单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 591 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-07 |
Gli3 is a negative regulator of Tas1r3-expressing taste cells
2018-02, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1007058
PMID:29415007
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研究论文 | 研究探讨了Gli3在味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3表达的味觉受体细胞中的表达和功能 | 首次揭示了Gli3作为抑制因子在成年后舌味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3+细胞中的作用 | 研究主要集中在后舌的味觉细胞，前舌的情况未详细探讨 | 探究Gli3在成年后舌味觉细胞再生中的作用及其对味觉功能的影响 | 小鼠的味觉细胞和味觉干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、PCR和免疫组织化学 | NA | RNA | Gli3CKO和Gli3WT小鼠 |
| 82 | 2024-08-07 |
The European Bioinformatics Institute in 2017: data coordination and integration
2018-01-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkx1154
PMID:29186510
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research paper | 本文介绍了欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）在2017年如何通过提供开放数据、开源软件和分析工具以及技术基础设施来支持全球生命科学研究，并整合日益多样化的数据类型 | EMBL-EBI通过整合高质量的生物成像、生物银行和其他类型的分子数据，以及参与Open Targets、植物表型标准（MIAPPE）和人类细胞图谱数据协调平台等项目，展示了其在数据整合和服务开发方面的深入参与 | NA | 支持全球生命科学研究，整合多样化数据类型，以便各学科的生物学家能够更详细地探索生命 | EMBL-EBI提供的开放数据、开源软件、分析工具和技术基础设施 | 生物信息学 | NA | 细胞成像和单细胞测序技术 | NA | 高维数据 | 数据存储量在不到两年内翻倍至120PB |
| 83 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomes reveal the mechanism for a breast cancer prognostic gene panel
2018-Sep-07, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.26044
PMID:30279960
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乳腺癌预后基因面板与细胞周期扰动之间的关系 | 首次详细描述了MammaPrint签名基因在细胞周期中的精细扰动，并发现这些基因的细胞周期活动与临床预后相关 | NA | 探讨乳腺癌预后基因面板与细胞周期扰动之间的关系 | 乳腺癌细胞的单细胞转录组 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 70个MammaPrint签名基因中的38个 |
| 84 | 2024-08-07 |
Induced pluripotent stem cell-based mapping of β-globin expression throughout human erythropoietic development
2018-08-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2018020560
PMID:30108108
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研究论文 | 本文报道了一种基于诱导多能干细胞（iPSCs）的β-珠蛋白报告细胞系，该细胞系能够在单细胞分辨率下实时映射人类红细胞生成过程中β-珠蛋白的表达 | 通过结合单细胞RNA测序（scRNAseq），本文能够区分β-珠蛋白表达细胞的特征，并解析iPSC衍生红细胞系细胞的发育和成熟状态 | NA | 提高β-珠蛋白表达的量化，并解析其在人类红细胞生成中的作用 | 诱导多能干细胞衍生的红细胞系细胞中的β-珠蛋白表达 | 再生医学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 单细胞分辨率 |
| 85 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics reveal the dynamic of haematopoietic stem cell production in the aorta
2018-06-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04893-3
PMID:29955049
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了小鼠胚胎主动脉中的非造血内皮细胞、造血内皮细胞、正在经历内皮-造血转化的细胞、主动脉内造血簇细胞及其整体，揭示了造血干细胞产生的动态过程。 | 本研究首次提供了完整的资源，深入研究体内造血干细胞的生成，并为进一步改善体外造血干细胞生产提供了基础。 | NA | 研究造血干细胞在体内的生成过程及其分子调控机制。 | 小鼠胚胎主动脉中的非造血内皮细胞、造血内皮细胞、正在经历内皮-造血转化的细胞、主动脉内造血簇细胞及其整体。 | 数字病理学 | 血液相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自小鼠胚胎主动脉的多种细胞类型样本 |
| 86 | 2024-08-07 |
Patch-Seq Protocol to Analyze the Electrophysiology, Morphology and Transcriptome of Whole Single Neurons Derived From Human Pluripotent Stem Cells
2018, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2018.00261
PMID:30147644
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Patch-seq的新方法，结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、膜片钳电生理记录和形态学分析，用于全面分析从人多能干细胞衍生的单个神经元的电生理、形态和转录组特征。 | Patch-seq方法的创新之处在于它能够同时进行多模态的神经元分析，揭示功能特性、形态和基因表达之间的联系。 | NA | 研究目的是通过Patch-seq方法深入剖析神经元的类型和状态，揭示人类神经多样性的分子基础，并探索脑部疾病的细胞机制。 | 研究对象是从人胚胎和诱导多能干细胞（ESCs/iPSCs）衍生的单个神经元。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 研究中使用了从健康受试者衍生的胚胎和诱导多能干细胞（ESCs/iPSCs）衍生的神经元。 |
| 87 | 2024-08-07 |
Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data
2018-09-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.06.011
PMID:30172840
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研究论文 | 本文介绍了一种扩展BASiCS统计框架的方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取不受平均表达影响的变异性残差测量，并提供了一种在没有技术 spike-in 分子的情况下量化技术噪声的稳健程序。 | 本文提出的方法能够有效地消除平均表达与变异性之间的混杂关系，从而实现不同细胞群体间表达变异性的有意义比较。 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术变异和平均表达与变异性之间混杂关系的问题，以更好地理解细胞间转录变异性的生物学意义。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间转录变异性。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BASiCS统计框架 | RNA测序数据 | NA |
| 88 | 2024-08-07 |
Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data
2018-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05083-x
PMID:29991676
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题，并开发了一种算法来排除交换的分子 | 本文使用两种统计方法量化了交换读取的比例，并开发了一种算法来消除10x Genomics实验中的交换分子 | 本文仅研究了两个基于板的单细胞RNA测序数据集，未涵盖所有类型的数据集 | 研究条形码交换对单细胞RNA测序数据的影响，并开发解决方案 | 单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 两个基于板的单细胞RNA测序数据集 |
| 89 | 2024-08-07 |
Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching mutual nearest neighbors
2018-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4091
PMID:29608177
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research paper | 本文提出了一种基于高维表达空间中互最近邻（MNNs）检测的批量效应校正策略，用于大规模单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集 | 本文的方法不依赖于预定义或跨批次的等同群体组成，只需要部分群体在批次间共享 | NA | 解决不同实验室和时间产生的大规模单细胞RNA测序数据集中的批量效应问题 | 单细胞RNA测序数据集中的批量效应 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | expression data | 多个基于液滴的单细胞RNA测序数据集，涉及大量细胞 |
| 90 | 2024-08-07 |
A single-cell hematopoietic landscape resolves 8 lineage trajectories and defects in Kit mutant mice
2018-05-24, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2017-12-821413
PMID:29588278
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了44,802个小鼠骨髓造血干细胞和祖细胞，揭示了8种不同血细胞谱系的转录图谱，并在c-Kit突变小鼠模型中发现了特定的细胞谱系缺陷。 | 首次提供了全面的单细胞水平上的造血干细胞和祖细胞的转录图谱，并揭示了c-Kit突变小鼠模型中的细胞谱系缺陷。 | NA | 解析造血干细胞和祖细胞的分化路径及其在疾病中的作用。 | 小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 44,802个骨髓造血干细胞和祖细胞样本，以及13,815个c-Kit突变小鼠的造血干细胞和祖细胞样本。 |
| 91 | 2024-08-07 |
Defining the earliest step of cardiovascular lineage segregation by single-cell RNA-seq
2018-03-09, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aao4174
PMID:29371425
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠心血管前体细胞（CPs）在胚胎发育早期的分子特征和谱系分化 | 首次揭示了CPs在早期区域和谱系分化的分子过程，并确定了Mesp1在退出多能状态和诱导心血管基因表达程序中的作用 | NA | 探究小鼠心血管前体细胞在胚胎发育早期的谱系分化和区域分化的分子机制 | 小鼠心血管前体细胞（CPs）及其在胚胎发育早期的分子特征 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 野生型和基因敲除的小鼠心血管前体细胞 |
| 92 | 2024-08-07 |
scNMT-seq enables joint profiling of chromatin accessibility DNA methylation and transcription in single cells
2018-02-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03149-4
PMID:29472610
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scNMT-seq的单细胞方法，能够同时分析染色质可及性、DNA甲基化和转录组 | scNMT-seq方法通过使用GpC甲基转移酶标记开放染色质，随后进行亚硫酸氢盐和RNA测序，实现了三者的并行分析 | NA | 研究调控关系，特别是表观基因组与转录组之间的相互作用 | 单细胞中的染色质可及性、DNA甲基化和转录组 | 数字病理学 | NA | GpC甲基转移酶、亚硫酸氢盐测序、RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 小鼠胚胎干细胞 |
| 93 | 2024-08-07 |
Defining murine organogenesis at single-cell resolution reveals a role for the leukotriene pathway in regulating blood progenitor formation
2018-02, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-017-0013-z
PMID:29311656
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，对小鼠发育至E8.25后的20,000多个细胞进行了转录组学分析，揭示了白三烯途径在调控血液祖细胞形成中的作用。 | 首次在单细胞分辨率下定义了小鼠器官发生的关键发育阶段，并发现了白三烯途径在血液祖细胞形成中的新作用。 | 研究主要集中在小鼠发育的特定阶段，可能不适用于其他物种或发育阶段。 | 探索小鼠器官发生过程中细胞类型和分子调控机制。 | 小鼠发育至E8.25后的细胞，特别是血液祖细胞的形成机制。 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过20,000个细胞 |
| 94 | 2024-08-07 |
Maturing Human CD127+ CCR7+ PDL1+ Dendritic Cells Express AIRE in the Absence of Tissue Restricted Antigens
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02902
PMID:30692988
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研究论文 | 本研究在人类扁桃体中鉴定出表达AIRE的细胞，并通过流式细胞术、CyTOF和单细胞RNA测序对其进行了详细分析 | 发现AIRE在人体外周表达并不与组织限制性抗原（TRAs）的丰富表达相关，这一意外发现可能解释了缺乏功能性AIRE的APECED患者的非自身免疫症状 | NA | 鉴定并分析人体中表达AIRE的细胞来源及其功能 | 人类扁桃体中的AIRE+树突状细胞（DCs） | 免疫学 | NA | 流式细胞术，CyTOF，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 95 | 2024-08-07 |
A cloning and expression system to probe T-cell receptor specificity and assess functional avidity to neoantigens
2018-11-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2018-04-843763
PMID:30150207
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研究论文 | 本文开发了一种简化的方法，通过按需克隆和表达T细胞受体（TCR）并针对候选抗原进行筛选，来匹配TCR序列与相应抗原，以评估发现的TCR的特异性 | 本文提出的系统能够快速评估重建TCR的抗原特异性和功能亲和力，可用于监测抗原特异性T细胞反应，并可能指导基于T细胞的免疫疗法的设计 | NA | 提高对抗原-T细胞受体（TCR）相互作用的理解，以生成强效的抗肿瘤免疫反应 | T细胞受体的特异性和功能亲和力 | 免疫学 | 黑色素瘤，慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞测序技术 | NA | TCR序列 | 来自接受个性化新抗原疫苗治疗的黑色素瘤患者的样本 |
| 96 | 2024-08-07 |
Large-scale reconstruction of cell lineages using single-cell readout of transcriptomes and CRISPR-Cas9 barcodes by scGESTALT
2018-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-018-0058-x
PMID:30353175
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGESTALT的方法，该方法结合CRISPR-Cas9的累积编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，用于大规模重建细胞系谱关系。 | scGESTALT技术通过在多个时间点使用Cas9和单导向RNA（sgRNAs）进行编辑，生成条形码阵列的编辑，从而与类似的Cas9系谱追踪方法区分开来。 | 生成转基因线需要6个月，进行条形码编辑和生成单细胞文库需要7天的手动操作时间。 | 提供一个可扩展的平台，用于在任何允许发育、再生或疾病期间进行基因组编辑的系统中映射细胞类型之间的系谱关系。 | 重建发育过程中产生的大量异质细胞类型的系谱关系。 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 数千个细胞转录组和记录的系谱 |
| 97 | 2024-08-07 |
On the design of CRISPR-based single-cell molecular screens
2018-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4604
PMID:29457792
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研究论文 | 本文探讨了基于CRISPR的单细胞分子筛选设计，特别是优化了CROP-seq方法，提高了引导RNA分配给细胞的效率 | 提出了CROP-seq方法的优化，使得引导RNA分配给细胞的效率提高到94% | NA | 优化基于CRISPR的单细胞分子筛选设计 | CRISPR引导RNA与单细胞RNA测序的结合 | NA | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 98 | 2024-08-07 |
Precursors of human CD4+ cytotoxic T lymphocytes identified by single-cell transcriptome analysis
2018-01-19, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aan8664
PMID:29352091
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，揭示了人类CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CD4-CTL）的异质性、转录谱和克隆性 | 首次在人类中识别出CD4-CTL前体细胞群体，并探讨了其与CD4-CTL效应细胞的关系 | NA | 研究CD4-CTL的生物学特性及其在人类中的生成机制 | 人类CD4+细胞毒性T淋巴细胞及其前体细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过9000个细胞 |
| 99 | 2024-08-07 |
New insight into GABAergic neurons in the hypothalamic feeding regulation
2018-Nov, The journal of physiological sciences : JPS
DOI:10.1007/s12576-018-0622-8
PMID:30003408
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综述 | 本文综述了下丘脑GABA能神经元在食欲调节中的研究进展 | 采用了光遗传学、化学遗传学、活体钙成像和单细胞RNA测序等先进技术，揭示了GABA能神经元的多样性和亚群在食欲调节中的作用 | NA | 探讨下丘脑GABA能神经元在食欲调节中的作用 | 下丘脑中的GABA能神经元 | NA | NA | 光遗传学、化学遗传学、活体钙成像、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-07 |
Spatially Resolved Transcriptomics Enables Dissection of Genetic Heterogeneity in Stage III Cutaneous Malignant Melanoma
2018-10-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-0747
PMID:30154148
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研究论文 | 本文采用空间转录组学技术（ST）对皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检样本进行转录组测序，成功测序了超过2,200个组织域的转录组，并通过去卷积和传统降维方法揭示了肿瘤内部的复杂转录景观。 | 本文首次将空间转录组学技术应用于皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检，揭示了肿瘤内部的复杂空间转录组构成，这一发现对于理解肿瘤进展和治疗反应具有重要意义。 | NA | 旨在通过空间转录组学技术揭示皮肤恶性黑色素瘤的遗传异质性和肿瘤微环境交互作用，以深入理解肿瘤进展和治疗反应。 | 皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检样本 | 数字病理学 | 皮肤恶性黑色素瘤 | 空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | 超过2,200个组织域 |