单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-09	Regulatory network characterization in development: challenges and opportunities 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15271.1 PMID:30271577	综述	本文综述了胚胎发育和干细胞分化过程中基因调控网络（GRNs）的构建及其在谱系决定中的基本机制	随着单细胞RNA测序技术的发展，揭示发育和干细胞过程中的GRNs面临新的挑战和前所未有的机遇	目前对于动态发育调控的可靠GRN注释知识，尤其是揭示组织干细胞复杂时空结构的知识仍然不足	探讨基因调控网络在早期哺乳动物发育和胚胎发生中细胞类型特化过程中的调控本质	胚胎发育和干细胞分化过程中的基因调控网络	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
242	2024-08-09	A Review of Matched-pairs Feature Selection Methods for Gene Expression Data Analysis 2018, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2018.02.005 PMID:30275937	综述	本文综述了针对基因表达数据分析的匹配对特征选择方法	介绍了专门为匹配对数据设计的特征选择方法（MPFS），并比较了其在实际数据集上的性能	匹配对特征选择方法尚未成熟发展	旨在引导和全面展示匹配对特征选择方法，使读者能够轻松理解其特点并选择合适的方法进行分析	基因表达数据分析中的特征选择方法	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个真实数据集
243	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals dynamic transcriptome profiling in human early neural differentiation 2018-11-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giy117 PMID:30239706	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类早期神经分化过程中动态的转录组特征	本研究首次识别了在神经分化各阶段对中枢神经系统谱系承诺贡献最大的亚群，并鉴定了潜在的新型转录因子	NA	探究神经谱系中细胞命运决定和亚群特化的调控网络	人类早期神经分化过程中的单细胞转录组	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六个连续的重编程和神经分化时间点的单细胞
244	2024-08-09	Reproducibility of Molecular Phenotypes after Long-Term Differentiation to Human iPSC-Derived Neurons: A Multi-Site Omics Study 2018-10-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.08.013 PMID:30245212	研究论文	本研究通过在五个不同实验室重复相同的长期神经分化协议，评估了人iPSC衍生的神经元的分子表型的可重复性。	本研究揭示了实验室间基因表达差异的低可重复性，并通过因子分析识别了影响可重复性的主要因素，如传代效应和前体储存。	研究发现了实验室间的低可重复性，表明在不同实验环境下实施相同协议时存在系统性偏差。	旨在建立长期神经分化协议的可重复性，并识别影响实验结果一致性的关键因素。	研究对象为两个相同的iPSC细胞系，通过长期神经分化后在不同实验室进行分子和细胞水平的比较。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个iPSC细胞系在五个不同实验室进行重复实验
245	2024-08-09	Regulatory cocktail for dopaminergic neurons in a protovertebrate identified by whole-embryo single-cell transcriptomics 2018-10-01, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.317669.118 PMID:30228204	研究论文	本文通过全胚胎单细胞RNA测序技术，识别了原脊椎动物中多巴胺能神经元的调控混合物	本文首次通过功能操作和单细胞RNA测序技术，识别了特定细胞身份的调控混合物	NA	识别原脊椎动物中多巴胺能神经元的调控机制	原脊椎动物的中枢神经系统中的多巴胺能神经元	NA	NA	RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
246	2024-08-09	Identifying core biological processes distinguishing human eye tissues with precise systems-level gene expression analyses and weighted correlation networks 2018-10-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy239 PMID:30239781	研究论文	本研究整合了公开的健康人眼组织RNA-seq数据集及其他数十种组织数据，通过差异表达、聚类和基因本体论富集工具分析了不同眼组织（角膜、视网膜、视网膜色素上皮-脉络膜复合体）与其他人体组织的生物学过程和泛表达关系，并构建了首个人类加权基因相关网络以突出已知的生物途径和眼基因疾病富集。	首次构建了人类加权基因相关网络，并整合了小鼠视网膜的单细胞RNA-seq数据进行验证和发现。	NA	旨在识别区分人眼组织的核心生物学过程，并通过精确的系统级基因表达分析和加权相关网络进行研究。	人眼组织的基因表达模式及其与其他人体组织的比较。	基因表达分析	NA	RNA-seq	加权基因相关网络	基因表达数据	包含多个健康人眼组织及数十种其他组织的RNA-seq数据集，以及小鼠视网膜的单细胞RNA-seq数据。
247	2024-08-09	Chronic infection stunts macrophage heterogeneity and disrupts immune-mediated myogenesis 2018-09-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121549 PMID:30232283	研究论文	研究慢性感染如何影响巨噬细胞的异质性和免疫介导的肌生成	首次探讨了慢性感染环境下骨骼肌修复过程中巨噬细胞异质性的变化及其对组织修复功能的影响	研究使用了特定的cardiotoxin损伤模型，可能不完全代表所有慢性感染情况	探讨慢性感染对骨骼肌修复过程中免疫反应的影响	骨骼肌在慢性感染环境下的修复过程及其免疫机制	免疫学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞和基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
