单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-09	Transcriptional synergy as an emergent property defining cell subpopulation identity enables population shift 2018-07-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05016-8 PMID:29968757	研究论文	本文提出了一种基于转录因子协同作用定义细胞亚群身份的计算平台TransSyn，并展示了其在再生医学中的应用潜力	开发了一种新的计算平台TransSyn，用于识别决定细胞亚群身份的协同转录核心，并预测细胞亚群间的身份转换	NA	开发一种新的计算方法来识别和利用转录因子的协同作用，以定义细胞亚群的身份	细胞亚群的身份及其转录因子协同作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	186个亚群，3786对细胞亚群
342	2024-08-09	Human in vivo-generated monocyte-derived dendritic cells and macrophages cross-present antigens through a vacuolar pathway 2018-07-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04985-0 PMID:29967419	研究论文	研究探讨了人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞通过空泡途径交叉呈递抗原的能力	首次证实人体自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞能够通过空泡途径有效交叉呈递抗原	研究仅限于使用腹水中的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞，未涉及其他来源的细胞	探究人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞交叉呈递抗原的机制	人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	腹水中的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞
343	2024-08-09	AmpUMI: design and analysis of unique molecular identifiers for deep amplicon sequencing 2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty264 PMID:29949956	研究论文	本文介绍了AmpUMI软件工具，用于设计和分析基于UMI的扩增子测序研究	提出了一个模型来确定防止UMI碰撞和减少等位基因畸变所需的最小UMI长度，并开发了AmpUMI软件工具	NA	旨在为扩增子测序实验提供最佳UMI长度设计的指导	扩增子测序实验中的UMI设计和分析	测序技术	NA	扩增子测序	NA	DNA片段	NA
344	2024-08-09	Scalable preprocessing for sparse scRNA-seq data exploiting prior knowledge 2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty293 PMID:29949988	研究论文	本文介绍了一种名为UNCURL的预处理框架，该框架基于非负矩阵分解，用于处理稀疏的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，能够处理不同的采样分布，扩展到大细胞数量，并能整合先验生物学知识	UNCURL能够处理稀疏的scRNA-seq数据，并能整合先验生物学知识，提高了常见scRNA-seq工具在聚类、可视化和谱系估计方面的性能	NA	开发一种能够处理大规模稀疏scRNA-seq数据并整合先验知识的预处理框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	scRNA-seq数据	130万细胞
345	2024-08-09	Random forest based similarity learning for single cell RNA sequencing data 2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty260 PMID:29950006	研究论文	本文介绍了一种基于随机森林的方法RAFSIL，用于从单细胞RNA测序数据中学习细胞间的相似性	RAFSIL采用两步法，首先针对单细胞RNA测序数据进行特征构建，然后进行相似性学习，能够适应和扩展，并可用于探索性数据分析任务	NA	开发一种新的方法来准确获取单细胞RNA测序数据中的细胞间相似性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机森林	文本	多个数据集
346	2024-08-09	A Guide to Single-Cell Transcriptomics in Adult Rodent Brain: The Medium Spiny Neuron Transcriptome Revisited 2018, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2018.00159 PMID:29970990	研究论文	本文分析并简化了从大脑中进行单细胞分离的关键步骤方法，并使用中棘神经元（MSN）作为示例展示了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据。	本文通过标准化单细胞分离的重要步骤，提高了数据的比较性，并通过高分辨率的单细胞测序重新定义了MSN的转录组。	NA	旨在通过单细胞转录组学技术深入理解大脑的细胞复杂性，并标准化单细胞分离技术以提高数据的可比性。	中棘神经元（MSN）及其亚型，特别是表达D1和D2多巴胺受体的MSN亚型。	数字病理学	精神疾病，神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未明确提及
347	2024-08-09	Deconstructing Adipogenesis Induced by β3-Adrenergic Receptor Activation with Single-Cell Expression Profiling 2018-08-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2018.05.025 PMID:29937373	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了在β3-肾上腺素受体激活下，附睾白色脂肪组织（eWAT）和腹股沟白色脂肪组织（iWAT）中基质/血管细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术全面且无偏地解析了β3-肾上腺素受体激活诱导的脂肪生成过程中基质细胞的异质性，并揭示了不同亚群间的功能交互	NA	探究β3-肾上腺素受体激活对脂肪生成的影响及其机制	附睾和腹股沟白色脂肪组织中的基质/血管细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过33,000个基质/血管细胞
348	2024-08-09	Gene expression distribution deconvolution in single-cell RNA sequencing 2018-07-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1721085115 PMID:29946020	研究论文	本文提出了一种名为DESCEND的方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中解卷积真实的跨细胞基因表达分布，从而改进分布特性的估计，如分散度和非零分数	DESCEND方法能够调整细胞水平的协变量，如细胞大小、细胞周期和批次效应，并通过与RNA FISH数据的比较、数据分割和模拟来评估其噪声模型和估计准确性	NA	开发一种方法来从scRNA-seq数据中准确推断基因表达分布的特性	单细胞RNA测序数据中的基因表达分布	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	基于九个公共数据集
349	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Dynamic Early Embryonic-like Programs during Chemical Reprogramming 2018-Jul-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.05.025 PMID:29937202	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了化学重编程过程中多个时间点的36,199个单细胞转录组，揭示了从XEN样状态到多能性的动态早期胚胎样程序	首次揭示了化学重编程中早期胚胎样程序的关键作用，并通过精细调节化学处理加速了重编程过程	NA	探索化学重编程过程中分子动力学，特别是多能性获得的分子基础	化学重编程过程中的单细胞转录组	NA	NA	RNA测序	NA	转录组	36,199个单细胞
350	2024-08-09	A stromal cell population that inhibits adipogenesis in mammalian fat depots 2018-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0226-8 PMID:29925944	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，在小鼠模型中揭示了皮下脂肪组织中基质血管部分的不同亚群的脂肪干细胞和前体细胞，并发现其中一种亚群CD142脂肪生成调节细胞能抑制体内外的脂肪细胞形成。	本研究首次揭示了脂肪生成调节细胞的存在及其在调节脂肪组织可塑性中的潜在重要作用。	研究主要基于小鼠模型，对人类中的功能保守性尚需进一步验证。	探讨脂肪细胞发育和分化的机制及其在肥胖和相关并发症中的作用。	脂肪干细胞和前体细胞，特别是CD142脂肪生成调节细胞。	NA	肥胖，2型糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠皮下脂肪组织样本
351	2024-08-09	SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing 2018-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0033-z PMID:29941873	研究论文	本文介绍了一种名为SAVER的单细胞RNA测序（scRNA-seq）基因表达恢复方法	SAVER方法通过跨基因和细胞的信息借用，为所有基因提供准确的表达估计	NA	解决单细胞RNA测序中基因表达量化不准确的问题	单细胞RNA测序数据中的基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
352	2024-08-09	Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation 2018-07, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-018-0575-6 PMID:29942020	研究论文	本文利用全器官单细胞RNA测序技术，研究了海绵、栉水母和扁形动物等非两侧对称动物的细胞类型特异性转录，揭示了这些生物中细胞类型的多样性和基因调控程序的复杂性	本文首次揭示了扁形动物中多种肽能细胞的存在，并展示了细胞类型多样性与基因调控复杂性之间的关系	NA	研究早期后生动物细胞类型的多样性及其基因调控程序的进化	海绵、栉水母和扁形动物等非两侧对称动物的细胞类型及其基因调控程序	基因调控	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及海绵、栉水母和扁形动物等多个物种
353	2024-08-09	Single-cell profiling of breast cancer T cells reveals a tissue-resident memory subset associated with improved prognosis 2018-07, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0078-7 PMID:29942092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了乳腺癌中的T细胞，揭示了与改善预后相关的组织驻留记忆T细胞亚群	首次展示了乳腺癌中高数量的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）含有具有组织驻留记忆T细胞特征的CD8 T细胞，并且这些细胞表达高水平的免疫检查点分子和效应蛋白	研究主要集中在早期三阴性乳腺癌，可能需要进一步研究以验证其他乳腺癌亚型的结果	探讨乳腺癌中T细胞亚群的定量和定性差异与患者预后的关系	乳腺癌中的T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	6,311个T细胞
