单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 50 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Genome-Scale Oscillations in DNA Methylation during Exit from Pluripotency
2018-07-25, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.06.012
PMID:30031774
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研究论文 | 本研究揭示了多能性退出过程中DNA甲基化存在基因组尺度的振荡现象 | 首次发现DNA甲基化在全基因组范围内存在协调振荡，且振幅与CpG密度相关 | NA | 探索早期胚胎发育过程中表观遗传异质性的产生机制 | 多能性干细胞及其向体细胞谱系分化的过程 | 表观遗传学 | NA | 单细胞测序,定量生物物理建模 | 生物物理模型 | 表观遗传数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞测序,平行单细胞转录和表观遗传分析 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Interferon gene therapy reprograms the leukemia microenvironment inducing protective immunity to multiple tumor antigens
2018-07-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05315-0
PMID:30042420
|
研究论文 | 本研究通过单核细胞介导的IFNα基因疗法重塑白血病微环境，诱导针对多种肿瘤抗原的保护性免疫 | 首次证明IFN基因疗法能逆转白血病诱导的免疫抑制性髓系细胞扩增，并通过单细胞转录组分析揭示微环境重编程机制 | 研究仅使用小鼠模型，临床转化潜力尚需进一步验证 | 开发通过基因疗法改善肿瘤微环境以增强免疫治疗效果的新策略 | 白血病小鼠模型 | 免疫治疗 | 白血病 | 基因治疗，单细胞转录组分析，批量转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data
2018-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05083-x
PMID:29991676
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题，并开发了相应的校正算法 | 首次使用两种统计方法量化条形码交换比例，并开发了针对10x Genomics实验的分子级校正算法 | 研究主要基于HiSeq 4000平台，在其他测序平台上的适用性需要进一步验证 | 检测和校正单细胞RNA测序中的条形码交换现象 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 测序数据 | 两个板式单细胞RNA测序数据集 | Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | HiSeq 4000, 10x Chromium | Illumina HiSeq 4000图案化流动槽测序仪，10x Genomics单细胞测序平台 |
| 4 | 2025-10-06 |
Human in vivo-generated monocyte-derived dendritic cells and macrophages cross-present antigens through a vacuolar pathway
2018-07-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04985-0
PMID:29967419
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研究论文 | 本研究揭示了人类体内产生的单核细胞来源树突状细胞和巨噬细胞通过液泡途径交叉呈递抗原的机制 | 首次证明人类自然发生的单核细胞来源树突状细胞具有交叉呈递能力，并阐明其独特的液泡途径机制 | 研究样本仅来源于腹水，未涉及其他组织或疾病模型 | 探究人类单核细胞来源免疫细胞的抗原交叉呈递能力及分子机制 | 人类腹水中的单核细胞来源树突状细胞和巨噬细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 腹水来源的免疫细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation
2018-07, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-018-0575-6
PMID:29942020
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究早期后生动物细胞类型多样性及其基因调控机制的演化 | 首次在非两侧对称动物（海绵、栉水母、扁盘动物）中系统绘制细胞类型特异性转录图谱，发现扁盘动物存在多种未知的肽能细胞类型 | 研究仅涵盖三种早期后生动物类群，尚未扩展到更广泛的后生动物谱系 | 探索后生动物细胞类型及其基因调控程序的演化 | 海绵（Porifera）、栉水母（Ctenophora）和扁盘动物（Placozoa）物种 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种早期后生动物类群的全生物体单细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Experimental design for single-cell RNA sequencing
2018-07-01, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elx035
PMID:29126257
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综述 | 本文讨论了单细胞RNA测序的实验设计原则，比较了两种主流方法的优缺点 | 系统比较了平板式Smart-Seq2和微滴式10x Chromium两种主流scRNA-seq技术的实验设计考量 | NA | 探讨单细胞RNA测序实验设计的关键因素 | 单细胞RNA测序技术 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 微滴式单细胞RNA测序平台 |
| 7 | 2024-11-11 |
Mapping gene regulatory networks from single-cell omics data
2018-07-01, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elx046
PMID:29342231
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综述 | 本文综述了从单细胞组学数据中构建基因调控网络（GRN）的最新方法 | 讨论了单细胞转录组数据中噪声水平和数据稀疏性增加的挑战，并介绍了单细胞表观基因组学技术（如单细胞ATAC-seq和单细胞DNA甲基化分析）在解析基因调控程序中的应用 | NA | 探讨如何从单细胞数据中解析基因调控网络，以理解细胞异质性 | 单细胞转录组数据和单细胞表观基因组数据 | 基因组学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA甲基化分析 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-08-05 |
Human primitive brain displays negative mitochondrial-nuclear expression correlation of respiratory genes
2018-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.226324.117
PMID:29903725
|
研究论文 | 本文探讨了人类原始大脑中线粒体与核基因间呼吸基因的负表达相关性 | 首次揭示了在原始大脑区域内线粒体和核基因表达的负相关性，并分析了其与细胞类型及空间分布的关系 | 仅分析了人类和小鼠大脑的特定部位，可能不适用于其他区域或物种 | 探讨线粒体和核基因在氧化磷酸化中的共同调控机制 | 人类和小鼠大脑的RNA-seq实验数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, DNase-seq, ChIP-seq | NA | RNA数据 | 分析了来自48个人体部位的约8500个RNA-seq实验 | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of early progenitor cells that build coronary arteries
2018-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0288-7
PMID:29973725
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和小鼠遗传学展示了发育心脏中的静脉细胞如何经过早期细胞命运转换，形成构建冠状动脉的前动脉细胞群。 | 揭示了静脉细胞如何在发育过程中转变为前动脉细胞，并阐明了COUP-TF2对这一过程的抑制作用 | 未提及特定的限制性因素 | 研究冠状动脉的发育机制与静脉细胞的转变 | 静脉细胞和前动脉细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-07 |
Sensitive and powerful single-cell RNA sequencing using mcSCRB-seq
2018-07-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05347-6
PMID:30050112
|
研究论文 | 本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议的实验条件，并开发了一种名为分子拥挤SCRB-seq（mcSCRB-seq）的新方法，该方法在灵敏度、效率和灵活性方面表现出色。 | 通过添加聚乙二醇和使用Terra聚合酶，显著提高了scRNA-seq的灵敏度和效率。 | NA | 改进单细胞RNA测序技术的灵敏度、灵活性和成本效率。 | 单细胞RNA测序技术的实验条件和方法改进。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis of lineage diversity in high-grade glioma
2018-07-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-018-0567-9
PMID:30041684
|
研究论文 | 本研究通过高密度微孔系统对分离的人体手术样本进行大规模单细胞RNA测序，分析高级别胶质瘤（HGG）中的细胞系多样性 | 首次揭示了高级别胶质瘤中细胞身份与增殖之间的关系，并发现恶性转化细胞中神经与非神经系相似性的不同群体结构 | NA | 深入理解高级别胶质瘤中的细胞系身份、分化和增殖 | 高级别胶质瘤（HGG）细胞及其微环境细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 图论方法 | 转录组 | 多个分离的人体手术样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Heterogeneity and Drug Response of Human Colorectal Cancer Organoids
2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC.2018.8512784
PMID:30440885
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术探讨了人结直肠癌类器官的转录组特征及其对一线抗癌药物奥沙利铂的反应 | 首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法揭示了肿瘤类器官中的癌症异质性及其对化疗药物的反应 | NA | 研究肿瘤类器官是否能重现患者肿瘤中观察到的细胞异质性及其对化疗的反应 | 人结直肠癌类器官及其对奥沙利铂的反应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-09 |
Identifying progressive gene network perturbation from single-cell RNA-seq data
2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC.2018.8513444
PMID:30441472
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PIPER的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别驱动基因调控网络差异的扰动基因 | PIPER方法专门为单细胞RNA测序数据设计，能够联合识别多种渐进条件下的基因网络，并通过差异网络分析识别主要调控因子 | NA | 识别控制发育或疾病的基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的渐进基因网络扰动 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-09 |
The Development of an Effective Bacterial Single-Cell Lysis Method Suitable for Whole Genome Amplification in Microfluidic Platforms
2018-Jul-25, Micromachines
IF:3.0Q2
DOI:10.3390/mi9080367
PMID:30424300
|