248	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveal that PD-1 mediates immune tolerance by regulating proliferation of regulatory T cells 2018-09-20, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0581-y PMID:30236153	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究，揭示了PD-1通过调节调节性T细胞的增殖来介导免疫耐受的机制。	首次展示了PD-1在调节性T细胞增殖中的作用，以及其在移植耐受中的关键角色。	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探究PD-1在调节性T细胞增殖中的作用及其在移植耐受中的机制。	调节性T细胞（Treg）在移植排斥和耐受中的功能和机制。	免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12,964个内植CD4+ T细胞
249	2024-08-09	Transcriptomic but not genomic variability confers phenotype of breast cancer stem cells 2018-09-19, Cancer communications (London, England) DOI:10.1186/s40880-018-0326-8 PMID:30231942	研究论文	本研究旨在探讨基因组突变是否有助于获得乳腺癌干细胞样表型，并研究乳腺癌干细胞的遗传和转录特征	发现转录组变异性而非基因组突变是区分乳腺癌干细胞与非乳腺癌干细胞的关键因素，并鉴定出74个乳腺癌干细胞标记物	NA	探讨基因组突变对乳腺癌干细胞表型的影响，并研究其遗传和转录特征	乳腺癌干细胞	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序，目标深度DNA测序，RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	涉及大量细胞和单细胞样本
250	2024-08-09	Genetic and scRNA-seq Analysis Reveals Distinct Cell Populations that Contribute to Salivary Gland Development and Maintenance 2018-09-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-32343-z PMID:30232460	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和体内遗传谱系追踪技术，详细描绘了小鼠下颌下腺在胚胎发育和成年期的基底和肌上皮细胞群体的细胞命运轨迹和分支点	本研究揭示了p63和α-平滑肌肌动蛋白（SMA）作为基底和肌上皮细胞谱系的可靠标记，并展示了这两种细胞类型在形态发生和成年期维持不同细胞谱系的独特命运	NA	研究下颌下腺发育和维持中不同细胞群体的动态和复杂性，并探讨其在干细胞和祖细胞层次中的分化潜能	小鼠下颌下腺的基底和肌上皮细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
251	2024-08-09	Aging alters the epigenetic asymmetry of HSC division 2018-09, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2003389 PMID:30235201	研究论文	研究揭示了随着年龄增长，造血干细胞（HSCs）分裂的表观遗传不对称性变化及其机制	通过综合分析单细胞3D共聚焦成像、单细胞移植、单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq），展示了HSC分裂结果与分裂前极性状态的强关联	NA	探讨年龄对造血干细胞分裂表观遗传不对称性的影响	造血干细胞（HSCs）的分裂极性和表观遗传调控	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	数学模型	单细胞数据	NA
252	2024-08-09	Experimental Considerations for Single-Cell RNA Sequencing Approaches 2018, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2018.00108 PMID:30234113	研究论文	本文详细介绍了单细胞RNA测序（scRNAseq）的实验步骤和关键挑战	单细胞RNA测序技术使得科学家能够深入研究先前未探索的稀有细胞类型	由于scRNAseq的高灵敏度，实验设置和执行需要特别注意	探讨单细胞RNA测序技术的实验考虑和挑战	单细胞RNA测序的实验流程和数据分析	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
253	2024-08-09	Single-Cell mRNA Sequencing of the Mouse Brain Vasculature 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-8712-2_21 PMID:30242769	研究论文	本文描述了一种使用单细胞转录组学分析小鼠大脑血管的方法	本文采用了荧光激活细胞分选（FACS）和Smart-Seq2单细胞文库构建方法，以及详细的质量控制步骤	单细胞测序技术成本较高	研究小鼠大脑血管的单细胞转录组	小鼠大脑血管细胞	数字病理学	NA	单细胞mRNA测序	NA	mRNA	384孔格式细胞
254	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals diverse intratumoral heterogeneities and gene signatures of two types of esophageal cancers 2018-12-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2018.09.017 PMID:30223068	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了368个来自三种食管鳞状细胞癌（ESCC）和两种食管腺癌（EAC）的单细胞，揭示了这两种癌症在细胞转录组层面的差异和肿瘤内细胞异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细区分了ESCC和EAC的细胞类型和状态，并发现了NOTCH信号通路在ESCC中的特异性激活	NA	揭示食管鳞状细胞癌和食管腺癌的细胞转录组差异及其对治疗策略的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）和食管腺癌（EAC）的单细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	368个单细胞
255	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals distinct inflammation-induced microglia signatures 2018-11, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.201846171 PMID:30206190	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和多色流式细胞术，全面分析了脂多糖（LPS）注射小鼠大脑中微胶质细胞的转录组特征	本文首次揭示了在炎症条件下微胶质细胞的独特激活特征，这些特征与神经退行性疾病相关的特征有显著差异	NA	研究微胶质细胞在神经炎症过程中的作用及其在中枢神经系统疾病中的潜在应用	微胶质细胞在脂多糖注射小鼠大脑中的转录组特征	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	脂多糖注射的小鼠大脑样本
256	2024-08-09	Single Cell and Open Chromatin Analysis Reveals Molecular Origin of Epidermal Cells of the Skin 2018-10-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.08.010 PMID:30220568	研究论文	本文研究了转录因子ΔNp63在表皮细胞命运指定过程中对Krt8+前体细胞转录组和开放染色质区域的深刻影响	揭示了ΔNp63依赖和非依赖的程序如何调控表皮细胞系的形成，以及ΔNp63如何通过直接上调Wnt配体、Frizzled受体和转录因子来促进Wnt信号传导	NA	探讨胚胎前体细胞如何协调细胞命运指定并建立转录和信号传导能力	表皮细胞的分子起源	发育生物学	NA	ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	转录组, 开放染色质区域	Krt8+前体细胞
257	2024-08-09	A post-ingestive amino acid sensor promotes food consumption in Drosophila 2018-10, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-018-0084-9 PMID:30209352	研究论文	研究通过定量喂食实验，发现特定氨基酸能快速促进果蝇的食物摄入，并揭示了DH44神经元作为氨基酸感应器通过CG13248转运蛋白增强食物摄入的机制。	首次发现DH44神经元作为氨基酸感应器，并通过CG13248转运蛋白介导氨基酸对食物摄入的促进作用。	NA	探讨动物如何评估潜在蛋白质来源并确保膳食氨基酸摄入，以维持蛋白质稳态。	果蝇Drosophila melanogaster的食物摄入行为及其背后的神经机制。	NA	NA	钙成像	NA	图像	涉及三种氨基酸（L-谷氨酸、L-丙氨酸和L-天冬氨酸）及其D-对映体和其他17种天然L-氨基酸的组合。
258	2024-08-09	Aligning Single-Cell Developmental and Reprogramming Trajectories Identifies Molecular Determinants of Myogenic Reprogramming Outcome 2018-09-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.07.006 PMID:30195438	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析MYOD介导的人类成纤维细胞向肌管的重新编程过程，并引入了一种新的分析技术——轨迹对齐，以揭示重新编程过程中的分子决定因素	引入了一种新的分析技术——轨迹对齐，该技术能够定量比较两种生物过程中的基因表达动力学	大多数重新编程系统效率低下，仅能将部分细胞转化为所需状态	研究MYOD介导的人类成纤维细胞向肌管的重新编程过程，并揭示其中的分子决定因素	人类成纤维细胞和肌管	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
259	2024-08-09	Neuronal heterogeneity and stereotyped connectivity in the auditory afferent system 2018-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06033-3 PMID:30209249	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了耳蜗螺旋神经节（SG）神经元的四种类型，包括三种新型I型神经元亚类和II型神经元，并提供了一个全面的遗传框架来定义它们的潜在突触通信模式。	本研究首次识别了耳蜗螺旋神经节神经元的四种类型，并揭示了这些神经元在听觉感知中的潜在功能。	NA	揭示耳蜗螺旋神经节神经元的细胞和分子复杂性，以及它们在听觉感知中的功能。	耳蜗螺旋神经节神经元的类型和其突触连接模式。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四种类型及亚类的耳蜗螺旋神经节神经元
260	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of adult mouse testes 2018-09-11, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2018.192 PMID:30204153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年小鼠睾丸中的精子发生过程	首次使用单细胞RNA测序技术对成年小鼠睾丸中的所有精子发生阶段进行全面分析	仅限于8周龄的C57Bl/6J小鼠，可能不适用于其他品种或年龄的小鼠	揭示成年小鼠睾丸中精子发生的分子机制	成年小鼠睾丸中的精子发生细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	2500个细胞，来自两只8周龄的C57Bl/6J小鼠