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当前共找到 591 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-07 |
Detection of correlated hidden factors from single cell transcriptomes using Iteratively Adjusted-SVA (IA-SVA)
2018-11-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-35365-9
PMID:30451954
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为迭代调整替代变量分析（IA-SVA）的方法，用于从单细胞转录组数据中检测相关隐藏因子 | IA-SVA能够估计隐藏因子，即使这些因子与其他变异源相关，通过迭代方式识别与每个隐藏因子相关的一组基因 | NA | 开发一种新方法来解析单细胞RNA测序数据中多个和相关的变异源 | 单细胞RNA测序数据中的隐藏因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 迭代调整替代变量分析（IA-SVA） | 转录组数据 | 人类细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 102 | 2024-08-07 |
Discovery of rare cells from voluminous single cell expression data
2018-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07234-6
PMID:30413715
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研究论文 | 本文提出了一种名为FiRE的算法，用于从大规模单细胞表达数据中快速发现稀有细胞亚群 | FiRE算法能够在几秒钟内为每个表达谱分配一个稀有度分数，显著提高了处理大规模单细胞数据的效率 | NA | 旨在开发一种高效算法，用于从大规模单细胞表达数据中发现稀有细胞亚群 | 单细胞mRNA测序数据中的稀有细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | FiRE算法 | 表达数据 | 数万个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 103 | 2024-08-07 |
Sox4 Promotes Atoh1-Independent Intestinal Secretory Differentiation Toward Tuft and Enteroendocrine Fates
2018-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2018.07.023
PMID:30055169
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研究论文 | 本文研究了Sox4在肠道干细胞（ISCs）分化中的作用，特别是其促进绒毛和肠内分泌细胞命运的能力，独立于Atoh1的作用 | 本文发现Sox4能够独立于Atoh1促进绒毛和肠内分泌细胞的分化，挑战了Atoh1作为肠道分泌细胞分化唯一调节因子的传统模型 | NA | 探讨Sox4在肠道干细胞分化中的作用及其对肠道分泌细胞命运的影响 | 肠道干细胞（ISCs）及其分化为绒毛和肠内分泌细胞的过程 | NA | NA | 免疫荧光分析、实时定量聚合酶链反应、RNA测序 | NA | RNA | 实验使用了Sox4条件性敲除小鼠和对照小鼠，以及Atoh1GFP小鼠和Atoh1条件性敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 104 | 2024-08-07 |
Bloody Zebrafish: Novel Methods in Normal and Malignant Hematopoiesis
2018, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2018.00124
PMID:30374440
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研究论文 | 本文讨论了斑马鱼模型在生理和病理造血研究中的应用，以及新技术如何改变该领域的理解 | 介绍了斑马鱼模型在造血研究中的新应用，以及单细胞转录组分析、表观遗传调控、蛋白质组学、代谢组学和大数据处理等新技术的使用 | NA | 探讨斑马鱼模型在生理和病理造血研究中的益处以及新技术的影响 | 斑马鱼模型及其在造血研究中的应用 | 数字病理学 | 恶性血液病 | 单细胞转录组分析、表观遗传调控、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 大数据集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 105 | 2024-08-07 |
Single-Cell Multi-omics: An Engine for New Quantitative Models of Gene Regulation
2018-09, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2018.06.001
PMID:30007833
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综述 | 本文综述了单细胞多组学技术如何通过提供超越转录组的细胞状态读数，补充单细胞RNA测序技术，并强调回归模型在关联基因表达与其他细胞状态方面的应用 | 介绍了新的单细胞基因组技术，这些技术通过提供额外的细胞状态读数，补充了单细胞RNA测序技术 | NA | 探讨单细胞多组学技术如何帮助建立新的定量基因调控模型 | 单细胞多组学技术及其在基因调控中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 106 | 2024-08-07 |
An eQTL Landscape of Kidney Tissue in Human Nephrotic Syndrome
2018-08-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2018.07.004
PMID:30057032
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研究论文 | 本研究利用全基因组测序和微切割的肾小球及肾小管间质转录组，分析了187名肾病综合征患者的eQTL图谱 | 首次在肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质中详细描述了eQTL图谱，并发现了组织特异性的eQTL | 研究样本量相对较小，可能影响结果的泛化性 | 揭示肾病综合征中肾组织基因表达的遗传调控 | 肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质 | 数字病理学 | 肾病综合征 | 全基因组测序（WGS） | MatrixEQTL | 转录组数据 | 187名肾病综合征患者 | NA | NA | NA | NA |
| 107 | 2024-08-07 |
Sensitive and powerful single-cell RNA sequencing using mcSCRB-seq
2018-07-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05347-6
PMID:30050112
|
研究论文 | 本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议的实验条件，并开发了一种名为分子拥挤SCRB-seq（mcSCRB-seq）的新方法，该方法在灵敏度、效率和灵活性方面表现出色。 | 通过添加聚乙二醇和使用Terra聚合酶，显著提高了scRNA-seq的灵敏度和效率。 | NA | 改进单细胞RNA测序技术的灵敏度、灵活性和成本效率。 | 单细胞RNA测序技术的实验条件和方法改进。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 108 | 2024-08-07 |
Non-inflammatory tumor microenvironment of diffuse intrinsic pontine glioma
2018-06-28, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-018-0553-x
PMID:29954445
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研究论文 | 本文比较了弥漫性内在脑桥胶质瘤（DIPG）和成人胶质母细胞瘤（GBM）的炎症特征 | 发现DIPG的肿瘤微环境具有较低的炎症特征，与成人GBM有显著差异 | NA | 探讨DIPG与成人GBM在炎症环境上的差异，为免疫治疗提供依据 | DIPG和成人GBM的肿瘤微环境炎症特征 | 数字病理学 | 儿童中枢神经系统恶性肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | DIPG和成人GBM的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 109 | 2024-08-07 |
zUMIs - A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs
2018-06-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giy059
PMID:29846586
|
研究论文 | zUMIs是一个快速灵活的流程，用于处理带有UMIs的RNA测序数据 | zUMIs能够处理已知和随机的BCs，并有效折叠UMIs，还具有自适应降采样功能，有助于处理差异巨大的文库大小 | NA | 开发一个适用于使用BCs和UMIs的主要scRNA-seq协议的数据处理流程 | 单细胞RNA测序数据 | 测序技术 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | 数百或数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 110 | 2024-08-07 |
Absence of NEFL in patient-specific neurons in early-onset Charcot-Marie-Tooth neuropathy
2018-Jun, Neurology. Genetics
DOI:10.1212/NXG.0000000000000244
PMID:29888333
|
研究论文 | 本研究使用患者特异性神经元培养物，探讨了神经丝轻链（NEFL）隐性无义突变在早发性夏科-马里-图斯（CMT）疾病中的分子遗传机制 | 首次展示了隐性无义突变导致NEFL mRNA几乎完全丢失，进而导致患者培养神经元中NEFL蛋白完全缺失，并提出神经丝积累可能是模拟NEFL缺失的一种机制 | 研究仅基于单一患者样本，可能存在样本代表性不足的问题 | 探究NEFL隐性无义突变在早发性CMT疾病中的分子遗传机制 | 患者特异性神经元培养物 | NA | 神经退行性疾病 | 定量PCR、蛋白质分析、免疫细胞化学、电子显微镜、单细胞转录组学 | NA | mRNA、蛋白质 | 单一患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 111 | 2024-08-07 |
The Evolution of Gene-Specific Transcriptional Noise Is Driven by Selection at the Pathway Level
2018-01, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1534/genetics.117.300467
PMID:29097405
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据研究了家鼠基因特异性转录噪声的进化驱动力 | 首次揭示了生物途径层面的自然选择对基因特异性转录噪声的影响 | NA | 探讨基因特异性转录噪声的进化驱动力 | 家鼠的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 112 | 2024-08-07 |
Bringing Renal Biopsy Interpretation Into the Molecular Age With Single-Cell RNA Sequencing
2018-01, Seminars in nephrology
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.semnephrol.2017.09.005
PMID:29291760
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在肾活检解释中的应用及其对肾脏疾病研究的影响 | 单细胞RNA测序技术能够同时测量数千个单细胞中的数千个基因表达，为全面描述人类肾脏疾病提供了新的视角 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在肾活检中的应用及其对肾脏疾病理解的潜在影响 | 肾活检样本及其在急性肾损伤、慢性肾脏病和同种异体移植功能障碍中的应用 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 113 | 2024-08-07 |
DrImpute: imputing dropout events in single cell RNA sequencing data
2018-06-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-018-2226-y
PMID:29884114
|
研究论文 | 本文介绍了DrImpute算法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | DrImpute在区分真实零值和缺失零值方面表现优于现有的填补算法 | NA | 开发一种新的算法来处理单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | 单细胞RNA测序数据中的缺失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 九个已发表的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 114 | 2024-08-07 |
Harnessing single-cell genomics to improve the physiological fidelity of organoid-derived cell types
2018-06-05, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-018-0527-2
PMID:29871632
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用大规模并行单细胞RNA测序技术比较体内外细胞类型和状态的方法，并利用这些差异来提高体外模型的生理忠实度 | 提出了一种系统的方法来识别体外模型的局限性并提高其生理忠实度，特别是针对肠道类器官中的潘氏细胞 | 尚未测试类器官衍生的细胞类型在多大程度上重现了体内的对应细胞 | 提高体外模型的生理忠实度，以便更好地进行功能性研究 | 肠道类器官中的潘氏细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学、细胞学、形态学和蛋白质组学数据 | 大规模并行单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA |
| 115 | 2024-08-07 |
Neural lineage tracing in the mammalian brain
2018-06, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2017.10.013
PMID:29125960
|
综述 | 本文综述了利用基因标记技术在哺乳动物神经系统中追踪神经细胞谱系的应用 | 近期基因编辑和单细胞测序技术的进步使得谱系分析在规模、速度和深度上达到了前所未有的水平 | 对于复杂系统，完全实现单个细胞谱系仍然具有挑战性 | 探讨神经细胞谱系追踪技术在理解大脑发育、组织和功能中的应用 | 哺乳动物大脑中的神经细胞谱系 | NA | NA | 基因编辑和单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2024-08-07 |
UMI-count modeling and differential expression analysis for single-cell RNA sequencing
2018-05-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1438-9
PMID:29855333
|
研究论文 | 本文通过多个单细胞RNA测序数据集，揭示了读取计数和唯一分子标识符（UMI）计数在基因表达量化方案中的分布差异，并提出了一种基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID）。 | 本文提出了一种新的基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID），该算法在UMI计数中能更好地控制错误发现率（FDR）并提高检测能力。 | NA | 研究单细胞RNA测序中基因表达量化的不同方案，并提出新的差异表达分析算法。 | 单细胞RNA测序数据中的读取计数和UMI计数。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项模型 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 117 | 2024-08-07 |
Cell type discovery using single-cell transcriptomics: implications for ontological representation
2018-05-01, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddy100
PMID:29590361
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综述 | 本文综述了利用单细胞和单核RNA测序技术在人类中枢神经和免疫系统中鉴定细胞类型的最新工作，并讨论了这些发现对参考细胞本体（CL）中细胞类型表示的影响 | 提出了一种基于随机森林机器学习的方法，用于识别必要和充分的标记基因集，这些基因可用于组装一致且可重复的细胞类型定义，以便纳入CL | NA | 探讨单细胞转录组学在细胞类型发现中的应用及其对细胞本体表示的影响 | 人类中枢神经和免疫系统中的细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 118 | 2024-08-07 |
An interpretable framework for clustering single-cell RNA-Seq datasets
2018-03-09, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-018-2092-7
PMID:29523077
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DendroSplit的可解释框架，用于单细胞RNA-Seq数据集的聚类分析 | DendroSplit框架通过特征选择来揭示数据中多个生物学上有意义的层次，强调了聚类的可解释性 | NA | 解决单细胞RNA-Seq数据集聚类分析中的可解释性和主观性问题 | 单细胞RNA-Seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-Seq数据 | 多个标志性单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 119 | 2024-08-07 |
Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads
2018-03-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1407-3
PMID:29523163
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Quartz-Seq2的高通量单细胞RNA测序方法，该方法能够有效利用有限的序列读取来分配独特的分子标识符（UMI）计数作为单细胞的基因表达值，并检测更多的基因 | Quartz-Seq2通过改进反应步骤，提高了初始读取转换为UMI计数的效率（30-50%），并能检测更多基因 | NA | 开发一种能够有效利用有限序列读取的高通量单细胞RNA测序方法 | 体外胚胎干细胞和体内基质血管部分的转录组 | 基因测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 约10,000个转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 120 | 2024-08-07 |
Combinatory use of distinct single-cell RNA-seq analytical platforms reveals the heterogeneous transcriptome response
2018-02-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-21161-y
PMID:29472726
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研究论文 | 本文探讨了结合不同单细胞RNA测序平台以揭示癌症细胞转录组异质性的有效性 | 提出了一种结合不同单细胞RNA测序平台的方法，以获取更全面的表达差异信息和足够的细胞群体 | 尽管可以分析转录模块的活性，但某些情况下无法精确推断单个基因的信息 | 研究癌症细胞的转录组异质性 | 癌症细胞的转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及少量细胞群体 | NA | NA | NA | NA |