单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	A Single-Cell Approach to the Elusive Latent Human Cytomegalovirus Transcriptome 2018-06-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.01001-18 PMID:29895640	研究论文	本研究探讨了人类巨型细胞病毒潜伏转录组的单细胞RNA测序特点	通过单细胞RNA测序定义了人类巨型细胞病毒潜伏期的转录组特征	在潜伏期的定义和单细胞RNA测序分析中存在众多挑战	探讨人类巨型细胞病毒的潜伏转录组特征	关注于宿主内不同的细胞亚群体及其潜伏感染	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
2	2024-08-05	Genetic identification of brain cell types underlying schizophrenia 2018-06, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-018-0129-5 PMID:29785013	研究论文	本研究评估了与精神分裂症相关的基因组位点是否映射到特定的大脑细胞类型上	首次将精神分裂症的常见变异基因组结果与特定的大脑神经元类型相对应	该研究未详细探讨胚胎、前体或胶质细胞的作用	研究精神分裂症的遗传基础与大脑细胞类型之间的关系	主要关注神经元类型，特别是锥体细胞和中型棘突神经元	数字病理学	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
3	2024-08-05	A virus or more in (nearly) every cell: ubiquitous networks of virus-host interactions in extreme environments 2018-06, The ISME journal DOI:10.1038/s41396-018-0071-7 PMID:29467398	研究论文	本研究使用单细胞测序和环境宏基因组学，解析黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒-宿主关联结构	通过结合宏病毒组学和单细胞基因组学，展示了极端环境中病毒-宿主相互作用的网络，并发现大多数细胞中存在多种病毒类型	研究仅在黄石国家公园一个特定环境中进行，可能不适用于其他环境的病毒-宿主关系研究	探讨病毒和宿主之间在极端环境中广泛的相互作用	黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒和宿主细胞	微生物组学	NA	单细胞测序，环境宏基因组学	NA	微生物组数据	NA
4	2024-08-05	Single-cell profiling of peanut-responsive T cells in patients with peanut allergy reveals heterogeneous effector TH2 subsets 2018-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2017.11.060 PMID:29408715	研究论文	该研究系统性地表征了花生特异性T细胞在花生过敏患者外周血中的表型。	首次发现花生过敏患者中存在多种效应性TH2亚群，并识别出与调节性T细胞相关的CD154表达变化。	研究主要集中在特定患者人群，结果可能不适用于其他类型的过敏或不同的种族人群。	全面表征花生特异性T细胞在花生过敏患者中的作用及其表型变化。	花生过敏患者及健康对照者的外周血样本中的花生反应性T细胞。	数字病理学	花生过敏	单细胞RNA测序	NA	样本细胞	包括花生过敏患者、健康对照者及高阈值个体的多个样本
5	2024-08-05	High-Throughput Screening Enhances Kidney Organoid Differentiation from Human Pluripotent Stem Cells and Enables Automated Multidimensional Phenotyping 2018-Jun-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.04.022 PMID:29779890	研究论文	本文提出了一种全自动化的高通量筛选平台，用于增强人类肾脏类器官的分化和表型分析	开发了一个完全自动化且兼容高通量筛选的系统，能够在21天内实现从培养到分析的全流程自动化	未提及任何特定的限制	研究人类肾脏类器官的分化和多维表型筛选	人类诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官	数字病理学	肾囊性疾病	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
6	2024-08-07	Non-inflammatory tumor microenvironment of diffuse intrinsic pontine glioma 2018-06-28, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-018-0553-x PMID:29954445	研究论文	本文比较了弥漫性内在脑桥胶质瘤（DIPG）和成人胶质母细胞瘤（GBM）的炎症特征	发现DIPG的肿瘤微环境具有较低的炎症特征，与成人GBM有显著差异	NA	探讨DIPG与成人GBM在炎症环境上的差异，为免疫治疗提供依据	DIPG和成人GBM的肿瘤微环境炎症特征	数字病理学	儿童中枢神经系统恶性肿瘤	RNA测序	NA	RNA	DIPG和成人GBM的肿瘤样本
7	2024-08-07	zUMIs - A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs 2018-06-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giy059 PMID:29846586	研究论文	zUMIs是一个快速灵活的流程，用于处理带有UMIs的RNA测序数据	zUMIs能够处理已知和随机的BCs，并有效折叠UMIs，还具有自适应降采样功能，有助于处理差异巨大的文库大小	NA	开发一个适用于使用BCs和UMIs的主要scRNA-seq协议的数据处理流程	单细胞RNA测序数据	测序技术	NA	RNA-seq	NA	文本	数百或数千个细胞
