单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	An integrative approach for building personalized gene regulatory networks for precision medicine 2018-12-19, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0608-4 PMID:30567569	研究论文	本文提出了一种综合方法，利用单细胞数据和批量数据的敏感性，重建个性化、细胞类型和上下文特定的基因调控网络	利用RNA速度、同时研究数十万细胞的能力和单细胞测序成本的下降，构建基因调控网络	NA	开发一种综合方法，以实现精准医疗	个性化基因调控网络	精准医疗	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	数十万细胞
42	2024-08-07	Understanding tumor ecosystems by single-cell sequencing: promises and limitations 2018-12-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1593-z PMID:30509292	综述	本文综述了单细胞测序技术在理解肿瘤生态系统中的应用及其局限性	单细胞测序技术揭示了肿瘤内和肿瘤间的细胞异质性，为癌症进化、转移、耐药性和肿瘤微环境研究带来了新发现	单细胞测序技术仍存在局限性，包括技术挑战和潜在应用的限制	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的最新进展和局限性及其潜在应用	肿瘤生态系统和癌症研究	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组、表观基因组、转录组和多组学数据	NA
43	2024-08-07	Missing data and technical variability in single-cell RNA-sequencing experiments 2018-10-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxx053 PMID:29121214	研究论文	本文通过评估实验分析了已发表研究中的单细胞RNA测序数据，揭示了系统误差对细胞间表达变异性的影响	本文首次详细探讨了单细胞RNA测序中技术变异导致的零表达问题，并展示了这种技术变异如何与新的生物学结果混淆	本文主要关注技术变异对单细胞RNA测序数据的影响，未深入探讨生物学变异的作用	研究单细胞RNA测序实验中的数据缺失和技术变异性问题	单细胞RNA测序数据中的零表达和技术变异性	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个已发表研究的数据
44	2024-08-07	Using single nucleotide variations in single-cell RNA-seq to identify subpopulations and genotype-phenotype linkage 2018-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07170-5 PMID:30459309	研究论文	本文提出使用单细胞RNA测序中的有效且表达的核苷酸变异（eeSNVs）作为肿瘤亚群识别的替代特征，并开发了SSrGE线性建模框架来关联eeSNVs与基因表达。	首次使用eeSNVs作为单细胞RNA测序数据中的特征进行肿瘤亚群识别，并开发了SSrGE框架来整合多组学单细胞技术。	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据中亚群识别的准确性，并探索基因型-表型关联。	单细胞RNA测序数据中的eeSNVs及其在肿瘤亚群识别和基因型-表型关联中的应用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	线性模型	RNA测序数据	NA
45	2024-08-07	Detection of correlated hidden factors from single cell transcriptomes using Iteratively Adjusted-SVA (IA-SVA) 2018-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-35365-9 PMID:30451954	研究论文	本文介绍了一种名为迭代调整替代变量分析（IA-SVA）的方法，用于从单细胞转录组数据中检测相关隐藏因子	IA-SVA能够估计隐藏因子，即使这些因子与其他变异源相关，通过迭代方式识别与每个隐藏因子相关的一组基因	NA	开发一种新方法来解析单细胞RNA测序数据中多个和相关的变异源	单细胞RNA测序数据中的隐藏因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	迭代调整替代变量分析（IA-SVA）	转录组数据	人类细胞的单细胞RNA测序数据
46	2024-08-07	Discovery of rare cells from voluminous single cell expression data 2018-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07234-6 PMID:30413715	研究论文	本文提出了一种名为FiRE的算法，用于从大规模单细胞表达数据中快速发现稀有细胞亚群	FiRE算法能够在几秒钟内为每个表达谱分配一个稀有度分数，显著提高了处理大规模单细胞数据的效率	NA	旨在开发一种高效算法，用于从大规模单细胞表达数据中发现稀有细胞亚群	单细胞mRNA测序数据中的稀有细胞亚群	生物信息学	NA	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	FiRE算法	表达数据	数万个单细胞
47	2024-08-07	Sox4 Promotes Atoh1-Independent Intestinal Secretory Differentiation Toward Tuft and Enteroendocrine Fates 2018-11, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2018.07.023 PMID:30055169	研究论文	本文研究了Sox4在肠道干细胞（ISCs）分化中的作用，特别是其促进绒毛和肠内分泌细胞命运的能力，独立于Atoh1的作用	本文发现Sox4能够独立于Atoh1促进绒毛和肠内分泌细胞的分化，挑战了Atoh1作为肠道分泌细胞分化唯一调节因子的传统模型	NA	探讨Sox4在肠道干细胞分化中的作用及其对肠道分泌细胞命运的影响	肠道干细胞（ISCs）及其分化为绒毛和肠内分泌细胞的过程	NA	NA	免疫荧光分析、实时定量聚合酶链反应、RNA测序	NA	RNA	实验使用了Sox4条件性敲除小鼠和对照小鼠，以及Atoh1GFP小鼠和Atoh1条件性敲除小鼠
48	2024-08-07	Bloody Zebrafish: Novel Methods in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2018.00124 PMID:30374440	研究论文	本文讨论了斑马鱼模型在生理和病理造血研究中的应用，以及新技术如何改变该领域的理解	介绍了斑马鱼模型在造血研究中的新应用，以及单细胞转录组分析、表观遗传调控、蛋白质组学、代谢组学和大数据处理等新技术的使用	NA	探讨斑马鱼模型在生理和病理造血研究中的益处以及新技术的影响	斑马鱼模型及其在造血研究中的应用	数字病理学	恶性血液病	单细胞转录组分析、表观遗传调控、蛋白质组学、代谢组学	NA	大数据集	NA
49	2024-08-07	Single-Cell Multi-omics: An Engine for New Quantitative Models of Gene Regulation 2018-09, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2018.06.001 PMID:30007833	综述	本文综述了单细胞多组学技术如何通过提供超越转录组的细胞状态读数，补充单细胞RNA测序技术，并强调回归模型在关联基因表达与其他细胞状态方面的应用	介绍了新的单细胞基因组技术，这些技术通过提供额外的细胞状态读数，补充了单细胞RNA测序技术	NA	探讨单细胞多组学技术如何帮助建立新的定量基因调控模型	单细胞多组学技术及其在基因调控中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	回归模型	基因表达数据	NA
50	2024-08-07	An eQTL Landscape of Kidney Tissue in Human Nephrotic Syndrome 2018-08-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2018.07.004 PMID:30057032	研究论文	本研究利用全基因组测序和微切割的肾小球及肾小管间质转录组，分析了187名肾病综合征患者的eQTL图谱	首次在肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质中详细描述了eQTL图谱，并发现了组织特异性的eQTL	研究样本量相对较小，可能影响结果的泛化性	揭示肾病综合征中肾组织基因表达的遗传调控	肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质	数字病理学	肾病综合征	全基因组测序（WGS）	MatrixEQTL	转录组数据	187名肾病综合征患者
51	2024-08-07	Sensitive and powerful single-cell RNA sequencing using mcSCRB-seq 2018-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05347-6 PMID:30050112	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议的实验条件，并开发了一种名为分子拥挤SCRB-seq（mcSCRB-seq）的新方法，该方法在灵敏度、效率和灵活性方面表现出色。	通过添加聚乙二醇和使用Terra聚合酶，显著提高了scRNA-seq的灵敏度和效率。	NA	改进单细胞RNA测序技术的灵敏度、灵活性和成本效率。	单细胞RNA测序技术的实验条件和方法改进。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
52	2024-08-07	Non-inflammatory tumor microenvironment of diffuse intrinsic pontine glioma 2018-06-28, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-018-0553-x PMID:29954445	研究论文	本文比较了弥漫性内在脑桥胶质瘤（DIPG）和成人胶质母细胞瘤（GBM）的炎症特征	发现DIPG的肿瘤微环境具有较低的炎症特征，与成人GBM有显著差异	NA	探讨DIPG与成人GBM在炎症环境上的差异，为免疫治疗提供依据	DIPG和成人GBM的肿瘤微环境炎症特征	数字病理学	儿童中枢神经系统恶性肿瘤	RNA测序	NA	RNA	DIPG和成人GBM的肿瘤样本
53	2024-08-07	zUMIs - A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs 2018-06-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giy059 PMID:29846586	研究论文	zUMIs是一个快速灵活的流程，用于处理带有UMIs的RNA测序数据	zUMIs能够处理已知和随机的BCs，并有效折叠UMIs，还具有自适应降采样功能，有助于处理差异巨大的文库大小	NA	开发一个适用于使用BCs和UMIs的主要scRNA-seq协议的数据处理流程	单细胞RNA测序数据	测序技术	NA	RNA-seq	NA	文本	数百或数千个细胞
54	2024-08-07	Absence of NEFL in patient-specific neurons in early-onset Charcot-Marie-Tooth neuropathy 2018-Jun, Neurology. Genetics DOI:10.1212/NXG.0000000000000244 PMID:29888333	研究论文	本研究使用患者特异性神经元培养物，探讨了神经丝轻链（NEFL）隐性无义突变在早发性夏科-马里-图斯（CMT）疾病中的分子遗传机制	首次展示了隐性无义突变导致NEFL mRNA几乎完全丢失，进而导致患者培养神经元中NEFL蛋白完全缺失，并提出神经丝积累可能是模拟NEFL缺失的一种机制	研究仅基于单一患者样本，可能存在样本代表性不足的问题	探究NEFL隐性无义突变在早发性CMT疾病中的分子遗传机制	患者特异性神经元培养物	NA	神经退行性疾病	定量PCR、蛋白质分析、免疫细胞化学、电子显微镜、单细胞转录组学	NA	mRNA、蛋白质	单一患者样本
55	2024-08-07	The Evolution of Gene-Specific Transcriptional Noise Is Driven by Selection at the Pathway Level 2018-01, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1534/genetics.117.300467 PMID:29097405	研究论文	本文利用单细胞转录组数据研究了家鼠基因特异性转录噪声的进化驱动力	首次揭示了生物途径层面的自然选择对基因特异性转录噪声的影响	NA	探讨基因特异性转录噪声的进化驱动力	家鼠的单细胞转录组	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
56	2024-08-07	Bringing Renal Biopsy Interpretation Into the Molecular Age With Single-Cell RNA Sequencing 2018-01, Seminars in nephrology IF:2.8Q2 DOI:10.1016/j.semnephrol.2017.09.005 PMID:29291760	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肾活检解释中的应用及其对肾脏疾病研究的影响	单细胞RNA测序技术能够同时测量数千个单细胞中的数千个基因表达，为全面描述人类肾脏疾病提供了新的视角	NA	探讨单细胞RNA测序技术在肾活检中的应用及其对肾脏疾病理解的潜在影响	肾活检样本及其在急性肾损伤、慢性肾脏病和同种异体移植功能障碍中的应用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞基因表达数据	NA
57	2024-08-07	DrImpute: imputing dropout events in single cell RNA sequencing data 2018-06-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-018-2226-y PMID:29884114	研究论文	本文介绍了DrImpute算法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失事件	DrImpute在区分真实零值和缺失零值方面表现优于现有的填补算法	NA	开发一种新的算法来处理单细胞RNA测序数据中的缺失事件	单细胞RNA测序数据中的缺失事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	九个已发表的单细胞RNA测序数据集
58	2024-08-07	Harnessing single-cell genomics to improve the physiological fidelity of organoid-derived cell types 2018-06-05, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-018-0527-2 PMID:29871632	研究论文	本文介绍了一种利用大规模并行单细胞RNA测序技术比较体内外细胞类型和状态的方法，并利用这些差异来提高体外模型的生理忠实度	提出了一种系统的方法来识别体外模型的局限性并提高其生理忠实度，特别是针对肠道类器官中的潘氏细胞	尚未测试类器官衍生的细胞类型在多大程度上重现了体内的对应细胞	提高体外模型的生理忠实度，以便更好地进行功能性研究	肠道类器官中的潘氏细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组学、细胞学、形态学和蛋白质组学数据	大规模并行单细胞RNA测序
59	2024-08-07	Neural lineage tracing in the mammalian brain 2018-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2017.10.013 PMID:29125960	综述	本文综述了利用基因标记技术在哺乳动物神经系统中追踪神经细胞谱系的应用	近期基因编辑和单细胞测序技术的进步使得谱系分析在规模、速度和深度上达到了前所未有的水平	对于复杂系统，完全实现单个细胞谱系仍然具有挑战性	探讨神经细胞谱系追踪技术在理解大脑发育、组织和功能中的应用	哺乳动物大脑中的神经细胞谱系	NA	NA	基因编辑和单细胞测序	NA	NA	NA
60	2024-08-07	UMI-count modeling and differential expression analysis for single-cell RNA sequencing 2018-05-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1438-9 PMID:29855333	研究论文	本文通过多个单细胞RNA测序数据集，揭示了读取计数和唯一分子标识符（UMI）计数在基因表达量化方案中的分布差异，并提出了一种基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID）。	本文提出了一种新的基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID），该算法在UMI计数中能更好地控制错误发现率（FDR）并提高检测能力。	NA	研究单细胞RNA测序中基因表达量化的不同方案，并提出新的差异表达分析算法。	单细胞RNA测序数据中的读取计数和UMI计数。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	负二项模型	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集