单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-14	Background fluorescence and spreading error are major contributors of variability in high-dimensional flow cytometry data visualization by t-distributed stochastic neighboring embedding 2018-08, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23566 PMID:30107099	研究论文	本文探讨了在高维流式细胞术数据可视化中，背景荧光和扩散误差对t-分布随机邻域嵌入（tSNE）算法的影响	本文首次识别了背景值分布差异和扩散误差是高维流式细胞术数据可视化中tSNE算法的主要变异来源，并提出了通过双指数变换和限制扩散误差来改善数据可视化的方法	本文主要关注了背景荧光和扩散误差的影响，未全面探讨其他可能影响tSNE算法性能的因素	研究tSNE算法在高维流式细胞术数据可视化中的应用及其变异来源	高维流式细胞术数据及其在tSNE算法中的可视化效果	生物信息学	NA	流式细胞术	tSNE	流式细胞术数据	多个独立实验或临床试验中的大量样本
2	2024-08-05	Sensory Neuron Diversity in the Inner Ear Is Shaped by Activity 2018-08-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.07.007 PMID:30078709	研究论文	这篇文章探讨了内耳感觉神经元的多样性及其被活动影响的机制	通过单细胞RNA测序，提出了一种小鼠I型螺旋神经节神经元的分子分类，并揭示了其在听觉处理中意想不到的活跃角色	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于其他物种	研究I型螺旋神经节神经元的特征与多样性的起源	小鼠的类型I螺旋神经节神经元	数字病理学	先天性耳聋	单细胞RNA测序	NA	分子数据	小鼠模型的多种类型I螺旋神经节神经元
3	2024-08-05	A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes 2018-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0393-7 PMID:30069044	研究论文	本文研究了小鼠气管上皮的细胞组成和层次结构，识别了稀有的Foxi1肺离子细胞等细胞类型	提出了'脉冲-seq'技术，结合单细胞RNA测序和谱系追踪，揭示了气道细胞的新陈代谢模式	研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全代表人类气道病理	探讨哮喘和囊性纤维化中气道上皮的细胞组成及其在疾病中的作用	对小鼠气管上皮细胞进行单细胞RNA测序和谱系追踪	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	NA
4	2024-08-05	Regulated Capture of Vκ Gene Topologically Associating Domains by Transcription Factories 2018-08-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.091 PMID:30157436	研究论文	本文探讨了淋巴细胞抗原受体多样性表达的机制，重点研究了Vκ基因的转录和重组过程	该研究首次揭示了Vκ基因如何通过转录工厂在核矩阵上被选择性捕获，从而实现单拷贝基因的转录	本文未提供单细胞转录组数据的详细样本量和具体实验条件	研究Vκ基因在淋巴细胞中的单拷贝转录与重组的机制	研究对象为预B细胞中Vκ基因的转录和重组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA	NA
5	2024-08-05	RNA velocity of single cells 2018-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0414-6 PMID:30089906	研究论文	本文展示了如何通过区分未剪接和剪接的mRNA来直接估计单细胞RNA测序中的RNA速度	提出了RNA速度作为时间导数来预测单个细胞未来状态的创新方法	没有提及具体的限制因素	研究RNA速度在分析发育谱系和细胞动态中的应用	单细胞RNA测序数据，特别是在神经嵴谱系和人类胚胎大脑中	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	高维向量模型	RNA数据	多种发布的数据集和技术平台
6	2024-08-07	An eQTL Landscape of Kidney Tissue in Human Nephrotic Syndrome 2018-08-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2018.07.004 PMID:30057032	研究论文	本研究利用全基因组测序和微切割的肾小球及肾小管间质转录组，分析了187名肾病综合征患者的eQTL图谱	首次在肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质中详细描述了eQTL图谱，并发现了组织特异性的eQTL	研究样本量相对较小，可能影响结果的泛化性	揭示肾病综合征中肾组织基因表达的遗传调控	肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质	数字病理学	肾病综合征	全基因组测序（WGS）	MatrixEQTL	转录组数据	187名肾病综合征患者
7	2024-08-07	Structure-Aware Principal Component Analysis for Single-Cell RNA-seq Data 2018-Aug-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2018.0027 PMID:30133312	研究论文	本文提出了一种结构感知的主成分分析（LSPCA）方法，用于处理单细胞RNA测序数据中的少数细胞类型识别问题	LSPCA通过结构感知的数据采样，减少了传统PCA在主成分方向上的偏差，提高了对少数细胞类型的检测准确性	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中少数细胞类型的识别	单细胞RNA测序数据中的少数细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA	表达数据	涉及十个公开可用的单细胞表达数据集，包括一个非常大的注释数据集
8	2024-08-07	Induced pluripotent stem cell-based mapping of β-globin expression throughout human erythropoietic development 2018-08-14, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2018020560 PMID:30108108	研究论文	本文报道了一种基于诱导多能干细胞（iPSCs）的β-珠蛋白报告细胞系，该细胞系能够在单细胞分辨率下实时映射人类红细胞生成过程中β-珠蛋白的表达	通过结合单细胞RNA测序（scRNAseq），本文能够区分β-珠蛋白表达细胞的特征，并解析iPSC衍生红细胞系细胞的发育和成熟状态	NA	提高β-珠蛋白表达的量化，并解析其在人类红细胞生成中的作用	诱导多能干细胞衍生的红细胞系细胞中的β-珠蛋白表达	再生医学	血液疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	单细胞分辨率
9	2024-08-07	Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Reveals Molecular Signatures of Heterogeneous Populations of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Endothelial Cells 2018-08-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.312913 PMID:29986945	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序揭示了人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的分子特征和异质性	首次使用大规模单细胞RNA测序技术详细分析了人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的转录异质性，并识别了四个主要亚群	目前的人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞分化协议效率低下，且存在异质性问题	通过单细胞RNA测序技术分析人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的转录异质性，以改进分化技术	人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞及其分化过程中的非内皮细胞类型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞
10	2024-08-09	Single cell RNA-seq data clustering using TF-IDF based methods 2018-Aug-13, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-018-4922-4 PMID:30367575	研究论文	本文介绍了一种基于TF-IDF变换的单细胞RNA测序数据聚类新方法	提出了一种基于TF-IDF变换的单细胞RNA测序数据聚类方法，该方法在文本分析领域已被成功应用	NA	开发适用于单细胞RNA测序数据的新型无监督聚类算法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	TF-IDF	RNA测序数据	数百万个细胞
11	2024-08-09	Single-cell analysis of progenitor cell dynamics and lineage specification in the human fetal kidney 2018-08-30, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.164038 PMID:30166318	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术分析了人类胎儿肾脏中不同细胞群体的基因表达，研究了个体细胞动态和谱系轨迹	揭示了人类胎儿肾脏发育中新的细胞类型标记和关键信号通路的组成部分	NA	深入了解人类肾脏发育过程	人类胎儿肾脏中的前体细胞动态和谱系分化	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	6414个细胞，来自五个个体样本
12	2024-08-09	Single-cell heterogeneity in Sézary syndrome 2018-08-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2018022608 PMID:30139925	研究论文	研究了Sézary综合征患者恶性T细胞中的单细胞异质性和对组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDACi）的抗性	发现Sézary综合征患者的恶性T细胞存在高度的单细胞异质性，并存在对HDACi具有抗性的亚群	NA	探讨Sézary综合征中恶性T细胞的单细胞异质性和对HDACi的抗性	Sézary综合征患者的恶性T细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	mRNA和蛋白质	所有研究的Sézary综合征患者
13	2024-08-09	Identification of an Early Unipotent Neutrophil Progenitor with Pro-tumoral Activity in Mouse and Human Bone Marrow 2018-08-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.097 PMID:30157427	研究论文	本研究通过CyTOF和scRNA-seq技术在成年小鼠和人类骨髓中鉴定出一种具有促肿瘤活性的早期单能中性粒细胞前体细胞	首次在成年小鼠和人类骨髓中发现并定义了早期单能中性粒细胞前体细胞（NeP和hNeP），并发现这些细胞在转移至小鼠癌症模型中时显著增加肿瘤生长	NA	研究中性粒细胞前体细胞在癌症发展中的作用，并探索其作为癌症早期发现生物标志物的可能性	小鼠和人类骨髓中的中性粒细胞前体细胞	数字病理学	黑色素瘤	CyTOF, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序	小鼠和人类骨髓样本，以及治疗前黑色素瘤患者的血液样本
14	2024-08-09	Comparative transcriptomic analyses and single-cell RNA sequencing of the freshwater planarian Schmidtea mediterranea identify major cell types and pathway conservation 2018-08-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1498-x PMID:30143032	研究论文	本研究通过比较转录组分析和单细胞RNA测序，鉴定了淡水涡虫Schmidtea mediterranea的主要细胞类型和生物途径的保守性	本研究首次在涡虫中进行了大规模的代谢重建，并发现了TRAF基因家族在涡虫中的显著扩张，以及通过单细胞RNA测序揭示了新的细胞类型	NA	研究涡虫Schmidtea mediterranea的基因组和生物途径的保守性，以及其在干细胞生物学和再生机制中的作用	涡虫Schmidtea mediterranea的转录组和单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	2000个细胞
15	2024-08-09	CCR10+ epithelial cells from idiopathic pulmonary fibrosis lungs drive remodeling 2018-08-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.122211 PMID:30135312	研究论文	本研究描述了特发性肺纤维化（IPF）肺中一种新的CCR10+上皮细胞群体，并探讨了其在肺重塑中的作用	首次鉴定并描述了IPF肺中的CCR10+上皮细胞群体，并揭示了其在肺重塑中的关键作用	NA	探究特发性肺纤维化肺中CCR10+上皮细胞在肺重塑中的作用	特发性肺纤维化肺中的CCR10+上皮细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及IPF和正常肺组织样本，以及人源化NSG小鼠模型
16	2024-08-09	Long non-coding RNAs potentially function synergistically in the cellular reprogramming of SCNT embryos 2018-Aug-23, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-018-5021-2 PMID:30139326	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了长非编码RNA（lncRNAs）在小鼠核移植胚胎中的表达谱，揭示了lncRNAs在胚胎发育和细胞重编程中的潜在功能	首次通过单细胞RNA测序分析了小鼠核移植胚胎中lncRNAs的表达谱，并探讨了lncRNAs在胚胎发育和细胞重编程中的作用	研究主要集中在小鼠胚胎发育的早期阶段，对于其他阶段和物种的适用性需要进一步验证	探讨lncRNAs在小鼠胚胎发育和细胞重编程中的分子机制	小鼠核移植胚胎中的长非编码RNA（lncRNAs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	63个单细胞RNA-seq文库
17	2024-08-09	Diversity of Interneurons in the Dorsal Striatum Revealed by Single-Cell RNA Sequencing and PatchSeq 2018-08-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.053 PMID:30134177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PatchSeq技术揭示了背侧纹状体中间神经元的多样性	发现了七种不同的中间神经元类型，其中六种是GABA能的，并识别出两种表达Cck的细胞群	NA	研究背侧纹状体中间神经元的多样性及其功能	背侧纹状体的中间神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序, PatchSeq	NA	基因表达数据	多种背侧纹状体中间神经元细胞
18	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of mouse brain and lung vascular and vessel-associated cell types 2018-08-21, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2018.160 PMID:30129931	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，定义了小鼠脑和肺中的血管及血管相关细胞类型和亚型	首次提供了小鼠脑和肺中血管及血管相关细胞类型的全面分子图谱	NA	深入理解血管疾病，探索血管结构和功能的基因表达多样性	小鼠脑和肺的血管及血管相关细胞类型	数字病理学	血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	3,436个小鼠脑单细胞转录组和1,504个小鼠肺单细胞转录组
19	2024-08-09	Single-cell analysis reveals that stochasticity and paracrine signaling control interferon-alpha production by plasmacytoid dendritic cells 2018-08-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05784-3 PMID:30127440	研究论文	本文利用基于液滴的微流控平台，在单细胞水平上研究了人类浆细胞样树突状细胞（pDCs）产生I型干扰素（IFN）的机制	首次揭示了I型IFN产生受随机基因调控和旁分泌信号控制的机制，并展示了通过调节液滴微环境来驱动pDC群体反应的方法	NA	研究pDCs产生I型IFN的控制机制	人类浆细胞样树突状细胞（pDCs）	免疫学	NA	基于液滴的微流控技术	NA	单细胞RNA测序和细胞因子分析	单个pDCs
20	2024-08-09	In situ transcriptome characteristics are lost following culture adaptation of adult cardiac stem cells 2018-08-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-30551-1 PMID:30104715	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术分析了体外培养的成年心脏干细胞（CPCs）的转录组特征，并探讨了这些特征与新鲜分离细胞的关系	首次详细描述了体外培养对成年心脏干细胞转录组特征的影响，并验证了这些发现通过比较不同细胞类型的scRNA-Seq数据集	研究主要集中在体外培养的CPCs上，未涉及体内环境的影响	探究体外培养对成年心脏干细胞功能和表型特征的影响	成年心脏干细胞（CPCs）及其体外培养后的转录组特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	多种细胞类型的scRNA-Seq数据集