单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-09	Diversity of Interneurons in the Dorsal Striatum Revealed by Single-Cell RNA Sequencing and PatchSeq 2018-08-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.053 PMID:30134177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PatchSeq技术揭示了背侧纹状体中间神经元的多样性	发现了七种不同的中间神经元类型，其中六种是GABA能的，并识别出两种表达Cck的细胞群	NA	研究背侧纹状体中间神经元的多样性及其功能	背侧纹状体的中间神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序, PatchSeq	NA	基因表达数据	多种背侧纹状体中间神经元细胞
282	2024-08-09	CellBIC: bimodality-based top-down clustering of single-cell RNA sequencing data reveals hierarchical structure of the cell type 2018-11-30, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky698 PMID:30102368	研究论文	本文开发了CellBIC算法，用于基于基因表达分布的双峰性对单细胞RNA测序数据进行自上而下的层次聚类	CellBIC算法在保持细胞层次结构的同时，优于传统的自下而上层次聚类方法和其他近期开发的聚类算法	NA	开发新的聚类算法以更好地识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
283	2024-08-09	Some deterministic and stochastic mathematical models of naïve T-cell homeostasis 2018-09, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.12696 PMID:30129198	review	本文综述了关于幼稚T细胞稳态维护的多种基本数学模型，包括确定性模型和随机模型	讨论了随机模型如何明确追踪幼稚T细胞在多个竞争克隆型中的整数数量，并考虑了胸腺生产衰退的影响	实验评估克隆多样性通过批量高通量测序存在许多困难，而单细胞测序受限于数量远小于体内T细胞总数	探讨如何通过数学模型理解T细胞库的多样性	幼稚T细胞的稳态和克隆多样性	NA	NA	NA	NA	NA	NA
284	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of mouse brain and lung vascular and vessel-associated cell types 2018-08-21, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2018.160 PMID:30129931	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，定义了小鼠脑和肺中的血管及血管相关细胞类型和亚型	首次提供了小鼠脑和肺中血管及血管相关细胞类型的全面分子图谱	NA	深入理解血管疾病，探索血管结构和功能的基因表达多样性	小鼠脑和肺的血管及血管相关细胞类型	数字病理学	血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	3,436个小鼠脑单细胞转录组和1,504个小鼠肺单细胞转录组
285	2024-08-09	Single-cell analysis reveals that stochasticity and paracrine signaling control interferon-alpha production by plasmacytoid dendritic cells 2018-08-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05784-3 PMID:30127440	研究论文	本文利用基于液滴的微流控平台，在单细胞水平上研究了人类浆细胞样树突状细胞（pDCs）产生I型干扰素（IFN）的机制	首次揭示了I型IFN产生受随机基因调控和旁分泌信号控制的机制，并展示了通过调节液滴微环境来驱动pDC群体反应的方法	NA	研究pDCs产生I型IFN的控制机制	人类浆细胞样树突状细胞（pDCs）	免疫学	NA	基于液滴的微流控技术	NA	单细胞RNA测序和细胞因子分析	单个pDCs
286	2024-08-09	In situ transcriptome characteristics are lost following culture adaptation of adult cardiac stem cells 2018-08-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-30551-1 PMID:30104715	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术分析了体外培养的成年心脏干细胞（CPCs）的转录组特征，并探讨了这些特征与新鲜分离细胞的关系	首次详细描述了体外培养对成年心脏干细胞转录组特征的影响，并验证了这些发现通过比较不同细胞类型的scRNA-Seq数据集	研究主要集中在体外培养的CPCs上，未涉及体内环境的影响	探究体外培养对成年心脏干细胞功能和表型特征的影响	成年心脏干细胞（CPCs）及其体外培养后的转录组特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	多种细胞类型的scRNA-Seq数据集
287	2024-08-09	SILGGM: An extensive R package for efficient statistical inference in large-scale gene networks 2018-08, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006369 PMID:30102702	研究论文	介绍了一个名为SILGGM的广泛且高效的R包，用于大规模基因网络中的统计推断	SILGGM提供了对个体基因对和整体基因对进行统计有效推断的方法，并引入了新颖且一致的错误发现率（FDR）程序	NA	推广高维高斯图模型（GGM）统计推断方法的广泛应用	大规模基因表达数据中的基因共表达网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯图模型（GGM）	基因表达数据	数千个样本和数万个基因
288	2024-08-09	Monocyte Subsets: Phenotypes and Function in Tuberculosis Infection 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.01726 PMID:30105020	综述	本文综述了单核细胞亚群在结核感染中的表型和功能，包括其分类、频率分布、细胞因子谱及其作为生物标志物的作用	探讨了单核细胞亚群在结核病中的变化及其对细菌持续性的影响	NA	旨在深入理解与结核病发病机制相关的单核细胞亚群的表型和功能特性	单核细胞亚群在结核感染中的作用	NA	结核病	免疫荧光、单细胞RNA测序、全质谱指纹分析	NA	RNA	NA
289	2024-08-09	Dissecting LncRNA Roles in Renal Cell Carcinoma Metastasis and Characterizing Genomic Heterogeneity by Single-Cell RNA-seq 2018-12, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-17-0776 PMID:30082482	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肾细胞癌及其转移样本中的长非编码RNA（lncRNA）表达谱，揭示了lncRNA在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）转移中的作用及其功能。	首次详细分析了lncRNA在ccRCC转移中的作用，并发现了与ccRCC转移相关的lncRNA（CMAL），这些lncRNA参与细胞粘附、免疫反应和细胞增殖。	研究主要集中在lncRNA的表达和功能分析上，尚未进行临床验证和治疗应用的实验。	探索lncRNA在肾细胞癌转移中的作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力。	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其转移样本中的lncRNA。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了来自原发性肾细胞癌和配对转移性肾细胞癌样本的单细胞RNA测序数据，涉及超过10,000个基因和1,874个lncRNA。
290	2024-08-09	Resident Breast T Cells: The Troops Are Already There 2018-10, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2018.07.006 PMID:30077643	research paper	研究了组织驻留记忆T细胞在乳腺癌进展中的作用，并通过单细胞RNA测序技术在三阴性乳腺癌患者中识别T细胞，展示了其预测生存的预后价值	首次通过单细胞RNA测序技术在三阴性乳腺癌患者中识别T细胞，并证明了其在预测生存中的预后价值	NA	探讨组织驻留记忆T细胞在乳腺癌进展中的作用及其预后价值	组织驻留记忆T细胞在三阴性乳腺癌患者中的作用	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	NA
291	2024-08-09	Publisher Correction: Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing 2018-Oct, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0167-7 PMID:30093729	correction	更正文章中关于非小细胞肺癌中单细胞测序的T细胞全球特征分析的错误	NA	NA	更正先前发表文章中的统计错误和标签错误	非小细胞肺癌中的T细胞	NA	lung cancer	single-cell sequencing	NA	NA	NA
292	2024-08-09	Exploring parasite heterogeneity using single-cell RNA-seq reveals a gene signature among sexual stage Plasmodium falciparum parasites 2018-10-01, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2018.08.003 PMID:30096287	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对165个受感染的红细胞进行转录组分析，揭示了恶性疟原虫在性阶段特有的基因特征	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，成功区分了恶性疟原虫的有性和无性阶段，并验证了五个先前未定义的配子体阶段特异性基因	研究样本量较小，仅包括165个受感染的红细胞	探索疟原虫在不同生命周期阶段的基因表达和调控	恶性疟原虫在红细胞内发育周期的单个受感染红细胞	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	165个受感染的红细胞
293	2024-08-09	An Introduction to the Analysis of Single-Cell RNA-Sequencing Data 2018-Sep-21, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2018.07.003 PMID:30094294	综述	本文综述了单细胞RNA测序数据分析的基本原理和技术	单细胞RNA测序技术提供了基于数百到数十万单个细胞基因表达谱的新见解，揭示了先前在大量细胞群体基因表达分析中隐藏的新细胞群	单细胞RNA测序实验产生的大量数据分析和利用具有挑战性，需要理解实验和计算路径	讨论单细胞RNA测序数据分析的重要概念和技术	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百到数十万个单个细胞
294	2024-08-09	Tbx6 Induces Nascent Mesoderm from Pluripotent Stem Cells and Temporally Controls Cardiac versus Somite Lineage Diversification 2018-09-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.07.001 PMID:30100166	研究论文	本文通过直接重编程筛选、单细胞RNA测序和小鼠胚胎中的定向心脏分化，展示了Tbx6如何从多能干细胞诱导新生中胚层，并通过其时间表达决定心血管和体节谱系的分化	首次揭示了Tbx6在多能干细胞中诱导新生中胚层及其在心血管和体节谱系分化中的关键作用	NA	探讨Tbx6在多能干细胞中诱导中胚层及其在心血管和体节谱系分化中的分子机制	Tbx6在多能干细胞中的功能及其对中胚层和心血管及体节谱系分化的影响	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9技术	NA	RNA测序数据	小鼠和人类的多能干细胞
295	2024-08-09	Detection of single mRNAs in individual cells of the auditory system 2018-09, Hearing research IF:2.5Q1 DOI:10.1016/j.heares.2018.07.008 PMID:30071403	研究论文	本文介绍了一种详细的方法，用于研究耳蜗和下丘中单一mRNA的拷贝数和空间定位	本文开发了一种详细的smFISH协议，可用于研究外周和中枢听觉系统中特定细胞类型的单一mRNA表达	NA	研究基因表达分析在理解细胞功能丰富性中的重要性	耳蜗和下丘中的单一mRNA	分子生物学	NA	单分子荧光原位杂交（smFISH）	NA	图像	成人耳蜗组织
296	2024-08-09	High-throughput single-cell DNA sequencing of acute myeloid leukemia tumors with droplet microfluidics 2018-09, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.232272.117 PMID:30087104	研究论文	开发了一种新型微流控方法，通过将数千个单个癌细胞的扩增基因组DNA编码并限制在液滴中，实现肿瘤细胞群体的遗传异质性表征	利用微流控技术和下一代测序数据，能够重新组装细胞的遗传特征，从而敏感地识别携带致病突变的细胞并揭示AML肿瘤内的复杂克隆进化	NA	旨在表征肿瘤细胞群体的遗传异质性	急性髓系白血病（AML）肿瘤细胞	数字病理学	白血病	下一代测序	NA	基因组DNA	超过16,000个单个细胞
297	2024-08-09	Transcriptional Convergence of Oligodendrocyte Lineage Progenitors during Development 2018-08-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.07.005 PMID:30078729	研究论文	本文通过批量和单细胞转录组学资源，研究了中枢神经系统（CNS）中Pdgfra+少突胶质细胞前体细胞（OPCs）在发育过程中的转录汇聚现象。	发现了脑和脊髓中的新生OPCs具有相似的转录特征，并且E13.5 Pdgfra+细胞的后代在电生理和转录特征上与后续特定波次衍生的OPCs相似。	NA	探究中枢神经系统中少突胶质细胞前体细胞在发育过程中的转录汇聚现象。	Pdgfra+少突胶质细胞前体细胞（OPCs）及其在发育过程中的转录特征。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及脑和脊髓中的新生OPCs以及E13.5 Pdgfra+细胞的后代。
298	2024-08-09	Sequencing Diversity One Cell at a Time 2018-08-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.07.024 PMID:30096308	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了复杂生物系统中的细胞多样性	采用单细胞RNA测序技术，以前所未有的规模揭示了小鼠和果蝇神经系统中细胞的转录模式	NA	研究复杂生物系统中的细胞多样性	小鼠和果蝇的神经系统细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
299	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomes Distinguish Stem Cell State Changes and Lineage Specification Programs in Early Mammary Gland Development 2018-08-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.025 PMID:30089273	研究论文	本文通过生成包含胚胎、新生和成年小鼠乳腺发育的单细胞转录组图谱，探讨了乳腺细胞发育的动力学和谱系特化机制	首次系统地描绘了乳腺发育过程中转录和表观遗传学上不同细胞状态的时间顺序，并区分了胎儿乳腺干细胞（fMaSCs）与其前体和后代	NA	解决乳腺发育中谱系特化机制的知识空白	小鼠乳腺发育过程中的细胞状态和谱系特化	数字病理学	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	包含胚胎、新生和成年小鼠的乳腺细胞
300	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines 2018-08-07, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-018-0071-8 PMID:30089861	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术及其生物信息学分析流程	单细胞RNA测序技术能够揭示复杂和稀有的细胞群体，发现基因间的调控关系，并追踪发育中不同细胞谱系的路径	文章提到在单细胞分离和文库制备以及生物信息学工具方面仍存在技术挑战	探讨单细胞RNA测序技术的挑战及其生物信息学分析流程	单细胞RNA测序技术及其在生物学和医学中的应用	基因组学	NA	NGS	NA	RNA序列	NA