胞在多个竞争克隆型中的整数数量，并考虑了胸腺生产衰退的影响	实验评估克隆多样性通过批量高通量测序存在许多困难，而单细胞测序受限于数量远小于体内T细胞总数	探讨如何通过数学模型理解T细胞库的多样性	幼稚T细胞的稳态和克隆多样性	NA	NA	NA	NA	NA	NA
32	2024-08-09	An Introduction to the Analysis of Single-Cell RNA-Sequencing Data 2018-Sep-21, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2018.07.003 PMID:30094294	综述	本文综述了单细胞RNA测序数据分析的基本原理和技术	单细胞RNA测序技术提供了基于数百到数十万单个细胞基因表达谱的新见解，揭示了先前在大量细胞群体基因表达分析中隐藏的新细胞群	单细胞RNA测序实验产生的大量数据分析和利用具有挑战性，需要理解实验和计算路径	讨论单细胞RNA测序数据分析的重要概念和技术	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百到数十万个单个细胞
33	2024-08-09	Tbx6 Induces Nascent Mesoderm from Pluripotent Stem Cells and Temporally Controls Cardiac versus Somite Lineage Diversification 2018-09-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.07.001 PMID:30100166	研究论文	本文通过直接重编程筛选、单细胞RNA测序和小鼠胚胎中的定向心脏分化，展示了Tbx6如何从多能干细胞诱导新生中胚层，并通过其时间表达决定心血管和体节谱系的分化	首次揭示了Tbx6在多能干细胞中诱导新生中胚层及其在心血管和体节谱系分化中的关键作用	NA	探讨Tbx6在多能干细胞中诱导中胚层及其在心血管和体节谱系分化中的分子机制	Tbx6在多能干细胞中的功能及其对中胚层和心血管及体节谱系分化的影响	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9技术	NA	RNA测序数据	小鼠和人类的多能干细胞
34	2024-08-09	Detection of single mRNAs in individual cells of the auditory system 2018-09, Hearing research IF:2.5Q1 DOI:10.1016/j.heares.2018.07.008 PMID:30071403	研究论文	本文介绍了一种详细的方法，用于研究耳蜗和下丘中单一mRNA的拷贝数和空间定位	本文开发了一种详细的smFISH协议，可用于研究外周和中枢听觉系统中特定细胞类型的单一mRNA表达	NA	研究基因表达分析在理解细胞功能丰富性中的重要性	耳蜗和下丘中的单一mRNA	分子生物学	NA	单分子荧光原位杂交（smFISH）	NA	图像	成人耳蜗组织
35	2024-08-09	High-throughput single-cell DNA sequencing of acute myeloid leukemia tumors with droplet microfluidics 2018-09, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.232272.117 PMID:30087104	研究论文	开发了一种新型微流控方法，通过将数千个单个癌细胞的扩增基因组DNA编码并限制在液滴中，实现肿瘤细胞群体的遗传异质性表征	利用微流控技术和下一代测序数据，能够重新组装细胞的遗传特征，从而敏感地识别携带致病突变的细胞并揭示AML肿瘤内的复杂克隆进化	NA	旨在表征肿瘤细胞群体的遗传异质性	急性髓系白血病（AML）肿瘤细胞	数字病理学	白血病	下一代测序	NA	基因组DNA	超过16,000个单个细胞
36	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis identifies markers of resistance to targeted BRAF inhibitors in melanoma cell populations 2018-09, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.234062.117 PMID:30061114	研究论文	本文介绍了一种名为SAKE的单细胞RNA测序分析方法，用于识别黑色素瘤细胞对BRAF抑制剂的耐药标志物	SAKE方法在处理大型复杂细胞群体时优于其他单细胞分析方法，并能识别出BRAF抑制剂耐药细胞的新标志物	单细胞RNA测序数据存在高转录本丢失率、随机转录事件和复杂群体亚结构等挑战	开发和验证一种新的单细胞RNA测序分析方法，以识别黑色素瘤细胞对BRAF抑制剂的耐药标志物	黑色素瘤细胞对BRAF抑制剂的耐药性	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用了来自Fluidigm C1和10x Genomics平台的单细胞RNA测序数据
37	2024-08-09	Single-cell RNA-seq uncovers dynamic processes and critical regulators in mouse spermatogenesis 2018-09, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-018-0074-y PMID:30061742	研究论文	本文通过结合转基因标记和生精上皮周期的同步化，开发了一种纯化所有类型均一精原细胞的方法，并进行了单细胞RNA测序，揭示了小鼠精子发生中的动态过程和关键调控因子。	本文揭示了先前未被描述的广泛的动态基因表达过程和分子特征，以及特定阶段的男性生殖细胞发育中的替代剪接模式和新调控因子。	NA	全面理解精子发生的分子机制，并为不孕症治疗和男性避孕开发新策略。	小鼠的精原细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	所有类型的均一精原细胞
38	2024-08-09	Gene Signature of Proliferating Human Pancreatic α Cells 2018-09-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2018-00469 PMID:30010845	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序结合伪时间排序，对人类胰腺α细胞进行了特征描述，并识别出两个主要亚群和一个较小的增殖α细胞群	首次详细描述了人类胰腺α细胞的增殖特征，并识别出与细胞周期调控相关的基因表达模式	NA	揭示人类胰腺α细胞的增殖机制及其基因表达特征	人类胰腺α细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大规模单细胞样本
39	2024-08-09	A novel long noncoding RNA lnc158 promotes the differentiation of mouse neural precursor cells into oligodendrocytes by targeting nuclear factor-IB 2018-09-05, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000001083 PMID:29965871	研究论文	本文报道了一种新的非编码RNA lnc158，通过靶向核因子-IB促进小鼠神经前体细胞向少突胶质细胞的分化	发现了一种新的非编码RNA lnc158，其在神经前体细胞中通过调节NFIB编码基因的转录水平，促进少突胶质细胞的分化	NA	研究非编码RNA在正常少突胶质细胞分化中的作用	非编码RNA lnc158及其在神经前体细胞分化为少突胶质细胞中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠少突胶质细胞
40	2024-08-09	Gene mutations and clonal architecture in myelodysplastic syndromes and changes upon progression to acute myeloid leukaemia and under treatment 2018-09, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.15461 PMID:29974943	研究论文	本研究通过测序八个患者的骨髓样本，分析了骨髓增生异常综合症（MDS）及其向急性髓系白血病（AML）进展过程中的基因突变和克隆结构变化，以及治疗对其的影响	首次通过单细胞测序证实了不同克隆中相同基因的多个突变，并发现DNA甲基化变化可能与单个患者的进展相关	样本量较小，仅涉及八个患者	理解MDS及其向AML进展的疾病动态，优化治疗方案	MDS患者的基因突变和克隆结构	数字病理学	骨髓增生异常综合症	DNA甲基化分析	NA	基因组数据	八个患者的骨髓样本