单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-07	Combinatory use of distinct single-cell RNA-seq analytical platforms reveals the heterogeneous transcriptome response 2018-02-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-21161-y PMID:29472726	研究论文	本文探讨了结合不同单细胞RNA测序平台以揭示癌症细胞转录组异质性的有效性	提出了一种结合不同单细胞RNA测序平台的方法，以获取更全面的表达差异信息和足够的细胞群体	尽管可以分析转录模块的活性，但某些情况下无法精确推断单个基因的信息	研究癌症细胞的转录组异质性	癌症细胞的转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及少量细胞群体
2	2024-08-07	Characterizing the replicability of cell types defined by single cell RNA-sequencing data using MetaNeighbor 2018-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-03282-0 PMID:29491377	研究论文	本文介绍了一种名为MetaNeighbor的复制框架，用于量化单细胞RNA测序数据中细胞类型的跨数据集复制程度，并快速识别高度相似的集群	提出了MetaNeighbor框架，用于评估和提高单细胞RNA测序数据的复制性	NA	研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的复制性，并定义最佳实践	单细胞RNA测序数据中的细胞类型复制性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8个技术性和生物多样性不同的数据集，45个中间神经元亚型中的24个
3	2024-08-07	An Efficient Single-Cell RNA-Seq Approach to Identify Neoantigen-Specific T Cell Receptors 2018-02-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2017.10.018 PMID:29174843	研究论文	本文提出了一种新的治疗策略，通过遗传修饰自体T细胞与新抗原特异性T细胞受体（TCRs）并将其转移回癌症患者，以提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效	开发了一种新的方法，通过TILs与TMG转染或肽脉冲的自体抗原呈递细胞（APCs）共培养，并进行单细胞RNA测序分析T细胞，以识别与高表达IFN-γ和IL-2细胞相关的配对TCR序列	目前的分离新抗原特异性TCRs的技术耗时且技术挑战大，不适合临床应用	提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效	新抗原特异性T细胞受体（TCRs）	NA	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	多个TCRs被识别、合成、克隆并转导到供体T细胞中
4	2024-08-07	A stochastic and dynamical view of pluripotency in mouse embryonic stem cells 2018-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006000 PMID:29451874	研究论文	本文开发了一个框架，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学	提出了一个系统的方法，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学	文章未明确提及现有方法的局限性	研究胚胎干细胞多能性状态的动态和分子随机性	胚胎干细胞的多能性状态及其调控网络	生物医学科学	NA	单细胞测序	机器学习方法	基因网络拓扑结构	未明确提及样本数量
5	2024-08-07	Gli3 is a negative regulator of Tas1r3-expressing taste cells 2018-02, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007058 PMID:29415007	研究论文	研究探讨了Gli3在味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3表达的味觉受体细胞中的表达和功能	首次揭示了Gli3作为抑制因子在成年后舌味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3+细胞中的作用	研究主要集中在后舌的味觉细胞，前舌的情况未详细探讨	探究Gli3在成年后舌味觉细胞再生中的作用及其对味觉功能的影响	小鼠的味觉细胞和味觉干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、PCR和免疫组织化学	NA	RNA	Gli3CKO和Gli3WT小鼠
6	2024-08-07	scNMT-seq enables joint profiling of chromatin accessibility DNA methylation and transcription in single cells 2018-02-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-03149-4 PMID:29472610	研究论文	本文介绍了一种名为scNMT-seq的单细胞方法，能够同时分析染色质可及性、DNA甲基化和转录组	scNMT-seq方法通过使用GpC甲基转移酶标记开放染色质，随后进行亚硫酸氢盐和RNA测序，实现了三者的并行分析	NA	研究调控关系，特别是表观基因组与转录组之间的相互作用	单细胞中的染色质可及性、DNA甲基化和转录组	数字病理学	NA	GpC甲基转移酶、亚硫酸氢盐测序、RNA测序	NA	单细胞数据	小鼠胚胎干细胞
7	2024-08-07	Defining murine organogenesis at single-cell resolution reveals a role for the leukotriene pathway in regulating blood progenitor formation 2018-02, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-017-0013-z PMID:29311656	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对小鼠发育至E8.25后的20,000多个细胞进行了转录组学分析，揭示了白三烯途径在调控血液祖细胞形成中的作用。	首次在单细胞分辨率下定义了小鼠器官发生的关键发育阶段，并发现了白三烯途径在血液祖细胞形成中的新作用。	研究主要集中在小鼠发育的特定阶段，可能不适用于其他物种或发育阶段。	探索小鼠器官发生过程中细胞类型和分子调控机制。	小鼠发育至E8.25后的细胞，特别是血液祖细胞的形成机制。	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过20,000个细胞
8	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals gene expression signatures of breast cancer-associated endothelial cells 2018-Feb-16, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.23760 PMID:29541388	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了乳腺癌组织和缩乳术组织中肿瘤内皮细胞和对照内皮细胞的全局基因表达谱	发现了1302个在两种内皮细胞表型间差异表达的基因，并通过基因集富集分析揭示了与细胞外基质信号通路相关的127个基因	NA	揭示乳腺癌相关内皮细胞的基因表达特征	肿瘤内皮细胞和对照内皮细胞的基因表达	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从乳腺癌组织和缩乳术组织中分离的内皮细胞
9	2024-08-09	Rare Cell Detection by Single-Cell RNA Sequencing as Guided by Single-Molecule RNA FISH 2018-Feb-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.01.014 PMID:29454938	研究论文	本文使用单分子RNA荧光原位杂交作为金标准，评估单细胞RNA测序数据在检测稀有细胞表达变异性时的权衡	本文通过量化26个基因的表达分布，发现跨平台估计的一致性随着转录组覆盖度和分析细胞数量的增加而提高	NA	评估单细胞RNA测序在检测稀有细胞表达变异性时的准确性	26个从普遍到稀有表达的基因	基因组学	NA	单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交	NA	基因表达数据	26个基因
10	2024-08-09	Observation weights unlock bulk RNA-seq tools for zero inflation and single-cell applications 2018-02-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1406-4 PMID:29478411	研究论文	本文介绍了一种基于零膨胀负二项模型的加权策略，用于解锁批量RNA测序差异表达分析管道，以处理零膨胀数据，提高单细胞RNA测序性能	提出了一种新的加权策略，基于零膨胀负二项模型，识别过多的零计数并生成基因和细胞特异性权重，以解锁批量RNA测序差异表达分析管道，适用于零膨胀数据	NA	旨在解决单细胞RNA测序中由于丢弃事件导致的零计数过多问题，提高差异表达分析的性能	单细胞RNA测序数据中的零膨胀问题	基因组学	NA	RNA测序	负二项模型	RNA测序数据	NA
11	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of rheumatoid arthritis synovial tissue using low-cost microfluidic instrumentation 2018-02-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02659-x PMID:29476078	research paper	本文开发了一种3D打印的低成本液滴微流控控制仪器，并在临床环境中使用该仪器对五名类风湿性关节炎患者的分散滑膜组织进行单细胞转录组分析	开发了一种3D打印的低成本液滴微流控仪器，解决了现有技术成本高和用户友好性不足的问题	NA	旨在解决液滴微流控技术在疾病组织细胞异质性解析中的成本和可操作性问题	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	digital pathology	类风湿性关节炎	single-cell RNA-seq	NA	text	20,387个单细胞
12	2024-08-09	Functionally distinct disease-associated fibroblast subsets in rheumatoid arthritis 2018-02-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-02892-y PMID:29476097	研究论文	本文研究了类风湿性关节炎中功能不同的疾病相关成纤维细胞亚群，通过批量转录组学和单细胞转录组学分析了人类滑膜组织中成纤维细胞亚群的功能和转录差异	本文首次识别了七个具有不同表面蛋白表型的成纤维细胞亚群，并将其整合为三个亚群，其中一个亚群在类风湿性关节炎患者中显著增加，具有促炎和侵袭性细胞特征	NA	研究类风湿性关节炎中成纤维细胞亚群的异质性及其与病理的关系	人类滑膜组织中的成纤维细胞亚群	NA	类风湿性关节炎	批量转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
13	2024-08-09	Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq 2018-02-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.02.001 PMID:29474909	research paper	本文开发了Microwell-seq技术，用于构建小鼠细胞图谱（MCA），并分析了超过400,000个单细胞覆盖小鼠主要器官	开发了高吞吐量且低成本的Microwell-seq平台，用于单细胞RNA测序，并构建了小鼠细胞图谱	NA	构建基于转录组的小鼠细胞图谱	小鼠的单细胞RNA测序	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过400,000个单细胞
14	2024-08-09	Analysis of cardiomyocyte clonal expansion during mouse heart development and injury 2018-02-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-02891-z PMID:29467410	研究论文	本文研究了小鼠心脏发育和损伤过程中心肌细胞克隆扩张的细胞机制	首次识别了小鼠发育和损伤后新心肌细胞的来源，并发现心脏前体细胞在发育过程中维持增殖潜能	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类心脏发育和损伤	探讨心脏组织形成的细胞机制	小鼠心脏发育和损伤过程中的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及早期胚胎和新生小鼠的心肌细胞
15	2024-08-09	Inertial-ordering-assisted droplet microfluidics for high-throughput single-cell RNA-sequencing 2018-02-27, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c7lc01284e PMID:29423464	研究论文	本文开发了一种基于惯性排序辅助的液滴微流控平台，用于高通量单细胞RNA测序，显著提高了通量并减少了条形码错误。	通过惯性效应在螺旋通道中自发排序高浓度含寡核苷酸条形码的珠子，实现了珠子的确定性封装，从而提高了单珠液滴的比例，减少了条形码错误。	NA	开发一种新的液滴微流控平台，以提高单细胞RNA测序的精确性和效率。	单细胞RNA测序中的条形码错误和通量问题。	微流控	NA	RNA测序	NA	微流控液滴	高浓度珠子（1000 μl）
16	2024-08-09	A molecular atlas of cell types and zonation in the brain vasculature 2018-02-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25739 PMID:29443965	研究论文	本文利用血管单细胞转录组学技术，为成年小鼠大脑中的主要血血管和血管相关细胞类型提供了分子定义	揭示了沿动静脉轴的渐进性表型变化（分区）的转录基础，并发现了内皮细胞和壁细胞在细胞类型差异上的不同连续性	NA	深入理解构成大脑血管的细胞类型及其分子机制	成年小鼠大脑中的血血管和血管相关细胞	数字病理学	脑血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组	成年小鼠大脑血管细胞
17	2024-08-09	A Macrophage Colony-Stimulating-Factor-Producing γδ T Cell Subset Prevents Malarial Parasitemic Recurrence 2018-02-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.01.009 PMID:29426701	研究论文	本文研究了γδ T细胞在疟疾感染中的作用，特别是在急性寄生虫血症缓解后，γδ T细胞的快速扩张及其对寄生虫血症复发的预防作用	发现了一种产生巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）的γδ T细胞亚群，该亚群在疟疾感染后期发挥特殊的保护作用	NA	探究γδ T细胞在疟疾感染中的具体作用及其对寄生虫血症复发的预防机制	γδ T细胞在疟疾感染中的功能及作用机制	NA	疟疾	单细胞测序	NA	细胞	小鼠和人类样本
18	2024-08-09	Deciphering Cell Lineage Specification during Male Sex Determination with Single-Cell RNA Sequencing 2018-02-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.01.043 PMID:29425512	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在性别决定期间的XY小鼠性腺中，揭示了体细胞前体细胞的身份及其驱动细胞分化的转录事件	本研究首次在性别决定期间的小鼠性腺中，通过单细胞RNA测序技术，识别出单一的体细胞前体细胞群，并详细分析了这些细胞分化为Sertoli细胞和胎儿Leydig细胞的转录变化	NA	研究性腺中性细胞命运决定的细胞谱系特化过程	XY小鼠性腺中的体细胞前体细胞及其分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
19	2024-08-09	Graded Arrays of Spinal and Supraspinal V2a Interneuron Subtypes Underlie Forelimb and Hindlimb Motor Control 2018-02-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.01.023 PMID:29398364	research paper	本文研究了脊髓和脊上V2a中间神经元亚型的分级排列如何影响前肢和后肢的运动控制	发现了两种主要的V2a中间神经元类型，它们在发育过程中形成，并通过单细胞RNA测序揭示了这些神经元包含多个亚型	NA	揭示脊髓中V2a中间神经元的分子和解剖组织，以及它们如何影响特定区域的运动输出	脊髓和脊上V2a中间神经元及其在运动控制中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	NA
20	2024-08-09	Chromatin Modification and Global Transcriptional Silencing in the Oocyte Mediated by the mRNA Decay Activator ZFP36L2 2018-02-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.01.006 PMID:29408237	研究论文	本文报道了在卵母细胞中，ZFP36L2这一mRNA降解激活因子介导的染色质修饰和全局转录沉默的机制	首次发现卵母细胞中的全局转录沉默依赖于一个mRNA降解激活因子ZFP36L2	NA	揭示ZFP36L2在卵母细胞生长过程中的作用及其对染色质修饰和全局转录的影响	卵母细胞中的ZFP36L2及其对转录和染色质修饰调控因子的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠卵母细胞