单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-09	Virus-inclusive single-cell RNA sequencing reveals the molecular signature of progression to severe dengue 2018-12-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1813819115 PMID:30530648	研究论文	本研究利用病毒包含的单细胞RNA测序技术，分析了登革热患者和健康对照者的外周血单个核细胞的转录组，以揭示登革热严重进展的分子特征	首次采用病毒包含的单细胞RNA测序技术，分析了登革热患者外周血单个核细胞中的病毒RNA，并识别了与严重登革热进展相关的特定免疫细胞亚型和基因表达模式	研究样本量较小，仅包括六名登革热患者和四名健康对照者	揭示登革热病毒感染导致严重并发症的分子机制，并寻找预测严重登革热进展的生物标志物	登革热病毒感染的外周血单个核细胞	数字病理学	登革热	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六名登革热患者和四名健康对照者的外周血单个核细胞
122	2024-08-09	High-affinity allergen-specific human antibodies cloned from single IgE B cell transcriptomes 2018-12-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aau2599 PMID:30545888	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了食物过敏个体的单个IgE B细胞的基因表达和剪接模式	发现了IgE抗体在无关个体中经历相同基因重排的趋同进化现象，并获得了对花生过敏原Ara h 2和Ara h 3的高亲和力和意外交叉反应性	NA	揭示IgE B细胞转录组学特性并促进对该抗体类的生化分析	食物过敏个体的单个IgE B细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自食物过敏个体的单个IgE B细胞
123	2024-08-09	MISC: missing imputation for single-cell RNA sequencing data 2018-12-14, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0638-y PMID:30547798	研究论文	本文提出了一种名为MISC的新模型，用于解决单细胞RNA测序数据中高比例缺失值的问题	MISC模型采用混合机器学习方法，通过二分类问题转换和回归模型来恢复缺失数据，提高了细胞类型分类的准确性	NA	旨在准确恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序	混合机器学习模型	RNA-seq表达矩阵	慢性髓性白血病数据、小鼠大脑初级体感皮层和海马CA1区域细胞数据
124	2024-08-09	Heterogeneous Responses of Hematopoietic Stem Cells to Inflammatory Stimuli Are Altered with Age 2018-12-11, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.056 PMID:30540934	研究论文	研究探讨了长期造血干细胞（LT-HSCs）在炎症刺激下对年龄的异质性反应	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）识别了在老年LT-HSCs中普遍存在的一种偏向髓系的LT-HSC亚群（mLT-HSCs），并鉴定了CD61作为mLT-HSCs的标记物	NA	研究LT-HSCs在不同年龄下对炎症刺激的反应差异及其分子机制	长期造血干细胞（LT-HSCs）及其在不同年龄下的功能变化	NA	髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
125	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of Mouse and hESC-Derived Pancreatic Progenitors 2018-12-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.11.008 PMID:30540962	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了来自Neurog3-Cre; Rosa26胚胎的小鼠胚胎日15.5和18.5的胰腺细胞以及hESC衍生的GFP+细胞，以研究胰腺内分泌前体细胞的特征	本研究首次详细描述了小鼠和hESC衍生的内分泌前体细胞的单细胞转录组特征，并揭示了与前体细胞、内分泌细胞或先前未描述的细胞状态相关的标记物	NA	研究旨在通过深入了解β细胞在胚胎发育过程中的形成机制，以改进hESC分化为功能性β样细胞的协议	研究对象包括小鼠胚胎胰腺细胞和hESC衍生的内分泌前体细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	共分析了6,905个小鼠胚胎日15.5的胰腺细胞、6,626个小鼠胚胎日18.5的胰腺细胞和4,462个hESC衍生的GFP+细胞
126	2024-08-09	An integrated enrichment system to facilitate isolation and molecular characterization of single cancer cells from whole blood 2018-12, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23599 PMID:30549400	研究论文	本文介绍了一种集成富集系统，用于从全血中高效分离和分子表征单个癌细胞	该系统结合了磁性分离器和声学微流控聚焦芯片，实现了与荧光激活细胞分选（FACS™）和单细胞测序的在线富集，提高了癌细胞的回收率和下游分析的兼容性	目前仅在体外实验中验证了该系统的有效性，尚未在临床样本中进行广泛验证	开发一种高效的方法来分离和表征循环肿瘤细胞（CTCs），以支持个性化医疗和癌症诊断	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在全血中的分离和分子表征	数字病理学	前列腺癌	单细胞mRNA测序	NA	细胞	体外实验中使用了掺入的外周血中的前列腺癌细胞
127	2024-08-09	Visualizing and Interpreting Single-Cell Gene Expression Datasets with Similarity Weighted Nonnegative Embedding 2018-12-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.10.015 PMID:30528274	研究论文	本文介绍了一种名为相似性加权非负嵌入（SWNE）的新方法，用于可视化和解释单细胞基因表达数据集	SWNE方法通过非负矩阵分解将基因表达矩阵分解为生物学相关因子，并在2D可视化中嵌入细胞、基因和因子，同时使用相似性矩阵平滑嵌入，从而增强了数据集的解释性	NA	开发一种新的方法来可视化和解释单细胞基因表达数据集，以更好地理解细胞类型和发育轨迹	单细胞基因表达数据集，特别是造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	相似性加权非负嵌入（SWNE）	基因表达数据	造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据
128	2024-08-09	Spatial Analysis of Single Fiber Cells of the Developing Ocular Lens Reveals Regulated Heterogeneity of Gene Expression 2018-Dec-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.11.024 PMID:30508719	研究论文	研究了发育中的眼晶状体中单个纤维细胞的空间转录组学，揭示了基因表达的调控异质性	首次在单细胞水平上研究了17种已知晶体蛋白和77种非晶体蛋白基因在不同分化阶段的表达	NA	探究基因活性与眼晶状体纤维细胞形态之间的关系	眼晶状体中的单个纤维细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	来自三个不同分化状态/区域的单个纤维细胞
129	2024-08-09	Extensive cellular heterogeneity of X inactivation revealed by single-cell allele-specific expression in human fibroblasts 2018-12-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1806811115 PMID:30510006	研究论文	本文通过结合深度单细胞RNA测序和全基因组测序，研究了人类成纤维细胞中X染色体失活（XCI）的单细胞分辨率下的等位基因特异性表达	本文开发了一种新方法来识别和排除细胞双联体，并发现了一种新的XCI细胞异质性，即“失活”细胞和“逃逸”细胞	NA	研究X染色体失活（XCI）在单细胞水平上的细胞异质性	人类成纤维细胞和淋巴母细胞单细胞	NA	NA	单细胞RNA测序，全基因组测序	NA	基因表达数据	935个成纤维细胞和48个淋巴母细胞单细胞，来自五个女性个体
130	2024-08-09	Human bone marrow assessment by single-cell RNA sequencing, mass cytometry, and flow cytometry 2018-12-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124928 PMID:30518681	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术对人类骨髓细胞进行了综合评估	首次证明了这些单细胞分析技术在多样本人群样本中交叉验证和重复识别生物变异的能力	技术重复性较好，但生物重复性存在变异	评估单细胞分析技术在人类骨髓细胞中的应用	人类骨髓细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术	NA	单细胞RNA数据	20名健康成年捐赠者
131	2024-08-09	Human Intestinal Organoids Maintain Self-Renewal Capacity and Cellular Diversity in Niche-Inspired Culture Condition 2018-12-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.11.016 PMID:30526881	研究论文	本文研究了在特定培养条件下维持人类肠道类器官自我更新能力和细胞多样性的方法	通过结合胰岛素样生长因子1（IGF-1）和成纤维细胞生长因子2（FGF-2），提高了人类肠道干细胞的克隆能力和CRISPR基因编辑效率，并实现了长期培养多种肠道类器官	NA	探索维持人类肠道类器官细胞多样性和自我更新能力的培养条件	人类肠道类器官及其细胞多样性和自我更新能力	NA	NA	CRISPR-基因编辑技术，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包括人类和小鼠的小肠类器官
132	2024-08-09	Single-cell mutation identification via phylogenetic inference 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07627-7 PMID:30514897	研究论文	本文开发了一种新的方法SCIΦ，通过利用细胞间的进化关系，在单个肿瘤细胞中进行突变检测，并估计这些细胞的肿瘤系统发育	SCIΦ方法能够联合调用单个细胞中的突变并估计肿瘤系统发育，即使在高丢失率和缺失数据的情况下也能可靠地调用突变	NA	重建肿瘤进化是识别适当癌症治疗的关键方面	单个肿瘤细胞中的突变检测和肿瘤系统发育估计	数字病理学	乳腺癌，急性淋巴细胞白血病	单细胞测序	Markov Chain Monte Carlo	基因组数据	包括乳腺癌和急性淋巴细胞白血病的真实世界数据集
133	2024-08-09	Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07582-3 PMID:30514914	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）的三个不同亚群，并探讨了它们在肿瘤微环境中的空间分布和功能差异	首次通过单细胞RNA测序技术定义了乳腺癌相关成纤维细胞的三个不同亚群，并揭示了它们的不同起源和功能	研究主要基于遗传工程小鼠模型和实验模型，需要进一步在人类肿瘤中验证	揭示乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其功能	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	768个间充质细胞的转录组
134	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Mouse Olfactory Bulb Reveals Cellular Heterogeneity and Activity-Dependent Molecular Census of Adult-Born Neurons 2018-12-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.034 PMID:30517858	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和计算模型研究小鼠嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的活动依赖性分子普查	揭示了嗅球中不同神经元和非神经元细胞类型的转录异质性，并分析了成年新生中间神经元成熟过程中的分子变化	NA	研究嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的发育	小鼠嗅球中的神经元和非神经元细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	基因表达数据	NA
135	2024-08-09	Deep generative modeling for single-cell transcriptomics 2018-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0229-2 PMID:30504886	研究论文	介绍了一种用于单细胞转录组学的深度生成模型scVI，该模型利用随机优化和深度神经网络来整合相似细胞和基因的信息，并近似表达值的分布，同时考虑批次效应和有限敏感性	引入了单细胞变分推断（scVI）框架，这是一个可扩展的、用于单细胞基因表达概率表示和分析的工具	NA	开发一种能够处理单细胞转录组数据中技术噪声和偏差的模型	单细胞转录组数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度生成模型	基因表达数据	NA
136	2024-08-09	Inflammatory Cytokine TNFα Promotes the Long-Term Expansion of Primary Hepatocytes in 3D Culture 2018-11-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.012 PMID:30500539	研究论文	本文研究了炎症细胞因子TNFα在3D培养中促进原代肝细胞长期扩增的作用	首次展示了TNFα在体外3D培养中促进肝细胞长期扩增的能力，并实现了对受伤肝脏的显著再殖	NA	探究炎症细胞因子TNFα在3D培养中对肝细胞扩增的影响	原代肝细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
137	2024-08-09	Exploiting antigen receptor information to quantify index switching in single-cell transcriptome sequencing experiments 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0208484 PMID:30517183	研究论文	本文利用免疫细胞上抗原受体的多样性和高度细胞特异性表达，量化了单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	采用排除扩增（ExAmp）与HiSeq 3000/HiSeq 4000/HiSeq X测序系统的图案化流动池技术相结合，量化了索引切换的发生率	未检测到某些索引比其他索引更容易切换的一致模式，表明索引切换是一个随机过程	量化单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	单细胞RNA-seq数据中的索引切换	下一代测序	NA	单细胞RNA测序	NA	序列数据	55个不同孔的数据
138	2024-08-09	KDM5 Histone Demethylase Activity Links Cellular Transcriptomic Heterogeneity to Therapeutic Resistance 2018-12-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2018.10.014 PMID:30472020	research paper	本文研究了KDM5组蛋白去甲基化酶活性与细胞转录组异质性及治疗抵抗之间的关系	揭示了KDM5A/B通过调节雌激素受体信号和减少细胞转录组异质性来增加对雌激素拮抗剂的敏感性	NA	探讨KDM5组蛋白去甲基化酶在治疗抵抗中的作用机制	KDM5A/B去甲基化酶活性及其与乳腺癌内分泌抵抗的关系	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	NA
139	2024-08-09	A Population of Navigator Neurons Is Essential for Olfactory Map Formation during the Critical Period 2018-12-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.09.051 PMID:30482691	研究论文	本文识别了一组在关键期内对嗅觉图形成至关重要的“导航”神经元，并探讨了其在嗅觉系统中的作用机制	首次发现并描述了“导航”神经元在嗅觉图形成中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了其独特的分子特征	NA	研究关键期内嗅觉图形成的神经机制	导航神经元及其在嗅觉图形成中的作用	神经科学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
140	2024-08-09	foxF-1 Controls Specification of Non-body Wall Muscle and Phagocytic Cells in Planarians 2018-12-03, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2018.10.030 PMID:30471994	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了扁虫（Planarians）中不同肌肉纤维类型的转录调控程序，并确定了foxF-1作为非体壁肌肉的主转录调控因子	首次详细描述了扁虫中不同肌肉纤维类型的转录调控程序，并揭示了foxF-1在调控肌肉细胞和吞噬细胞中的重要作用	NA	研究扁虫中不同肌肉纤维类型的转录调控程序及其在再生过程中的作用	扁虫的背腹肌（DVM）、肠道肌（IM）和咽肌的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多种肌肉纤维类型