单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes 2018-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0393-7 PMID:30069044	研究论文	本文研究了小鼠气管上皮的细胞组成和层次结构，识别了稀有的Foxi1肺离子细胞等细胞类型	提出了'脉冲-seq'技术，结合单细胞RNA测序和谱系追踪，揭示了气道细胞的新陈代谢模式	研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全代表人类气道病理	探讨哮喘和囊性纤维化中气道上皮的细胞组成及其在疾病中的作用	对小鼠气管上皮细胞进行单细胞RNA测序和谱系追踪	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	NA
22	2024-08-05	Single-cell analysis of early progenitor cells that build coronary arteries 2018-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0288-7 PMID:29973725	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和小鼠遗传学展示了发育心脏中的静脉细胞如何经过早期细胞命运转换，形成构建冠状动脉的前动脉细胞群。	揭示了静脉细胞如何在发育过程中转变为前动脉细胞，并阐明了COUP-TF2对这一过程的抑制作用	未提及特定的限制性因素	研究冠状动脉的发育机制与静脉细胞的转变	静脉细胞和前动脉细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	NA	NA
23	2024-08-05	High-Throughput Screening Enhances Kidney Organoid Differentiation from Human Pluripotent Stem Cells and Enables Automated Multidimensional Phenotyping 2018-Jun-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.04.022 PMID:29779890	研究论文	本文提出了一种全自动化的高通量筛选平台，用于增强人类肾脏类器官的分化和表型分析	开发了一个完全自动化且兼容高通量筛选的系统，能够在21天内实现从培养到分析的全流程自动化	未提及任何特定的限制	研究人类肾脏类器官的分化和多维表型筛选	人类诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官	数字病理学	肾囊性疾病	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
24	2024-08-05	Successful Anti-PD-1 Cancer Immunotherapy Requires T Cell-Dendritic Cell Crosstalk Involving the Cytokines IFN-γ and IL-12 2018-12-18, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.024 PMID:30552023	研究论文	本研究揭示了抗PD-1免疫疗法中T细胞与树突细胞之间的相互作用及其依赖的细胞因子IFN-γ和IL-12	揭示了树突细胞产生IL-12的机制及其在抗肿瘤免疫中的关键作用	本研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	研究抗PD-1免疫疗法在肿瘤内的作用机制	重点研究肿瘤浸润性树突细胞的功能和T细胞的作用	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序和活体实时成像	小鼠模型	细胞和分子水平的数据	特定小鼠模型的树突细胞样本，具体数量未提供
25	2024-08-05	Single-cell transcriptional analysis reveals ILC-like cells in zebrafish 2018-11-16, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aau5265 PMID:30446505	研究论文	这篇文章利用单细胞RNA测序生成了斑马鱼淋巴细胞的全面图谱	发现了斑马鱼中存在ILC样细胞，并识别了新的免疫型受体和标记	对其他脊椎动物ILCs的存在和功能了解较少	研究斑马鱼中ILCs的存在及其在组织稳态和免疫应答中的功能	斑马鱼的淋巴细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	14,080个细胞
26	2024-08-05	Renal compartment-specific genetic variation analyses identify new pathways in chronic kidney disease 2018-11, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0194-4 PMID:30275566	研究论文	本文探讨了肾脏慢性疾病的基因变异及相关通路	通过建立肾脏不同部分的表达数量性状位点（eQTL）图谱，识别了与慢性肾病相关的新基因	GWAS结果的生物学基础仍然不够清晰	识别与慢性肾病发展相关的新基因和细胞通路	人类肾脏的肾小球和肾小管部分	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序、表达数量性状位点图谱	NA	基因组数据、RNA序列数据	NA
27	2024-08-05	LC3-Associated Phagocytosis in Myeloid Cells Promotes Tumor Immune Tolerance 2018-10-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.08.061 PMID:30245008	研究论文	本文展示了髓系细胞中的LC3相关吞噬作用在肿瘤免疫耐受中的作用	研究指出LAP在髓系细胞中影响肿瘤生长，而不仅仅是经典自噬	本文未探讨不同类型肿瘤对LAP的影响	探讨自噬在肿瘤微环境中的不同功能及其对免疫反应的影响	研究重点为肿瘤相关巨噬细胞及其对肿瘤细胞的吞噬作用	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
28	2024-08-05	Regulated Capture of Vκ Gene Topologically Associating Domains by Transcription Factories 2018-08-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.091 PMID:30157436	研究论文	本文探讨了淋巴细胞抗原受体多样性表达的机制，重点研究了Vκ基因的转录和重组过程	该研究首次揭示了Vκ基因如何通过转录工厂在核矩阵上被选择性捕获，从而实现单拷贝基因的转录	本文未提供单细胞转录组数据的详细样本量和具体实验条件	研究Vκ基因在淋巴细胞中的单拷贝转录与重组的机制	研究对象为预B细胞中Vκ基因的转录和重组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA	NA
29	2024-08-05	RNA velocity of single cells 2018-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0414-6 PMID:30089906	研究论文	本文展示了如何通过区分未剪接和剪接的mRNA来直接估计单细胞RNA测序中的RNA速度	提出了RNA速度作为时间导数来预测单个细胞未来状态的创新方法	没有提及具体的限制因素	研究RNA速度在分析发育谱系和细胞动态中的应用	单细胞RNA测序数据，特别是在神经嵴谱系和人类胚胎大脑中	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	高维向量模型	RNA数据	多种发布的数据集和技术平台
30	2024-08-05	Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing 2018-05-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.03.041 PMID:29681456	研究论文	该文章探讨了三阴性乳腺癌中的化疗耐药性演变	该研究使用单细胞测序揭示了耐药基因型的存在与适应选择	样本数量较小，仅涉及20名患者，可能限制了结论的普遍性	研究三阴性乳腺癌在新辅助化疗中的耐药性机制	20名接受新辅助化疗的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞DNA和RNA测序，整体外显子组测序	NA	细胞数据	20名三阴性乳腺癌患者，分析900个单细胞和6862个单细胞RNA
31	2024-08-05	Developmental and oncogenic programs in H3K27M gliomas dissected by single-cell RNA-seq 2018-04-20, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aao4750 PMID:29674595	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了H3K27M胶质瘤中的致癌和发育程序。	首次使用单细胞分辨率解析H3K27M胶质瘤的细胞架构和发育程序，提供了潜在的治疗靶点。	研究仅在六个原发H3K27M胶质瘤模型中进行，样本数量相对较少，可能限制结果的普适性。	探索H3K27M胶质瘤的细胞组成及其发展机制。	本研究的对象为六个原发H3K27M胶质瘤和相匹配的模型中的细胞。	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	3321个细胞来自六个原发H3K27M胶质瘤
32	2024-08-05	Early emergence of cortical interneuron diversity in the mouse embryo 2018-04-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aar6821 PMID:29472441	研究论文	本研究使用单细胞转录组学研究小鼠胚胎中皮层抑制神经元的多样性起源	首次揭示了小鼠胚胎中皮层抑制神经元前体细胞和新生神经元的不同类型	研究主要集中在小鼠模型上，可能不适用于其他物种	探讨小鼠胚胎中皮层抑制神经元的多样性及其起源	小鼠胚胎中皮层抑制神经元的前体细胞和新生神经元	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
33	2024-08-05	Depletion of Maternal Cyclin B3 Contributes to Zygotic Genome Activation in the Ciona Embryo 2018-04-02, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2018.02.046 PMID:29576477	研究论文	本文探讨了母体Cyclin B3在Ciona胚胎中对合子基因组激活的影响	揭示母体Cyclin B3在合子转录激活过程中的重要作用	研究主要基于Ciona intestinalis，可能不适用于所有动物	探索Ciona胚胎中合子基因组激活的机制	Ciona intestinalis的胚胎	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	8细胞和16细胞阶段的胚胎
34	2024-08-05	Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons 2018-03-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25999 PMID:29513653	研究论文	本文探讨了皮层抑制性中间神经元的发育多样性及其生成机制	通过单细胞RNA测序揭示了小鼠细胞的转录组异质性及其在发育过程中的动态变化	NA	研究皮层内神经元如何在发育过程中产生多样性	小鼠的皮层抑制性中间神经元及其前体细胞	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠细胞沿发展时间过程的样本
35	2024-08-05	A Novel Approach to Single Cell RNA-Sequence Analysis Facilitates In Silico Gene Reporting of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Retinal Cell Types 2018-03, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.2755 PMID:29230913	研究论文	本研究提出了一种新的单细胞RNA测序分析方法，以促进对人类多能干细胞衍生视网膜细胞类型的基因报告。	创新点在于开发了一种简单、通用的方法，通过排名单个细胞的基因表达水平来生成与报告基因线相似的表达数据。	传统单细胞RNA测序分析方法基于无偏算法的应用未能揭示结果，可能限制了细胞鉴定的明确性。	研究旨在分析人类多能干细胞衍生的多种视网膜细胞类型的基因表达谱。	研究对象为人类多能干细胞衍生的视网膜细胞类型及其基因表达特征。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自光感受器样结构的单细胞
36	2024-08-05	Single-cell analysis of experience-dependent transcriptomic states in the mouse visual cortex 2018-01, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-017-0029-5 PMID:29230054	研究论文	本文探讨了小鼠视觉皮层中经历依赖的转录组状态的单细胞分析	识别了30种细胞类型中显著且不同的刺激响应，揭示了611个刺激响应基因	尚缺乏对所有皮层细胞类型转录响应多样性的全面理解	研究小鼠视觉皮层在光照刺激后的转录变化	小鼠视觉皮层中的不同细胞类型	数字病理学	发育性脑障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	30种细胞类型
37	2024-08-05	Gene expression variability across cells and species shapes innate immunity 2018-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0657-2 PMID:30356220	研究论文	该文章探讨了不同物种和细胞之间先天免疫反应的转录差异及表达变异	文章揭示了先天免疫反应的转录性差异及细胞间的表达可变性，尤其是在细胞因子和趋化因子编码基因方面的发现	论文未详细描述在不同物种间的基因表达调控机制的具体过程	研究不同物种和细胞中先天免疫反应的转录特征	研究对象为不同物种中的成纤维细胞和单核吞噬细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	不同物种的成纤维细胞和单核吞噬细胞样本，具体数量未说明
38	2024-08-05	Single-Cell RNA-Seq Uncovers a Robust Transcriptional Response to Morphine by Glia 2018-09-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.08.080 PMID:30257220	研究论文	本研究揭示了胶质细胞对吗啡的转录反应	首次通过单细胞RNA测序揭示了少突胶质细胞和星形胶质细胞对吗啡的特异性转录响应	研究仅限于小鼠模型，结果可能无法直接推广到其他物种	调查特定细胞类型对吗啡的转录反应	小鼠的核壳，特别关注少突胶质细胞和星形胶质细胞	数字病理学	药物成瘾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠的核壳样本，数量未具体说明
39	2024-08-05	Power in Numbers: Single-Cell RNA-Seq Strategies to Dissect Complex Tissues 2018-11-23, Annual review of genetics IF:8.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genet-120417-031247 PMID:30192636	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序在解析复杂组织中的应用	单细胞RNA测序提供了以新的方式测量表型的机会，有助于基因功能的细化和多效性剖析	NA	研究单细胞RNA测序在机体解剖和发育动态分析中的潜力	复杂组织中的稀有细胞状态和发育轨迹	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
40	2024-08-05	Linking single-cell measurements of mass, growth rate, and gene expression 2018-11-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1576-0 PMID:30482222	研究论文	本文介绍了一种微流体平台，可直接测量单细胞质量和生长速率。	创新之处在于将单细胞质量和生长速率的测量与高倍单细胞分析技术结合起来	未提及特定的局限性	研究单细胞生理特征与转录特征之间的关系	研究L1210和FL5.12细胞系及激活的CD8+ T细胞	数字病理学	NA	微流体平台	NA	NA	涉及的细胞系包括L1210、FL5.12和患者来源的胶质母细胞瘤细胞系