单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-11	Mapping gene regulatory networks from single-cell omics data 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx046 PMID:29342231	综述	本文综述了从单细胞组学数据中构建基因调控网络（GRN）的最新方法	讨论了单细胞转录组数据中噪声水平和数据稀疏性增加的挑战，并介绍了单细胞表观基因组学技术（如单细胞ATAC-seq和单细胞DNA甲基化分析）在解析基因调控程序中的应用	NA	探讨如何从单细胞数据中解析基因调控网络，以理解细胞异质性	单细胞转录组数据和单细胞表观基因组数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA甲基化分析	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
2	2024-08-05	Human primitive brain displays negative mitochondrial-nuclear expression correlation of respiratory genes 2018-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.226324.117 PMID:29903725	研究论文	本文探讨了人类原始大脑中线粒体与核基因间呼吸基因的负表达相关性	首次揭示了在原始大脑区域内线粒体和核基因表达的负相关性，并分析了其与细胞类型及空间分布的关系	仅分析了人类和小鼠大脑的特定部位，可能不适用于其他区域或物种	探讨线粒体和核基因在氧化磷酸化中的共同调控机制	人类和小鼠大脑的RNA-seq实验数据	数字病理学	NA	RNA-seq, DNase-seq, ChIP-seq	NA	RNA数据	分析了来自48个人体部位的约8500个RNA-seq实验
3	2024-08-05	Single-cell analysis of early progenitor cells that build coronary arteries 2018-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0288-7 PMID:29973725	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和小鼠遗传学展示了发育心脏中的静脉细胞如何经过早期细胞命运转换，形成构建冠状动脉的前动脉细胞群。	揭示了静脉细胞如何在发育过程中转变为前动脉细胞，并阐明了COUP-TF2对这一过程的抑制作用	未提及特定的限制性因素	研究冠状动脉的发育机制与静脉细胞的转变	静脉细胞和前动脉细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	NA	NA
4	2024-08-07	Sensitive and powerful single-cell RNA sequencing using mcSCRB-seq 2018-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05347-6 PMID:30050112	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议的实验条件，并开发了一种名为分子拥挤SCRB-seq（mcSCRB-seq）的新方法，该方法在灵敏度、效率和灵活性方面表现出色。	通过添加聚乙二醇和使用Terra聚合酶，显著提高了scRNA-seq的灵敏度和效率。	NA	改进单细胞RNA测序技术的灵敏度、灵活性和成本效率。	单细胞RNA测序技术的实验条件和方法改进。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of lineage diversity in high-grade glioma 2018-07-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0567-9 PMID:30041684	研究论文	本研究通过高密度微孔系统对分离的人体手术样本进行大规模单细胞RNA测序，分析高级别胶质瘤（HGG）中的细胞系多样性	首次揭示了高级别胶质瘤中细胞身份与增殖之间的关系，并发现恶性转化细胞中神经与非神经系相似性的不同群体结构	NA	深入理解高级别胶质瘤中的细胞系身份、分化和增殖	高级别胶质瘤（HGG）细胞及其微环境细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	图论方法	转录组	多个分离的人体手术样本
6	2024-08-07	Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data 2018-07-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05083-x PMID:29991676	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题，并开发了一种算法来排除交换的分子	本文使用两种统计方法量化了交换读取的比例，并开发了一种算法来消除10x Genomics实验中的交换分子	本文仅研究了两个基于板的单细胞RNA测序数据集，未涵盖所有类型的数据集	研究条形码交换对单细胞RNA测序数据的影响，并开发解决方案	单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	两个基于板的单细胞RNA测序数据集
7	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals Heterogeneity and Drug Response of Human Colorectal Cancer Organoids 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8512784 PMID:30440885	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术探讨了人结直肠癌类器官的转录组特征及其对一线抗癌药物奥沙利铂的反应	首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法揭示了肿瘤类器官中的癌症异质性及其对化疗药物的反应	NA	研究肿瘤类器官是否能重现患者肿瘤中观察到的细胞异质性及其对化疗的反应	人结直肠癌类器官及其对奥沙利铂的反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