8	2024-08-07	Absence of NEFL in patient-specific neurons in early-onset Charcot-Marie-Tooth neuropathy 2018-Jun, Neurology. Genetics DOI:10.1212/NXG.0000000000000244 PMID:29888333	研究论文	本研究使用患者特异性神经元培养物，探讨了神经丝轻链（NEFL）隐性无义突变在早发性夏科-马里-图斯（CMT）疾病中的分子遗传机制	首次展示了隐性无义突变导致NEFL mRNA几乎完全丢失，进而导致患者培养神经元中NEFL蛋白完全缺失，并提出神经丝积累可能是模拟NEFL缺失的一种机制	研究仅基于单一患者样本，可能存在样本代表性不足的问题	探究NEFL隐性无义突变在早发性CMT疾病中的分子遗传机制	患者特异性神经元培养物	NA	神经退行性疾病	定量PCR、蛋白质分析、免疫细胞化学、电子显微镜、单细胞转录组学	NA	mRNA、蛋白质	单一患者样本
9	2024-08-07	DrImpute: imputing dropout events in single cell RNA sequencing data 2018-06-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-018-2226-y PMID:29884114	研究论文	本文介绍了DrImpute算法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失事件	DrImpute在区分真实零值和缺失零值方面表现优于现有的填补算法	NA	开发一种新的算法来处理单细胞RNA测序数据中的缺失事件	单细胞RNA测序数据中的缺失事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	九个已发表的单细胞RNA测序数据集
10	2024-08-07	Harnessing single-cell genomics to improve the physiological fidelity of organoid-derived cell types 2018-06-05, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-018-0527-2 PMID:29871632	研究论文	本文介绍了一种利用大规模并行单细胞RNA测序技术比较体内外细胞类型和状态的方法，并利用这些差异来提高体外模型的生理忠实度	提出了一种系统的方法来识别体外模型的局限性并提高其生理忠实度，特别是针对肠道类器官中的潘氏细胞	尚未测试类器官衍生的细胞类型在多大程度上重现了体内的对应细胞	提高体外模型的生理忠实度，以便更好地进行功能性研究	肠道类器官中的潘氏细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组学、细胞学、形态学和蛋白质组学数据	大规模并行单细胞RNA测序
11	2024-08-07	Neural lineage tracing in the mammalian brain 2018-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2017.10.013 PMID:29125960	综述	本文综述了利用基因标记技术在哺乳动物神经系统中追踪神经细胞谱系的应用	近期基因编辑和单细胞测序技术的进步使得谱系分析在规模、速度和深度上达到了前所未有的水平	对于复杂系统，完全实现单个细胞谱系仍然具有挑战性	探讨神经细胞谱系追踪技术在理解大脑发育、组织和功能中的应用	哺乳动物大脑中的神经细胞谱系	NA	NA	基因编辑和单细胞测序	NA	NA	NA
12	2024-08-07	Classes and continua of hippocampal CA1 inhibitory neurons revealed by single-cell transcriptomics 2018-06, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2006387 PMID:29912866	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析了海马CA1区抑制性神经元的多样性	揭示了10个主要的GABA能神经元群和49个细粒度集群，并发现连续变异在描述这些细胞多样性中的重要性	研究仅限于海马CA1区的抑制性神经元，未涵盖其他脑区或神经元类型	探索海马CA1区抑制性神经元的分类及其多样性	海马CA1区的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	3,663个CA1区抑制性细胞
13	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveal the dynamic of haematopoietic stem cell production in the aorta 2018-06-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04893-3 PMID:29955049	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了小鼠胚胎主动脉中的非造血内皮细胞、造血内皮细胞、正在经历内皮-造血转化的细胞、主动脉内造血簇细胞及其整体，揭示了造血干细胞产生的动态过程。	本研究首次提供了完整的资源，深入研究体内造血干细胞的生成，并为进一步改善体外造血干细胞生产提供了基础。	NA	研究造血干细胞在体内的生成过程及其分子调控机制。	小鼠胚胎主动脉中的非造血内皮细胞、造血内皮细胞、正在经历内皮-造血转化的细胞、主动脉内造血簇细胞及其整体。	数字病理学	血液相关疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自小鼠胚胎主动脉的多种细胞类型样本
14	2024-08-07	Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching mutual nearest neighbors 2018-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4091 PMID:29608177	research paper	本文提出了一种基于高维表达空间中互最近邻（MNNs）检测的批量效应校正策略，用于大规模单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	本文的方法不依赖于预定义或跨批次的等同群体组成，只需要部分群体在批次间共享	NA	解决不同实验室和时间产生的大规模单细胞RNA测序数据集中的批量效应问题	单细胞RNA测序数据集中的批量效应	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	expression data	多个基于液滴的单细胞RNA测序数据集，涉及大量细胞
15	2024-08-09	Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity 2018-06-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04724-5 PMID:29925878	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究多焦点前列腺癌中的组织间基因表达异质性	采用了一种新的反卷积方法分析了近6750个组织区域的转录组，提取了不同组织成分的独特表达谱	NA	揭示前列腺癌转录组的空间异质性，为未来的研究提供参考	多焦点前列腺癌的基因表达异质性	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	近6750个组织区域
16	2024-08-09	dropEst: pipeline for accurate estimation of molecular counts in droplet-based single-cell RNA-seq experiments 2018-06-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1449-6 PMID:29921301	研究论文	本文介绍了一种用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据的可扩展管道dropEst，该管道实现了条形码校正、细胞质量分类和液滴库的诊断信息	引入了先进的组合偏差和测序错误校正方法，以提供更准确的单个细胞中分子计数的估计	NA	开发一种用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据的可扩展管道	基于液滴的单细胞RNA测序数据	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个单个细胞
17	2024-08-09	Gene expression profiling of periodontitis-affected gingival tissue by spatial transcriptomics 2018-06-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-27627-3 PMID:29921943	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对牙周炎影响下的牙龈组织进行基因表达分析，揭示了不同区域的基因表达特征	首次结合RNA测序与组织学分析，使用空间转录组学技术对牙周炎牙龈组织进行基因表达的定量与定位	NA	旨在表征牙周炎影响下牙龈组织的基因表达	牙周炎影响下的牙龈组织	数字病理学	牙周病	空间转录组学	NA	RNA序列	牙龈组织样本
18	2024-08-09	Single-cell whole-genome sequencing identifies human papillomavirus integration in cervical tumour cells prior to and following radiotherapy 2018-Jun, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2018.8567 PMID:29928338	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序技术，分析了一位46岁女性宫颈癌患者在接受放疗前后采集的宫颈细胞，揭示了人乳头瘤病毒（HPV）在宫颈肿瘤细胞中的整合情况及其对放疗的响应	首次通过单细胞全基因组测序技术揭示了放疗前后宫颈肿瘤细胞中HPV整合的动态变化	样本量较小，仅来自一位患者	探讨单细胞测序技术在揭示宫颈癌中HPV整合及其对放疗响应的应用	宫颈癌患者的宫颈肿瘤细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	25个宫颈细胞（13个来自放疗前，12个来自放疗后）
19	2024-08-09	Exploring the single-cell RNA-seq analysis landscape with the scRNA-tools database 2018-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006245 PMID:29939984	研究论文	本文介绍了scRNA-tools数据库，该数据库用于收集和分类单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工具	创建了scRNA-tools数据库，为研究人员提供了一个方便选择合适分析工具的平台	NA	旨在帮助研究人员更好地导航和选择适合的scRNA-seq分析工具	scRNA-seq分析工具	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
20	2024-08-09	Dissection of Influenza Infection In Vivo by Single-Cell RNA Sequencing 2018-06-27, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.05.008 PMID:29886109	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了体内流感感染下肺组织细胞反应的异质性	揭示了所有主要免疫和非免疫细胞类型中感染细胞的存在，并展示了针对流感感染细胞而非旁观者细胞的新型标志物	NA	探究流感病毒感染下细胞内病毒复制的影响及宿主反应的变异	肺组织细胞对体内流感感染的反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA