单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing reveals microglia-like cells in cerebrospinal fluid during virologically suppressed HIV 2018-09-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121718 PMID:30232286	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了HIV感染者脑脊液和血液中的细胞，发现了与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术在脑脊液中识别出与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群，揭示了其在HIV感染中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于HIV感染者，未来需要更大规模的研究来验证结果	探讨HIV感染期间中枢神经系统免疫激活与神经元损伤的细胞机制	HIV感染者和非感染者的脑脊液和血液中的细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成人的脑脊液和血液样本
2	2024-11-13	Rainbow-Seq: Combining Cell Lineage Tracing with Single-Cell RNA Sequencing in Preimplantation Embryos 2018-Sep-28, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.08.009 PMID:30267678	研究论文	开发了Rainbow-seq技术，结合细胞谱系追踪和单细胞RNA测序，揭示胚胎植入前胚胎的细胞分裂历史和单细胞转录组	Rainbow-seq技术能够在单细胞RNA测序实验中同时解码谱系标记基因和读取单细胞转录组，填补了细胞分裂历史与单细胞RNA测序之间的关键空白	谱系差异在单个基因水平上并不明确，但在整体转录组分析中变得清晰	开发新技术以追踪细胞分裂历史并揭示单细胞转录组	胚胎植入前胚胎的细胞分裂历史和单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	每个实验涉及多个单细胞样本，包括4-细胞和8-细胞阶段的胚胎细胞
3	2024-08-05	Single-Cell RNA-Seq Uncovers a Robust Transcriptional Response to Morphine by Glia 2018-09-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.08.080 PMID:30257220	研究论文	本研究揭示了胶质细胞对吗啡的转录反应	首次通过单细胞RNA测序揭示了少突胶质细胞和星形胶质细胞对吗啡的特异性转录响应	研究仅限于小鼠模型，结果可能无法直接推广到其他物种	调查特定细胞类型对吗啡的转录反应	小鼠的核壳，特别关注少突胶质细胞和星形胶质细胞	数字病理学	药物成瘾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠的核壳样本，数量未具体说明
4	2024-08-07	Single-Cell Multi-omics: An Engine for New Quantitative Models of Gene Regulation 2018-09, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2018.06.001 PMID:30007833	综述	本文综述了单细胞多组学技术如何通过提供超越转录组的细胞状态读数，补充单细胞RNA测序技术，并强调回归模型在关联基因表达与其他细胞状态方面的应用	介绍了新的单细胞基因组技术，这些技术通过提供额外的细胞状态读数，补充了单细胞RNA测序技术	NA	探讨单细胞多组学技术如何帮助建立新的定量基因调控模型	单细胞多组学技术及其在基因调控中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	回归模型	基因表达数据	NA
5	2024-08-07	Single-cell transcriptomes reveal the mechanism for a breast cancer prognostic gene panel 2018-Sep-07, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.26044 PMID:30279960	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乳腺癌预后基因面板与细胞周期扰动之间的关系	首次详细描述了MammaPrint签名基因在细胞周期中的精细扰动，并发现这些基因的细胞周期活动与临床预后相关	NA	探讨乳腺癌预后基因面板与细胞周期扰动之间的关系	乳腺癌细胞的单细胞转录组	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	70个MammaPrint签名基因中的38个
6	2024-08-07	Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2018-09-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.06.011 PMID:30172840	研究论文	本文介绍了一种扩展BASiCS统计框架的方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取不受平均表达影响的变异性残差测量，并提供了一种在没有技术 spike-in 分子的情况下量化技术噪声的稳健程序。	本文提出的方法能够有效地消除平均表达与变异性之间的混杂关系，从而实现不同细胞群体间表达变异性的有意义比较。	NA	解决单细胞RNA测序数据中技术变异和平均表达与变异性之间混杂关系的问题，以更好地理解细胞间转录变异性的生物学意义。	单细胞RNA测序数据中的细胞间转录变异性。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	BASiCS统计框架	RNA测序数据	NA
7	2024-08-09	SPhyR: tumor phylogeny estimation from single-cell sequencing data under loss and error 2018-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty589 PMID:30423070	研究论文	本文介绍了一种名为SPhyR的方法，用于从单细胞测序数据中估计肿瘤谱系	SPhyR采用k-Dollo进化模型，该模型允许一个突变只能获得一次但可以丢失k次，并基于与系统发育多状态完美谱系问题的联系，提出了一种新的组合解特征描述方法	NA	理解肿瘤内部异质性的进化机制	单细胞测序数据中的肿瘤谱系	生物信息学	结直肠癌	单细胞测序	k-Dollo进化模型	测序数据	模拟数据和一个转移性结直肠癌样本
