单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-07	Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Reveals Molecular Signatures of Heterogeneous Populations of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Endothelial Cells 2018-08-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.312913 PMID:29986945	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序揭示了人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的分子特征和异质性	首次使用大规模单细胞RNA测序技术详细分析了人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的转录异质性，并识别了四个主要亚群	目前的人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞分化协议效率低下，且存在异质性问题	通过单细胞RNA测序技术分析人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞的转录异质性，以改进分化技术	人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞及其分化过程中的非内皮细胞类型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞
102	2024-08-09	A systematic performance evaluation of clustering methods for single-cell RNA-seq data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15666.3 PMID:30271584	研究论文	本文对14种基于不同算法的聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能进行了系统且可扩展的评估	首次系统评估了多种聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，并探讨了共识聚类的效果	评估主要基于公开的单细胞RNA-seq数据集和模拟数据，可能未涵盖所有可能的数据情况	评估不同聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，以识别最优方法	14种聚类算法在单细胞RNA-seq数据上的性能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	单细胞RNA-seq数据	使用了九个公开的单细胞RNA-seq数据集以及三个模拟数据集
103	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018 Mar-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1097/HS9.0000000000000034 PMID:31723762	综述	本文综述了单细胞测序技术在正常和恶性造血系统中的应用	利用单细胞测序技术揭示了个体细胞群内的异质性及细胞群之间的关系	NA	探讨单细胞测序技术在造血系统中的应用及其对正常和疾病状态的区分	造血系统的正常和恶性状态	数字病理学	血液疾病	单细胞测序	NA	转录组	数千个单个细胞
104	2024-08-09	Single-cell transcriptomics in embryology: implications for cardiovascular science 2018-10-01, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvy193 PMID:31346599	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
105	2024-08-09	An accessible, interactive GenePattern Notebook for analysis and exploration of single-cell transcriptomic data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15830.2 PMID:31316748	研究论文	本文介绍了一种交互式GenePattern Notebook，用于单细胞转录组数据的分析和探索，无需编程知识	提供了一个易于使用的界面，使得非编程用户也能进行单细胞RNA测序数据的分析	NA	开发一种无需编程的工具，以便更广泛的用户群体能够分析单细胞转录组数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
106	2024-08-09	scClustViz - Single-cell RNAseq cluster assessment and visualization 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.16198.2 PMID:31016009	研究论文	本文介绍了一种名为scClustViz的R Shiny软件工具，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的聚类评估和可视化	scClustViz提供了一个简单的交互式图形用户界面，用于探索scRNAseq数据并评估聚类结果的生物学相关性	NA	开发一种工具，用于评估和可视化单细胞RNA测序数据的聚类结果	单细胞RNA测序数据及其聚类结果的生物学相关性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	数千个单个细胞
107	2024-08-09	Genetics of Alzheimer's Disease 2018-Dec, Dementia and neurocognitive disorders DOI:10.12779/dnd.2018.17.4.131 PMID:30906402	研究论文	本文通过先进的遗传技术阐明了与阿尔茨海默病（AD）相关的基因	利用CRISPR-CAS9和单细胞RNA测序等新技术，为遗传学开启了新纪元，并直接将遗传知识与未来治疗联系起来	NA	阐明阿尔茨海默病的遗传基础	阿尔茨海默病相关的基因	遗传学	阿尔茨海默病	CRISPR-CAS9, 单细胞RNA测序	NA	基因数据	NA
108	2024-08-09	False signals induced by single-cell imputation 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.16613.2 PMID:30906525	研究论文	本文评估了使用六种不同方法进行单细胞RNA测序数据插补时产生假阳性或不可重复差异表达的风险	首次系统评估了不同插补方法在单细胞RNA测序数据中引入假阳性的程度，并提出了减少这些影响的策略	所有插补方法都降低了细胞类型特异性标记的可重复性，尽管可以通过选择具有较大效应量和显著性的标记来缓解	评估单细胞RNA测序数据插补方法的可靠性和潜在风险	单细胞RNA测序数据的插补方法及其对基因表达分析的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种模拟数据集和真实单细胞RNA测序数据集
109	2024-08-09	Comparison of SureSelect and Nextera Exome Capture Performance in Single-Cell Sequencing 2018, Human heredity IF:1.1Q4 DOI:10.1159/000490506 PMID:30669152	研究论文	本研究比较了Agilent SureSelectXT Target Enrichment System与Nextera rapid capture在单细胞全外显子测序中的性能	首次详细比较了两种不同外显子捕获试剂盒在单细胞全外显子测序中的性能	研究样本数量有限，仅基于12个高产量细胞进行分析	评估不同外显子捕获试剂盒在单细胞全外显子测序中的性能	从黑色素瘤样本中分离的192个单细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞全外显子测序	NA	DNA	192个单细胞
110	2024-08-09	Identification of cancer subtypes from single-cell RNA-seq data using a consensus clustering method 2018-Dec-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-018-0433-z PMID:30598115	研究论文	本文介绍了一种共识聚类框架conCluster，用于从单细胞RNA测序数据中识别癌症亚型	conCluster通过集成策略融合多个基本分区以达成共识聚类，能更准确地检测癌症亚型	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序数据识别癌症亚型	人类癌症的细胞异质性及其分子特征	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共识聚类	基因表达数据	涉及多个真实的癌症scRNA-seq数据集
111	2024-08-09	Single-Cell Ssequencing in Cancer: Recent Applications to Immunogenomics and Multi-omics Tools 2018-Dec, Genomics & informatics DOI:10.5808/GI.2018.16.4.e17 PMID:30602078	综述	本文综述了单细胞测序技术在癌症研究中的最新应用，特别是在免疫基因组学和多组学工具方面	单细胞多组学方法的应用突破了传统批量测序方法在数据分辨率上的限制，提供了对肿瘤进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗的更细致理解	NA	探讨单细胞多组学方法在肿瘤研究中的应用及其在免疫治疗领域的最新发现	癌症肿瘤的异质性及其进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据	NA
112	2024-08-09	Comparison of clustering tools in R for medium-sized 10x Genomics single-cell RNA-sequencing data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15809.2 PMID:30228881	研究论文	本文比较了R语言中多种聚类工具对中等规模的10x Genomics单细胞RNA测序数据的性能	首次系统地评估了多种聚类方法在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的准确性、运行时间和鲁棒性	研究结果表明不同方法的聚类结果差异较大，选择合适的聚类工具对数据解读至关重要	评估不同聚类工具在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的性能	10x Genomics单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类方法	基因表达数据	包括一个黄金标准数据集和多个白银标准数据集
113	2024-08-09	SCOPE-Seq: a scalable technology for linking live cell imaging and single-cell RNA sequencing 2018-12-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1607-x PMID:30583733	研究论文	本文介绍了一种名为SCOPE-Seq的新技术，通过结合微流控技术和光学可解码珠，实现了活细胞成像与单细胞RNA测序的链接	SCOPE-Seq技术首次实现了活细胞表型分析与单细胞测序的结合，提高了测量的准确性和可扩展性	NA	验证SCOPE-Seq技术在结合活细胞成像与单细胞RNA测序中的准确性和可扩展性	活细胞和单细胞RNA	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	微流控技术	图像和RNA序列	NA
114	2024-08-09	The International Conference on Intelligent Biology and Medicine (ICIBM) 2018: systems biology on diverse data types 2018-12-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0648-9 PMID:30577731	research paper	本文描述了2018年国际智能生物与医学会议(ICIBM 2018)中关于系统生物学的十篇高质量论文	涵盖了多种数据类型的系统生物学进展，包括基因调控、环状RNA表达、单细胞RNA-Seq、染色体间相互作用、代谢组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学	NA	介绍ICIBM 2018会议中关于系统生物学的高质量研究成果	系统生物学领域的多种数据类型	系统生物学	NA	NA	NA	多种数据类型，包括基因调控、环状RNA表达、单细胞RNA-Seq、染色体间相互作用、代谢组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学	NA
115	2024-08-09	scdNet: a computational tool for single-cell differential network analysis 2018-12-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0652-0 PMID:30577836	研究论文	本文介绍了首个基于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）的差异网络分析生物信息学工具scdNet，该工具具有基因-基因相关性的样本大小调整、状态间相关性的比较和差异网络构建等功能	scdNet是首个针对scRNA-Seq数据进行差异网络分析的工具，能够有效处理高度稀疏的数据矩阵，并具有较低的样本大小要求、高计算效率和对测序噪声的容忍度	NA	开发一种新的生物信息学工具，用于分析单细胞RNA测序数据中的差异基因调控网络	单细胞RNA测序数据，特别是循环肿瘤细胞（CTCs）和早期小鼠胚胎的数据	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	适用于小样本大小，具体数量未在摘要中提及
116	2024-08-09	A Cellular Anatomy of the Normal Adult Human Prostate and Prostatic Urethra 2018-12-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.086 PMID:30566875	research paper	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，提供了年轻成人前列腺和前列腺尿道的细胞图谱	使用单细胞RNA测序和流式细胞术，结合免疫组化技术，提供了前列腺和前列腺尿道的详细细胞图谱，并设计了新的细胞类型特异性标记物	NA	解决良性前列腺增生和前列腺癌的细胞起源问题	正常成人人类前列腺和前列腺尿道的细胞结构	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq, flow cytometry, immunohistochemistry	NA	细胞数据	约98,000个细胞
117	2024-08-09	Understanding the Biology and Pathogenesis of the Kidney by Single-Cell Transcriptomic Analysis 2018-Nov, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000492470 PMID:30574498	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的历史、改进及其在肾脏研究领域的应用	scRNA-seq能够以单细胞分辨率进行基因表达分析，识别组织中的所有细胞类型和亚型，包括新发现的或数量较少的细胞类型	NA	探讨scRNA-seq在肾脏研究中的应用及其潜在用途	肾脏细胞及其在疾病中的分子动态	生物医学研究	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
118	2024-08-09	VASC: Dimension Reduction and Visualization of Single-cell RNA-seq Data by Deep Variational Autoencoder 2018-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2018.08.003 PMID:30576740	研究论文	本文提出了一种基于深度变分自编码器的单细胞RNA测序数据降维和可视化方法（VASC）	VASC能够显式建模dropout事件，并找到原始数据的非线性层次特征表示	NA	研究单细胞RNA测序数据的降维和可视化	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	RNA测序数据	超过20个数据集
119	2024-08-09	Technical Advances in Single-Cell RNA Sequencing and Applications in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2018.00582 PMID:30581771	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在正常和恶性造血中的最新进展及其应用	scRNA-seq技术的发展改变了我们对许多生物现象的理解，包括器官发育和癌症发生	NA	旨在进一步理解造血层次结构，并阐明个性化治疗和精准医学方法在临床治疗血液恶性肿瘤中的应用	正常和恶性造血细胞	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
120	2024-08-09	Single-nucleus and single-cell transcriptomes compared in matched cortical cell types 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0209648 PMID:30586455	研究论文	本文比较了单核和单细胞转录组在匹配的皮质细胞类型中的应用	证明了单核RNA测序（snRNA-seq）在分析复杂组织转录组时相较于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的优势，包括更少的细胞偏倚覆盖、不受细胞分离导致的转录伪影影响，以及可应用于冷冻存档样本	NA	比较单核和单细胞转录组在识别细胞类型方面的效果	小鼠视觉皮质的细胞类型	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠视觉皮质样本