单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 34 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals gene expression signatures of breast cancer-associated endothelial cells
2018-Feb-16, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.23760
PMID:29541388
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示乳腺癌相关内皮细胞的基因表达特征 | 首次通过单细胞RNA测序系统比较乳腺癌内皮细胞与正常内皮细胞的基因表达差异，发现细胞外基质相关基因在肿瘤内皮细胞中的关键作用 | 研究样本来源有限，仅针对乳腺癌组织，需要更多癌症类型的验证 | 探究乳腺癌中肿瘤内皮细胞的基因表达特征及其生物学功能 | 从人类乳腺癌组织和减乳成形术组织中分离的内皮细胞 | 单细胞测序 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | PCA, 层次聚类分析, GSEA | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Observation weights unlock bulk RNA-seq tools for zero inflation and single-cell applications
2018-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1406-4
PMID:29478411
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研究论文 | 本文提出一种基于零膨胀负二项模型的加权策略，使传统bulk RNA-seq差异表达分析方法适用于单细胞RNA测序数据 | 开发了基因和细胞特异性权重策略，首次实现将传统bulk RNA-seq工具应用于零膨胀的单细胞RNA测序数据 | NA | 解决单细胞RNA测序中零膨胀导致的差异表达分析能力下降问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
scNMT-seq enables joint profiling of chromatin accessibility DNA methylation and transcription in single cells
2018-02-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03149-4
PMID:29472610
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研究论文 | 开发了一种可同时分析单细胞染色质可及性、DNA甲基化和转录组的测序方法 | 首次实现了在单细胞水平上同时分析三种分子层面（染色质可及性、DNA甲基化和转录组）的方法 | NA | 研究表观基因组与转录组之间的调控关系 | 小鼠胚胎干细胞分化过程 | 表观基因组学 | NA | scNMT-seq, GpC甲基转移酶标记, 亚硫酸氢盐测序, RNA测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学测序 | NA | scNMT-seq（单细胞核小体、甲基化和转录测序） |
| 4 | 2025-10-06 |
A molecular atlas of cell types and zonation in the brain vasculature
2018-02-22, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature25739
PMID:29443965
|
研究论文 | 通过血管单细胞转录组学绘制小鼠大脑血管系统的细胞类型和分区图谱 | 首次在分子水平定义大脑血管主要细胞类型，揭示沿动静脉轴的连续表型变化模式，发现内皮细胞与壁细胞的连续模式差异 | 研究仅限于成年小鼠模型，人类血管系统可能存在差异 | 解析大脑血管系统的细胞组成和组织结构 | 成年小鼠大脑血管系统 | 单细胞生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 成年小鼠大脑血管细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Graded Arrays of Spinal and Supraspinal V2a Interneuron Subtypes Underlie Forelimb and Hindlimb Motor Control
2018-02-21, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2018.01.023
PMID:29398364
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研究论文 | 本研究揭示了脊髓V2a中间神经元的分级阵列结构及其在前肢和后肢运动控制中的作用机制 | 首次发现V2a中间神经元存在I型和II型两种主要类型，并呈反向梯度分布，揭示了脊髓不同节段运动输出的特异性处理机制 | 研究主要基于发育过程中的观察，对成年后该系统的功能维持和可塑性需要进一步验证 | 探究脊髓中控制肢体运动的神经回路组织结构 | 小鼠脊髓V2a中间神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Defining murine organogenesis at single-cell resolution reveals a role for the leukotriene pathway in regulating blood progenitor formation
2018-02, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-017-0013-z
PMID:29311656
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序绘制小鼠原肠胚形成后器官发生的细胞图谱，揭示白三烯途径在血液祖细胞形成中的调控作用 | 首次在原肠胚形成后阶段(E8.25)对小鼠发育进行大规模单细胞转录组分析，识别出20种主要细胞类型及其亚结构，并发现白三烯途径在造血祖细胞生成中的新功能 | 研究仅聚焦于小鼠胚胎发育的特定时间点(E8.25)，未涵盖整个器官发生过程 | 解析小鼠器官发生阶段的细胞类型组成和分子调控机制 | 小鼠胚胎发育E8.25阶段的细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过20,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
TH2 cell development and function
2018-02, Nature reviews. Immunology
DOI:10.1038/nri.2017.118
PMID:29082915
|
综述 | 本文综述了T辅助2细胞（TH2）的发育与功能机制及其在疾病中的作用 | 整合了树突状细胞、先天淋巴样细胞和上皮细胞等多种细胞来源的分子信号对TH2细胞分化的调控机制，并探讨了单细胞技术带来的新研究机遇 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据验证 | 阐明TH2细胞分化机制及其在哮喘和过敏等疾病中的治疗靶点 | T辅助2细胞（TH2）及其分化调控机制 | 免疫学 | 哮喘和过敏 | 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、体内细胞命运示踪技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 8 | 2024-08-07 |