8	2024-08-09	Identifying progressive gene network perturbation from single-cell RNA-seq data 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8513444 PMID:30441472	研究论文	本文介绍了一种名为PIPER的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别驱动基因调控网络差异的扰动基因	PIPER方法专门为单细胞RNA测序数据设计，能够联合识别多种渐进条件下的基因网络，并通过差异网络分析识别主要调控因子	NA	识别控制发育或疾病的基因调控网络	单细胞RNA测序数据中的渐进基因网络扰动	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
9	2024-08-09	The Development of an Effective Bacterial Single-Cell Lysis Method Suitable for Whole Genome Amplification in Microfluidic Platforms 2018-Jul-25, Micromachines IF:3.0Q2 DOI:10.3390/mi9080367 PMID:30424300	研究论文	本文介绍了一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法	提出了一种基于热化学裂解的新协议，能够从革兰氏阳性和革兰氏阴性菌中提取基因组DNA，且不干扰扩增化学	NA	开发一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法	革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的单细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	基因组DNA	革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的单细胞，成功率为100%
10	2024-08-09	Effects of 3D culturing conditions on the transcriptomic profile of stem-cell-derived neurons 2018-Jul, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-018-0219-9 PMID:30271673	研究论文	研究了3D培养条件对干细胞衍生神经元转录组特征的影响	开发了一种快速生成3D神经元和星形胶质细胞共培养的方法，并使用单细胞测序展示了工程化组织能重现人脑细胞类型的转录模式	NA	探究3D培养条件对神经元转录组特征的影响，并为脑疾病开发可行的3D神经组织模型	干细胞衍生神经元的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组	NA
11	2024-08-09	High-Throughput Approaches onto Uncover (Epi)Genomic Architecture of Type 2 Diabetes 2018-Jul-26, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes9080374 PMID:30050001	综述	本文综述了利用高通量方法揭示2型糖尿病的(表观)基因组结构的主要进展	利用全基因组关联研究(GWAS)和下一代测序(NGS)技术，揭示了2型糖尿病的常见易感基因和罕见编码遗传变异，以及单细胞测序在人胰腺胰岛中的应用	NA	更好地理解2型糖尿病的分子基础	2型糖尿病的(表观)基因组结构	数字病理学	2型糖尿病	全基因组关联研究(GWAS), 下一代测序(NGS), 单细胞测序	NA	基因组数据, 表观基因组数据	NA
12	2024-08-09	Interferon gene therapy reprograms the leukemia microenvironment inducing protective immunity to multiple tumor antigens 2018-07-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05315-0 PMID:30042420	研究论文	本文研究了通过单核细胞介导的IFNα基因传递抑制小鼠模型中的白血病，并探讨了其在免疫治疗中的应用	首次展示了IFN基因疗法如何通过重编程白血病微环境来诱导对多种肿瘤抗原的保护性免疫	研究主要在实验模型中进行，需要进一步的临床试验验证	探索免疫疗法在癌症治疗中的应用及机制	白血病微环境及免疫治疗效果	免疫学	白血病	IFN基因疗法	NA	转录组数据	小鼠模型
13	2024-08-09	High-resolution transcriptional dissection of in vivo Atoh1-mediated hair cell conversion in mature cochleae identifies Isl1 as a co-reprogramming factor 2018-07, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007552 PMID:30063705	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了Atoh1在成熟耳蜗中诱导非感觉支持细胞转化为毛细胞的过程，并发现Isl1作为共重编程因子可以提高转化效率	首次通过高分辨率转录组分析揭示了Atoh1和Isl1共同表达可以提高毛细胞转化效率	转化效率仍然较低，且功能性目标细胞的产生仍具挑战	研究如何提高体内分化细胞直接转化的效率并产生功能性目标细胞	小鼠耳蜗中的非感觉支持细胞和毛细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个时间点的整个小鼠感觉上皮细胞
14	2024-08-09	Genome-Scale Oscillations in DNA Methylation during Exit from Pluripotency 2018-07-25, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.06.012 PMID:30031774	研究论文	本研究探讨了多能性退出过程中DNA甲基化的基因组尺度振荡现象	首次展示了在多能性退出和分化为体细胞谱系的过程中，DNA甲基化酶DNMT3s和TETs的共表达促进了细胞间DNA甲基化标记的变异性，并发现这种变异性与基因组尺度的DNA甲基化振荡相关	NA	研究多能性退出过程中DNA甲基化的动态变化及其对早期胚胎发育中细胞命运决策的影响	多能性细胞在退出多能性状态并准备分化为体细胞谱系时的DNA甲基化变化	NA	NA	单细胞测序	定量生物物理模型	转录组和表观遗传学数据	NA
15	2024-08-09	PBMC fixation and processing for Chromium single-cell RNA sequencing 2018-07-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-018-1578-4 PMID:30016977	研究论文	本文介绍了一种使用甲醇固定和新的处理方法来保存人外周血单个核细胞（PBMCs）进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析的方法。	本文首次提出使用甲醇固定PBMCs并成功应用于10× Chromium单细胞RNA测序平台，解决了传统使用活细胞进行单细胞测序时细胞应激和复杂研究设计受限的问题。	NA	开发一种新的细胞固定和处理方法，以提高单细胞实验设计的复杂性和有效性。	人外周血单个核细胞（PBMCs）及其他固定原代细胞类型和细胞系。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
16	2024-08-09	Single cell transcriptome profiling of retinal ganglion cells identifies cellular subtypes 2018-07-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05134-3 PMID:30018341	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了6225个视网膜神经节细胞，并使用聚类算法将其分为40个亚型	发现了额外的亚型和标记物，并预测了转录因子在指定RGC亚型中的合作	NA	识别视网膜神经节细胞的细胞亚型	视网膜神经节细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	基因表达数据	6225个视网膜神经节细胞
17	2024-08-09	Differences in Cell Cycle Status Underlie Transcriptional Heterogeneity in the HSC Compartment 2018-07-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.06.057 PMID:30021172	研究论文	本研究通过特征化视黄酸（RA）报告鼠系，进一步解析造血干细胞（HSC）隔室，发现RA-CFP-dim HSCs主要为非增殖状态，并具有更优的植入潜能	首次通过单细胞RNA测序揭示了细胞周期活动是HSC转录异质性的主要驱动因素，并展示了RA-CFP报告鼠系在分离优质HSC中的应用	NA	解析HSC隔室的异质性	造血干细胞（HSCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	超过1,200个HSCs
18	2024-08-09	Methods for high-dimensional analysis of cells dissociated from cryopreserved synovial tissue 2018-07-11, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-018-1631-y PMID:29996944	研究论文	本文介绍了从冷冻保存的滑膜组织中提取细胞并进行高维度分析的方法	开发了一种稳健的协议，用于从冷冻保存的滑膜组织中获取具有完整转录组和细胞表面表型的活细胞	NA	旨在通过高维度分析滑膜组织中的细胞，以识别驱动组织病理和关节损伤的细胞表型	冷冻保存的滑膜组织中的细胞	数字病理学	风湿性关节炎	流式细胞术、质谱流式细胞术、RNA测序	NA	细胞	约30个关节置换术样本和约20个滑膜活检样本
19	2024-08-09	Metabolic signaling directs the reciprocal lineage decisions of αβ and γδ T cells 2018-07-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aas9818 PMID:29980617	研究论文	研究报告了mTORC1复合体1如何通过结合微环境信号与代谢程序来协调两种基本不同的T细胞系（αβ和γδ T细胞）的相互发展	首次揭示了mTORC1依赖的活性氧生成控制作为关键代谢信号，介导αβ和γδ T细胞发育的机制	NA	探究mTORC1如何通过代谢信号调控αβ和γδ T细胞的相互发展	αβ和γδ T细胞的发育	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20	2024-08-09	Recovering Gene Interactions from Single-Cell Data Using Data Diffusion 2018-07-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.061 PMID:29961576	研究论文	本文开发了一种名为MAGIC的方法，通过数据扩散在相似细胞间共享信息，以去噪细胞计数矩阵并填补缺失的转录本，从而从单细胞RNA测序数据中恢复基因间的相互作用	提出了MAGIC方法，通过数据扩散技术在相似细胞间共享信息，有效去噪并填补单细胞RNA测序数据中的缺失转录本	NA	解决单细胞RNA测序技术中的技术噪声问题，特别是由于mRNA分子采样不足导致的“dropout”现象，以恢复重要的基因间关系	单细胞RNA测序数据中的基因间相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞计数矩阵	涉及多个生物系统