8	2024-08-09	Computational enhancement of single-cell sequences for inferring tumor evolution 2018-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty571 PMID:30423071	研究论文	本文评估了五种方法（OncoNEM, SCG, SCITE, SiFit 和 BEAM）在计算机模拟数据集上的鲁棒性表现，其中 BEAM 是一种利用单细胞数据中内在进化信息的贝叶斯进化感知方法	提出了一种新的方法 BEAM，该方法利用单细胞数据中的内在进化信息在分子系统发育框架中提高单细胞序列的质量	大多数方法在填补缺失碱基方面具有高准确性，但有效检测和纠正假阳性和假阴性仍然是一个挑战，尤其是在小数据集上	评估现有方法和新方法在单细胞序列数据中提高数据质量和生物学推断能力的性能	单细胞序列数据中的缺失碱基和错误碱基指定	生物信息学	肿瘤	单细胞测序	贝叶斯方法	序列数据	小数据集和大样本量数据集
9	2024-08-09	Hiding in plain sight: time to unlock autoimmune clues in human CD5+ B cells by using nextgen technology 2018-09, Discovery medicine IF:2.0Q3 PMID:30399325	研究论文	本文探讨了使用下一代技术（如高通量测序和单细胞RNA测序）来揭示CD5+ B细胞在自身免疫疾病中的作用	利用新技术分析CD5+ B细胞，可能揭示与自身免疫疾病相关的公共B细胞受体，并阐明其与传统B细胞的关系	NA	探索CD5+ B细胞在自身免疫疾病中的作用，并开发新的治疗策略	CD5+ B细胞及其在自身免疫疾病中的作用	分子生物学	自身免疫疾病	高通量测序, 单细胞RNA测序	NA	B细胞受体数据, 转录组数据	NA
10	2024-08-09	Single-Cell Profiling Identifies Key Pathways Expressed by iPSCs Cultured in Different Commercial Media 2018-Sep-28, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.08.016 PMID:30267684	研究论文	本研究评估了在自动平台上使用StemFlex和TeSR-E8培养基维持的人类诱导多能干细胞（iPSCs）的多能性，并通过单细胞转录组分析揭示了不同培养基中iPSCs的关键通路表达。	通过单细胞RNA测序分析，揭示了在不同商业培养基中培养的iPSCs的分子特征，并比较了两种培养基中的细胞亚群结构。	NA	评估不同商业培养基中iPSCs的多能性，并分析其转录组表达。	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其在不同培养基中的表达特征。	生物技术	NA	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	四个样本，包括两个不同的iPSC系，每个系在两种培养基中培养。
11	2024-08-09	Lineage dynamics of murine pancreatic development at single-cell resolution 2018-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06176-3 PMID:30254276	研究论文	研究使用单细胞RNA测序、免疫荧光、原位杂交和遗传谱系追踪技术，分析了小鼠胰腺发育过程中上皮和间质细胞的类型及其动态变化	发现了先前未被充分认识的发育中间质细胞的异质性，并重建了胰腺间皮和间质细胞类型之间的潜在谱系关系；在胰腺上皮中，发现了一个先前未描述的内分泌前体细胞群，以及在人类胎儿组织和人类胚胎干细胞中类似的细胞群	NA	揭示小鼠胰腺发育过程中的细胞谱系动态	小鼠胰腺的上皮和间质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12	2024-08-09	Neonatally imprinted stromal cell subsets induce tolerogenic dendritic cells in mesenteric lymph nodes 2018-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06423-7 PMID:30254319	研究论文	本文探讨了新生儿期印记的间质细胞亚群在肠系膜淋巴结中诱导耐受性树突状细胞的作用	研究发现新生儿期印记过程在肠系膜淋巴结间质细胞中已经发生，并使其对生命后期的炎症扰动具有抵抗力	NA	研究肠系膜淋巴结在诱导外周耐受性中的作用及其机制	肠系膜淋巴结间质细胞和树突状细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肠系膜淋巴结和皮肤引流淋巴结的间质细胞亚群
13	2024-08-09	Dissecting the Global Dynamic Molecular Profiles of Human Fetal Kidney Development by Single-Cell RNA Sequencing 2018-09-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.08.056 PMID:30257215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析了超过3,000个人类胎儿肾脏细胞，揭示了胎儿肾脏发育的动态分子特征	首次全面分析了人类胎儿肾脏发育的基因表达谱，并识别了两种前体细胞亚型以及关键的转录调控因子和信号通路	NA	探索人类胎儿肾脏发育的分子基础和调控事件	人类胎儿肾脏细胞	数字病理学	先天性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过3,000个人类胎儿肾脏细胞
14	2024-08-09	Chronic infection stunts macrophage heterogeneity and disrupts immune-mediated myogenesis 2018-09-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121549 PMID:30232283	研究论文	研究慢性感染如何影响巨噬细胞的异质性和免疫介导的肌生成	首次探讨了慢性感染环境下骨骼肌修复过程中巨噬细胞异质性的变化及其对组织修复功能的影响	研究使用了特定的cardiotoxin损伤模型，可能不完全代表所有慢性感染情况	探讨慢性感染对骨骼肌修复过程中免疫反应的影响	骨骼肌在慢性感染环境下的修复过程及其免疫机制	免疫学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞和基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
15	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveal that PD-1 mediates immune tolerance by regulating proliferation of regulatory T cells 2018-09-20, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0581-y PMID:30236153	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究，揭示了PD-1通过调节调节性T细胞的增殖来介导免疫耐受的机制。	首次展示了PD-1在调节性T细胞增殖中的作用，以及其在移植耐受中的关键角色。	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探究PD-1在调节性T细胞增殖中的作用及其在移植耐受中的机制。	调节性T细胞（Treg）在移植排斥和耐受中的功能和机制。	免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12,964个内植CD4+ T细胞
16	2024-08-09	Transcriptomic but not genomic variability confers phenotype of breast cancer stem cells 2018-09-19, Cancer communications (London, England) DOI:10.1186/s40880-018-0326-8 PMID:30231942	研究论文	本研究旨在探讨基因组突变是否有助于获得乳腺癌干细胞样表型，并研究乳腺癌干细胞的遗传和转录特征	发现转录组变异性而非基因组突变是区分乳腺癌干细胞与非乳腺癌干细胞的关键因素，并鉴定出74个乳腺癌干细胞标记物	NA	探讨基因组突变对乳腺癌干细胞表型的影响，并研究其遗传和转录特征	乳腺癌干细胞	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序，目标深度DNA测序，RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	涉及大量细胞和单细胞样本
17	2024-08-09	Genetic and scRNA-seq Analysis Reveals Distinct Cell Populations that Contribute to Salivary Gland Development and Maintenance 2018-09-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-32343-z PMID:30232460	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和体内遗传谱系追踪技术，详细描绘了小鼠下颌下腺在胚胎发育和成年期的基底和肌上皮细胞群体的细胞命运轨迹和分支点	本研究揭示了p63和α-平滑肌肌动蛋白（SMA）作为基底和肌上皮细胞谱系的可靠标记，并展示了这两种细胞类型在形态发生和成年期维持不同细胞谱系的独特命运	NA	研究下颌下腺发育和维持中不同细胞群体的动态和复杂性，并探讨其在干细胞和祖细胞层次中的分化潜能	小鼠下颌下腺的基底和肌上皮细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
18	2024-08-09	Aging alters the epigenetic asymmetry of HSC division 2018-09, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2003389 PMID:30235201	研究论文	研究揭示了随着年龄增长，造血干细胞（HSCs）分裂的表观遗传不对称性变化及其机制	通过综合分析单细胞3D共聚焦成像、单细胞移植、单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq），展示了HSC分裂结果与分裂前极性状态的强关联	NA	探讨年龄对造血干细胞分裂表观遗传不对称性的影响	造血干细胞（HSCs）的分裂极性和表观遗传调控	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	数学模型	单细胞数据	NA
19	2024-08-09	Aligning Single-Cell Developmental and Reprogramming Trajectories Identifies Molecular Determinants of Myogenic Reprogramming Outcome 2018-09-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.07.006 PMID:30195438	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析MYOD介导的人类成纤维细胞向肌管的重新编程过程，并引入了一种新的分析技术——轨迹对齐，以揭示重新编程过程中的分子决定因素	引入了一种新的分析技术——轨迹对齐，该技术能够定量比较两种生物过程中的基因表达动力学	大多数重新编程系统效率低下，仅能将部分细胞转化为所需状态	研究MYOD介导的人类成纤维细胞向肌管的重新编程过程，并揭示其中的分子决定因素	人类成纤维细胞和肌管	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
20	2024-08-09	Neuronal heterogeneity and stereotyped connectivity in the auditory afferent system 2018-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06033-3 PMID:30209249	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了耳蜗螺旋神经节（SG）神经元的四种类型，包括三种新型I型神经元亚类和II型神经元，并提供了一个全面的遗传框架来定义它们的潜在突触通信模式。	本研究首次识别了耳蜗螺旋神经节神经元的四种类型，并揭示了这些神经元在听觉感知中的潜在功能。	NA	揭示耳蜗螺旋神经节神经元的细胞和分子复杂性，以及它们在听觉感知中的功能。	耳蜗螺旋神经节神经元的类型和其突触连接模式。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四种类型及亚类的耳蜗螺旋神经节神经元