单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-08-09	Progress and challenges of sequencing and analyzing circulating tumor cells 2018-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-017-9418-5 PMID:29168077	综述	本文综述了循环肿瘤细胞（CTCs）的测序和分析进展及其在临床中的应用	利用下一代测序（NGS）和单细胞测序（SCS）技术，科学家能够获取CTC的完整基因组，并与相应的原发和转移肿瘤进行比较	CTC的基因组和转录组测序相比癌症活检和循环肿瘤DNA测序更为复杂和技术上更具挑战性，包括从白细胞背景中纯化肿瘤细胞、无损收集细胞、获取无偏差的基因组和转录组扩增材料以及准确分析CTC测序数据	探讨CTC测序的生物学和潜在临床应用，以及未来的挑战和展望	循环肿瘤细胞（CTCs）的基因组和转录组	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）、单细胞测序（SCS）	NA	基因组、转录组	NA
562	2024-08-09	CRISPR/Cas9 library screening for drug target discovery 2018-Feb, Journal of human genetics IF:2.6Q2 DOI:10.1038/s10038-017-0376-9 PMID:29158600	综述	本文综述了基于CRISPR/Cas9的工具在药物靶点发现中的应用	介绍了CRISPRa和CRISPRi在功能获得和功能丧失筛选中的优势，以及负选择在合成致死相互作用中的应用	NA	探讨CRISPR/Cas9技术在药物靶点发现中的应用和未来发展方向	CRISPR/Cas9库在药物靶点发现中的应用	基因编辑	NA	CRISPR/Cas9	NA	NA	NA
563	2024-08-09	Unsupervised Trajectory Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Imaging Data Reveals Alternative Tuft Cell Origins in the Gut 2018-01-24, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2017.10.012 PMID:29153838	研究论文	本文介绍了一种无监督算法p-Creode，用于从单细胞数据中推断可重复的细胞状态发展过渡，并应用于多种数据类型以验证其在肠道特化细胞起源分析中的有效性	p-Creode算法能够从单细胞数据中生成多分支图，比较不同拓扑结构的图，并推断出统计上稳健的细胞状态过渡层次结构	NA	开发和验证一种新的计算工具，用于从单细胞数据中推断细胞状态的发展过渡	肠道中的特化细胞，特别是肠绒毛细胞的起源	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	无监督算法	图像数据	NA
564	2024-08-09	Gene expression: Single-cell RNA sequencing of collecting duct cells 2018-01, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/nrneph.2017.163 PMID:29151598	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
565	2024-08-09	Experimental design for single-cell RNA sequencing 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx035 PMID:29126257	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验设计的一般考虑因素和两种最流行的方法	scRNA-seq技术为细胞系统的异质性表征开辟了新途径	scRNA-seq是一项相对较新的技术，领域正在快速发展	探讨单细胞RNA测序实验设计的考虑因素和方法	单细胞RNA测序技术	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	NA
566	2024-08-09	Tumour heterogeneity and resistance to cancer therapies 2018-02, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/nrclinonc.2017.166 PMID:29115304	综述	本文综述了肿瘤异质性及其对癌症治疗抵抗性的影响	探讨了多区域测序、单细胞测序、尸检样本分析和液体活检样本的纵向分析等新兴技术在解析癌症复杂克隆结构中的潜力	NA	探讨肿瘤异质性的驱动因素及其对开发有效个性化治疗的影响	肿瘤异质性及其对癌症治疗的影响	NA	癌症	多区域测序, 单细胞测序, 尸检样本分析, 液体活检样本的纵向分析	NA	NA	NA
567	2024-08-09	Spatial Transcriptomics: Constructing a Single-Cell Resolution Transcriptome-Wide Expression Atlas 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7213-5_7 PMID:29130193	研究论文	本文描述了一种结合原位杂交（ISH）和单细胞mRNA测序（scRNAseq）的方法，旨在构建一个具有单细胞分辨率的基因表达图谱。	该方法通过一系列ISH实验和图像配准及基因表达平均化处理，实现了对感兴趣的动物或组织的高分辨率和中覆盖度的基因表达图谱的构建。	NA	构建一个具有单细胞分辨率的基因表达图谱。	动物或组织的基因表达。	数字病理学	NA	原位杂交（ISH），单细胞mRNA测序（scRNAseq）	NA	图像，基因表达数据	NA
568	2024-08-09	Application of single-cell sequencing in human cancer 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx036 PMID:29106464	综述	本文综述了单细胞测序技术在人类癌症研究中的应用，并讨论了该领域当前面临的挑战	单细胞测序技术能够揭示肿瘤内部的细胞异质性，有助于识别影响临床结果的关键分子特性	单细胞测序技术在实验室中的应用仍面临一些挑战，包括数据分析的复杂性和成本问题	探讨单细胞测序技术在精准医学中的应用，以提供基于个体分子表型的靶向治疗	人类癌症细胞的分子表型和异质性	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	细胞	大量细胞
569	2024-08-09	TH2 cell development and function 2018-02, Nature reviews. Immunology DOI:10.1038/nri.2017.118 PMID:29082915	综述	本文综述了T辅助2细胞（T2细胞）在调节保护性2型免疫反应中的作用及其在慢性炎症疾病中的影响	介绍了单细胞转录组学和单细胞蛋白质组学等新技术在研究T细胞多样性和疾病相关异质性中的应用	NA	探讨T2细胞的分化机制及其在哮喘和过敏治疗中的潜在应用	T2细胞及其在免疫反应中的作用	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
570	2024-08-09	Constructing cell lineages from single-cell transcriptomes 2018-02, Molecular aspects of medicine IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.mam.2017.10.004 PMID:29107741	研究论文	本文比较和对比了现有的计算方法，并展示了如何应用这些方法从大规模并行RNA单细胞测序数据中构建小鼠髓系祖细胞谱系	本文开发了计算算法来推断细胞类型之间的谱系关系，并构建沿着细胞重新排序的发展轨迹，以最大化连续细胞对之间的相似性	NA	揭示细胞分化过程中存在的细胞异质性水平，并构建细胞谱系	小鼠髓系祖细胞的谱系关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	计算算法	转录组数据	大规模并行RNA单细胞测序数据
571	2024-08-09	SFRP2/DPP4 and FMO1/LSP1 Define Major Fibroblast Populations in Human Skin 2018-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2017.09.045 PMID:29080679	研究论文	通过单细胞RNA测序分析正常人皮肤中的不同成纤维细胞群体	发现了两个主要的成纤维细胞群体，分别由SFRP2和FMO1基因定义，并进一步定义了每个群体内的亚群	NA	探索人皮肤中不同成纤维细胞群体的特征	人皮肤中的成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6个皮肤活检样本
572	2024-08-09	Polysome-profiling in small tissue samples 2018-01-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx940 PMID:29069469	研究论文	本文优化了一种非线性蔗糖梯度方法，用于在小组织样本中富集高效翻译的mRNA，减少了样本处理量，并结合smart-seq2单细胞RNA测序技术，实现了小组织样本的翻译组分析。	提出了一种优化的非线性蔗糖梯度方法，减少了样本处理量，适用于大规模研究设计、原代细胞和生物库中收集的冷冻组织样本。	NA	优化polysome-profiling技术，使其适用于小组织样本和大规模实验设计。	小组织样本中的高效翻译mRNA。	NA	NA	polysome-profiling, smart-seq2单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
573	2024-08-09	Recent Advances in the Systems Biology of Aging 2018-10-01, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2017.7367 PMID:29020802	综述	本文综述了系统生物学在衰老研究中的最新进展，特别是通过饮食限制、神经退行性疾病和衰老生物标志物的研究	介绍了新的技术如单细胞测序、超越甲基化的表观遗传学进展以及多组学网络研究，这些技术扩展了系统生物学家的研究范围	尽管系统生物学方法取得了进展，但仍不完全理解影响衰老的个体基因和通路	旨在通过系统生物学方法深化对衰老机制的理解，并探索可能的干预措施以延缓与年龄相关的疾病	衰老的基本生物学机制，特别是通过饮食限制、神经退行性疾病和衰老生物标志物的研究	系统生物学	衰老	单细胞测序、高通量测序的转座酶可及染色质分析、多组学网络研究	NA	基因组数据、表观遗传数据	NA
574	2024-08-09	Global and targeted approaches to single-cell transcriptome characterization 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx025 PMID:29028866	研究论文	本文探讨了单细胞转录组表征的两种主要方法：定量逆转录PCR（RT-qPCR）和RNA测序	介绍了单细胞转录组分析的新方法，使得对细胞数量有限的样本（如早期胚胎细胞）和细胞群体异质性（如血液细胞或神经元）的研究成为可能	NA	探索单细胞转录组表征的新方法，以更好地理解细胞功能	单细胞转录组	分子生物学	NA	RT-qPCR, RNA测序	NA	转录组	单细胞
575	2024-08-09	Immune cell type 'fingerprints' at the basis of outcome diversity of human infection 2018-04, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2017.09.012 PMID:29049916	研究论文	本文提出利用单细胞分析技术研究人类感染结果多样性的新视角	利用单细胞RNA测序技术识别与宿主清除病原体能力相关的免疫细胞类型指纹	NA	探索感染结果多样性的原因，为治疗传染病提供新工具	人类感染结果的多样性及免疫细胞类型的作用	NA	传染病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
576	2024-08-09	Fluctuation localization imaging-based fluorescence in situ hybridization (fliFISH) for accurate detection and counting of RNA copies in single cells 2018-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx874 PMID:29040675	研究论文	本文介绍了一种基于波动定位成像的荧光原位杂交技术（fliFISH），用于准确检测和计数单细胞中的RNA拷贝	fliFISH技术利用可开关荧光染料的开关周期来设定真实信号和虚假信号之间的定量阈值，从而提高了smFISH技术的精确度	NA	开发一种新的技术以提高单细胞中RNA拷贝检测和计数的准确性	单细胞中的RNA拷贝	分子生物学	糖尿病	荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	小鼠胰岛细胞
577	2024-08-09	SCPortalen: human and mouse single-cell centric database 2018-01-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx949 PMID:29045713	研究论文	本文介绍了单细胞中心数据库'SCPortalen'的开发，该数据库旨在整合和标准化人类和小鼠的单细胞转录组数据，以便于比较和重用。	SCPortalen数据库通过手动筛选和标准化元数据，以及进行质量评估和数据处理，提供了一个高质量的单细胞数据平台。	NA	开发一个能够整合和标准化不同来源的单细胞转录组数据的数据库，以支持研究人员对特定细胞类型或群体异质性的研究。	人类和小鼠的单细胞转录组数据。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据，图像文件	涵盖了从INSDC站点公开的人类和小鼠单细胞转录组数据集。
578	2024-08-09	DIMM-SC: a Dirichlet mixture model for clustering droplet-based single cell transcriptomic data 2018-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx490 PMID:29036318	研究论文	本文开发了一种名为DIMM-SC的Dirichlet混合模型，用于聚类基于液滴的单细胞转录组数据	DIMM-SC模型能够显式地建模scRNA-Seq实验中的UMI计数数据，并通过Dirichlet混合先验表征不同细胞簇之间的变异	NA	开发一种新的统计方法和计算工具，用于分析基于液滴的单细胞转录组数据	基于液滴的单细胞转录组数据	生物信息学	系统性硬化症	scRNA-Seq	Dirichlet混合模型	转录组数据	数千个单细胞
579	2024-08-09	Dissecting human gliomas by single-cell RNA sequencing 2018-01-10, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/nox126 PMID:29016805	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术在临床胶质瘤样本中的应用，重点介绍了RNA表达谱分析	提供了对胶质瘤生物学、肿瘤异质性、癌细胞谱系、癌症干细胞程序、肿瘤微环境和胶质瘤分类的新见解	NA	探讨单细胞分析技术在胶质瘤研究中的应用	人胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	临床胶质瘤样本
580	2024-08-09	SEGtool: a specifically expressed gene detection tool and applications in human tissue and single-cell sequencing data 2018-11-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbx074 PMID:28981576	研究论文	本文介绍了一种名为SEGtool的工具，用于从RNA测序数据中自动和自适应地检测特定表达基因（SEGs）	SEGtool基于模糊c均值、Jaccard指数和贪婪退火方法，能够忽略数据分布，优于主要为微阵列数据开发的现有工具	NA	研究特定表达基因的识别，以探索基因功能、生物发育、疾病机制和生物标志物的发现	人类组织和单细胞测序数据中的特定表达基因	生物信息学	NA	RNA测序	模糊c均值、Jaccard指数、贪婪退火方法	RNA-seq数据、单细胞测序数据	在Genotype-Tissue Expression (GTEx)人类组织数据集中检测到3181个SEGs，以及在胚胎细胞的单细胞测序数据中识别出多个SEGs