单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Slingshot: cell lineage and pseudotime inference for single-cell transcriptomics 2018-Jun-19, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-018-4772-0 PMID:29914354	研究论文	介绍了一种名为Slingshot的新方法，用于从单细胞基因表达数据中推断细胞谱系和伪时间	Slingshot方法结合了处理噪声单细胞数据所需的稳定技术，并能识别多条轨迹	NA	开发一种新的方法来准确推断单细胞转录组数据中的细胞谱系和伪时间	单细胞转录组数据中的细胞谱系和伪时间	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
22	2024-08-09	Prospectively Isolated Tetraspanin+ Neoblasts Are Adult Pluripotent Stem Cells Underlying Planaria Regeneration 2018-06-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.006 PMID:29906446	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞移植技术，首次前瞻性地分离并鉴定了扁虫中的多能干细胞——tspan-1阳性细胞，这些细胞在扁虫再生中起关键作用	首次前瞻性地分离出扁虫中的成体多能干细胞，并揭示了其在再生中的作用	NA	解决长期以来无法前瞻性识别和分离成体多能干细胞的问题	扁虫中的多能干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大量排序的neoblasts
23	2024-08-09	Non-random Mis-segregation of Human Chromosomes 2018-06-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.05.047 PMID:29898405	研究论文	本文通过特定着丝粒成像结合高通量单细胞分析和单细胞测序，展示了在常见处理导致染色体错误分离后，非整倍体发生的非随机性	发现短暂的纺锤体破坏会导致特定染色体的错误分离和非整倍体增加，特别是染色体1和2；发现有丝分裂延迟会削弱着丝粒的凝聚力，促进染色体错误分离	未提及	研究人类染色体错误分离的非随机性及其对非整倍体研究的影响	人类染色体的错误分离和非整倍体	NA	NA	成像技术，高通量单细胞分析，单细胞测序	NA	图像，序列数据	未提及具体数量
24	2024-08-09	Transcriptome analysis highlights nuclear control of chloroplast development in the shoot apex 2018-06-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-27305-4 PMID:29892011	研究论文	本研究使用激光捕获显微切割和单细胞RNA测序技术，分析了番茄幼苗顶端分生组织中叶绿体发育途径的转录组变化	揭示了在顶端分生组织中包含干细胞的区域已经存在不同叶绿体功能的转录本，并观察到编码叶绿体核糖体蛋白和参与光合作用、光保护及活性氧解毒蛋白的基因大规模上调	NA	研究双子叶植物中未成熟质体分化为具有光合作用能力的叶绿体的关键发育过程	番茄幼苗顶端分生组织中的叶绿体发育	NA	NA	激光捕获显微切割和单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
25	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Thymus Organogenesis Resolves Cell Types and Developmental Maturation 2018-06-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.04.015 PMID:29884461	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了一个胸腺器官发生的高分辨率转录组图谱，解析了细胞类型和发育成熟过程	首次在单细胞分辨率下全面捕捉胸腺器官发生的转录组框架，并揭示了胸腺上皮细胞的成熟动态及其在暴露于外源视黄酸时的内在能力	NA	研究胸腺发育的关键过程，并为生物学发现和胸腺器官发生的分子分析提供转录组框架	胸腺发育过程中的细胞类型和发育成熟	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	24,279个细胞
26	2024-08-09	SINC-seq: correlation of transient gene expressions between nucleus and cytoplasm reflects single-cell physiology 2018-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1446-9 PMID:29871653	research paper	本文报道了一种微流控系统，该系统能够从单个细胞中物理分离核RNA（nucRNA）和细胞质RNA（cytRNA），并实现单细胞整合的nucRNA和cytRNA测序（SINC-seq）	SINC-seq构建了每个细胞的两个独立的RNA-seq文库，nucRNA和cytRNA，量化了亚细胞区室的基因表达，并将它们结合起来创建了新颖的单细胞RNA-seq数据	NA	利用SINC-seq发现细胞质RNA和核RNA之间的相关性的不同性质，这些性质反映了单细胞的瞬态生理状态	单个细胞的核RNA和细胞质RNA	NA	NA	SINC-seq	NA	RNA-seq	单个细胞
27	2024-08-09	Progressive Recruitment of Mesenchymal Progenitors Reveals a Time-Dependent Process of Cell Fate Acquisition in Mouse and Human Nephrogenesis 2018-06-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.05.010 PMID:29870722	研究论文	本文通过高分辨率图像分析和三维重建技术，研究了人类和小鼠肾脏发育过程中间充质前体细胞向肾单位前体细胞的渐进性招募过程	提出了一个时间依赖性的招募模型，用于解释肾单位极性和模式化的形成	NA	揭示人类和小鼠肾脏发育中细胞命运获取的时间依赖性过程	人类和小鼠的肾脏发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
28	2024-08-09	Identification and characterization of HIV-specific resident memory CD8+ T cells in human lymphoid tissue 2018-06-01, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aar4526 PMID:29858286	研究论文	研究通过比较血液、胸导管淋巴液和淋巴组织中CD8 T细胞的特性，揭示了HIV特异性记忆CD8 T细胞在淋巴组织中的存在和特征	首次展示了淋巴组织中HIV特异性记忆CD8 T细胞的表型、转录和表观遗传特征，并发现这些细胞在自发控制HIV复制的个体中富集了效应相关免疫基因	研究主要集中在淋巴组织，未涉及其他可能影响HIV特异性CD8 T细胞分布的组织	探讨HIV感染中CD8 T细胞介导的保护机制，特别是在淋巴组织中的作用	HIV特异性记忆CD8 T细胞在淋巴组织中的分布和特性	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及不同物种的血液、胸导管淋巴液和淋巴组织样本
29	2024-08-09	Tracing the temporal-spatial transcriptome landscapes of the human fetal digestive tract using single-cell RNA-sequencing 2018-06, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-018-0105-4 PMID:29802404	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了人类胎儿消化道主要器官（包括食道、胃、小肠和大肠）在6至25周妊娠期以及成人大肠的转录组时空景观	首次系统揭示了这些细胞类型的关键生物学特征，包括发育过程、信号传导途径、细胞周期、营养消化吸收代谢及转录因子网络，并通过比较胚胎和成人阶段的转录组轮廓，深入研究了大肠的分化与成熟过程	NA	研究人类胎儿消化道及成人大肠的基因调控网络	人类胎儿消化道的主要器官及成人大肠	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	共分析了5,227个单个细胞，并清晰识别了40种细胞类型
30	2024-08-09	Isolation and genome sequencing of individual circulating tumor cells using hydrogel encapsulation and laser capture microdissection 2018-06-12, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc00184g PMID:29762619	研究论文	本文开发了一种结合生物物理富集和激光捕获显微切割（LCM）的单细胞样品制备和基因组测序流程，用于从循环肿瘤细胞（CTCs）中进行基因组分析	通过在水凝胶矩阵中封装富集的CTC样品，提高了LCM单细胞分离的效率，并兼容下游测序	单细胞测序技术在分离单个CTCs时存在细胞损失和操作困难、耗时的问题	开发一种新的方法来克服CTCs基因型鉴定的挑战，特别是解决白细胞污染和肿瘤细胞亚群异质性的问题	循环肿瘤细胞（CTCs）及其基因组	数字病理学	前列腺癌	激光捕获显微切割（LCM）	NA	基因组数据	单个患者的单个CTCs和无细胞DNA（cfDNA）
31	2024-08-09	The Polycomb-Dependent Epigenome Controls β Cell Dysfunction, Dedifferentiation, and Diabetes 2018-Jun-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2018.04.013 PMID:29754954	研究论文	本文通过结合深度表观基因组映射和单细胞转录组学，研究了染色质失调在2型糖尿病中的作用	发现了两种染色质状态特征，追踪了小鼠和人类β细胞功能障碍，并表明PRC2失调对疾病有贡献	NA	探索染色质机制在复杂疾病易感性和进展中的作用	2型糖尿病中的染色质失调	表观遗传学	糖尿病	深度表观基因组映射，单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠和人类样本
32	2024-08-09	Single cell transcriptomics in neuroscience: cell classification and beyond 2018-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2018.04.021 PMID:29738987	综述	本文综述了单细胞转录组学在神经科学中细胞分类及其相关应用的研究进展	单细胞转录组学的应用有助于发现不同细胞类型中差异表达的基因，从而深入理解细胞功能并实现对特定细胞类型的访问	NA	探讨单细胞转录组学在神经科学中的应用，特别是细胞分类及其相关研究	神经科学中的细胞分类及其相关研究	自然语言处理	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
33	2024-08-09	Single-cell sequencing reveals the origin and the order of mutation acquisition in T-cell acute lymphoblastic leukemia 2018-06, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-018-0127-8 PMID:29740158	研究论文	本研究利用靶向单细胞测序技术，分析了四例T细胞急性淋巴母细胞白血病（T-ALL）患者的骨髓细胞和CD34CD38多能祖细胞，揭示了T-ALL中突变获取的顺序及其起源	开发了一种基于图的算法来确定突变获取的顺序，并首次展示了T-ALL发展可能始于多能祖细胞	研究样本仅限于四例T-ALL患者，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	探究T细胞急性淋巴母细胞白血病中突变获取的顺序及其起源	T细胞急性淋巴母细胞白血病患者的骨髓细胞和CD34CD38多能祖细胞	数字病理学	血液病	单细胞测序	NA	基因组数据	四例T-ALL患者
34	2024-08-09	Marsarchaeota are an aerobic archaeal lineage abundant in geothermal iron oxide microbial mats 2018-06, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0163-1 PMID:29760463	研究论文	本文报道了在黄石国家公园的多种热化学环境中的铁氧化物微生物垫中发现并描述了一个新的门级古菌系，命名为'火星古菌（Marsarchaeota）'。	首次发现并描述了火星古菌，这是一种在微氧环境下富集于酸性铁氧化物微生物垫中的古菌，可能参与铁的还原过程。	NA	探索和理解古菌在地球生命树和进化历史中的作用。	火星古菌及其在铁氧化物微生物垫中的生态和生物化学角色。	微生物学	NA	宏基因组学，单细胞测序，富集培养，原位转录分析	NA	基因组数据，转录组数据	多个铁氧化物微生物垫样本
35	2024-08-09	bigSCale: an analytical framework for big-scale single-cell data 2018-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.230771.117 PMID:29724792	研究论文	bigSCale是一个可扩展的分析框架，用于处理大规模单细胞数据集	bigSCale通过使用大样本量来估计噪声的准确数值模型，并采用定向卷积策略处理极大数据集，同时保留单个细胞的转录信息	NA	开发一个能够有效分析大规模单细胞数据集的分析框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	130万细胞
36	2024-08-09	Neuronal atlas of the dorsal horn defines its architecture and links sensory input to transcriptional cell types 2018-06, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-018-0141-1 PMID:29686262	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对小鼠脊髓背角的感觉神经元进行分类，揭示了其分子亚型和层级结构	首次系统地对脊髓背角的神经元进行分子分类，并将其与解剖结构和感觉刺激响应联系起来	NA	揭示脊髓背角神经元的分子亚型及其在感觉处理中的作用	小鼠脊髓背角的感觉神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	15种抑制性和15种兴奋性神经元分子亚型
37	2024-08-09	Whole-kidney single-cell transcriptomics identifies new cell types 2018-06, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-018-0013-7 PMID:29695753	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
38	2024-08-09	The dynamics of gene expression in vertebrate embryogenesis at single-cell resolution 2018-06-01, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aar5780 PMID:29700227	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，分析了从受精卵激活到早期器官形成阶段的蛙胚胎发育过程，揭示了脊椎动物发育中的细胞状态和分化路径	本文通过整合蛙和斑马鱼的发育数据，揭示了脊椎动物早期发育基因表达程序的保守性和差异性，并重新评估了神经嵴发育模型	NA	研究脊椎动物胚胎发育过程中的基因表达动态	蛙和斑马鱼的胚胎发育	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	蛙和斑马鱼的胚胎样本
39	2024-08-09	Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo 2018-06-01, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aar4362 PMID:29700229	research paper	本文利用单细胞RNA测序技术对斑马鱼胚胎发育初期的超过92,000个细胞进行基因表达图谱和细胞谱系分析	开发了一种基于转座子的条形码技术（TracerSeq）来重建单细胞谱系历史，并验证了细胞命运在细胞状态景观中的限制性	NA	探索脊椎动物发育和疾病的系统性研究	斑马鱼胚胎的细胞分化层次	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	graph-based approach	细胞数据	超过92,000个细胞
40	2024-08-09	Simultaneous lineage tracing and cell-type identification using CRISPR-Cas9-induced genetic scars 2018-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4124 PMID:29644996	研究论文	本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略，通过结合单细胞RNA测序和基因组编辑产生的谱系条码的计算分析，实现了同时进行谱系追踪和转录组分析	LINNAEUS策略能够同时进行谱系追踪和转录组分析，为理解细胞发育起源提供了系统的方法	NA	理解单个细胞如何转变为包含多种不同细胞类型的成熟生物体	斑马鱼幼体以及成鱼的心脏、肝脏、胰腺和端脑中的细胞类型	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个单细胞