单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Reconstructing differentiation networks and their regulation from time series single-cell expression data 2018-Mar-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.225979.117 PMID:29317474	研究论文	本研究开发了一种方法，通过整合表达相似性与调控信息来重建动态的发育细胞轨迹	该方法不仅考虑了基因表达水平的相似性，还整合了转录因子的调控信息以改善细胞谱系重建	该方法在样本多样性、不同步的细胞种群中可能表现不佳	旨在通过单细胞RNA测序数据生成详细准确的器官发生模型	主要研究小鼠肺部发育数据中的细胞类型和谱系	数字病理学	肺癌	RNA-seq	概率模型	单细胞表达数据	涉及小鼠肺部发育数据的实验数据
2	2024-08-05	Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons 2018-03-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25999 PMID:29513653	研究论文	本文探讨了皮层抑制性中间神经元的发育多样性及其生成机制	通过单细胞RNA测序揭示了小鼠细胞的转录组异质性及其在发育过程中的动态变化	NA	研究皮层内神经元如何在发育过程中产生多样性	小鼠的皮层抑制性中间神经元及其前体细胞	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠细胞沿发展时间过程的样本
3	2024-08-05	A Novel Approach to Single Cell RNA-Sequence Analysis Facilitates In Silico Gene Reporting of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Retinal Cell Types 2018-03, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.2755 PMID:29230913	研究论文	本研究提出了一种新的单细胞RNA测序分析方法，以促进对人类多能干细胞衍生视网膜细胞类型的基因报告。	创新点在于开发了一种简单、通用的方法，通过排名单个细胞的基因表达水平来生成与报告基因线相似的表达数据。	传统单细胞RNA测序分析方法基于无偏算法的应用未能揭示结果，可能限制了细胞鉴定的明确性。	研究旨在分析人类多能干细胞衍生的多种视网膜细胞类型的基因表达谱。	研究对象为人类多能干细胞衍生的视网膜细胞类型及其基因表达特征。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自光感受器样结构的单细胞
4	2024-08-07	An interpretable framework for clustering single-cell RNA-Seq datasets 2018-03-09, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-018-2092-7 PMID:29523077	研究论文	本文介绍了一种名为DendroSplit的可解释框架，用于单细胞RNA-Seq数据集的聚类分析	DendroSplit框架通过特征选择来揭示数据中多个生物学上有意义的层次，强调了聚类的可解释性	NA	解决单细胞RNA-Seq数据集聚类分析中的可解释性和主观性问题	单细胞RNA-Seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-Seq数据	多个标志性单细胞数据集
5	2024-08-07	Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads 2018-03-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1407-3 PMID:29523163	研究论文	本文介绍了一种名为Quartz-Seq2的高通量单细胞RNA测序方法，该方法能够有效利用有限的序列读取来分配独特的分子标识符（UMI）计数作为单细胞的基因表达值，并检测更多的基因	Quartz-Seq2通过改进反应步骤，提高了初始读取转换为UMI计数的效率（30-50%），并能检测更多基因	NA	开发一种能够有效利用有限序列读取的高通量单细胞RNA测序方法	体外胚胎干细胞和体内基质血管部分的转录组	基因测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	约10,000个转录组样本
6	2024-08-07	Molecular transitions in early progenitors during human cord blood hematopoiesis 2018-03-15, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20178041 PMID:29545397	研究论文	本研究利用Drop-seq技术对人类脐带血中的20,000个前体细胞进行单细胞RNA测序，揭示了脐带血中前体细胞状态的转录组图谱及其命运承诺的转录动力学	首次在人类脐带血中使用Drop-seq技术进行大规模单细胞RNA测序，揭示了前体细胞的转录组图谱和命运承诺的动态过程	NA	深入理解人类脐带血造血过程中早期前体细胞的分子转变	人类脐带血中的前体细胞	NA	NA	Drop-seq, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	20,000个前体细胞
7	2024-08-07	TALK-1 reduces delta-cell endoplasmic reticulum and cytoplasmic calcium levels limiting somatostatin secretion 2018-03, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2018.01.016 PMID:29402588	研究论文	本文研究了TALK-1通道在δ细胞中的作用，特别是其对内质网和细胞质钙水平的影响，以及对生长抑素分泌的限制作用。	首次揭示了TALK-1通道在δ细胞中的生理功能，即通过调节内质网钙泄漏来影响钙处理和生长抑素分泌。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证TALK-1通道的作用。	探讨TALK-1通道在δ细胞中的功能及其对生长抑素分泌和内质网钙水平的调节作用。	TALK-1通道在δ细胞中的表达和功能。	NA	糖尿病	免疫荧光、膜片钳电生理学、钙成像和激素分泌测定	NA	细胞内钙水平数据	控制组和TALK-1通道缺陷（TALK-1 KO）小鼠