Combinatory use of distinct single-cell RNA-seq analytical platforms reveals the heterogeneous transcriptome response
2018-02-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-21161-y
PMID:29472726
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研究论文 | 本文探讨了结合不同单细胞RNA测序平台以揭示癌症细胞转录组异质性的有效性 | 提出了一种结合不同单细胞RNA测序平台的方法，以获取更全面的表达差异信息和足够的细胞群体 | 尽管可以分析转录模块的活性，但某些情况下无法精确推断单个基因的信息 | 研究癌症细胞的转录组异质性 | 癌症细胞的转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及少量细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-07 |
Characterizing the replicability of cell types defined by single cell RNA-sequencing data using MetaNeighbor
2018-02-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03282-0
PMID:29491377
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MetaNeighbor的复制框架，用于量化单细胞RNA测序数据中细胞类型的跨数据集复制程度，并快速识别高度相似的集群 | 提出了MetaNeighbor框架，用于评估和提高单细胞RNA测序数据的复制性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的复制性，并定义最佳实践 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型复制性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8个技术性和生物多样性不同的数据集，45个中间神经元亚型中的24个 | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-07 |
An Efficient Single-Cell RNA-Seq Approach to Identify Neoantigen-Specific T Cell Receptors
2018-02-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2017.10.018
PMID:29174843
|
研究论文 | 本文提出了一种新的治疗策略，通过遗传修饰自体T细胞与新抗原特异性T细胞受体（TCRs）并将其转移回癌症患者，以提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效 | 开发了一种新的方法，通过TILs与TMG转染或肽脉冲的自体抗原呈递细胞（APCs）共培养，并进行单细胞RNA测序分析T细胞，以识别与高表达IFN-γ和IL-2细胞相关的配对TCR序列 | 目前的分离新抗原特异性TCRs的技术耗时且技术挑战大，不适合临床应用 | 提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效 | 新抗原特异性T细胞受体（TCRs） | NA | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 多个TCRs被识别、合成、克隆并转导到供体T细胞中 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
A stochastic and dynamical view of pluripotency in mouse embryonic stem cells
2018-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006000
PMID:29451874
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研究论文 | 本文开发了一个框架，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学 | 提出了一个系统的方法，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学 | 文章未明确提及现有方法的局限性 | 研究胚胎干细胞多能性状态的动态和分子随机性 | 胚胎干细胞的多能性状态及其调控网络 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | 机器学习方法 | 基因网络拓扑结构 | 未明确提及样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
Gli3 is a negative regulator of Tas1r3-expressing taste cells
2018-02, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1007058
PMID:29415007
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研究论文 | 研究探讨了Gli3在味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3表达的味觉受体细胞中的表达和功能 | 首次揭示了Gli3作为抑制因子在成年后舌味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3+细胞中的作用 | 研究主要集中在后舌的味觉细胞，前舌的情况未详细探讨 | 探究Gli3在成年后舌味觉细胞再生中的作用及其对味觉功能的影响 | 小鼠的味觉细胞和味觉干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、PCR和免疫组织化学 | NA | RNA | Gli3CKO和Gli3WT小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-09 |
Rare Cell Detection by Single-Cell RNA Sequencing as Guided by Single-Molecule RNA FISH
2018-Feb-28, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.01.014
PMID:29454938
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研究论文 | 本文使用单分子RNA荧光原位杂交作为金标准，评估单细胞RNA测序数据在检测稀有细胞表达变异性时的权衡 | 本文通过量化26个基因的表达分布，发现跨平台估计的一致性随着转录组覆盖度和分析细胞数量的增加而提高 | NA | 评估单细胞RNA测序在检测稀有细胞表达变异性时的准确性 | 26个从普遍到稀有表达的基因 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 26个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq of rheumatoid arthritis synovial tissue using low-cost microfluidic instrumentation
2018-02-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-017-02659-x
PMID:29476078
|
research paper | 本文开发了一种3D打印的低成本液滴微流控控制仪器，并在临床环境中使用该仪器对五名类风湿性关节炎患者的分散滑膜组织进行单细胞转录组分析 | 开发了一种3D打印的低成本液滴微流控仪器，解决了现有技术成本高和用户友好性不足的问题 | NA | 旨在解决液滴微流控技术在疾病组织细胞异质性解析中的成本和可操作性问题 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织 | digital pathology | 类风湿性关节炎 | single-cell RNA-seq | NA | text | 20,387个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
Functionally distinct disease-associated fibroblast subsets in rheumatoid arthritis
2018-02-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-02892-y
PMID:29476097
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研究论文 | 本文研究了类风湿性关节炎中功能不同的疾病相关成纤维细胞亚群，通过批量转录组学和单细胞转录组学分析了人类滑膜组织中成纤维细胞亚群的功能和转录差异 | 本文首次识别了七个具有不同表面蛋白表型的成纤维细胞亚群，并将其整合为三个亚群，其中一个亚群在类风湿性关节炎患者中显著增加，具有促炎和侵袭性细胞特征 | NA | 研究类风湿性关节炎中成纤维细胞亚群的异质性及其与病理的关系 | 人类滑膜组织中的成纤维细胞亚群 | NA | 类风湿性关节炎 | 批量转录组学，单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq
2018-02-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.02.001
PMID:29474909
|
research paper | 本文开发了Microwell-seq技术，用于构建小鼠细胞图谱（MCA），并分析了超过400,000个单细胞覆盖小鼠主要器官 | 开发了高吞吐量且低成本的Microwell-seq平台，用于单细胞RNA测序，并构建了小鼠细胞图谱 | NA | 构建基于转录组的小鼠细胞图谱 | 小鼠的单细胞RNA测序 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过400,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
Analysis of cardiomyocyte clonal expansion during mouse heart development and injury
2018-02-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-02891-z
PMID:29467410
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研究论文 | 本文研究了小鼠心脏发育和损伤过程中心肌细胞克隆扩张的细胞机制 | 首次识别了小鼠发育和损伤后新心肌细胞的来源，并发现心脏前体细胞在发育过程中维持增殖潜能 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类心脏发育和损伤 | 探讨心脏组织形成的细胞机制 | 小鼠心脏发育和损伤过程中的心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及早期胚胎和新生小鼠的心肌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Inertial-ordering-assisted droplet microfluidics for high-throughput single-cell RNA-sequencing
2018-02-27, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/c7lc01284e
PMID:29423464
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研究论文 | 本文开发了一种基于惯性排序辅助的液滴微流控平台，用于高通量单细胞RNA测序，显著提高了通量并减少了条形码错误。 | 通过惯性效应在螺旋通道中自发排序高浓度含寡核苷酸条形码的珠子，实现了珠子的确定性封装，从而提高了单珠液滴的比例，减少了条形码错误。 | NA | 开发一种新的液滴微流控平台，以提高单细胞RNA测序的精确性和效率。 | 单细胞RNA测序中的条形码错误和通量问题。 | 微流控 | NA | RNA测序 | NA | 微流控液滴 | 高浓度珠子（1000 μl） | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
A Macrophage Colony-Stimulating-Factor-Producing γδ T Cell Subset Prevents Malarial Parasitemic Recurrence
2018-02-20, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.01.009
PMID:29426701
|
研究论文 | 本文研究了γδ T细胞在疟疾感染中的作用，特别是在急性寄生虫血症缓解后，γδ T细胞的快速扩张及其对寄生虫血症复发的预防作用 | 发现了一种产生巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）的γδ T细胞亚群，该亚群在疟疾感染后期发挥特殊的保护作用 | NA | 探究γδ T细胞在疟疾感染中的具体作用及其对寄生虫血症复发的预防机制 | γδ T细胞在疟疾感染中的功能及作用机制 | NA | 疟疾 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Deciphering Cell Lineage Specification during Male Sex Determination with Single-Cell RNA Sequencing
2018-02-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.01.043
PMID:29425512
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在性别决定期间的XY小鼠性腺中，揭示了体细胞前体细胞的身份及其驱动细胞分化的转录事件 | 本研究首次在性别决定期间的小鼠性腺中，通过单细胞RNA测序技术，识别出单一的体细胞前体细胞群，并详细分析了这些细胞分化为Sertoli细胞和胎儿Leydig细胞的转录变化 | NA | 研究性腺中性细胞命运决定的细胞谱系特化过程 | XY小鼠性腺中的体细胞前体细胞及其分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |