单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-09	Modulation of Drosophila post-feeding physiology and behavior by the neuropeptide leucokinin 2018-11, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007767 PMID:30457986	研究论文	研究探讨了果蝇后进食生理和行为受神经肽亮氨酸激酶（LK）调控的机制	首次详细描绘了LK神经回路，并发现LK信号在Lk和Lk受体（Lkr）突变体中的缺陷影响了多个协调过程，如压力调节、水平衡、进食、运动活动和代谢率	文章中提到的机制和神经回路的具体作用仍需进一步研究	旨在理解神经肽如何协调复杂的竞争行为	果蝇的后进食生理和行为	神经科学	NA	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	涉及果蝇的Lk和Lkr突变体以及特定敲降Lkr的果蝇
162	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals Heterogeneity and Drug Response of Human Colorectal Cancer Organoids 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8512784 PMID:30440885	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术探讨了人结直肠癌类器官的转录组特征及其对一线抗癌药物奥沙利铂的反应	首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法揭示了肿瘤类器官中的癌症异质性及其对化疗药物的反应	NA	研究肿瘤类器官是否能重现患者肿瘤中观察到的细胞异质性及其对化疗的反应	人结直肠癌类器官及其对奥沙利铂的反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
163	2024-08-09	Identifying progressive gene network perturbation from single-cell RNA-seq data 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8513444 PMID:30441472	研究论文	本文介绍了一种名为PIPER的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别驱动基因调控网络差异的扰动基因	PIPER方法专门为单细胞RNA测序数据设计，能够联合识别多种渐进条件下的基因网络，并通过差异网络分析识别主要调控因子	NA	识别控制发育或疾病的基因调控网络	单细胞RNA测序数据中的渐进基因网络扰动	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
164	2024-08-09	Spatial Transcriptomics of C. elegans Males and Hermaphrodites Identifies Sex-Specific Differences in Gene Expression Patterns 2018-12-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.10.016 PMID:30416013	研究论文	本文利用空间转录组学技术生成了C. elegans雄性和雌雄同体的高分辨率前后基因表达图谱，并开发了计算方法来发现区域和组织特异性基因	本文发现了大量性别特异性的基因表达差异，特别是在生殖细胞和精子中，并识别出在雄性生殖道中特异性表达的一组未表征基因，这些基因编码小分泌蛋白，对雄性生育力至关重要	NA	为了深入理解驱动细胞和组织特化的遗传程序，需要全面概述基因表达模式	C. elegans雄性和雌雄同体的基因表达模式	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	C. elegans雄性和雌雄同体
165	2024-08-09	Identity Noise and Adipogenic Traits Characterize Dermal Fibroblast Aging 2018-11-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.012 PMID:30415840	研究论文	研究探讨了在小鼠皮肤成纤维细胞在生理老化过程中，不同饮食制度对其的影响	首次揭示了老化过程中成纤维细胞身份的模糊化及其获得脂肪生成特性的现象	NA	探究成纤维细胞在老化过程中的变化及其与系统代谢的关系	小鼠皮肤成纤维细胞	NA	NA	群体和单细胞转录组学，长期谱系追踪	NA	转录组数据	NA
166	2024-08-09	High-Dimensional Single-Cell Analysis Identifies Organ-Specific Signatures and Conserved NK Cell Subsets in Humans and Mice 2018-11-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.009 PMID:30413361	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类和小鼠的NK细胞在不同器官中的异质性	首次在单细胞分辨率下识别出人类和小鼠NK细胞在脾脏和血液中的不同亚群，并揭示了跨器官和物种的NK细胞亚群的相似性	NA	研究NK细胞在不同器官和物种间的异质性	人类和小鼠的NK细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个从脾脏和血液中分离的单个细胞
167	2024-08-09	A web server for comparative analysis of single-cell RNA-seq data 2018-11-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07165-2 PMID:30425249	研究论文	本文开发了一个自动化流程，用于下载、处理和注释公开的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，以实现大规模监督性细胞类型鉴定，并通过一个网络服务器scQuery展示其应用。	本文扩展了监督神经网络，以获得高效且准确的scRNA-seq数据表示，并展示了监督方法在细胞类型识别上优于非监督方法。	目前的细胞特征分析方法主要依赖于少数已知的标记基因，仅限于几种已充分表征的细胞类型。	开发一种自动化流程和网络服务器，用于大规模监督性分析scRNA-seq数据，以提高细胞类型鉴定的准确性。	公开的scRNA-seq数据集及其在健康和疾病状态下的细胞类型分布比较。	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	scRNA-seq数据	超过500个不同研究中的超过300种独特细胞类型
168	2024-08-09	VIPER: variability-preserving imputation for accurate gene expression recovery in single-cell RNA sequencing studies 2018-11-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1575-1 PMID:30419955	research paper	开发了一种名为VIPER的方法，用于在单细胞RNA测序研究中填补零值，以促进单细胞水平上的准确转录组定量	VIPER基于非负稀疏回归模型，能够逐步推断出对感兴趣细胞表达水平最具预测性的稀疏局部邻域细胞集，以进行填补	NA	旨在提高单细胞RNA测序研究中基因表达数据的准确性	单细胞RNA测序中的零值填补	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	nonnegative sparse regression models	gene expression data	NA
169	2024-08-09	Integrative analysis of single-cell expression data reveals distinct regulatory states in bidirectional promoters 2018-11-10, Epigenetics & chromatin IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s13072-018-0236-7 PMID:30414612	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据与批量ChIP-seq及其他表观遗传学数据，揭示了双向启动子中不同的调控状态	本研究首次揭示了双向启动子中先前未被识别的转录状态，并发现了这些状态与基因结构特征、DNA可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和转录因子结合模式之间的关联	本研究主要依赖于批量测序数据，未来可能需要开发新的统计方法来解析使用单细胞RNA测序数据的不同批量表观遗传学实验中掩盖的亚细胞群	研究双向启动子中细胞如何整合不同的表观遗传信息以驱动基因表达	双向启动子中的转录调控状态	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），ChIP-seq	NA	RNA序列，表观遗传学数据	人类单细胞RNA测序数据
170	2024-08-09	T-ALL leukemia stem cell 'stemness' is epigenetically controlled by the master regulator SPI1 2018-11-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.38314 PMID:30412053	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了SPI1作为主调节因子在T-ALL白血病干细胞'干细胞性'中的表观遗传调控作用	首次发现SPI1在T-ALL白血病干细胞中的特异性表达，并揭示了β-catenin-SPI1-HAVCR2调控环路对LSC'干细胞性'的维持作用	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类T-ALL中验证类似的调控机制	探究T-ALL白血病干细胞'干细胞性'的关键决定因素	T-ALL白血病干细胞及其'干细胞性'	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠T-ALL模型
171	2024-08-09	Single-cell RNA Sequencing of Fluorescently Labeled Mouse Neurons Using Manual Sorting and Double In Vitro Transcription with Absolute Counts Sequencing (DIVA-Seq) 2018-10-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/58690 PMID:30417879	研究论文	本文介绍了一种手动收集稀疏荧光标记的单个神经元的方法，并结合体外转录扩增协议，使用独特的分子标识符（UMIs）生成单个mRNA计数，以进行单细胞RNA测序。	提出了一种手动收集稀疏荧光标记单个神经元的新方法，并结合体外转录扩增协议，使用UMIs生成单个mRNA计数，提高了单细胞基因检测的效率。	该方法需要手动收集神经元，可能不适用于大规模样本的处理。	开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于分析稀疏标记的神经元群体。	稀疏荧光标记的单个神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	从新鲜分离的小鼠脑组织中收集的稀疏荧光标记的单个神经元
172	2024-08-09	A Combinatorial Single-cell Approach to Characterize the Molecular and Immunophenotypic Heterogeneity of Human Stem and Progenitor Populations 2018-10-25, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/57831 PMID:30417863	研究论文	本文描述了一种结合单细胞逆转录定量PCR（RT-qPCR）和FACS指数排序的方法，用于同时表征细胞群体中的分子和免疫表型异质性	该方法通过直接指数排序单细胞到裂解缓冲液中，允许cDNA合成和特定目标预扩增在一步骤中进行，并能将随后获得的分子特征与细胞表面标记表达相关联	NA	研究目的是开发一种方法，用于敏感测量预选基因的mRNA表达，并有可能开发后续前瞻性分离分子上不同亚群的协议	人类干细胞和祖细胞群体的分子和免疫表型异质性	数字病理学	NA	单细胞逆转录定量PCR（RT-qPCR），FACS指数排序	NA	基因表达数据	NA
173	2024-08-09	SPhyR: tumor phylogeny estimation from single-cell sequencing data under loss and error 2018-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty589 PMID:30423070	研究论文	本文介绍了一种名为SPhyR的方法，用于从单细胞测序数据中估计肿瘤谱系	SPhyR采用k-Dollo进化模型，该模型允许一个突变只能获得一次但可以丢失k次，并基于与系统发育多状态完美谱系问题的联系，提出了一种新的组合解特征描述方法	NA	理解肿瘤内部异质性的进化机制	单细胞测序数据中的肿瘤谱系	生物信息学	结直肠癌	单细胞测序	k-Dollo进化模型	测序数据	模拟数据和一个转移性结直肠癌样本
174	2024-08-09	Computational enhancement of single-cell sequences for inferring tumor evolution 2018-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty571 PMID:30423071	研究论文	本文评估了五种方法（OncoNEM, SCG, SCITE, SiFit 和 BEAM）在计算机模拟数据集上的鲁棒性表现，其中 BEAM 是一种利用单细胞数据中内在进化信息的贝叶斯进化感知方法	提出了一种新的方法 BEAM，该方法利用单细胞数据中的内在进化信息在分子系统发育框架中提高单细胞序列的质量	大多数方法在填补缺失碱基方面具有高准确性，但有效检测和纠正假阳性和假阴性仍然是一个挑战，尤其是在小数据集上	评估现有方法和新方法在单细胞序列数据中提高数据质量和生物学推断能力的性能	单细胞序列数据中的缺失碱基和错误碱基指定	生物信息学	肿瘤	单细胞测序	贝叶斯方法	序列数据	小数据集和大样本量数据集
175	2024-08-09	The Development of an Effective Bacterial Single-Cell Lysis Method Suitable for Whole Genome Amplification in Microfluidic Platforms 2018-Jul-25, Micromachines IF:3.0Q2 DOI:10.3390/mi9080367 PMID:30424300	研究论文	本文介绍了一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法	提出了一种基于热化学裂解的新协议，能够从革兰氏阳性和革兰氏阴性菌中提取基因组DNA，且不干扰扩增化学	NA	开发一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法	革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的单细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	基因组DNA	革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的单细胞，成功率为100%
176	2024-08-09	Characterization of sensory neuronal subtypes innervating mouse tongue 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0207069 PMID:30408082	研究论文	本研究基于先前在背根神经节（DRG）神经元中描述的神经元亚型分类，鉴定并表征了支配小鼠舌头的三叉神经节（TG）传入神经元的分子和功能组织	本研究首次详细描述了支配小鼠舌头的感觉神经元的亚型，并发现了TG和DRG神经元之间的一些差异	需要对所有TG以及DRG神经元进行基于组织类型的单细胞测序以进一步研究	鉴定和表征支配小鼠舌头的感觉神经元亚型	小鼠舌头的感觉神经元	NA	NA	免疫组织化学，单细胞PCR	NA	NA	NA
177	2024-08-09	Gene Signature of the Human Pancreatic ε Cell 2018-12-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2018-00833 PMID:30380031	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了从成年非糖尿病供体分离的人胰腺ε细胞的分子特征	本研究扩展了关于ε细胞发育过程中重要基因的先前知识，并为探究这种罕见的人胰岛细胞类型的转录组提供了资源	NA	探索人胰腺ε细胞的分子特征，特别是涉及细胞功能调控的转录因子、细胞表面受体和代谢途径相关基因	人胰腺ε细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从成年非糖尿病供体分离的ε细胞
178	2024-08-09	High-Throughput Single-Cell Sequencing of both TCR-β Alleles 2018-12-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1800774 PMID:30381480	research paper	本研究开发了一种高通量的条形码方法，用于同时分析数百个单细胞中鼠类TCR-β等位基因的VDJ重组状态。	本研究首次采用高通量条形码技术，实现了对单细胞中TCR-β等位基因VDJ重组状态的同步分析。	NA	研究旨在探索B和T淋巴细胞中抗原特异性生成的重要机制——等位基因排除现象。	研究对象为鼠类TCR-β等位基因的VDJ重组状态。	digital pathology	NA	next-generation sequencing	NA	sequencing data	数百个单细胞
179	2024-08-09	T Helper Cell Cytokines Modulate Intestinal Stem Cell Renewal and Differentiation 2018-11-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.008 PMID:30392957	研究论文	本文研究了辅助T细胞细胞因子如何调节肠道干细胞的更新和分化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了MHC II类分子在Lgr5肠道干细胞中的富集，并展示了这些细胞作为非传统抗原呈递细胞在共培养系统中的作用	NA	探讨免疫细胞在肠道干细胞微环境中的作用及其对干细胞命运的影响	肠道干细胞及其在辅助T细胞影响下的更新和分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及Lgr5肠道干细胞和CD4辅助T细胞的共培养系统
180	2024-08-09	Simulation-based benchmarking of isoform quantification in single-cell RNA-seq 2018-11-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1571-5 PMID:30404663	研究论文	本文通过模拟数据对五种流行的单细胞RNA测序isoform定量工具进行了基准测试	首次对单细胞RNA测序中的isoform定量工具进行了全面的基准测试	主要基于模拟数据进行评估，实际数据的分析较少	评估和比较单细胞RNA测序中isoform定量工具的性能	五种流行的isoform定量工具	RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	模拟数据和真实数据	使用了SMARTer和SMART-seq2数据进行模拟