单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Cnidarian Cell Type Diversity and Regulation Revealed by Whole-Organism Single-Cell RNA-Seq
2018-05-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.05.019
PMID:29856957
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研究论文 | 通过全生物体单细胞RNA测序揭示刺胞动物细胞类型多样性及其调控机制 | 首次在非两侧对称动物Nematostella vectensis中开展全生物体单细胞转录组分析，整合转录因子表达、染色质分析和序列 motif 识别揭示细胞特异性表达的调控机制 | 研究仅限于单一刺胞动物物种，未与其他动物门类进行广泛比较 | 探索刺胞动物细胞类型多样性及基因调控程序的进化 | 星虫海葵(Nematostella vectensis)的成年和幼体细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，染色质分析，序列motif分析 | NA | 单细胞转录组数据，染色质数据 | 全生物体细胞（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
BGP: identifying gene-specific branching dynamics from single-cell data with a branching Gaussian process
2018-05-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1440-2
PMID:29843817
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研究论文 | 开发了一种名为分支高斯过程(BGP)的非参数模型，用于从单细胞数据中识别基因特异性分支动态 | 能够识别单个基因的分支动态，并为每个基因提供分支时间估计及相关可信区间 | NA | 识别细胞分化过程中的基因特异性分支动态 | 单细胞基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 分支高斯过程(BGP) | 单细胞基因表达数据 | 模拟数据、造血单细胞RNA-seq研究、小鼠胚胎干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴条形码技术 |
| 3 | 2025-10-06 |
Evolution of pallium, hippocampus, and cortical cell types revealed by single-cell transcriptomics in reptiles
2018-05-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aar4237
PMID:29724907
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研究论文 | 通过爬行动物大脑皮层的单细胞转录组学研究揭示了哺乳动物皮层细胞类型的进化起源 | 首次在爬行动物中构建了大脑皮层的单细胞基因表达图谱，揭示了哺乳动物新皮层细胞类型的进化路径 | 仅研究两种爬行动物物种，可能无法完全代表所有羊膜动物的进化特征 | 探究羊膜动物大脑皮层中谷氨酸能和GABA能神经元的进化历程 | 两种爬行动物的大脑皮层细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 两种爬行动物物种的大脑皮层细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
A single-cell hematopoietic landscape resolves 8 lineage trajectories and defects in Kit mutant mice
2018-05-24, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2017-12-821413
PMID:29588278
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析小鼠骨髓造血干祖细胞的8种谱系分化轨迹，并揭示Kit突变小鼠的造血缺陷 | 识别了共同的嗜碱性粒细胞/肥大细胞骨髓祖细胞，并在单细胞水平表征其分子特征 | 研究仅基于小鼠模型，结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 解析造血干祖细胞向特定血液谱系的分化轨迹和系统性疾病解释 | 小鼠骨髓造血干祖细胞 | 单细胞转录组学 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 44,802个小鼠骨髓HSPCs + 13,815个c-Kit突变小鼠HSPCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of Lymph Node Stromal Cells Reveals Niche-Associated Heterogeneity
2018-05-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.04.006
PMID:29752062
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示淋巴结基质细胞的异质性及其在免疫微环境中的功能 | 首次使用液滴单细胞RNA测序技术系统鉴定出9个淋巴结非内皮基质细胞亚群，包括多个新型基质细胞类型 | 研究仅关注外周淋巴结，未涉及其他淋巴组织；单细胞测序技术本身存在技术限制 | 解析淋巴结基质细胞的多样性及其在免疫微环境中的功能 | 小鼠外周淋巴结基质细胞 | 单细胞组学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 液滴单细胞RNA测序平台 |
| 6 | 2025-10-06 |
Parental haplotype-specific single-cell transcriptomics reveal incomplete epigenetic reprogramming in human female germ cells
2018-05-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04215-7
PMID:29760424
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示人类女性生殖细胞中不完全的表观遗传重编程过程 | 首次结合外显子组测序和单细胞RNA测序，重建完整亲本单倍型并量化全基因组范围内的亲本等位基因特异性表达变化 | 研究仅包含五名供体样本，样本量相对有限 | 探究人类女性生殖细胞中转录和表观遗传重塑的复杂性和细胞间异质性 | 人类女性生殖细胞（包括原始生殖细胞、减数分裂前和减数分裂期细胞） | 单细胞生物学 | NA | 外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 五名人类供体的生殖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Whole-Body Single-Cell Sequencing Reveals Transcriptional Domains in the Annelid Larval Body
2018-05-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msx336
PMID:29373712
|
研究论文 | 通过全幼虫单细胞测序揭示了环节动物幼虫体内的转录域结构 | 首次在环节动物幼虫中通过全身体单细胞测序识别出基于差异基因表达的空间转录域 | 研究仅针对海洋环节动物Platynereis dumerilii的幼虫阶段 | 表征整个动物体内的细胞身份和空间转录组织 | 海洋环节动物Platynereis dumerilii的幼虫细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，全胚胎原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据，空间表达数据 | 从全幼虫中随机挑选的单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Identification of spatial expression trends in single-cell gene expression data
2018-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4634
PMID:29553578
|
研究论文 | 提出了一种基于标记点过程的trendsceek方法，用于识别具有显著空间表达趋势的基因 | 开发了基于标记点过程的创新计算方法，能够识别空间基因表达数据中的统计显著表达趋势 | NA | 开发计算分析策略来处理单细胞分辨率空间基因表达数据 | 空间转录组数据、连续荧光原位杂交数据和单细胞RNA-seq数据的低维投影 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、连续荧光原位杂交、单细胞RNA-seq | 标记点过程 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, 荧光原位杂交 | NA | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing
2018-05-03, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.03.041
PMID:29681456
|
研究论文 | 该文章探讨了三阴性乳腺癌中的化疗耐药性演变 | 该研究使用单细胞测序揭示了耐药基因型的存在与适应选择 | 样本数量较小，仅涉及20名患者，可能限制了结论的普遍性 | 研究三阴性乳腺癌在新辅助化疗中的耐药性机制 | 20名接受新辅助化疗的三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞DNA和RNA测序，整体外显子组测序 | NA | 细胞数据 | 20名三阴性乳腺癌患者，分析900个单细胞和6862个单细胞RNA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-07 |
UMI-count modeling and differential expression analysis for single-cell RNA sequencing
2018-05-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1438-9
PMID:29855333
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研究论文 | 本文通过多个单细胞RNA测序数据集，揭示了读取计数和唯一分子标识符（UMI）计数在基因表达量化方案中的分布差异，并提出了一种基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID）。 | 本文提出了一种新的基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID），该算法在UMI计数中能更好地控制错误发现率（FDR）并提高检测能力。 | NA | 研究单细胞RNA测序中基因表达量化的不同方案，并提出新的差异表达分析算法。 | 单细胞RNA测序数据中的读取计数和UMI计数。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项模型 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
Cell type discovery using single-cell transcriptomics: implications for ontological representation
2018-05-01, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddy100
PMID:29590361
|
综述 | 本文综述了利用单细胞和单核RNA测序技术在人类中枢神经和免疫系统中鉴定细胞类型的最新工作，并讨论了这些发现对参考细胞本体（CL）中细胞类型表示的影响 | 提出了一种基于随机森林机器学习的方法，用于识别必要和充分的标记基因集，这些基因可用于组装一致且可重复的细胞类型定义，以便纳入CL | NA | 探讨单细胞转录组学在细胞类型发现中的应用及其对细胞本体表示的影响 | 人类中枢神经和免疫系统中的细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-09 |
An Ultrahigh-throughput Microfluidic Platform for Single-cell Genome Sequencing
2018-05-23, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/57598
PMID:29889211
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用微流控液滴技术进行单细胞基因组测序的方法（SiC-seq） | 该方法通过微流控技术实现了单细胞基因组的高通量分离、扩增和条形码标记 | NA | 开发一种高通量、低偏差的单细胞测序方法，以支持针对多样细胞群体的基因组研究 | 单细胞基因组 | 基因组学 | NA | 微流控技术 | NA | 基因组数据 | 每次运行可测序超过50,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-09 |
Interpretable dimensionality reduction of single cell transcriptome data with deep generative models
2018-05-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04368-5
PMID:29784946
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scvis的稳健统计模型，用于捕捉和可视化单细胞基因表达数据中的低维结构 | scvis模型能够同时保留数据的局部和全局邻域结构，并且对数据点的数量具有鲁棒性，还能学习概率参数映射函数以添加新数据点到现有嵌入中 | NA | 开发一种新的方法来解释单细胞转录组数据中的结构 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度生成模型 | 基因表达数据 | 四组单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-09 |
Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation
2018-05-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.03.074
PMID:29706549
|
研究论文 | 本文通过收集10种免疫表型定义的人类造血细胞类型的单细胞染色质可及性数据，构建了人类造血分化的染色质可及性景观，并结合单细胞RNA测序数据，探索了复杂的调控动态。 | 本文首次在单细胞水平上整合了染色质可及性和RNA测序数据，揭示了人类造血分化过程中的调控变异和分化轨迹。 | NA | 研究人类造血分化过程中的细胞调控变异和分化轨迹。 | 人类造血细胞类型的单细胞染色质可及性和RNA测序数据。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞染色质可及性数据 | 10种免疫表型定义的人类造血细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
Parabiosis and single-cell RNA sequencing reveal a limited contribution of monocytes to myofibroblasts in kidney fibrosis
2018-05-03, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.99561
PMID:29720573
|
研究论文 | 研究通过诱导遗传命运追踪和共生模型，结合单细胞RNA测序技术，探讨了肾纤维化中肌成纤维细胞的来源 | 首次通过共生模型和单细胞RNA测序技术证实了循环中的单核细胞对肾肌成纤维细胞的贡献有限，并揭示了其通过旁分泌而非直接机制参与肾纤维化 | 研究仅限于共生模型和单细胞RNA测序技术，未涉及其他模型或技术 | 探讨肾纤维化中肌成纤维细胞的细胞来源 | 肾纤维化中的肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics and Fate Mapping of Ependymal Cells Reveals an Absence of Neural Stem Cell Function
2018-05-03, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.03.063
PMID:29727663
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和命运图谱技术研究了室管膜细胞，发现其缺乏神经干细胞功能 | 开发了一种转基因系统，用于在室管膜-室下带区域中靶向标记室管膜细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了室管膜细胞的分子特征 | 研究主要集中在体外和体内的神经干细胞或前体细胞刺激环境中，未涉及其他可能的环境因素 | 探究室管膜细胞是否具有神经干细胞功能 | 室管膜细胞及其在神经干细胞生态位中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
Efficient Generation of CA3 Neurons from Human Pluripotent Stem Cells Enables Modeling of Hippocampal Connectivity In Vitro
2018-05-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.04.009
PMID:29727680
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研究论文 | 本文报道了一种从人诱导多能干细胞（hiPSCs）高效生成CA3神经元的综合分化方法，该方法能够模拟体外海马连接 | 首次展示了hiPSCs衍生的CA3神经元与齿状回（DG）神经元之间的突触连接，并揭示了精神分裂症患者hiPSCs中CA3神经元的活动缺陷 | NA | 研究人神经连接模型，并探索精神分裂症中海马功能障碍的机制 | 人诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的CA3神经元和齿状回（DG）神经元 | 数字病理学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA序列 | 精神分裂症患者衍生的hiPSCs | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Blastocyst-like structures generated solely from stem cells
2018-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0051-0
PMID:29720634
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研究论文 | 本文报道了滋养层和胚胎干细胞在体外协作形成形态学和转录上类似于胚胎发育第3.5天的囊胚结构，称为囊胚样体 | 首次展示了胚胎细胞通过BMP4/Nodal-KLF6轴精细调节滋养层上皮形态发生，并维持滋养层细胞的增殖和自我更新 | 囊胚样体不支持真正胚胎的发育 | 探究干细胞如何协作形成类似囊胚的结构及其在胚胎发育中的作用 | 滋养层和胚胎干细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
beachmat: A Bioconductor C++ API for accessing high-throughput biological data from a variety of R matrix types
2018-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006135
PMID:29723188
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研究论文 | 本文介绍了一个名为beachmat的C++接口，用于从各种R矩阵类型中访问高通量生物数据 | beachmat接口使得包开发者能够编写与密集、稀疏和文件支持矩阵等兼容的高效C++代码 | NA | 解决现有计算基础设施在处理大规模数据时的挑战 | 高通量生物数据矩阵的访问和分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 矩阵数据 | 使用模拟和真实的单细胞RNA测序数据进行评估 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Cell type transcriptome atlas for the planarian Schmidtea mediterranea
2018-05-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaq1736
PMID:29674431
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，为再生扁形虫Schmidtea mediterranea的所有细胞类型生成了转录组图谱 | 本文首次为扁形虫的所有细胞类型定义了转录组，并揭示了许多先前未知的细胞类型及干细胞与分化细胞之间的过渡状态 | NA | 识别多种生物所有细胞类型的转录组，为后生生物学研究提供有力方法 | 扁形虫Schmidtea mediterranea的所有细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 66,783个细胞 | NA | NA | NA | NA |