单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-15	Single-Cell RNA Sequencing of Lymph Node Stromal Cells Reveals Niche-Associated Heterogeneity 2018-05-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.04.006 PMID:29752062	研究论文	本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，揭示了淋巴结基质细胞的异质性及其在免疫反应中的作用	首次全面揭示了淋巴结基质细胞的多样性，并识别出九种非内皮基质细胞簇	NA	探索淋巴结基质细胞的多样性及其在免疫功能中的作用	淋巴结基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	九种非内皮基质细胞簇
2	2024-08-05	Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing 2018-05-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.03.041 PMID:29681456	研究论文	该文章探讨了三阴性乳腺癌中的化疗耐药性演变	该研究使用单细胞测序揭示了耐药基因型的存在与适应选择	样本数量较小，仅涉及20名患者，可能限制了结论的普遍性	研究三阴性乳腺癌在新辅助化疗中的耐药性机制	20名接受新辅助化疗的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞DNA和RNA测序，整体外显子组测序	NA	细胞数据	20名三阴性乳腺癌患者，分析900个单细胞和6862个单细胞RNA
3	2024-08-07	UMI-count modeling and differential expression analysis for single-cell RNA sequencing 2018-05-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1438-9 PMID:29855333	研究论文	本文通过多个单细胞RNA测序数据集，揭示了读取计数和唯一分子标识符（UMI）计数在基因表达量化方案中的分布差异，并提出了一种基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID）。	本文提出了一种新的基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID），该算法在UMI计数中能更好地控制错误发现率（FDR）并提高检测能力。	NA	研究单细胞RNA测序中基因表达量化的不同方案，并提出新的差异表达分析算法。	单细胞RNA测序数据中的读取计数和UMI计数。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	负二项模型	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
4	2024-08-07	BGP: identifying gene-specific branching dynamics from single-cell data with a branching Gaussian process 2018-05-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1440-2 PMID:29843817	research paper	本文开发了一种名为分支高斯过程（BGP）的非参数模型，用于从单细胞数据中识别特定基因的分支动力学，并估计每个基因的分支时间及其可信区间。	BGP模型能够识别单个基因的分支动力学，并提供分支时间的估计及其可信区间。	NA	开发一种新方法来揭示细胞分化过程中细胞群体的分支动力学。	单细胞基因表达数据中的分支动力学。	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	BGP	single-cell data	包括模拟数据、单细胞RNA测序血液生成研究和使用液滴条形码生成的鼠胚胎干细胞。
5	2024-08-07	Whole-Body Single-Cell Sequencing Reveals Transcriptional Domains in the Annelid Larval Body 2018-05-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msx336 PMID:29373712	研究论文	本文通过对比海洋环节动物Platynereis dumerilii幼体全身体细胞的转录组，识别出五个转录上不同的分化细胞群，每个群表达独特的转录因子和效应基因，实现细胞表型	本文首次通过全身体细胞测序揭示了环节动物幼体体内的转录域，这些转录域代表了基于基因表达差异的环节动物身体的新基本划分	NA	旨在通过全身体细胞测序技术，揭示环节动物幼体体内的转录域，为进化发育生物学研究提供新工具	海洋环节动物Platynereis dumerilii的幼体全身体细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	随机挑选的单细胞
6	2024-08-07	Cell type discovery using single-cell transcriptomics: implications for ontological representation 2018-05-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy100 PMID:29590361	综述	本文综述了利用单细胞和单核RNA测序技术在人类中枢神经和免疫系统中鉴定细胞类型的最新工作，并讨论了这些发现对参考细胞本体（CL）中细胞类型表示的影响	提出了一种基于随机森林机器学习的方法，用于识别必要和充分的标记基因集，这些基因可用于组装一致且可重复的细胞类型定义，以便纳入CL	NA	探讨单细胞转录组学在细胞类型发现中的应用及其对细胞本体表示的影响	人类中枢神经和免疫系统中的细胞类型	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	随机森林	文本	NA
7	2024-08-07	A single-cell hematopoietic landscape resolves 8 lineage trajectories and defects in Kit mutant mice 2018-05-24, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2017-12-821413 PMID:29588278	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了44,802个小鼠骨髓造血干细胞和祖细胞，揭示了8种不同血细胞谱系的转录图谱，并在c-Kit突变小鼠模型中发现了特定的细胞谱系缺陷。	首次提供了全面的单细胞水平上的造血干细胞和祖细胞的转录图谱，并揭示了c-Kit突变小鼠模型中的细胞谱系缺陷。	NA	解析造血干细胞和祖细胞的分化路径及其在疾病中的作用。	小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44,802个骨髓造血干细胞和祖细胞样本，以及13,815个c-Kit突变小鼠的造血干细胞和祖细胞样本。
8	2024-08-09	An Ultrahigh-throughput Microfluidic Platform for Single-cell Genome Sequencing 2018-05-23, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/57598 PMID:29889211	研究论文	本文介绍了一种使用微流控液滴技术进行单细胞基因组测序的方法（SiC-seq）	该方法通过微流控技术实现了单细胞基因组的高通量分离、扩增和条形码标记	NA	开发一种高通量、低偏差的单细胞测序方法，以支持针对多样细胞群体的基因组研究	单细胞基因组	基因组学	NA	微流控技术	NA	基因组数据	每次运行可测序超过50,000个单细胞
9	2024-08-09	Cnidarian Cell Type Diversity and Regulation Revealed by Whole-Organism Single-Cell RNA-Seq 2018-05-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.019 PMID:29856957	研究论文	本研究通过全组织单细胞RNA测序技术，揭示了刺胞动物Nematostella vectensis的细胞类型多样性和调控机制	首次对非两侧对称动物Nematostella vectensis进行了全组织单细胞转录组分析，揭示了其细胞类型的复杂性和特异性基因表达的调控代码	NA	探索动物细胞类型多样性和特异性基因表达调控的进化机制	刺胞动物Nematostella vectensis的成体和幼体细胞类型及其基因调控程序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
10	2024-08-09	Interpretable dimensionality reduction of single cell transcriptome data with deep generative models 2018-05-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04368-5 PMID:29784946	研究论文	本文介绍了一种名为scvis的稳健统计模型，用于捕捉和可视化单细胞基因表达数据中的低维结构	scvis模型能够同时保留数据的局部和全局邻域结构，并且对数据点的数量具有鲁棒性，还能学习概率参数映射函数以添加新数据点到现有嵌入中	NA	开发一种新的方法来解释单细胞转录组数据中的结构	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	四组单细胞RNA测序数据
11	2024-08-09	Parental haplotype-specific single-cell transcriptomics reveal incomplete epigenetic reprogramming in human female germ cells 2018-05-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04215-7 PMID:29760424	研究论文	本文通过结合人类胎儿和母体组织的基因组测序与单细胞RNA测序，研究了人类女性生殖细胞中的不完全表观遗传重编程现象	首次揭示了人类女性生殖细胞中不同阶段的转录和表观遗传重塑的复杂性和细胞间异质性	NA	探究人类女性生殖细胞中表观遗传重编程的过程及其与转录阶段的关系	人类女性生殖细胞的表观遗传重编程和转录活动	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五名捐赠者的细胞样本
12	2024-08-09	Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation 2018-05-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.03.074 PMID:29706549	研究论文	本文通过收集10种免疫表型定义的人类造血细胞类型的单细胞染色质可及性数据，构建了人类造血分化的染色质可及性景观，并结合单细胞RNA测序数据，探索了复杂的调控动态。	本文首次在单细胞水平上整合了染色质可及性和RNA测序数据，揭示了人类造血分化过程中的调控变异和分化轨迹。	NA	研究人类造血分化过程中的细胞调控变异和分化轨迹。	人类造血细胞类型的单细胞染色质可及性和RNA测序数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞染色质可及性数据	10种免疫表型定义的人类造血细胞类型
13	2024-08-09	Evolution of pallium, hippocampus, and cortical cell types revealed by single-cell transcriptomics in reptiles 2018-05-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aar4237 PMID:29724907	研究论文	本研究通过大规模单细胞mRNA测序构建了两种爬行动物大脑皮层的基因表达图谱，探讨了哺乳动物大脑皮层神经元和区域的进化过程。	研究揭示了哺乳动物新皮层各层的神经元类型是由祖先基因调控程序的多样化产生的，而爬行动物皮层GABA能神经元的多样性表明，已知的哺乳动物中间神经元类别在所有羊膜动物的共同祖先中已经存在。	NA	探讨哺乳动物大脑皮层神经元和区域的进化过程	爬行动物的大脑皮层	数字病理学	NA	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	两种爬行动物的大脑皮层样本
14	2024-08-09	Parabiosis and single-cell RNA sequencing reveal a limited contribution of monocytes to myofibroblasts in kidney fibrosis 2018-05-03, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.99561 PMID:29720573	研究论文	研究通过诱导遗传命运追踪和共生模型，结合单细胞RNA测序技术，探讨了肾纤维化中肌成纤维细胞的来源	首次通过共生模型和单细胞RNA测序技术证实了循环中的单核细胞对肾肌成纤维细胞的贡献有限，并揭示了其通过旁分泌而非直接机制参与肾纤维化	研究仅限于共生模型和单细胞RNA测序技术，未涉及其他模型或技术	探讨肾纤维化中肌成纤维细胞的细胞来源	肾纤维化中的肌成纤维细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
15	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics and Fate Mapping of Ependymal Cells Reveals an Absence of Neural Stem Cell Function 2018-05-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.03.063 PMID:29727663	研究论文	本文通过单细胞转录组学和命运图谱技术研究了室管膜细胞，发现其缺乏神经干细胞功能	开发了一种转基因系统，用于在室管膜-室下带区域中靶向标记室管膜细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了室管膜细胞的分子特征	研究主要集中在体外和体内的神经干细胞或前体细胞刺激环境中，未涉及其他可能的环境因素	探究室管膜细胞是否具有神经干细胞功能	室管膜细胞及其在神经干细胞生态位中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
16	2024-08-09	Efficient Generation of CA3 Neurons from Human Pluripotent Stem Cells Enables Modeling of Hippocampal Connectivity In Vitro 2018-05-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.04.009 PMID:29727680	研究论文	本文报道了一种从人诱导多能干细胞（hiPSCs）高效生成CA3神经元的综合分化方法，该方法能够模拟体外海马连接	首次展示了hiPSCs衍生的CA3神经元与齿状回（DG）神经元之间的突触连接，并揭示了精神分裂症患者hiPSCs中CA3神经元的活动缺陷	NA	研究人神经连接模型，并探索精神分裂症中海马功能障碍的机制	人诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的CA3神经元和齿状回（DG）神经元	数字病理学	精神分裂症	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列	精神分裂症患者衍生的hiPSCs
17	2024-08-09	Blastocyst-like structures generated solely from stem cells 2018-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0051-0 PMID:29720634	研究论文	本文报道了滋养层和胚胎干细胞在体外协作形成形态学和转录上类似于胚胎发育第3.5天的囊胚结构，称为囊胚样体	首次展示了胚胎细胞通过BMP4/Nodal-KLF6轴精细调节滋养层上皮形态发生，并维持滋养层细胞的增殖和自我更新	囊胚样体不支持真正胚胎的发育	探究干细胞如何协作形成类似囊胚的结构及其在胚胎发育中的作用	滋养层和胚胎干细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
18	2024-08-09	beachmat: A Bioconductor C++ API for accessing high-throughput biological data from a variety of R matrix types 2018-05, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006135 PMID:29723188	研究论文	本文介绍了一个名为beachmat的C++接口，用于从各种R矩阵类型中访问高通量生物数据	beachmat接口使得包开发者能够编写与密集、稀疏和文件支持矩阵等兼容的高效C++代码	NA	解决现有计算基础设施在处理大规模数据时的挑战	高通量生物数据矩阵的访问和分析	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	矩阵数据	使用模拟和真实的单细胞RNA测序数据进行评估
19	2024-08-09	Cell type transcriptome atlas for the planarian Schmidtea mediterranea 2018-05-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaq1736 PMID:29674431	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，为再生扁形虫Schmidtea mediterranea的所有细胞类型生成了转录组图谱	本文首次为扁形虫的所有细胞类型定义了转录组，并揭示了许多先前未知的细胞类型及干细胞与分化细胞之间的过渡状态	NA	识别多种生物所有细胞类型的转录组，为后生生物学研究提供有力方法	扁形虫Schmidtea mediterranea的所有细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	66,783个细胞
20	2024-08-09	Cell type atlas and lineage tree of a whole complex animal by single-cell transcriptomics 2018-05-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaq1723 PMID:29674432	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，构建了一个完整的复杂动物细胞类型图谱和谱系树	结合扰动实验、基因表达分析和计算方法预测细胞状态变化，成功将所有主要细胞类型置于一个单一的谱系树上，连接所有细胞到一个单一的干细胞区室	NA	揭示成熟和前体细胞类型，并探索再生过程中的关键细胞类型	扁虫物种中的成年动物细胞	单细胞测序	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA