单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 51 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveal the dynamic of haematopoietic stem cell production in the aorta
2018-06-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04893-3
PMID:29955049
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了小鼠胚胎主动脉中造血干细胞生成的动态过程 | 首次在体内完整解析了造血干细胞生成过程中内皮细胞向造血细胞转变及主动脉内造血细胞簇形成的分子事件 | 研究仅限于小鼠胚胎模型，人类系统中的适用性需要进一步验证 | 深入理解造血干细胞在体内生成的分子机制 | 小鼠胚胎主动脉中的非造血内皮细胞、造血内皮细胞、内皮-造血转化细胞、主动脉内造血细胞簇细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 从小鼠胚胎主动脉分离的多种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Dissection of Influenza Infection In Vivo by Single-Cell RNA Sequencing
2018-06-27, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.05.008
PMID:29886109
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析流感病毒感染过程中肺组织细胞的异质性反应 | 首次在单细胞水平同时分析病毒和宿主转录组，揭示旁观者细胞与感染细胞的差异，并发现流感感染特异性新标志物 | NA | 研究流感病毒感染过程中不同细胞类型的宿主反应异质性 | 流感病毒感染的小鼠肺组织细胞 | 单细胞组学 | 流感病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Genetic identification of brain cell types underlying schizophrenia
2018-06, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-018-0129-5
PMID:29785013
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别精神分裂症相关的特定脑细胞类型 | 首次将精神分裂症的基因组位点与特定脑细胞类型进行系统性映射，发现风险基因主要集中于特定神经元类型 | 研究主要基于常见变异，未深入探讨罕见变异的作用；细胞类型分析可能存在技术局限性 | 确定精神分裂症遗传基础所对应的特定脑细胞类型 | 人脑细胞类型及其基因表达谱 | 基因组学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Classes and continua of hippocampal CA1 inhibitory neurons revealed by single-cell transcriptomics
2018-06, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.2006387
PMID:29912866
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示海马CA1区抑制性神经元的分类谱系和连续变异模式 | 发现抑制性神经元多样性不仅需要离散分类描述，还需要连续变异模式；识别出3个先前被认为不同的细胞类型实际上相同；通过潜在因子分析揭示单个连续变量可预测多个基因表达水平 | 研究仅聚焦于海马CA1区，结果可能无法直接推广到其他脑区；样本量相对有限（3,663个细胞） | 解析海马CA1区抑制性神经元的分子分类和多样性特征 | 小鼠海马CA1区的GABA能抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | 潜在因子分析 | 单细胞转录组数据 | 3,663个CA1抑制性细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching mutual nearest neighbors
2018-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4091
PMID:29608177
|
研究论文 | 提出一种基于互近邻匹配的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法 | 不依赖预定义的细胞群体组成或批次间相同群体组成的假设，仅要求批次间共享部分细胞群体 | NA | 开发单细胞RNA测序数据批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互近邻匹配算法 | 基因表达数据 | 模拟和真实单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序,液滴式单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals the origin and the order of mutation acquisition in T-cell acute lymphoblastic leukemia
2018-06, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-018-0127-8
PMID:29740158
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示T细胞急性淋巴细胞白血病中突变获取的起源和顺序 | 首次使用靶向单细胞测序技术结合图论算法解析T-ALL突变获取顺序，发现白血病发展可从多能祖细胞起始 | 仅分析了4例T-ALL病例，样本量较小 | 探究T-ALL中突变获取的顺序和起源细胞 | T细胞急性淋巴细胞白血病患者 | 单细胞基因组学 | 白血病 | 靶向单细胞测序 | 图论算法 | 基因组测序数据 | 4例T-ALL病例 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Simultaneous lineage tracing and cell-type identification using CRISPR-Cas9-induced genetic scars
2018-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4124
PMID:29644996
|
