单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-07	Single-cell profiling of the developing mouse brain and spinal cord with split-pool barcoding 2018-04-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aam8999 PMID:29545511	研究论文	本文开发了一种名为SPLiT-seq的单细胞RNA测序方法，用于对发育中的小鼠大脑和脊髓进行单细胞转录组分析	SPLiT-seq方法通过组合条形码标记细胞来源，适用于固定细胞或细胞核，无需定制设备，并允许高效样本复用	NA	研究小鼠大脑和脊髓在早期发育阶段的单细胞转录组特征	小鼠大脑和脊髓的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	156,049个单核转录组
2	2024-08-05	Developmental and oncogenic programs in H3K27M gliomas dissected by single-cell RNA-seq 2018-04-20, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aao4750 PMID:29674595	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了H3K27M胶质瘤中的致癌和发育程序。	首次使用单细胞分辨率解析H3K27M胶质瘤的细胞架构和发育程序，提供了潜在的治疗靶点。	研究仅在六个原发H3K27M胶质瘤模型中进行，样本数量相对较少，可能限制结果的普适性。	探索H3K27M胶质瘤的细胞组成及其发展机制。	本研究的对象为六个原发H3K27M胶质瘤和相匹配的模型中的细胞。	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	3321个细胞来自六个原发H3K27M胶质瘤
3	2024-08-05	Early emergence of cortical interneuron diversity in the mouse embryo 2018-04-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aar6821 PMID:29472441	研究论文	本研究使用单细胞转录组学研究小鼠胚胎中皮层抑制神经元的多样性起源	首次揭示了小鼠胚胎中皮层抑制神经元前体细胞和新生神经元的不同类型	研究主要集中在小鼠模型上，可能不适用于其他物种	探讨小鼠胚胎中皮层抑制神经元的多样性及其起源	小鼠胚胎中皮层抑制神经元的前体细胞和新生神经元	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
4	2024-08-05	Depletion of Maternal Cyclin B3 Contributes to Zygotic Genome Activation in the Ciona Embryo 2018-04-02, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2018.02.046 PMID:29576477	研究论文	本文探讨了母体Cyclin B3在Ciona胚胎中对合子基因组激活的影响	揭示母体Cyclin B3在合子转录激活过程中的重要作用	研究主要基于Ciona intestinalis，可能不适用于所有动物	探索Ciona胚胎中合子基因组激活的机制	Ciona intestinalis的胚胎	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	8细胞和16细胞阶段的胚胎
5	2024-08-07	Mapping human pluripotent stem cell differentiation pathways using high throughput single-cell RNA-sequencing 2018-04-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1426-0 PMID:29622030	研究论文	使用高吞吐量的单细胞RNA测序技术，研究人类多能干细胞的早期分化路径	首次提供了人类多能干细胞在单细胞层面的全面分化路线图	NA	研究人类多能干细胞的细胞分化过程	人类多能干细胞及其早期分化路径	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多个细胞系，包括神经、肌肉、内皮、基质、肝脏和上皮细胞
6	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing identifies celltype-specific cis-eQTLs and co-expression QTLs 2018-04, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-018-0089-9 PMID:29610479	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了约25,000个外周血单个核细胞的表达谱，以识别细胞类型特异性的顺式表达数量性状位点（cis-eQTLs）和共表达QTLs	本研究首次通过单细胞eQTL分析，识别了新的细胞类型特异性cis-eQTLs，并生成了个性化的共表达网络，发现了显著改变共表达关系的遗传变异（称为共表达QTLs）	NA	旨在通过无偏倚的方法识别细胞类型特异性的eQTLs和共表达QTLs	外周血单个核细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	表达谱	约25,000个外周血单个核细胞来自45名供体
7	2024-08-07	On the design of CRISPR-based single-cell molecular screens 2018-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4604 PMID:29457792	研究论文	本文探讨了基于CRISPR的单细胞分子筛选设计，特别是优化了CROP-seq方法，提高了引导RNA分配给细胞的效率	提出了CROP-seq方法的优化，使得引导RNA分配给细胞的效率提高到94%	NA	优化基于CRISPR的单细胞分子筛选设计	CRISPR引导RNA与单细胞RNA测序的结合	NA	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8	2024-08-09	The Use of the Fluidigm C1 for RNA Expression Analyses of Single Cells 2018-04, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/cpmb.55 PMID:29851244	研究论文	本文描述了使用Fluidigm C1系统进行单细胞RNA表达分析的流程	开发了基于微流控技术的自动化平台，用于同时分离数十个单细胞并进行RNA测序分析	NA	理解单细胞水平上的转录异质性，以揭示发育和疾病中的基因调控机制	单细胞的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数十个单细胞
9	2024-08-09	Introduction to Single-Cell RNA Sequencing 2018-04, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/cpmb.57 PMID:29851283	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的方法及其在生物学研究中的应用	scRNA-seq通过分离单个细胞并生成测序文库，允许以空前的分辨率评估细胞群体和生物系统的基本生物学特性	NA	介绍和讨论当前使用的最常见的scRNA-seq协议及其数据分析基础，以及在规划和设计scRNA-seq项目时需要考虑的因素	单细胞RNA测序技术及其数据分析方法	生物学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	文本	NA
10	2024-08-09	Advances in Transcriptomics: Investigating Cardiovascular Disease at Unprecedented Resolution 2018-04-27, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.117.310910 PMID:29700068	研究论文	本文综述了RNA测序（RNAseq）技术在转录组学中的最新进展，特别是在单细胞转录组学方面的应用	介绍了RNAseq技术在单细胞转录组学中的应用，以及其在质量控制、读取映射、特征计数等方面的最新发展	NA	探讨RNAseq技术在心血管疾病研究中的应用及其在现代生物学中的重要性	RNAseq技术及其在单细胞转录组学中的应用	基因组学	心血管疾病	RNA测序（RNAseq）	NA	转录组数据	NA
11	2024-08-09	Characterization of germ cell differentiation in the male mouse through single-cell RNA sequencing 2018-04-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-24725-0 PMID:29695820	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，首次全面、无偏地展示了小鼠精子发生过程中的细胞分化过程	利用单细胞RNA测序技术，提高了阶段标记检测和验证的准确性，捕捉到了分化的连续性，并揭示了在批量测序数据中被掩盖的稀有细胞群体	NA	研究小鼠精子发生过程中的细胞分化	小鼠的精子发生过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2,500个细胞
12	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Transcriptional Heterogeneity in Latent and Reactivated HIV-Infected Cells 2018-04-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.03.102 PMID:29694901	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了HIV潜伏感染细胞在潜伏和重新激活状态下的转录异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了HIV潜伏感染细胞在潜伏和重新激活状态下的转录异质性	NA	研究HIV潜伏感染细胞的转录异质性，以期为HIV根除提供策略	HIV潜伏感染细胞的转录异质性	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
13	2024-08-09	Hippo Signaling Plays an Essential Role in Cell State Transitions during Cardiac Fibroblast Development 2018-04-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.03.019 PMID:29689192	研究论文	研究探讨了Hippo信号通路中的Lats1和Lats2激酶在心脏成纤维细胞发育中的作用	首次揭示了Lats1/2缺失导致心脏成纤维细胞分化受阻，细胞停留在中间状态	研究仅限于胚胎阶段，未涉及成体心脏的发育情况	探究Hippo信号通路在心脏成纤维细胞发育中的作用	心脏成纤维细胞的发育过程	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	胚胎心脏组织中的单个细胞
14	2024-08-09	Cellular diversity in the Drosophila midbrain revealed by single-cell transcriptomics 2018-04-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.34550 PMID:29671739	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术分析了果蝇中脑的细胞多样性	利用单细胞转录组学技术揭示了果蝇中脑的细胞多样性，并将其与神经递质和神经调质联系起来	NA	理解大脑的分子细节与神经连接图的关系	果蝇中脑的单个细胞	分子生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数千个单个细胞
15	2024-08-09	Sensitivity to sequencing depth in single-cell cancer genomics 2018-04-16, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0537-2 PMID:29661213	研究论文	研究了单细胞癌症基因组学中测序深度对变异检测的影响	提出了一种成本效益高的策略，通过调整测序深度来最大化单细胞数据的质量	研究主要集中在较大的样本量（25个或更多细胞）上，对于较小样本量的影响未详细探讨	探讨测序深度和采样努力对单细胞变异检测的影响	单细胞全基因组和全外显子癌症数据	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	总共6280个单细胞BAM文件
16	2024-08-09	Pseudotime Dynamics in Melanoma Single-Cell Transcriptomes Reveals Different Mechanisms of Tumor Progression 2018-Apr-03, Biology DOI:10.3390/biology7020023 PMID:29614062	研究论文	本研究通过分析三种不同遗传背景的黑色素瘤短期培养细胞的伪时间（PT）动力学，探讨了影响黑色素瘤进展的特定和一致的PT动力学特性。	首次在黑色素瘤细胞中观察到伪时间动力学主要由细胞周期基因驱动，并发现微眼相关转录因子（MITF）和AXL受体酪氨酸激酶（AXL）的双极表达。	研究仅限于短期培养的黑色素瘤细胞，可能无法完全代表所有黑色素瘤细胞的动态变化。	研究黑色素瘤细胞的伪时间动力学，以揭示肿瘤进展的不同机制。	三种不同遗传背景的黑色素瘤短期培养细胞。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	三种黑色素瘤短期培养细胞
17	2024-08-09	Detecting hidden batch factors through data-adaptive adjustment for biological effects 2018-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx635 PMID:29617963	研究论文	本文介绍了一种基于数据自适应收缩和半非负矩阵分解的新算法，用于检测未知的批次效应	该算法在识别隐藏批次效应方面优于现有算法，并能在先前研究中未发现的批次因素中识别出差异表达基因	NA	检测隐藏的批次因素，以准确捕捉基因表达与其他建模变量之间的关系	批次效应的检测	生物信息学	NA	RNA测序	半非负矩阵分解	基因表达数据	三个不同数据集：(i) 测序质量控制，(ii) 拓扑替康RNA-Seq，(iii) 胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序
18	2024-08-09	A multitask clustering approach for single-cell RNA-seq analysis in Recessive Dystrophic Epidermolysis Bullosa 2018-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006053 PMID:29630593	研究论文	本文介绍了一种基于方差的单细胞RNA测序数据多任务聚类方法（scVDMC），用于在遗传性大疱性表皮松解症中分析单细胞RNA测序数据	scVDMC方法通过控制细胞簇内的方差和跨数据集的方差，能够更准确地检测细胞亚群，并揭示新的细胞类型和标记	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据分析方法，以更好地整合和分析多个单细胞群体的数据	单细胞RNA测序数据	数字病理学	遗传性大疱性表皮松解症	单细胞RNA测序	多任务聚类	RNA测序数据	两个真实单细胞RNA测序数据集，包含多个重复样本和一个大规模液滴法数据集，涉及三个患者样本
19	2024-08-09	Retinal Ganglion Cell Diversity and Subtype Specification from Human Pluripotent Stem Cells 2018-04-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.02.010 PMID:29576537	研究论文	本研究探讨了从人类多能干细胞（hPSCs）分化出的视网膜神经节细胞（RGCs）的多样性和亚型特征	首次详细研究了人类RGCs的多样性和亚型，通过单细胞转录组学技术确认了亚型特异性标记的组合表达	NA	研究人类RGCs的多样性和亚型特征	人类视网膜神经节细胞的多样性和亚型	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
20	2024-08-09	Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing 2018-04-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25969 PMID:29590089	研究论文	本文介绍了一种名为ScarTrace的单细胞测序策略，用于同时量化成年斑马鱼不同器官中数千个细胞的克隆历史和细胞类型	ScarTrace技术能够在单细胞分辨率下同时测量克隆历史和细胞身份，为研究胚胎发育和成年组织中的细胞命运提供了新的方法	NA	研究胚胎前体细胞在成年组织中的命运	斑马鱼的肾脏骨髓、眼睛和大脑中的造血细胞以及胚胎前体细胞的克隆起源	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	数千个来自成年斑马鱼不同器官的细胞