8	2024-08-07	Population snapshots predict early haematopoietic and erythroid hierarchies 2018-03-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25741 PMID:29466336	研究论文	本文利用单细胞转录组学、命运分析和一种从群体快照预测细胞命运的理论，展示了小鼠造血祖细胞通过连续的层次结构分化为七个血系的早期造血和红细胞层次结构	揭示了红细胞和嗜碱/肥大细胞命运之间的耦合，以及对红细胞应激的全球造血反应，并发现了调节红细胞生成的新型生长因子受体	NA	重建干细胞生物学中红细胞分化的步骤	小鼠造血祖细胞的分化过程	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学	预测性命运模型	转录组数据	NA
9	2024-08-07	Defining the earliest step of cardiovascular lineage segregation by single-cell RNA-seq 2018-03-09, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aao4174 PMID:29371425	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠心血管前体细胞（CPs）在胚胎发育早期的分子特征和谱系分化	首次揭示了CPs在早期区域和谱系分化的分子过程，并确定了Mesp1在退出多能状态和诱导心血管基因表达程序中的作用	NA	探究小鼠心血管前体细胞在胚胎发育早期的谱系分化和区域分化的分子机制	小鼠心血管前体细胞（CPs）及其在胚胎发育早期的分子特征	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	野生型和基因敲除的小鼠心血管前体细胞
10	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018 Mar-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1097/HS9.0000000000000034 PMID:31723762	综述	本文综述了单细胞测序技术在正常和恶性造血系统中的应用	利用单细胞测序技术揭示了个体细胞群内的异质性及细胞群之间的关系	NA	探讨单细胞测序技术在造血系统中的应用及其对正常和疾病状态的区分	造血系统的正常和恶性状态	数字病理学	血液疾病	单细胞测序	NA	转录组	数千个单个细胞
11	2024-08-09	Principles of Systems Biology, No. 27 2018-03-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.03.007 PMID:29596778	review	本篇文章回顾了系统生物学领域的多个研究主题	NA	NA	回顾系统生物学领域的最新研究进展	蛋白质复合物动态、细胞生存中的噪声促进作用、细胞表面蛋白质的多重检测、单细胞测序、蜜蜂的社会网络、新型合成设备以及控制分节时钟动态	系统生物学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
12	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals hidden transcriptional variation in malaria parasites 2018-03-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.33105 PMID:29580379	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了疟原虫中隐藏的转录变异	首次广泛应用单细胞RNA测序技术于单细胞生物，揭示了疟原虫生命周期中先前未被发现的离散转录特征	NA	探索疟原虫个体水平的转录变异	疟原虫的转录变异及其与关键表型的关联	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过500个个体疟原虫，包括鼠和人类疟原虫的有性和无性生命周期阶段
13	2024-08-09	Single-Cell Deconvolution of Fibroblast Heterogeneity in Mouse Pulmonary Fibrosis 2018-03-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.03.010 PMID:29590628	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对小鼠肺纤维化中的成纤维细胞异质性进行了全面分类	首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法，对正常和纤维化肺中的成纤维细胞进行了详细分类和分化轨迹描绘	NA	全面分类肺中的成纤维细胞群体，以增进对纤维化疾病机制的理解	小鼠肺中的成纤维细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	机器学习	转录组	来自未受伤或博来霉素处理的小鼠肺的间充质制备
14	2024-08-09	BEARscc determines robustness of single-cell clusters using simulated technical replicates 2018-03-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-03608-y PMID:29567991	研究论文	本文介绍了一种名为BEARscc的工具，该工具利用RNA spike-in控制模拟实验特定的技术重复，以评估单细胞聚类对技术变异的鲁棒性	BEARscc工具通过模拟实验特定的技术重复，提高了单细胞RNA测序实验中细胞的无监督分类和生物学解释	NA	开发一种工具以评估单细胞RNA测序中聚类对技术变异的鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
15	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals a new dynamical function of transcription factors during embryonic hematopoiesis 2018-03-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.29312 PMID:29555020	研究论文	本研究利用单细胞转录组技术，探讨了调控小鼠胚胎内皮细胞向造血干细胞和祖细胞转化的基因调控网络	发现一组转录因子在表达内皮和造血标记的中间群体中特异性共表达，并揭示了其中一些因子在胚胎造血过程中的动态功能转换	NA	研究基因调控网络在胚胎造血过程中的作用	小鼠胚胎内皮细胞向造血干细胞和祖细胞的转化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
16	2024-08-09	BALDR: a computational pipeline for paired heavy and light chain immunoglobulin reconstruction in single-cell RNA-seq data 2018-03-20, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0528-3 PMID:29558968	研究论文	本文介绍了一种名为BALDR的生物信息学管道，用于从Illumina单细胞RNA测序数据中准确重建配对的重链和轻链免疫球蛋白基因序列	BALDR能够准确识别人类和猕猴流感疫苗及猿猴免疫缺陷病毒疫苗诱导的浆细胞和幼稚及抗原特异性记忆B细胞的克隆型	NA	开发一种生物信息学工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建免疫球蛋白基因序列	人类和猕猴的B细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及人类和猕猴的B细胞
17	2024-08-09	Dynamics of chromatin marks and the role of JMJD3 during pancreatic endocrine cell fate commitment 2018-03-20, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.163162 PMID:29559448	研究论文	研究探讨了胰腺内分泌细胞命运转变过程中染色质标记的动态变化及JMJD3的作用	发现了Ngn3高表达细胞中H3K27me3的去除与关键转录因子的激活及增强子的建立有关	单细胞RNA测序显示JMJD3的删除并未影响Ngn3高表达细胞的转录组和发育路径	揭示胰腺内分泌细胞命运转变的染色质调控机制	胰腺前体细胞及Ngn3表达水平不同的细胞	NA	NA	表观基因组分析, 转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
18	2024-08-09	Multiplexed imaging of high-density libraries of RNAs with MERFISH and expansion microscopy 2018-03-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-22297-7 PMID:29555914	研究论文	本文介绍了一种结合多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）和扩展显微镜技术的方法，以显著提高可测量RNA的总密度	该方法通过结合MERFISH和扩展显微镜技术，实现了对高丰度RNA的高密度测量，检测效率接近100%	目前该方法主要受限于单个RNA分子空间分离信号的准确性，对大量高丰度RNA的多重成像仍具挑战性	提高RNA测量的总密度，并扩展MERFISH在生物学问题中的应用	高密度RNA库中的RNA种类识别、计数和定位	数字病理学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）	NA	图像	约130种RNA的库，其中包含许多高丰度RNA
19	2024-08-09	Integrative single-cell omics analyses reveal epigenetic heterogeneity in mouse embryonic stem cells 2018-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006034 PMID:29561833	研究论文	本文通过计算流程分析单细胞甲基组并整合单细胞转录组数据，揭示了小鼠胚胎干细胞中的表观遗传异质性	开发了一种新工具来探索单细胞甲基组和转录组，以揭示与胚胎干细胞表观遗传异质性相关的转录调控网络	NA	理解胚胎干细胞中表观遗传机制的异质性	小鼠胚胎干细胞的表观遗传异质性	表观遗传学	NA	单细胞甲基组分析	beta混合模型	DNA甲基化数据	NA
20	2024-08-09	A single-cell RNA-seq survey of the developmental landscape of the human prefrontal cortex 2018-03-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25980 PMID:29539641	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了人类前额叶皮层在妊娠8至26周的发育情况，识别了35种子细胞类型，并追踪了这些细胞的发育轨迹	揭示了神经前体细胞的新标记基因和中间前体细胞的独特发育特征，并利用单细胞转录组数据分析揭示了调控神经元生成和电路形成的内在发育依赖信号	NA	深入了解人类前额叶皮层在早期和中期的发育过程，系统解析前额叶皮层功能的细胞基础和分子调控	人类前额叶皮层的发育过程及其细胞类型	数字病理学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	2,300个单细胞