研究论文 | 本文介绍了一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法 | 提出了一种基于热化学裂解的新协议，能够从革兰氏阳性和革兰氏阴性菌中提取基因组DNA，且不干扰扩增化学 | NA | 开发一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法 | 革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的单细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组DNA | 革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的单细胞，成功率为100% | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
Effects of 3D culturing conditions on the transcriptomic profile of stem-cell-derived neurons
2018-Jul, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-018-0219-9
PMID:30271673
|
研究论文 | 研究了3D培养条件对干细胞衍生神经元转录组特征的影响 | 开发了一种快速生成3D神经元和星形胶质细胞共培养的方法，并使用单细胞测序展示了工程化组织能重现人脑细胞类型的转录模式 | NA | 探究3D培养条件对神经元转录组特征的影响，并为脑疾病开发可行的3D神经组织模型 | 干细胞衍生神经元的转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
High-Throughput Approaches onto Uncover (Epi)Genomic Architecture of Type 2 Diabetes
2018-Jul-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes9080374
PMID:30050001
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综述 | 本文综述了利用高通量方法揭示2型糖尿病的(表观)基因组结构的主要进展 | 利用全基因组关联研究(GWAS)和下一代测序(NGS)技术，揭示了2型糖尿病的常见易感基因和罕见编码遗传变异，以及单细胞测序在人胰腺胰岛中的应用 | NA | 更好地理解2型糖尿病的分子基础 | 2型糖尿病的(表观)基因组结构 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 全基因组关联研究(GWAS), 下一代测序(NGS), 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
High-resolution transcriptional dissection of in vivo Atoh1-mediated hair cell conversion in mature cochleae identifies Isl1 as a co-reprogramming factor
2018-07, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1007552
PMID:30063705
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了Atoh1在成熟耳蜗中诱导非感觉支持细胞转化为毛细胞的过程，并发现Isl1作为共重编程因子可以提高转化效率 | 首次通过高分辨率转录组分析揭示了Atoh1和Isl1共同表达可以提高毛细胞转化效率 | 转化效率仍然较低，且功能性目标细胞的产生仍具挑战 | 研究如何提高体内分化细胞直接转化的效率并产生功能性目标细胞 | 小鼠耳蜗中的非感觉支持细胞和毛细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个时间点的整个小鼠感觉上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
PBMC fixation and processing for Chromium single-cell RNA sequencing
2018-07-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-018-1578-4
PMID:30016977
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研究论文 | 本文介绍了一种使用甲醇固定和新的处理方法来保存人外周血单个核细胞（PBMCs）进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析的方法。 | 本文首次提出使用甲醇固定PBMCs并成功应用于10× Chromium单细胞RNA测序平台，解决了传统使用活细胞进行单细胞测序时细胞应激和复杂研究设计受限的问题。 | NA | 开发一种新的细胞固定和处理方法，以提高单细胞实验设计的复杂性和有效性。 | 人外周血单个核细胞（PBMCs）及其他固定原代细胞类型和细胞系。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptome profiling of retinal ganglion cells identifies cellular subtypes
2018-07-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05134-3
PMID:30018341
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了6225个视网膜神经节细胞，并使用聚类算法将其分为40个亚型 | 发现了额外的亚型和标记物，并预测了转录因子在指定RGC亚型中的合作 | NA | 识别视网膜神经节细胞的细胞亚型 | 视网膜神经节细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 基因表达数据 | 6225个视网膜神经节细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Differences in Cell Cycle Status Underlie Transcriptional Heterogeneity in the HSC Compartment
2018-07-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.06.057
PMID:30021172
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研究论文 | 本研究通过特征化视黄酸（RA）报告鼠系，进一步解析造血干细胞（HSC）隔室，发现RA-CFP-dim HSCs主要为非增殖状态，并具有更优的植入潜能 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了细胞周期活动是HSC转录异质性的主要驱动因素，并展示了RA-CFP报告鼠系在分离优质HSC中的应用 | NA | 解析HSC隔室的异质性 | 造血干细胞（HSCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过1,200个HSCs | NA | NA | NA | NA |