研究论文 | 提出一种结合CRISPR-Cas9基因编辑与单细胞RNA测序的技术，实现单细胞谱系追踪与细胞类型鉴定同步进行 | 开发LINNAEUS技术，通过核酸酶激活的通用序列编辑实现数千个单细胞中谱系追踪与转录组分析同步完成 | NA | 理解单个细胞如何发育成包含多种细胞类型的完整生物体 | 斑马鱼幼体和成体的心脏、肝脏、胰腺及端脑组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑, 谱系条形码计算分析 | NA | 单细胞转录组数据, 基因编辑条形码数据 | 数千个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional profiling: a window into embryonic cell-type specification
2018-06, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-018-0002-5
PMID:29666443
|
综述 | 本文综述单细胞转录组分析技术在胚胎发育研究中的应用与进展 | 系统整合单细胞转录组学与成像技术的最新进展，并概述相关生物信息学分析方法 | 未明确说明具体技术限制，但提及单细胞研究面临的当前挑战 | 探讨单细胞技术如何促进对哺乳动物胚胎发育过程中细胞命运决定机制的理解 | 哺乳动物早期胚胎发育过程中的细胞谱系分化 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、成像技术 | NA | 单细胞转录组数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
A Single-Cell Approach to the Elusive Latent Human Cytomegalovirus Transcriptome
2018-06-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.01001-18
PMID:29895640
|
研究论文 | 本研究探讨了人类巨型细胞病毒潜伏转录组的单细胞RNA测序特点 | 通过单细胞RNA测序定义了人类巨型细胞病毒潜伏期的转录组特征 | 在潜伏期的定义和单细胞RNA测序分析中存在众多挑战 | 探讨人类巨型细胞病毒的潜伏转录组特征 | 关注于宿主内不同的细胞亚群体及其潜伏感染 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-05 |
A virus or more in (nearly) every cell: ubiquitous networks of virus-host interactions in extreme environments
2018-06, The ISME journal
DOI:10.1038/s41396-018-0071-7
PMID:29467398
|
研究论文 | 本研究使用单细胞测序和环境宏基因组学，解析黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒-宿主关联结构 | 通过结合宏病毒组学和单细胞基因组学，展示了极端环境中病毒-宿主相互作用的网络，并发现大多数细胞中存在多种病毒类型 | 研究仅在黄石国家公园一个特定环境中进行，可能不适用于其他环境的病毒-宿主关系研究 | 探讨病毒和宿主之间在极端环境中广泛的相互作用 | 黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒和宿主细胞 | 微生物组学 | NA | 单细胞测序，环境宏基因组学 | NA | 微生物组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-05 |
Single-cell profiling of peanut-responsive T cells in patients with peanut allergy reveals heterogeneous effector TH2 subsets
2018-06, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2017.11.060
PMID:29408715
|
研究论文 | 该研究系统性地表征了花生特异性T细胞在花生过敏患者外周血中的表型。 | 首次发现花生过敏患者中存在多种效应性TH2亚群，并识别出与调节性T细胞相关的CD154表达变化。 | 研究主要集中在特定患者人群，结果可能不适用于其他类型的过敏或不同的种族人群。 | 全面表征花生特异性T细胞在花生过敏患者中的作用及其表型变化。 | 花生过敏患者及健康对照者的外周血样本中的花生反应性T细胞。 | 数字病理学 | 花生过敏 | 单细胞RNA测序 | NA | 样本细胞 | 包括花生过敏患者、健康对照者及高阈值个体的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-05 |
High-Throughput Screening Enhances Kidney Organoid Differentiation from Human Pluripotent Stem Cells and Enables Automated Multidimensional Phenotyping
2018-Jun-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.04.022
PMID:29779890
|
研究论文 | 本文提出了一种全自动化的高通量筛选平台，用于增强人类肾脏类器官的分化和表型分析 | 开发了一个完全自动化且兼容高通量筛选的系统，能够在21天内实现从培养到分析的全流程自动化 | 未提及任何特定的限制 | 研究人类肾脏类器官的分化和多维表型筛选 | 人类诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾囊性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-07 |
Non-inflammatory tumor microenvironment of diffuse intrinsic pontine glioma
2018-06-28, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-018-0553-x
PMID:29954445
|
研究论文 | 本文比较了弥漫性内在脑桥胶质瘤（DIPG）和成人胶质母细胞瘤（GBM）的炎症特征 | 发现DIPG的肿瘤微环境具有较低的炎症特征，与成人GBM有显著差异 | NA | 探讨DIPG与成人GBM在炎症环境上的差异，为免疫治疗提供依据 | DIPG和成人GBM的肿瘤微环境炎症特征 | 数字病理学 | 儿童中枢神经系统恶性肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | DIPG和成人GBM的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
