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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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21 | 2024-08-09 |
Recent Developments in Single-Cell RNA-Seq of Microorganisms
2018-07-17, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2018.06.008
PMID:29958658
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在微生物领域的最新进展,并讨论了当前的挑战和未来方向 | 单细胞RNA测序技术在微生物领域的应用尚不广泛,主要受限于细胞壁的阻碍和RNA材料的不足 | 当前单细胞RNA测序技术的检测效率较低,需要进一步的开发或改进 | 探讨单细胞RNA测序技术在微生物领域的应用,并提出改进方向 | 微生物的单细胞RNA测序技术 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
22 | 2024-08-09 |
Lifelong CMV infection improves immune defense in old mice by broadening the mobilized TCR repertoire against third-party infection
2018-07-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1719451115
PMID:29967140
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研究论文 | 本文探讨了终身感染巨细胞病毒(CMV)对老年小鼠免疫防御的影响,特别是通过扩大动员的TCR库对第三方感染的反应。 | 研究发现,老年小鼠感染CMV后,其针对模型抗原OVA的CD8 T细胞受体β(TCRβ)库显示出更多样化的克隆型,这些克隆型提供了广泛的抗原肽变体识别能力。 | 研究主要集中在老年小鼠模型上,可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于人类。 | 探讨CMV感染对老年小鼠免疫防御的影响及其潜在的积极作用。 | 研究对象包括老年小鼠、CMV感染以及模型抗原OVA。 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | T细胞受体β(TCRβ)库数据 | 研究涉及成年、老年对照和老年CMV感染的小鼠群体 |
23 | 2024-08-09 |
Transcriptional synergy as an emergent property defining cell subpopulation identity enables population shift
2018-07-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05016-8
PMID:29968757
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录因子协同作用定义细胞亚群身份的计算平台TransSyn,并展示了其在再生医学中的应用潜力 | 开发了一种新的计算平台TransSyn,用于识别决定细胞亚群身份的协同转录核心,并预测细胞亚群间的身份转换 | NA | 开发一种新的计算方法来识别和利用转录因子的协同作用,以定义细胞亚群的身份 | 细胞亚群的身份及其转录因子协同作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 186个亚群,3786对细胞亚群 |
24 | 2024-08-09 |
Human in vivo-generated monocyte-derived dendritic cells and macrophages cross-present antigens through a vacuolar pathway
2018-07-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04985-0
PMID:29967419
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研究论文 | 研究探讨了人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞通过空泡途径交叉呈递抗原的能力 | 首次证实人体自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞能够通过空泡途径有效交叉呈递抗原 | 研究仅限于使用腹水中的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞,未涉及其他来源的细胞 | 探究人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞交叉呈递抗原的机制 | 人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 腹水中的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞 |
25 | 2024-08-09 |
AmpUMI: design and analysis of unique molecular identifiers for deep amplicon sequencing
2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty264
PMID:29949956
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研究论文 | 本文介绍了AmpUMI软件工具,用于设计和分析基于UMI的扩增子测序研究 | 提出了一个模型来确定防止UMI碰撞和减少等位基因畸变所需的最小UMI长度,并开发了AmpUMI软件工具 | NA | 旨在为扩增子测序实验提供最佳UMI长度设计的指导 | 扩增子测序实验中的UMI设计和分析 | 测序技术 | NA | 扩增子测序 | NA | DNA片段 | NA |
26 | 2024-08-09 |
Scalable preprocessing for sparse scRNA-seq data exploiting prior knowledge
2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty293
PMID:29949988
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研究论文 | 本文介绍了一种名为UNCURL的预处理框架,该框架基于非负矩阵分解,用于处理稀疏的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,能够处理不同的采样分布,扩展到大细胞数量,并能整合先验生物学知识 | UNCURL能够处理稀疏的scRNA-seq数据,并能整合先验生物学知识,提高了常见scRNA-seq工具在聚类、可视化和谱系估计方面的性能 | NA | 开发一种能够处理大规模稀疏scRNA-seq数据并整合先验知识的预处理框架 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | scRNA-seq数据 | 130万细胞 |
27 | 2024-08-09 |
Random forest based similarity learning for single cell RNA sequencing data
2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty260
PMID:29950006
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研究论文 | 本文介绍了一种基于随机森林的方法RAFSIL,用于从单细胞RNA测序数据中学习细胞间的相似性 | RAFSIL采用两步法,首先针对单细胞RNA测序数据进行特征构建,然后进行相似性学习,能够适应和扩展,并可用于探索性数据分析任务 | NA | 开发一种新的方法来准确获取单细胞RNA测序数据中的细胞间相似性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 文本 | 多个数据集 |
28 | 2024-08-09 |
Gene expression distribution deconvolution in single-cell RNA sequencing
2018-07-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1721085115
PMID:29946020
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研究论文 | 本文提出了一种名为DESCEND的方法,用于从单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中解卷积真实的跨细胞基因表达分布,从而改进分布特性的估计,如分散度和非零分数 | DESCEND方法能够调整细胞水平的协变量,如细胞大小、细胞周期和批次效应,并通过与RNA FISH数据的比较、数据分割和模拟来评估其噪声模型和估计准确性 | NA | 开发一种方法来从scRNA-seq数据中准确推断基因表达分布的特性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 基于九个公共数据集 |
29 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Dynamic Early Embryonic-like Programs during Chemical Reprogramming
2018-Jul-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.05.025
PMID:29937202
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了化学重编程过程中多个时间点的36,199个单细胞转录组,揭示了从XEN样状态到多能性的动态早期胚胎样程序 | 首次揭示了化学重编程中早期胚胎样程序的关键作用,并通过精细调节化学处理加速了重编程过程 | NA | 探索化学重编程过程中分子动力学,特别是多能性获得的分子基础 | 化学重编程过程中的单细胞转录组 | NA | NA | RNA测序 | NA | 转录组 | 36,199个单细胞 |
30 | 2024-08-09 |
A stromal cell population that inhibits adipogenesis in mammalian fat depots
2018-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0226-8
PMID:29925944
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术,在小鼠模型中揭示了皮下脂肪组织中基质血管部分的不同亚群的脂肪干细胞和前体细胞,并发现其中一种亚群CD142脂肪生成调节细胞能抑制体内外的脂肪细胞形成。 | 本研究首次揭示了脂肪生成调节细胞的存在及其在调节脂肪组织可塑性中的潜在重要作用。 | 研究主要基于小鼠模型,对人类中的功能保守性尚需进一步验证。 | 探讨脂肪细胞发育和分化的机制及其在肥胖和相关并发症中的作用。 | 脂肪干细胞和前体细胞,特别是CD142脂肪生成调节细胞。 | NA | 肥胖,2型糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮下脂肪组织样本 |
31 | 2024-08-09 |
SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing
2018-07, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0033-z
PMID:29941873
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SAVER的单细胞RNA测序(scRNA-seq)基因表达恢复方法 | SAVER方法通过跨基因和细胞的信息借用,为所有基因提供准确的表达估计 | NA | 解决单细胞RNA测序中基因表达量化不准确的问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
32 | 2024-08-09 |
Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation
2018-07, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-018-0575-6
PMID:29942020
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研究论文 | 本文利用全器官单细胞RNA测序技术,研究了海绵、栉水母和扁形动物等非两侧对称动物的细胞类型特异性转录,揭示了这些生物中细胞类型的多样性和基因调控程序的复杂性 | 本文首次揭示了扁形动物中多种肽能细胞的存在,并展示了细胞类型多样性与基因调控复杂性之间的关系 | NA | 研究早期后生动物细胞类型的多样性及其基因调控程序的进化 | 海绵、栉水母和扁形动物等非两侧对称动物的细胞类型及其基因调控程序 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及海绵、栉水母和扁形动物等多个物种 |
33 | 2024-08-09 |
Single-cell profiling of breast cancer T cells reveals a tissue-resident memory subset associated with improved prognosis
2018-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-018-0078-7
PMID:29942092
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了乳腺癌中的T细胞,揭示了与改善预后相关的组织驻留记忆T细胞亚群 | 首次展示了乳腺癌中高数量的肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)含有具有组织驻留记忆T细胞特征的CD8 T细胞,并且这些细胞表达高水平的免疫检查点分子和效应蛋白 | 研究主要集中在早期三阴性乳腺癌,可能需要进一步研究以验证其他乳腺癌亚型的结果 | 探讨乳腺癌中T细胞亚群的定量和定性差异与患者预后的关系 | 乳腺癌中的T细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 6,311个T细胞 |
34 | 2024-08-09 |
Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing
2018-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-018-0045-3
PMID:29942094
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,对14名未经治疗的非小细胞肺癌患者的12,346个T细胞进行了深入分析,揭示了肿瘤浸润淋巴细胞的组成、谱系和功能状态 | 发现了大量具有高度迁移特性的跨组织效应T细胞,以及两种表现出衰竭前状态的细胞簇,这些发现有助于理解T细胞在肺癌中的功能状态和动态变化 | NA | 旨在描绘非小细胞肺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的基线景观,以帮助理解其功能状态和动态变化 | 非小细胞肺癌患者的T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12,346个T细胞来自14名患者 |
35 | 2024-08-09 |
Phenotypic Convergence: Distinct Transcription Factors Regulate Common Terminal Features
2018-07-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.05.021
PMID:29909983
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞RNA测序研究果蝇视叶中的细胞多样性,并探讨转录因子如何调控细胞类型的多样性 | 本文首次使用“随机森林”模型来识别导致特定终端分化特征的转录因子,并发现相同的终端特征可以由不同细胞类型中的不同转录因子调控,表明广泛的表型趋同 | NA | 探究转录因子调控细胞类型多样性的一般原理 | 果蝇视叶中的细胞多样性 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | RNA序列 | 55,000个单细胞,分为52个集群 |
36 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomic survey of human embryonic cerebral cortex by single-cell RNA-seq analysis
2018-07, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-018-0053-3
PMID:29867213
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析,对人类胚胎期大脑皮层的22个脑区进行了空间转录组调查 | 首次基于单细胞转录组分析对整个人类大脑皮层进行区域性特征描述 | NA | 揭示人类胚胎期大脑皮层的区域化基因表达和神经元成熟度的系统景观 | 人类胚胎期大脑皮层的22个脑区的4000多个单个细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4000多个单个细胞 |
37 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq of human induced pluripotent stem cells reveals cellular heterogeneity and cell state transitions between subpopulations
2018-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.223925.117
PMID:29752298
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了18,787个人类诱导多能干细胞,揭示了细胞异质性和亚群间的细胞状态转换 | 开发了一种无监督聚类方法,提高了预测准确性和特异性,并创新性地预测了细胞在亚群间的转换 | NA | 研究人类诱导多能干细胞的细胞异质性和细胞状态转换 | 人类诱导多能干细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 18,787个人类诱导多能干细胞 |
38 | 2024-08-09 |
Feasibility and biological rationale of repurposing sunitinib and erlotinib for dengue treatment
2018-07, Antiviral research
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.antiviral.2018.05.001
PMID:29753658
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研究论文 | 研究探讨了使用sunitinib和erlotinib治疗登革热病毒感染的可行性和生物学基础 | 首次证明了sunitinib和erlotinib组合在登革热病毒感染的小鼠模型中能够持续抑制系统性感染,并揭示了这些药物通过调节AAK1和GAK激酶的表达来发挥抗病毒作用 | 尽管sunitinib和erlotinib能够延迟但无法阻止免疫缺陷小鼠模型的晚期瘫痪,且这些药物无法穿透血脑屏障 | 评估sunitinib和erlotinib作为登革热治疗药物的可行性和潜在机制 | 登革热病毒感染的小鼠和人类原代单核细胞衍生的树突状细胞 | NA | 登革热 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及登革热病毒感染的小鼠和人类细胞样本 |
39 | 2024-08-09 |
Transcriptomic analysis of the harvested endothelial cells in a swine model of mechanical thrombectomy
2018-Jul, Neuroradiology
IF:2.4Q2
DOI:10.1007/s00234-018-2033-1
PMID:29761220
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研究论文 | 本研究通过机械取栓术(MT)的猪模型,对采集的血管内皮细胞进行转录组分析 | 首次在机械取栓术的猪模型中,使用单细胞RNA测序技术分析采集的内皮细胞的分子特征 | 研究仅限于猪模型,尚未在人类临床实践中广泛应用 | 旨在通过细胞培养和转录组技术,分析机械取栓术中采集的内皮细胞的分子特性 | 机械取栓术中采集的血管内皮细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 共获得37个包含CD31阳性细胞的样本 |
40 | 2024-08-09 |
Pharmacological effect of human melanocortin-2 receptor accessory protein 2 variants on hypothalamic melanocortin receptors
2018-07, Endocrine
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s12020-018-1596-2
PMID:29704154
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研究论文 | 本文研究了人黑色素皮质素-2受体辅助蛋白2(MRAP2)变体对下丘脑黑色素皮质素受体的影响 | 首次描述了中枢神经系统中单细胞转录组特征的Mrap2、Mc3r和Mc4r,并提供了MRAP2突变对MC3R信号传导的独特二聚体形成、构象变化和药理作用的证据 | NA | 探索MRAP2变体如何影响黑色素皮质素信号传导 | MRAP2变体对MC3R和MC4R信号传导的影响 | NA | 肥胖症 | RNA测序 | NA | RNA | 来自两个独立研究的单细胞分辨率的鼠下丘脑RNA测序数据集 |