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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
Transcriptomic Profiling of Zebrafish Hair Cells Using RiboTag
2018, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2018.00047
PMID:29765956
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研究论文 | 开发了一种转基因斑马鱼模型,用于在原生组织环境中分析内耳和侧线毛细胞的翻译组 | 创建了首个用于斑马鱼毛细胞特异性翻译组分析的RiboTag转基因模型,避免了组织解离导致的基因表达变化 | 研究仅限于斑马鱼模型,结果向哺乳动物系统的直接转化需要进一步验证 | 开发一种能够在原生组织环境中特异性分析斑马鱼毛细胞基因表达的方法 | 斑马鱼内耳器官和侧线神经丘中的毛细胞 | 功能基因组学 | 听力障碍 | RiboTag技术,RNA-Seq,免疫沉淀 | 转基因动物模型 | 转录组数据 | 斑马鱼幼虫 | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
States and Origins of Mammalian Embryonic Pluripotency In Vivo and in a Dish
2018, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2017.11.002
PMID:29477162
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综述 | 探讨哺乳动物早期胚胎多能性状态及其在体内外的起源与维持机制 | 通过单细胞转录组学揭示不同物种胚胎发育中细胞互作与命运决定的新机制 | 主要基于比较研究,尚未建立统一的跨物种多能性理论框架 | 解析哺乳动物早期胚胎多能性的发育原理与物种差异 | 小鼠和人类等哺乳动物的早期胚胎及多能干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 多物种胚胎样本(未明确具体数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Experimental design for single-cell RNA sequencing
2018-07-01, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elx035
PMID:29126257
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综述 | 本文讨论了单细胞RNA测序的实验设计原则,比较了两种主流方法的优缺点 | 系统比较了平板式Smart-Seq2和微滴式10x Chromium两种主流scRNA-seq技术的实验设计考量 | NA | 探讨单细胞RNA测序实验设计的关键因素 | 单细胞RNA测序技术 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 微滴式单细胞RNA测序平台 |
| 64 | 2025-10-06 |
TH2 cell development and function
2018-02, Nature reviews. Immunology
DOI:10.1038/nri.2017.118
PMID:29082915
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综述 | 本文综述了T辅助2细胞(TH2)的发育与功能机制及其在疾病中的作用 | 整合了树突状细胞、先天淋巴样细胞和上皮细胞等多种细胞来源的分子信号对TH2细胞分化的调控机制,并探讨了单细胞技术带来的新研究机遇 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据验证 | 阐明TH2细胞分化机制及其在哮喘和过敏等疾病中的治疗靶点 | T辅助2细胞(TH2)及其分化调控机制 | 免疫学 | 哮喘和过敏 | 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、体内细胞命运示踪技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-07 |
New insight into GABAergic neurons in the hypothalamic feeding regulation
2018-Nov, The journal of physiological sciences : JPS
DOI:10.1007/s12576-018-0622-8
PMID:30003408
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综述 | 综述下丘脑GABA能神经元在摄食调节中的研究进展 | 整合光遗传学、在体钙成像和单细胞RNA-seq三大前沿技术揭示GABA能神经元的多样性与摄食调控功能 | NA | 探讨下丘脑不同区域GABA能神经元在摄食调节中的作用机制 | 下丘脑弓状核(ARC)、背内侧下丘脑(DMH)和外侧下丘脑(LH)的GABA能神经元 | 神经科学 | 代谢疾病 | 光遗传学, 化学遗传学, 在体钙成像, 单细胞RNA测序 | NA | 神经活动数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2024-12-12 |
Single-cell RNA sequencing reveals microglia-like cells in cerebrospinal fluid during virologically suppressed HIV
2018-09-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.121718
PMID:30232286
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了HIV感染者脑脊液和血液中的细胞,发现了与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群 | 首次通过单细胞RNA测序技术在脑脊液中识别出与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群,揭示了其在HIV感染中的潜在作用 | 研究样本量较小,且仅限于HIV感染者,未来需要更大规模的研究来验证结果 | 探讨HIV感染期间中枢神经系统免疫激活与神经元损伤的细胞机制 | HIV感染者和非感染者的脑脊液和血液中的细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成人的脑脊液和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-11-22 |
A structural equation model for imaging genetics using spatial transcriptomics
2018-Nov-02, Brain informatics
DOI:10.1186/s40708-018-0091-0
PMID:30390165
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研究论文 | 本文提出了一种结合遗传标记和影像特征的结构方程模型,利用空间转录组学数据来解释疾病背景下脑体积变化及其与遗传变异的关系 | 本文的创新点在于将空间转录组学数据引入结构方程模型,以减少噪声并提高模型的解释性 | NA | 研究遗传变异与影像变量之间的关系,特别是在疾病背景下的脑体积变化 | 脑体积变化及其与遗传变异的关系 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 结构方程模型 | 结构方程模型 | 影像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-11-15 |
Single-cell RNA sequencing of the mammalian pineal gland identifies two pinealocyte subtypes and cell type-specific daily patterns of gene expression
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0205883
PMID:30347410
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了大鼠松果体转录组,识别出两种松果体细胞亚型,并揭示了细胞类型特异性的每日基因表达模式 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出大鼠松果体中的两种松果体细胞亚型,并揭示了细胞类型特异性的每日基因表达模式 | 研究仅限于大鼠松果体,结果可能不适用于其他物种 | 通过单细胞RNA测序技术分析大鼠松果体细胞的组成及其基因表达的每日变化模式 | 大鼠松果体细胞及其基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约17,000个松果体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-11-14 |
Background fluorescence and spreading error are major contributors of variability in high-dimensional flow cytometry data visualization by t-distributed stochastic neighboring embedding
2018-08, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.23566
PMID:30107099
|
研究论文 | 本文探讨了在高维流式细胞术数据可视化中,背景荧光和扩散误差对t-分布随机邻域嵌入(tSNE)算法的影响 | 本文首次识别了背景值分布差异和扩散误差是高维流式细胞术数据可视化中tSNE算法的主要变异来源,并提出了通过双指数变换和限制扩散误差来改善数据可视化的方法 | 本文主要关注了背景荧光和扩散误差的影响,未全面探讨其他可能影响tSNE算法性能的因素 | 研究tSNE算法在高维流式细胞术数据可视化中的应用及其变异来源 | 高维流式细胞术数据及其在tSNE算法中的可视化效果 | 生物信息学 | NA | 流式细胞术 | tSNE | 流式细胞术数据 | 多个独立实验或临床试验中的大量样本 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-11-13 |
Rainbow-Seq: Combining Cell Lineage Tracing with Single-Cell RNA Sequencing in Preimplantation Embryos
2018-Sep-28, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2018.08.009
PMID:30267678
|
研究论文 | 开发了Rainbow-seq技术,结合细胞谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示胚胎植入前胚胎的细胞分裂历史和单细胞转录组 | Rainbow-seq技术能够在单细胞RNA测序实验中同时解码谱系标记基因和读取单细胞转录组,填补了细胞分裂历史与单细胞RNA测序之间的关键空白 | 谱系差异在单个基因水平上并不明确,但在整体转录组分析中变得清晰 | 开发新技术以追踪细胞分裂历史并揭示单细胞转录组 | 胚胎植入前胚胎的细胞分裂历史和单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 每个实验涉及多个单细胞样本,包括4-细胞和8-细胞阶段的胚胎细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-11-11 |
Mapping gene regulatory networks from single-cell omics data
2018-07-01, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elx046
PMID:29342231
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综述 | 本文综述了从单细胞组学数据中构建基因调控网络(GRN)的最新方法 | 讨论了单细胞转录组数据中噪声水平和数据稀疏性增加的挑战,并介绍了单细胞表观基因组学技术(如单细胞ATAC-seq和单细胞DNA甲基化分析)在解析基因调控程序中的应用 | NA | 探讨如何从单细胞数据中解析基因调控网络,以理解细胞异质性 | 单细胞转录组数据和单细胞表观基因组数据 | 基因组学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA甲基化分析 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of the developing mouse brain and spinal cord with split-pool barcoding
2018-04-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aam8999
PMID:29545511
|
研究论文 | 本文开发了一种名为SPLiT-seq的单细胞RNA测序方法,用于对发育中的小鼠大脑和脊髓进行单细胞转录组分析 | SPLiT-seq方法通过组合条形码标记细胞来源,适用于固定细胞或细胞核,无需定制设备,并允许高效样本复用 | NA | 研究小鼠大脑和脊髓在早期发育阶段的单细胞转录组特征 | 小鼠大脑和脊髓的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 156,049个单核转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-05 |
Human primitive brain displays negative mitochondrial-nuclear expression correlation of respiratory genes
2018-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.226324.117
PMID:29903725
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研究论文 | 本文探讨了人类原始大脑中线粒体与核基因间呼吸基因的负表达相关性 | 首次揭示了在原始大脑区域内线粒体和核基因表达的负相关性,并分析了其与细胞类型及空间分布的关系 | 仅分析了人类和小鼠大脑的特定部位,可能不适用于其他区域或物种 | 探讨线粒体和核基因在氧化磷酸化中的共同调控机制 | 人类和小鼠大脑的RNA-seq实验数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, DNase-seq, ChIP-seq | NA | RNA数据 | 分析了来自48个人体部位的约8500个RNA-seq实验 | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-05 |
Reconstructing differentiation networks and their regulation from time series single-cell expression data
2018-Mar-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.225979.117
PMID:29317474
|
研究论文 | 本研究开发了一种方法,通过整合表达相似性与调控信息来重建动态的发育细胞轨迹 | 该方法不仅考虑了基因表达水平的相似性,还整合了转录因子的调控信息以改善细胞谱系重建 | 该方法在样本多样性、不同步的细胞种群中可能表现不佳 | 旨在通过单细胞RNA测序数据生成详细准确的器官发生模型 | 主要研究小鼠肺部发育数据中的细胞类型和谱系 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq | 概率模型 | 单细胞表达数据 | 涉及小鼠肺部发育数据的实验数据 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-05 |
A Single-Cell Approach to the Elusive Latent Human Cytomegalovirus Transcriptome
2018-06-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.01001-18
PMID:29895640
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研究论文 | 本研究探讨了人类巨型细胞病毒潜伏转录组的单细胞RNA测序特点 | 通过单细胞RNA测序定义了人类巨型细胞病毒潜伏期的转录组特征 | 在潜伏期的定义和单细胞RNA测序分析中存在众多挑战 | 探讨人类巨型细胞病毒的潜伏转录组特征 | 关注于宿主内不同的细胞亚群体及其潜伏感染 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-05 |
CD49b defines functionally mature Treg cells that survey skin and vascular tissues
2018-11-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20181442
PMID:30355617
|
研究论文 | 本研究识别了一种表达CD49b的功能成熟的Treg细胞亚群。 | 发现了具有独特组织分布和功能的短暂效应Treg细胞亚群。 | 未阐明不同组织来源的Treg细胞之间的关系的全部情况。 | 阐明功能成熟的Treg细胞亚群的身份和发展。 | CD49b Treg细胞亚群及其在外周组织中的作用。 | 免疫学 | 自体免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-05 |
The subiculum is a patchwork of discrete subregions
2018-10-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.37701
PMID:30375971
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研究论文 | 这篇文章探讨了小鼠次皮质中锥体细胞的异质性及其组织原则 | 本研究发现次皮质的锥体细胞可以分解为八个独立的亚类,并呈现出复杂的层级和柱状组织 | 本文主要基于小鼠模型,结果可能不适用于其他物种或不同的生理条件 | 研究小鼠次皮质内锥体细胞的异质性及其组织结构 | 小鼠的次皮质锥体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-05 |
Transcriptional Programming of Normal and Inflamed Human Epidermis at Single-Cell Resolution
2018-10-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.006
PMID:30355494
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研究论文 | 本文报告了正常和发炎人类表皮的单细胞转录组编程 | 首次在单细胞分辨率下定义了表皮细胞转录程序的全球范围和组织 | 未提及具体的局限性 | 研究表皮分化的转录程序与皮肤病理之间的关系 | 92,889个人表皮细胞的转录组数据,来自9个正常和3个发炎的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 92,889个细胞,来自9个正常与3个发炎的皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-05 |
A virus or more in (nearly) every cell: ubiquitous networks of virus-host interactions in extreme environments
2018-06, The ISME journal
DOI:10.1038/s41396-018-0071-7
PMID:29467398
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研究论文 | 本研究使用单细胞测序和环境宏基因组学,解析黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒-宿主关联结构 | 通过结合宏病毒组学和单细胞基因组学,展示了极端环境中病毒-宿主相互作用的网络,并发现大多数细胞中存在多种病毒类型 | 研究仅在黄石国家公园一个特定环境中进行,可能不适用于其他环境的病毒-宿主关系研究 | 探讨病毒和宿主之间在极端环境中广泛的相互作用 | 黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒和宿主细胞 | 微生物组学 | NA | 单细胞测序,环境宏基因组学 | NA | 微生物组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-05 |
Single-cell profiling of peanut-responsive T cells in patients with peanut allergy reveals heterogeneous effector TH2 subsets
2018-06, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2017.11.060
PMID:29408715
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研究论文 | 该研究系统性地表征了花生特异性T细胞在花生过敏患者外周血中的表型。 | 首次发现花生过敏患者中存在多种效应性TH2亚群,并识别出与调节性T细胞相关的CD154表达变化。 | 研究主要集中在特定患者人群,结果可能不适用于其他类型的过敏或不同的种族人群。 | 全面表征花生特异性T细胞在花生过敏患者中的作用及其表型变化。 | 花生过敏患者及健康对照者的外周血样本中的花生反应性T细胞。 | 数字病理学 | 花生过敏 | 单细胞RNA测序 | NA | 样本细胞 | 包括花生过敏患者、健康对照者及高阈值个体的多个样本 | NA | NA | NA | NA |