zUMIs - A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs
2018-06-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giy059
PMID:29846586
|
研究论文 | zUMIs是一个快速灵活的流程，用于处理带有UMIs的RNA测序数据 | zUMIs能够处理已知和随机的BCs，并有效折叠UMIs，还具有自适应降采样功能，有助于处理差异巨大的文库大小 | NA | 开发一个适用于使用BCs和UMIs的主要scRNA-seq协议的数据处理流程 | 单细胞RNA测序数据 | 测序技术 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | 数百或数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
Absence of NEFL in patient-specific neurons in early-onset Charcot-Marie-Tooth neuropathy
2018-Jun, Neurology. Genetics
DOI:10.1212/NXG.0000000000000244
PMID:29888333
|
研究论文 | 本研究使用患者特异性神经元培养物，探讨了神经丝轻链（NEFL）隐性无义突变在早发性夏科-马里-图斯（CMT）疾病中的分子遗传机制 | 首次展示了隐性无义突变导致NEFL mRNA几乎完全丢失，进而导致患者培养神经元中NEFL蛋白完全缺失，并提出神经丝积累可能是模拟NEFL缺失的一种机制 | 研究仅基于单一患者样本，可能存在样本代表性不足的问题 | 探究NEFL隐性无义突变在早发性CMT疾病中的分子遗传机制 | 患者特异性神经元培养物 | NA | 神经退行性疾病 | 定量PCR、蛋白质分析、免疫细胞化学、电子显微镜、单细胞转录组学 | NA | mRNA、蛋白质 | 单一患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-07 |
DrImpute: imputing dropout events in single cell RNA sequencing data
2018-06-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-018-2226-y
PMID:29884114
|
研究论文 | 本文介绍了DrImpute算法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | DrImpute在区分真实零值和缺失零值方面表现优于现有的填补算法 | NA | 开发一种新的算法来处理单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | 单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 九个已发表的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Harnessing single-cell genomics to improve the physiological fidelity of organoid-derived cell types
2018-06-05, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-018-0527-2
PMID:29871632
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用大规模并行单细胞RNA测序技术比较体内外细胞类型和状态的方法，并利用这些差异来提高体外模型的生理忠实度 | 提出了一种系统的方法来识别体外模型的局限性并提高其生理忠实度，特别是针对肠道类器官中的潘氏细胞 | 尚未测试类器官衍生的细胞类型在多大程度上重现了体内的对应细胞 | 提高体外模型的生理忠实度，以便更好地进行功能性研究 | 肠道类器官中的潘氏细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学、细胞学、形态学和蛋白质组学数据 | 大规模并行单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Neural lineage tracing in the mammalian brain
2018-06, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2017.10.013
PMID:29125960
|
综述 | 本文综述了利用基因标记技术在哺乳动物神经系统中追踪神经细胞谱系的应用 | 近期基因编辑和单细胞测序技术的进步使得谱系分析在规模、速度和深度上达到了前所未有的水平 | 对于复杂系统，完全实现单个细胞谱系仍然具有挑战性 | 探讨神经细胞谱系追踪技术在理解大脑发育、组织和功能中的应用 | 哺乳动物大脑中的神经细胞谱系 | NA | NA | 基因编辑和单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity
2018-06-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04724-5
PMID:29925878
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研究论文 | 本文利用空间转录组学技术研究多焦点前列腺癌中的组织间基因表达异质性 | 采用了一种新的反卷积方法分析了近6750个组织区域的转录组，提取了不同组织成分的独特表达谱 | NA | 揭示前列腺癌转录组的空间异质性，为未来的研究提供参考 | 多焦点前列腺癌的基因表达异质性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 近6750个组织区域 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
dropEst: pipeline for accurate estimation of molecular counts in droplet-based single-cell RNA-seq experiments
2018-06-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1449-6
PMID:29921301
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据的可扩展管道dropEst，该管道实现了条形码校正、细胞质量分类和液滴库的诊断信息 | 引入了先进的组合偏差和测序错误校正方法，以提供更准确的单个细胞中分子计数的估计 | NA | 开发一种用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据的可扩展管道 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |