单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-07	BGP: identifying gene-specific branching dynamics from single-cell data with a branching Gaussian process 2018-05-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1440-2 PMID:29843817	research paper	本文开发了一种名为分支高斯过程（BGP）的非参数模型，用于从单细胞数据中识别特定基因的分支动力学，并估计每个基因的分支时间及其可信区间。	BGP模型能够识别单个基因的分支动力学，并提供分支时间的估计及其可信区间。	NA	开发一种新方法来揭示细胞分化过程中细胞群体的分支动力学。	单细胞基因表达数据中的分支动力学。	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	BGP	single-cell data	包括模拟数据、单细胞RNA测序血液生成研究和使用液滴条形码生成的鼠胚胎干细胞。
62	2024-08-07	Whole-Body Single-Cell Sequencing Reveals Transcriptional Domains in the Annelid Larval Body 2018-05-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msx336 PMID:29373712	研究论文	本文通过对比海洋环节动物Platynereis dumerilii幼体全身体细胞的转录组，识别出五个转录上不同的分化细胞群，每个群表达独特的转录因子和效应基因，实现细胞表型	本文首次通过全身体细胞测序揭示了环节动物幼体体内的转录域，这些转录域代表了基于基因表达差异的环节动物身体的新基本划分	NA	旨在通过全身体细胞测序技术，揭示环节动物幼体体内的转录域，为进化发育生物学研究提供新工具	海洋环节动物Platynereis dumerilii的幼体全身体细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	随机挑选的单细胞
63	2024-08-07	Cell type discovery using single-cell transcriptomics: implications for ontological representation 2018-05-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy100 PMID:29590361	综述	本文综述了利用单细胞和单核RNA测序技术在人类中枢神经和免疫系统中鉴定细胞类型的最新工作，并讨论了这些发现对参考细胞本体（CL）中细胞类型表示的影响	提出了一种基于随机森林机器学习的方法，用于识别必要和充分的标记基因集，这些基因可用于组装一致且可重复的细胞类型定义，以便纳入CL	NA	探讨单细胞转录组学在细胞类型发现中的应用及其对细胞本体表示的影响	人类中枢神经和免疫系统中的细胞类型	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	随机森林	文本	NA
64	2024-08-07	An interpretable framework for clustering single-cell RNA-Seq datasets 2018-03-09, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-018-2092-7 PMID:29523077	研究论文	本文介绍了一种名为DendroSplit的可解释框架，用于单细胞RNA-Seq数据集的聚类分析	DendroSplit框架通过特征选择来揭示数据中多个生物学上有意义的层次，强调了聚类的可解释性	NA	解决单细胞RNA-Seq数据集聚类分析中的可解释性和主观性问题	单细胞RNA-Seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-Seq数据	多个标志性单细胞数据集
65	2024-08-07	Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads 2018-03-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1407-3 PMID:29523163	研究论文	本文介绍了一种名为Quartz-Seq2的高通量单细胞RNA测序方法，该方法能够有效利用有限的序列读取来分配独特的分子标识符（UMI）计数作为单细胞的基因表达值，并检测更多的基因	Quartz-Seq2通过改进反应步骤，提高了初始读取转换为UMI计数的效率（30-50%），并能检测更多基因	NA	开发一种能够有效利用有限序列读取的高通量单细胞RNA测序方法	体外胚胎干细胞和体内基质血管部分的转录组	基因测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	约10,000个转录组样本
66	2024-08-07	Combinatory use of distinct single-cell RNA-seq analytical platforms reveals the heterogeneous transcriptome response 2018-02-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-21161-y PMID:29472726	研究论文	本文探讨了结合不同单细胞RNA测序平台以揭示癌症细胞转录组异质性的有效性	提出了一种结合不同单细胞RNA测序平台的方法，以获取更全面的表达差异信息和足够的细胞群体	尽管可以分析转录模块的活性，但某些情况下无法精确推断单个基因的信息	研究癌症细胞的转录组异质性	癌症细胞的转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及少量细胞群体
67	2024-08-07	Mapping human pluripotent stem cell differentiation pathways using high throughput single-cell RNA-sequencing 2018-04-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1426-0 PMID:29622030	研究论文	使用高吞吐量的单细胞RNA测序技术，研究人类多能干细胞的早期分化路径	首次提供了人类多能干细胞在单细胞层面的全面分化路线图	NA	研究人类多能干细胞的细胞分化过程	人类多能干细胞及其早期分化路径	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多个细胞系，包括神经、肌肉、内皮、基质、肝脏和上皮细胞
68	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing identifies celltype-specific cis-eQTLs and co-expression QTLs 2018-04, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-018-0089-9 PMID:29610479	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了约25,000个外周血单个核细胞的表达谱，以识别细胞类型特异性的顺式表达数量性状位点（cis-eQTLs）和共表达QTLs	本研究首次通过单细胞eQTL分析，识别了新的细胞类型特异性cis-eQTLs，并生成了个性化的共表达网络，发现了显著改变共表达关系的遗传变异（称为共表达QTLs）	NA	旨在通过无偏倚的方法识别细胞类型特异性的eQTLs和共表达QTLs	外周血单个核细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	表达谱	约25,000个外周血单个核细胞来自45名供体
69	2024-08-07	Molecular transitions in early progenitors during human cord blood hematopoiesis 2018-03-15, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20178041 PMID:29545397	研究论文	本研究利用Drop-seq技术对人类脐带血中的20,000个前体细胞进行单细胞RNA测序，揭示了脐带血中前体细胞状态的转录组图谱及其命运承诺的转录动力学	首次在人类脐带血中使用Drop-seq技术进行大规模单细胞RNA测序，揭示了前体细胞的转录组图谱和命运承诺的动态过程	NA	深入理解人类脐带血造血过程中早期前体细胞的分子转变	人类脐带血中的前体细胞	NA	NA	Drop-seq, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	20,000个前体细胞
70	2024-08-07	TALK-1 reduces delta-cell endoplasmic reticulum and cytoplasmic calcium levels limiting somatostatin secretion 2018-03, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2018.01.016 PMID:29402588	研究论文	本文研究了TALK-1通道在δ细胞中的作用，特别是其对内质网和细胞质钙水平的影响，以及对生长抑素分泌的限制作用。	首次揭示了TALK-1通道在δ细胞中的生理功能，即通过调节内质网钙泄漏来影响钙处理和生长抑素分泌。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证TALK-1通道的作用。	探讨TALK-1通道在δ细胞中的功能及其对生长抑素分泌和内质网钙水平的调节作用。	TALK-1通道在δ细胞中的表达和功能。	NA	糖尿病	免疫荧光、膜片钳电生理学、钙成像和激素分泌测定	NA	细胞内钙水平数据	控制组和TALK-1通道缺陷（TALK-1 KO）小鼠
71	2024-08-07	Population snapshots predict early haematopoietic and erythroid hierarchies 2018-03-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25741 PMID:29466336	研究论文	本文利用单细胞转录组学、命运分析和一种从群体快照预测细胞命运的理论，展示了小鼠造血祖细胞通过连续的层次结构分化为七个血系的早期造血和红细胞层次结构	揭示了红细胞和嗜碱/肥大细胞命运之间的耦合，以及对红细胞应激的全球造血反应，并发现了调节红细胞生成的新型生长因子受体	NA	重建干细胞生物学中红细胞分化的步骤	小鼠造血祖细胞的分化过程	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学	预测性命运模型	转录组数据	NA
72	2024-08-07	Characterizing the replicability of cell types defined by single cell RNA-sequencing data using MetaNeighbor 2018-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-03282-0 PMID:29491377	研究论文	本文介绍了一种名为MetaNeighbor的复制框架，用于量化单细胞RNA测序数据中细胞类型的跨数据集复制程度，并快速识别高度相似的集群	提出了MetaNeighbor框架，用于评估和提高单细胞RNA测序数据的复制性	NA	研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的复制性，并定义最佳实践	单细胞RNA测序数据中的细胞类型复制性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8个技术性和生物多样性不同的数据集，45个中间神经元亚型中的24个
73	2024-08-07	An Efficient Single-Cell RNA-Seq Approach to Identify Neoantigen-Specific T Cell Receptors 2018-02-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2017.10.018 PMID:29174843	研究论文	本文提出了一种新的治疗策略，通过遗传修饰自体T细胞与新抗原特异性T细胞受体（TCRs）并将其转移回癌症患者，以提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效	开发了一种新的方法，通过TILs与TMG转染或肽脉冲的自体抗原呈递细胞（APCs）共培养，并进行单细胞RNA测序分析T细胞，以识别与高表达IFN-γ和IL-2细胞相关的配对TCR序列	目前的分离新抗原特异性TCRs的技术耗时且技术挑战大，不适合临床应用	提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效	新抗原特异性T细胞受体（TCRs）	NA	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	多个TCRs被识别、合成、克隆并转导到供体T细胞中
74	2024-08-07	A stochastic and dynamical view of pluripotency in mouse embryonic stem cells 2018-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006000 PMID:29451874	研究论文	本文开发了一个框架，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学	提出了一个系统的方法，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学	文章未明确提及现有方法的局限性	研究胚胎干细胞多能性状态的动态和分子随机性	胚胎干细胞的多能性状态及其调控网络	生物医学科学	NA	单细胞测序	机器学习方法	基因网络拓扑结构	未明确提及样本数量
75	2024-08-07	Classes and continua of hippocampal CA1 inhibitory neurons revealed by single-cell transcriptomics 2018-06, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2006387 PMID:29912866	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析了海马CA1区抑制性神经元的多样性	揭示了10个主要的GABA能神经元群和49个细粒度集群，并发现连续变异在描述这些细胞多样性中的重要性	研究仅限于海马CA1区的抑制性神经元，未涵盖其他脑区或神经元类型	探索海马CA1区抑制性神经元的分类及其多样性	海马CA1区的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	3,663个CA1区抑制性细胞
76	2024-08-07	Genome organization and DNA accessibility control antigenic variation in trypanosomes 2018-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0619-8 PMID:30333624	研究论文	本文研究了布氏锥虫中基因组组织和DNA可及性控制抗原变异的现象	首次在布氏锥虫中识别了连接全局基因组结构、局部染色质构象和抗原变异的分子机制，即组蛋白变异体	研究受限于抗原基因阵列的高度重复性和杂合性，这阻碍了许多病原体的完整基因组组装	探讨基因组结构在抗原变异中的作用	布氏锥虫的抗原基因阵列及其基因组结构	基因组学	寄生虫病	长读长测序技术、染色体构象捕获(Hi-C)	NA	基因组数据	NA
77	2024-08-07	Dimensionality reduction for visualizing single-cell data using UMAP 2018-Dec-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4314 PMID:30531897	研究论文	本文应用UMAP（一种非线性降维技术）于生物数据分析，通过三个已验证的质谱流式细胞术和单细胞RNA测序数据集，比较UMAP与其他五种工具的性能	UMAP提供了最快的运行时间、最高的可重复性和最有意义的细胞簇组织	NA	改进单细胞数据的可视化和解释	单细胞数据分析	计算机视觉	NA	UMAP	NA	数据	三个已验证的数据集
78	2024-08-07	Identification of spatially associated subpopulations by combining scRNAseq and sequential fluorescence in situ hybridization data 2018-Oct-29, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4260 PMID:30371680	研究论文	本文开发了一种方法，通过整合基于测序和成像的单细胞转录组数据，结合跨平台细胞类型映射和隐马尔可夫随机场模型，来区分内在和外在因素对全局基因表达的影响	本文首次通过结合scRNAseq和荧光原位杂交数据，识别了与空间相关且细胞类型独立的特征，并发现了先前未知的与空间相关的亚群	NA	研究内在基因调控网络如何与细胞的空间环境相互作用以定义其身份	小鼠视觉皮层区域的细胞类型和空间域相关异质性	数字病理学	NA	scRNAseq, 荧光原位杂交	隐马尔可夫随机场模型	单细胞转录组数据	小鼠视觉皮层区域的细胞
79	2024-08-07	Structure-Aware Principal Component Analysis for Single-Cell RNA-seq Data 2018-Aug-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2018.0027 PMID:30133312	研究论文	本文提出了一种结构感知的主成分分析（LSPCA）方法，用于处理单细胞RNA测序数据中的少数细胞类型识别问题	LSPCA通过结构感知的数据采样，减少了传统PCA在主成分方向上的偏差，提高了对少数细胞类型的检测准确性	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中少数细胞类型的识别	单细胞RNA测序数据中的少数细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA	表达数据	涉及十个公开可用的单细胞表达数据集，包括一个非常大的注释数据集
80	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of lineage diversity in high-grade glioma 2018-07-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0567-9 PMID:30041684	研究论文	本研究通过高密度微孔系统对分离的人体手术样本进行大规模单细胞RNA测序，分析高级别胶质瘤（HGG）中的细胞系多样性	首次揭示了高级别胶质瘤中细胞身份与增殖之间的关系，并发现恶性转化细胞中神经与非神经系相似性的不同群体结构	NA	深入理解高级别胶质瘤中的细胞系身份、分化和增殖	高级别胶质瘤（HGG）细胞及其微环境细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	图论方法	转录组	多个分离的人体手术样本