354	2024-08-09	Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing 2018-07, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0045-3 PMID:29942094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对14名未经治疗的非小细胞肺癌患者的12,346个T细胞进行了深入分析，揭示了肿瘤浸润淋巴细胞的组成、谱系和功能状态	发现了大量具有高度迁移特性的跨组织效应T细胞，以及两种表现出衰竭前状态的细胞簇，这些发现有助于理解T细胞在肺癌中的功能状态和动态变化	NA	旨在描绘非小细胞肺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的基线景观，以帮助理解其功能状态和动态变化	非小细胞肺癌患者的T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	12,346个T细胞来自14名患者
355	2024-08-09	Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity 2018-06-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04724-5 PMID:29925878	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究多焦点前列腺癌中的组织间基因表达异质性	采用了一种新的反卷积方法分析了近6750个组织区域的转录组，提取了不同组织成分的独特表达谱	NA	揭示前列腺癌转录组的空间异质性，为未来的研究提供参考	多焦点前列腺癌的基因表达异质性	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	近6750个组织区域
356	2024-08-09	dropEst: pipeline for accurate estimation of molecular counts in droplet-based single-cell RNA-seq experiments 2018-06-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1449-6 PMID:29921301	研究论文	本文介绍了一种用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据的可扩展管道dropEst，该管道实现了条形码校正、细胞质量分类和液滴库的诊断信息	引入了先进的组合偏差和测序错误校正方法，以提供更准确的单个细胞中分子计数的估计	NA	开发一种用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据的可扩展管道	基于液滴的单细胞RNA测序数据	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个单个细胞
357	2024-08-09	Gene expression profiling of periodontitis-affected gingival tissue by spatial transcriptomics 2018-06-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-27627-3 PMID:29921943	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对牙周炎影响下的牙龈组织进行基因表达分析，揭示了不同区域的基因表达特征	首次结合RNA测序与组织学分析，使用空间转录组学技术对牙周炎牙龈组织进行基因表达的定量与定位	NA	旨在表征牙周炎影响下牙龈组织的基因表达	牙周炎影响下的牙龈组织	数字病理学	牙周病	空间转录组学	NA	RNA序列	牙龈组织样本
358	2024-08-09	Single-cell whole-genome sequencing identifies human papillomavirus integration in cervical tumour cells prior to and following radiotherapy 2018-Jun, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2018.8567 PMID:29928338	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序技术，分析了一位46岁女性宫颈癌患者在接受放疗前后采集的宫颈细胞，揭示了人乳头瘤病毒（HPV）在宫颈肿瘤细胞中的整合情况及其对放疗的响应	首次通过单细胞全基因组测序技术揭示了放疗前后宫颈肿瘤细胞中HPV整合的动态变化	样本量较小，仅来自一位患者	探讨单细胞测序技术在揭示宫颈癌中HPV整合及其对放疗响应的应用	宫颈癌患者的宫颈肿瘤细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	25个宫颈细胞（13个来自放疗前，12个来自放疗后）
359	2024-08-09	Exploring the single-cell RNA-seq analysis landscape with the scRNA-tools database 2018-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006245 PMID:29939984	研究论文	本文介绍了scRNA-tools数据库，该数据库用于收集和分类单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工具	创建了scRNA-tools数据库，为研究人员提供了一个方便选择合适分析工具的平台	NA	旨在帮助研究人员更好地导航和选择适合的scRNA-seq分析工具	scRNA-seq分析工具	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
360	2024-08-09	Single-Cell Non-coding RNA in Embryonic Development 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_3 PMID:29943293	研究论文	本文关注单细胞非编码RNA在胚胎发育中的表达及其作用	采用单细胞RNA测序技术检测胚胎发育过程中非编码RNA的表达	NA	探讨非编码RNA在胚胎发育中的调控作用	非编码RNA如长非编码RNA、微小RNA、环状RNA、小核仁RNA和Piwi相互作用RNA	基因表达调控	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA