单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-09	Single Cell RNA Sequencing Identifies HSPG2 and APLNR as Markers of Endothelial Cell Injury in Systemic Sclerosis Skin 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.02191 PMID:30327649	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在系统性硬化症皮肤中识别与内皮细胞损伤相关的标记物	首次通过单细胞RNA测序技术，在系统性硬化症皮肤中识别出与内皮细胞损伤相关的标记物HSPG2和APLNR	需要进一步的研究来验证这些标记物在系统性硬化症中的具体作用机制	旨在通过单细胞RNA测序技术识别与系统性硬化症血管损伤相关的内皮细胞标记物和信号通路	系统性硬化症和健康对照皮肤中的内皮细胞	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入	RNA	系统性硬化症和健康对照皮肤中的细胞
222	2024-08-09	Effective Soil Extraction Method for Cultivating Previously Uncultured Soil Bacteria 2018-12-15, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/AEM.01145-18 PMID:30291118	研究论文	本文介绍了一种基于新土壤提取物（NSE）的新型培养基——密集土壤提取培养基（ISEM），使用80%甲醇，用于高效分离先前未培养的细菌和新分类候选菌株	开发了一种新型培养基ISEM，能够分离出49%的先前未培养细菌和55%的新分类候选菌株	在维持纯培养物通过传代培养方面仍存在困难	通过发现新的表型、生理和功能特性以及未知基因的作用，扩展对先前未培养细菌的知识	先前未培养的土壤细菌	NA	NA	元基因组学和单细胞测序	NA	NA	总共检测了258个分离物
223	2024-08-09	The adult human testis transcriptional cell atlas 2018-12, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-018-0099-2 PMID:30315278	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了约6500个年轻成人睾丸细胞，揭示了成人睾丸转录细胞图谱及其在精子发生中的作用	发现了五种微环境/体细胞类型，重建了精子发生的计算模型，并识别出五个离散的转录/发育精子干细胞状态，包括一个新的早期精子干细胞状态	NA	研究成人精子发生的平衡机制及其与微环境的相互作用	成人睾丸细胞及其在精子发生中的转录和表观遗传特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	转录组数据	约6500个睾丸细胞
224	2024-08-09	Role of phospholipid synthesis in the development and differentiation of malaria parasites in the blood 2018-11-09, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.R118.003213 PMID:30287688	综述	本文综述了磷脂合成在疟原虫血液阶段发育和分化中的作用，特别关注了两种磷脂生物合成酶PfPMT和PfPSD的功能及其作为抗疟药物靶点的潜力。	利用遗传工程、单细胞RNA-Seq分析和药物筛选等新技术，提供了关于这些酶在寄生虫发育和性分化中重要性的新视角，并识别了新的抗疟药物开发靶点。	NA	探讨磷脂合成酶在疟原虫发育和分化中的作用，并评估其作为抗疟药物靶点的可行性。	疟原虫的磷脂合成酶PfPMT和PfPSD。	生物化学	疟疾	单细胞RNA-Seq分析	NA	RNA	NA
225	2024-08-09	Kinetics of adult hematopoietic stem cell differentiation in vivo 2018-11-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20180136 PMID:30291161	研究论文	本文通过结合诱导性谱系追踪、流式细胞术和单细胞RNA测序技术，研究了成年造血干细胞在体内的分化动力学	揭示了成年造血干细胞在体内快速分化为主要造血谱系和细胞类型的基本动力学差异	NA	研究成年造血干细胞在体内的分化动力学	成年造血干细胞的分化过程	NA	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	主要包含长期和一些短期造血干细胞
226	2024-08-09	Type 2 innate lymphoid cells in the induction and resolution of tissue inflammation 2018-11, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.12702 PMID:30294962	综述	本文综述了2型先天淋巴细胞（ILC2s）在组织炎症诱导和消退中的作用及其调控机制	探讨了ILC2的激活调控机制，包括转录因子和代谢途径，以及外部信号如细胞因子、脂质介质、激素和神经肽的影响	NA	理解调控ILC2多样性和功能的组织特异性途径，以开发针对过敏性疾病的潜在疗法	2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其在组织炎症中的作用	NA	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
227	2024-08-09	RNA Velocity: Molecular Kinetics from Single-Cell RNA-Seq 2018-10-04, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2018.09.026 PMID:30290149	研究论文	本文通过应用RNA转录和剪接的动力学模型，从单细胞RNA测序数据中预测单个细胞的mRNA水平变化	提出了一种新的方法来预测单细胞RNA测序数据中的mRNA水平变化	NA	研究单细胞RNA测序数据中的分子动力学	单细胞的mRNA水平变化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	动力学模型	RNA测序数据	NA
228	2024-08-09	CaSTLe - Classification of single cells by transfer learning: Harnessing the power of publicly available single cell RNA sequencing experiments to annotate new experiments 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0205499 PMID:30304022	研究论文	本文提出了一种基于迁移学习的单细胞RNA测序数据分类方法CaSTLe，通过利用公开的已标记数据集来注释新的实验数据	CaSTLe方法通过迁移学习框架，使用XGBoost分类模型和特征工程流程，能够在大多数情况下优于传统的特征选择和分类方法，并具有良好的分类准确性和可扩展性	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据分类方法，以克服现有手动标记和流式细胞术方法的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	XGBoost	基因表达数据	NA
229	2024-08-09	The deployment of cell lineages that form the mammalian heart 2018-11, Nature reviews. Cardiology DOI:10.1038/s41569-018-0086-9 PMID:30266935	综述	本文综述了哺乳动物心脏形成过程中不同心脏细胞类型的起源及其谱系关系	近年来单细胞转录组学结果开始揭示细胞异质性和早期发育轨迹	遗传追踪实验与克隆分析相比需要谨慎，将单细胞转录组学信息与细胞在体内的位置及其谱系历史相对应是一个当前挑战	探讨心脏细胞类型的多样性起源及其谱系关系，以理解先天性心脏畸形的起源并为再生医学中产生心脏组织提供基础	哺乳动物心脏形成过程中的心脏细胞类型及其谱系关系	NA	先天性心脏畸形	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
230	2024-08-09	Generation of Functional Hepatocytes from Human Adipose-Derived MYC+ KLF4+ GMNN+ Stem Cells Analyzed by Single-Cell RNA-Seq Profiling 2018-11, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1002/sctm.17-0273 PMID:30272835	研究论文	本文描述了一种新型的人类脂肪组织来源的间充质干细胞（MSCs），并通过单细胞RNA测序分析将其诱导为功能性肝细胞	发现了一种新型的人类脂肪组织来源的间充质干细胞（M-ADSCs），具有表观遗传多能性，并能被有效诱导为肝细胞样细胞	NA	研究细胞移植在终末期肝病中的应用，并探索新型间充质干细胞的诱导机制	人类脂肪组织来源的间充质干细胞及其诱导为肝细胞的过程	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
231	2024-08-09	Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration 2018-10-26, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaq0681 PMID:30262634	研究论文	本研究利用Cre-loxP报告基因追踪和单细胞mRNA测序技术，揭示了蝾螈前肢再生过程中连接组织细胞向胚胎肢体芽样表型的多能性转变	首次通过单细胞分析技术揭示了蝾螈前肢再生过程中细胞身份的汇聚和分子程序的多阶段变化	NA	探究蝾螈前肢再生过程中细胞身份的转变及其分子机制	蝾螈前肢再生过程中的细胞类型及其分子变化	发育生物学	NA	单细胞mRNA测序(scRNA-seq)	NA	mRNA序列	NA
232	2024-08-09	PDGFRβ Cells Rapidly Relay Inflammatory Signal from the Circulatory System to Neurons via Chemokine CCL2 2018-10-10, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.08.030 PMID:30269986	研究论文	本文研究了PDGFRβ细胞在系统性炎症中通过分泌趋化因子CCL2快速传递信号至神经元的过程	首次揭示了PDGFRβ细胞作为外部刺激的初始感应器，通过分泌CCL2向中枢神经系统传递信号	NA	探讨PDGFRβ细胞在系统性炎症中对神经元兴奋性的影响	PDGFRβ细胞、神经元、趋化因子CCL2	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了Pdgfrb-Cre;Ccl2小鼠模型
233	2024-08-09	Single-Cell Analysis of Quiescent HIV Infection Reveals Host Transcriptional Profiles that Regulate Proviral Latency 2018-10-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.020 PMID:30282021	研究论文	本研究利用单细胞分析方法探讨了HIV潜伏感染的机制及其与宿主转录组的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了HIV下调与特定细胞基因表达的关联，并发现潜伏感染更频繁地发生在表达幼稚和中心记忆T细胞标志物的细胞中	NA	深入理解建立或维持HIV潜伏库的机制，以指导消除持续感染的方法	HIV潜伏感染的细胞模型及其与宿主转录组的关系	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
234	2024-08-09	The origin-of-cell harboring cancer-driving mutations in human glioblastoma 2018-Oct, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:30269745	研究论文	本研究通过多种测序技术在三重匹配样本中识别了神经干细胞（NSCs）在人类胶质母细胞瘤（GBM）中的克隆关系，提供了NSCs作为GBM驱动突变起源细胞的直接证据	首次直接证明了人类SVZ中的神经干细胞（NSCs）是GBM驱动突变的起源细胞	NA	确定人类胶质母细胞瘤（GBM）中驱动突变的起源细胞，以理解GBM的本质并开发有效的治疗靶点	人类胶质母细胞瘤（GBM）及其起源细胞	数字病理学	脑癌	测序技术	NA	组织样本	三重匹配样本（肿瘤-自由SVZ、肿瘤和正常组织）来自人类患者
235	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris 2018-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0590-4 PMID:30283141	研究论文	本文介绍了来自模式生物小鼠的单细胞转录组数据集，包含来自20个器官和组织的超过10万个细胞	这些数据为细胞生物学提供了一个新的资源，揭示了在未充分表征的细胞群体中的基因表达，并允许直接和受控地比较跨组织共享细胞类型的基因表达	NA	构建一个转录组细胞生物学的图谱	小鼠的20个器官和组织的单细胞转录组数据	单细胞测序	NA	微流控液滴3'-端计数和基于荧光激活细胞分选的全长转录本分析	NA	转录组数据	超过10万个细胞
236	2024-08-09	Single-Cell Profiling Identifies Key Pathways Expressed by iPSCs Cultured in Different Commercial Media 2018-Sep-28, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.08.016 PMID:30267684	研究论文	本研究评估了在自动平台上使用StemFlex和TeSR-E8培养基维持的人类诱导多能干细胞（iPSCs）的多能性，并通过单细胞转录组分析揭示了不同培养基中iPSCs的关键通路表达。	通过单细胞RNA测序分析，揭示了在不同商业培养基中培养的iPSCs的分子特征，并比较了两种培养基中的细胞亚群结构。	NA	评估不同商业培养基中iPSCs的多能性，并分析其转录组表达。	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其在不同培养基中的表达特征。	生物技术	NA	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	四个样本，包括两个不同的iPSC系，每个系在两种培养基中培养。
237	2024-08-09	Lineage dynamics of murine pancreatic development at single-cell resolution 2018-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06176-3 PMID:30254276	研究论文	研究使用单细胞RNA测序、免疫荧光、原位杂交和遗传谱系追踪技术，分析了小鼠胰腺发育过程中上皮和间质细胞的类型及其动态变化	发现了先前未被充分认识的发育中间质细胞的异质性，并重建了胰腺间皮和间质细胞类型之间的潜在谱系关系；在胰腺上皮中，发现了一个先前未描述的内分泌前体细胞群，以及在人类胎儿组织和人类胚胎干细胞中类似的细胞群	NA	揭示小鼠胰腺发育过程中的细胞谱系动态	小鼠胰腺的上皮和间质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
238	2024-08-09	Neonatally imprinted stromal cell subsets induce tolerogenic dendritic cells in mesenteric lymph nodes 2018-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06423-7 PMID:30254319	研究论文	本文探讨了新生儿期印记的间质细胞亚群在肠系膜淋巴结中诱导耐受性树突状细胞的作用	研究发现新生儿期印记过程在肠系膜淋巴结间质细胞中已经发生，并使其对生命后期的炎症扰动具有抵抗力	NA	研究肠系膜淋巴结在诱导外周耐受性中的作用及其机制	肠系膜淋巴结间质细胞和树突状细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肠系膜淋巴结和皮肤引流淋巴结的间质细胞亚群
239	2024-08-09	Dissecting the Global Dynamic Molecular Profiles of Human Fetal Kidney Development by Single-Cell RNA Sequencing 2018-09-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.08.056 PMID:30257215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析了超过3,000个人类胎儿肾脏细胞，揭示了胎儿肾脏发育的动态分子特征	首次全面分析了人类胎儿肾脏发育的基因表达谱，并识别了两种前体细胞亚型以及关键的转录调控因子和信号通路	NA	探索人类胎儿肾脏发育的分子基础和调控事件	人类胎儿肾脏细胞	数字病理学	先天性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过3,000个人类胎儿肾脏细胞
240	2024-08-09	Effects of 3D culturing conditions on the transcriptomic profile of stem-cell-derived neurons 2018-Jul, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-018-0219-9 PMID:30271673	研究论文	研究了3D培养条件对干细胞衍生神经元转录组特征的影响	开发了一种快速生成3D神经元和星形胶质细胞共培养的方法，并使用单细胞测序展示了工程化组织能重现人脑细胞类型的转录模式	NA	探究3D培养条件对神经元转录组特征的影响，并为脑疾病开发可行的3D神经组织模型	干细胞衍生神经元的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组	NA