单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 49 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-09 |
SILGGM: An extensive R package for efficient statistical inference in large-scale gene networks
2018-08, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006369
PMID:30102702
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研究论文 | 介绍了一个名为SILGGM的广泛且高效的R包，用于大规模基因网络中的统计推断 | SILGGM提供了对个体基因对和整体基因对进行统计有效推断的方法，并引入了新颖且一致的错误发现率（FDR）程序 | NA | 推广高维高斯图模型（GGM）统计推断方法的广泛应用 | 大规模基因表达数据中的基因共表达网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯图模型（GGM） | 基因表达数据 | 数千个样本和数万个基因 |
| 22 | 2024-08-09 |
Transcriptional Convergence of Oligodendrocyte Lineage Progenitors during Development
2018-08-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.07.005
PMID:30078729
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞转录组学资源，研究了中枢神经系统（CNS）中Pdgfra+少突胶质细胞前体细胞（OPCs）在发育过程中的转录汇聚现象。 | 发现了脑和脊髓中的新生OPCs具有相似的转录特征，并且E13.5 Pdgfra+细胞的后代在电生理和转录特征上与后续特定波次衍生的OPCs相似。 | NA | 探究中枢神经系统中少突胶质细胞前体细胞在发育过程中的转录汇聚现象。 | Pdgfra+少突胶质细胞前体细胞（OPCs）及其在发育过程中的转录特征。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及脑和脊髓中的新生OPCs以及E13.5 Pdgfra+细胞的后代。 |
| 23 | 2024-08-09 |
Sequencing Diversity One Cell at a Time
2018-08-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.07.024
PMID:30096308
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了复杂生物系统中的细胞多样性 | 采用单细胞RNA测序技术，以前所未有的规模揭示了小鼠和果蝇神经系统中细胞的转录模式 | NA | 研究复杂生物系统中的细胞多样性 | 小鼠和果蝇的神经系统细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomes Distinguish Stem Cell State Changes and Lineage Specification Programs in Early Mammary Gland Development
2018-08-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.025
PMID:30089273
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研究论文 | 本文通过生成包含胚胎、新生和成年小鼠乳腺发育的单细胞转录组图谱，探讨了乳腺细胞发育的动力学和谱系特化机制 | 首次系统地描绘了乳腺发育过程中转录和表观遗传学上不同细胞状态的时间顺序，并区分了胎儿乳腺干细胞（fMaSCs）与其前体和后代 | NA | 解决乳腺发育中谱系特化机制的知识空白 | 小鼠乳腺发育过程中的细胞状态和谱系特化 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 包含胚胎、新生和成年小鼠的乳腺细胞 |
| 25 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines
2018-08-07, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-018-0071-8
PMID:30089861
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术及其生物信息学分析流程 | 单细胞RNA测序技术能够揭示复杂和稀有的细胞群体，发现基因间的调控关系，并追踪发育中不同细胞谱系的路径 | 文章提到在单细胞分离和文库制备以及生物信息学工具方面仍存在技术挑战 | 探讨单细胞RNA测序技术的挑战及其生物信息学分析流程 | 单细胞RNA测序技术及其在生物学和医学中的应用 | 基因组学 | NA | NGS | NA | RNA序列 | NA |
| 26 | 2024-08-09 |
Endothelial Regeneration of Large Vessels Is a Biphasic Process Driven by Local Cells with Distinct Proliferative Capacities
2018-Aug-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.07.011
PMID:30075129
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研究论文 | 本文通过体内主动脉内皮损伤模型，结合多色谱系追踪、共生和单细胞转录组学，研究了成年大血管内皮再生的细胞和机制基础。 | 发现内皮再生是一个双相过程，由来自分化内皮细胞的不同群体驱动，且需要激活应激反应基因Atf3。 | NA | 探究成年大血管内皮再生的细胞和机制基础。 | 内皮细胞的再生过程及其驱动机制。 | NA | NA | 多色谱系追踪、共生和单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 27 | 2024-08-09 |
Accelerating a paradigm shift: The Common Fund Single Cell Analysis Program
2018-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aat8573
PMID:30083611
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综述 | 本文回顾了美国国立卫生研究院（NIH）支持的单细胞分析计划（SCAP）的原始目标，并展望了该计划作为探索人体组织细胞水平异质性的催化剂的影响 | 该计划推动了单细胞RNA测序和多重成像技术与计算方法的进步 | NA | 探索人体组织在细胞水平的异质性，并推动单细胞分析技术在健康和疾病研究中的广泛应用 | 人体内近40万亿个细胞的精确分子特征 | NA | NA | 单细胞RNA测序和多重成像 | NA | 细胞数据 | NA |
| 28 | 2024-08-09 |
scPipe: A flexible R/Bioconductor preprocessing pipeline for single-cell RNA-sequencing data
2018-08, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006361
PMID:30096152
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPipe的R/Bioconductor包，用于处理单细胞RNA测序数据的预处理 | scPipe能够处理多种不同协议的条形码策略，并提供样本级别的质量评估和结果可视化 | NA | 开发一种灵活的工具，用于处理和分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 数千个细胞 |
| 29 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals the diversity of trophoblast subtypes and patterns of differentiation in the human placenta
2018-08, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-018-0066-y
PMID:30042384
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胎盘中滋养层细胞亚型的多样性及其分化模式 | 发现了新的细胞亚型，并定义了细胞类型特异性的基因特征，揭示了人类胎盘的许多先前未知的功能 | NA | 深入了解人类胎盘在妊娠早期的形成过程 | 人类胎盘中的滋养层细胞亚型及其分化模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自第一和第二孕期人类胎盘的已分类胎盘细胞 |
| 30 | 2024-08-09 |
BraCeR: B-cell-receptor reconstruction and clonality inference from single-cell RNA-seq
2018-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0082-3
PMID:30065371
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-09 |
Tumor genetic analysis from single-cell RNA-seq data
2018-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0089-9
PMID:30065381
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-09 |
Human glioblastoma arises from subventricular zone cells with low-level driver mutations
2018-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0389-3
PMID:30069053
|
研究论文 | 本文通过深度测序和单细胞测序技术，证实了人脑室下带（SVZ）中的星形胶质样神经干细胞（NSCs）是含有胶质母细胞瘤（GBM）驱动突变的起源细胞 | 首次提供了直接的分子遗传学证据，证明SVZ中的NSCs是GBM的起源细胞，并含有驱动突变 | 研究样本仅限于28名IDH野生型GBM患者，可能无法代表所有GBM病例 | 确定胶质母细胞瘤的起源细胞并理解其疾病进展机制 | 人脑室下带的神经干细胞和胶质母细胞瘤组织 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 深度测序、单细胞测序、激光显微切割 | NA | 组织样本 | 28名IDH野生型GBM患者 |
| 33 | 2024-08-09 |
Optimal Hypoxia Regulates Human iPSC-Derived Liver Bud Differentiation through Intercellular TGFB Signaling
2018-08-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2018.06.015
PMID:30033085
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研究论文 | 研究探讨了在人诱导多能干细胞衍生的肝芽模型中，通过细胞间TGFB信号传导，最佳低氧条件对肝细胞分化的影响 | 首次揭示了低氧通过调节TGFB1和TGFB3的表达，影响肝细胞和胆管细胞标记物的表达，从而促进肝细胞分化 | NA | 探究低氧条件对肝细胞分化的影响及其机制 | 人诱导多能干细胞衍生的肝芽 | 干细胞研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 34 | 2024-08-09 |
Toward Minimal Residual Disease-Directed Therapy in Melanoma
2018-08-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.06.025
PMID:30017245
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了BRAF突变患者来源的异种移植黑色素瘤细胞在接受RAF/MEK抑制剂治疗后的残留疾病生物学特性 | 本文首次识别出药物耐受的转录状态，并发现神经嵴干细胞（NCSC）转录程序在残留疾病中的作用，以及RXR拮抗剂在延缓耐药发展中的潜力 | NA | 探讨残留疾病的生物学特性及其在黑色素瘤治疗中的潜在应用 | BRAF突变患者来源的异种移植黑色素瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个患者来源的异种移植模型和治疗中的患者活检样本 |
| 35 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing: A New Window into Cell Scale Dynamics
2018-08-07, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2018.07.003
PMID:30033145
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序技术在多细胞系统中的应用及其对细胞类型和状态研究的贡献 | 介绍了高吞吐量的单细胞RNA测序技术，能够同时量化复杂组织中成千上万个细胞内数千个基因的表达水平 | NA | 研究细胞类型的粒度、细胞状态的定义以及细胞类型沿发育轨迹的转变 | 单细胞RNA测序技术及其在多细胞系统中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成千上万个细胞 |
| 36 | 2024-08-09 |
Unbiased classification of mosquito blood cells by single-cell genomics and high-content imaging
2018-08-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1803062115
PMID:30038005
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、高内涵成像流式细胞术和单分子RNA杂交技术，对疟蚊血细胞进行了深入分析 | 本文首次展示了血细胞表达了近半的蚊子转录组，提供了前所未有的转录程序视图，并揭示了细胞间标记物的主动转移 | NA | 研究蚊子血细胞的生物学特性及其在控制病原体感染中的作用 | 疟蚊血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、高内涵成像流式细胞术、单分子RNA杂交 | NA | RNA | 特定子集的血细胞 |
| 37 | 2024-08-09 |
NeuroSystematics and Periodic System of Neurons: Model vs Reference Species at Single-Cell Resolution
2018-08-15, ACS chemical neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.1021/acschemneuro.8b00100
PMID:29989789
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研究论文 | 本文通过结合现代系统发生基因组学、单细胞测序（scRNA-seq）、机器学习、单细胞蛋白质组学和代谢组学，重建了神经元的进化历史，并提出了神经元系统学的概念。 | 本文首次提出了神经元系统学（NeuroSystematics）的概念，类似于化学元素周期表，具有预测神经元表型和可塑性的潜力。 | NA | 研究神经元的进化历史，并提出神经元系统学的概念。 | 神经元的进化历史和神经元系统学。 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 涉及34个门类的动物 |
| 38 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of a Human Kidney Allograft Biopsy Specimen Defines a Diverse Inflammatory Response
2018-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018020125
PMID:29980650
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人肾移植活检标本，揭示了复杂的炎症反应。 | 首次使用单细胞转录组学技术分析肾移植活检标本，识别了多种细胞类型及其状态，并建立了可搜索的在线基因表达数据库。 | 仅限于单个活检标本的研究，可能需要更多样本以验证结果的普遍性。 | 验证单细胞RNA测序技术在肾移植活检标本中的应用，并探索其在诊断和治疗中的潜力。 | 人肾移植活检标本中的细胞类型和状态。 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 8746个单细胞转录组 |
| 39 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing the Glomerulus, Unraveling the Molecular Programs of Glomerular Filtration, One Cell at a Time
2018-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018060626
PMID:30002221
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-09 |
Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment
2018-08-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.05.060
PMID:29961579
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了乳腺癌肿瘤微环境中45,000个免疫细胞的表型多样性 | 开发了SEQC预处理管道和Biscuit贝叶斯聚类与归一化方法来解决单细胞数据的计算挑战，并分析了T细胞受体（TCR）序列对表型多样性的组合影响 | NA | 理解癌症进展和免疫治疗反应的机制 | 乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞表型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 45,000个免疫细胞和27,000个额外T细胞 |