单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 591 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-31 |
LC3-Associated Phagocytosis in Myeloid Cells Promotes Tumor Immune Tolerance
2018-10-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.08.061
PMID:30245008
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研究论文 | 该论文揭示了骨髓细胞中LC3相关吞噬作用（LAP）促进肿瘤免疫耐受机制，并指出针对LAP而非典型自噬途径进行干预能有效控制肿瘤生长 | 首次证明骨髓系细胞中非典型自噬功能（LAP）在肿瘤微环境中比经典自噬更具免疫抑制作用，并通过单细胞RNA测序揭示其通过STING和I型干扰素信号轴发挥作用 | 未说明 | 探究骨髓细胞中LC3相关吞噬作用（LAP）对肿瘤免疫耐受的影响及其分子机制 | 骨髓系细胞（特别是肿瘤相关巨噬细胞）及肿瘤浸润T细胞 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 未说明 | 基因表达数据 | 未说明 | 未说明 | 单细胞RNA测序 | 未说明 | 未说明 |
| 2 | 2026-05-31 |
High-resolution transcriptional dissection of in vivo Atoh1-mediated hair cell conversion in mature cochleae identifies Isl1 as a co-reprogramming factor
2018-07, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1007552
PMID:30063705
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研究论文 | 通过对小鼠成熟耳蜗中Atoh1介导的毛细胞体内转化进行高分辨率转录组分析，发现Isl1可作为共重编程因子 | 首次利用单细胞RNA测序技术高分辨率解析Atoh1诱导毛细胞转化的动态转录过程，并识别出Isl1作为关键共重编程因子，显著提高了转化效率 | 研究中转化效率虽有提升，但产生的功能性目标细胞（毛细胞）仍存在一定局限性，且具体机制需进一步验证 | 探究体内直接细胞转化的分子机制，优化毛细胞再生效率，为听力修复提供潜在策略 | 小鼠成熟耳蜗中的非感觉支持细胞及其向毛细胞的转化过程 | 自然语言处理 | 耳科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个时间点采集的全小鼠感觉上皮细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 3 | 2026-05-29 |
Simultaneous single-cell profiling of lineages and cell types in the vertebrate brain
2018-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4103
PMID:29608178
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研究论文 | 结合CRISPR-Cas9条形码编辑与单细胞RNA测序，同时分析脊椎动物大脑中的细胞谱系和细胞类型 | 首次将GESTALT谱系追踪技术与单细胞RNA测序结合，实现发育后期阶段的谱系信息捕获和细胞类型鉴定 | 未提及局限性 | 重建发育过程中细胞类型之间的谱系关系 | 幼年斑马鱼大脑中的细胞 | 单细胞基因组学 | NA | CRISPR-Cas9条形码编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约6万个转录组，来自幼年斑马鱼大脑 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | scGESTALT方法 |
| 4 | 2026-05-22 |
Identification of an Early Unipotent Neutrophil Progenitor with Pro-tumoral Activity in Mouse and Human Bone Marrow
2018-08-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.097
PMID:30157427
|
研究论文 | 利用CyTOF和单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类骨髓中发现了一种具有促肿瘤活性的早期单向中性粒细胞祖细胞 | 首次在小鼠和人类骨髓中鉴定出明确的单向中性粒细胞祖细胞，并发现其在肿瘤生长中的促进作用 | 未详细说明NeP和hNeP的分子特征及其在疾病中的详细机制 | 鉴定小鼠和人类骨髓中单向中性粒细胞祖细胞，并探索其在肿瘤发生中的作用 | 小鼠和人类骨髓中的中性粒细胞祖细胞 | 机器学习 | 癌症 | CyTOF, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类骨髓样本，包括黑色素瘤患者血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-22 |
A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes
2018-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0393-7
PMID:30069044
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和谱系追踪，修正了小鼠气管上皮细胞层次结构，发现了表达CFTR的离子细胞等重要细胞类型 | 首次鉴定出Foxi1肺离子细胞为罕见的细胞类型，发现离子细胞是囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）转录本的主要来源，开发了结合单细胞RNA测序和谱系追踪的“脉冲测序”技术，建立新的气道疾病细胞叙事 | 主要基于小鼠模型（气管上皮）的研究，可能不完全代表人类气道特征，谱系追踪依赖于特定标记物（如Foxi1），可能遗漏其他谱系关系 | 研究小鼠气管上皮的细胞组成和层次结构，特别是与哮喘和囊性纤维化等气道疾病相关的细胞类型 | 小鼠气管上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 囊性纤维化，哮喘 | 单细胞RNA测序，谱系追踪，脉冲测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠气管上皮细胞（具体数量未在摘要中提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-05 |
Gene expression distribution deconvolution in single-cell RNA sequencing
2018-07-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1721085115
PMID:29946020
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研究论文 | 提出一种名为DESCEND的方法，用于从单细胞RNA测序数据中解卷积基因表达分布，以获得更准确的表达离散度和非零比例等特性估计 | 基于对九个公共数据集的重新检验，提出适用于UMI标记scRNA-seq数据的简单技术噪声模型，并开发DESCEND方法解卷积真实的跨细胞基因表达分布，能够调整细胞大小、细胞周期和批次效应等协变量 | 未在文中明确提及 | 改进单细胞RNA测序数据中基因表达分布特性的推断，解决数据噪声和低覆盖度带来的困难 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 九个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-04-17 |
Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment
2018-08-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.05.060
PMID:29961579
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，绘制了乳腺癌肿瘤微环境中多样免疫细胞表型的图谱，揭示了T细胞的连续激活模型 | 开发了SEQC预处理流程和Biscuit贝叶斯聚类归一化方法，以解决单细胞数据固有的计算挑战，并结合单细胞RNA和T细胞受体测序数据，揭示了TCR利用对表型多样性的组合影响 | 研究仅基于8个乳腺癌样本，样本量相对较小，可能限制了结果的普遍性 | 旨在理解肿瘤微环境中免疫细胞表型，以阐明癌症进展和免疫治疗响应的机制 | 乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞，包括来自肿瘤、正常乳腺组织、血液和淋巴结的细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 单细胞T细胞受体测序 | 贝叶斯聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 约45,000个免疫细胞来自8个乳腺癌样本，以及匹配的正常组织、血液和淋巴结；额外27,000个T细胞用于配对分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-03-02 |
Single-cell RNA-seq analysis identifies markers of resistance to targeted BRAF inhibitors in melanoma cell populations
2018-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.234062.117
PMID:30061114
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SAKE的单细胞RNA-seq分析方法，用于识别黑色素瘤细胞对BRAF抑制剂耐药性的标记物 | 开发了SAKE方法，提供分析流程各步骤的定量统计指标，并在大型复杂细胞群体中优于其他方法 | 未明确说明方法在小型或简单群体中的性能比较，可能受限于特定平台数据 | 识别黑色素瘤细胞对靶向BRAF抑制剂的耐药性标记物 | 人类黑色素瘤细胞 | 单细胞分析 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | SAKE算法 | 单细胞RNA-seq数据 | 未明确指定样本数量，涉及多个细胞群体 | Fluidigm, 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | Fluidigm C1, 10x Genomics平台 | Fluidigm C1和10x Genomics单细胞RNA-seq平台 |
| 9 | 2026-02-10 |
Aging alters the epigenetic asymmetry of HSC division
2018-09, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.2003389
PMID:30235201
|
研究论文 | 本文探讨了造血干细胞（HSCs）分裂中表观遗传不对称性随衰老的变化 | 通过综合配对子细胞分析（包括单细胞3D共聚焦成像、单细胞移植、单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq），揭示了HSCs分裂结果与有丝分裂前极性状态的强关联，并发现衰老非极性HSCs优先进行自我更新的对称分裂，而年轻极性HSCs优先进行不对称分裂 | 未明确提及具体局限性 | 研究衰老如何改变HSCs分裂的表观遗传不对称性及其机制 | 造血干细胞（HSCs） | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞3D共聚焦成像, 单细胞移植 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-02-10 |
CaSTLe - Classification of single cells by transfer learning: Harnessing the power of publicly available single cell RNA sequencing experiments to annotate new experiments
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0205499
PMID:30304022
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CaSTLe的基于迁移学习的单细胞RNA测序数据细胞分类方法，通过利用已标注的公共数据集来注释新实验中的细胞类型 | 开发了基于稳健特征工程和XGBoost分类模型的迁移学习框架，能够在基因数量极少的情况下实现准确的细胞类型分类，并适用于大规模数据集 | 方法依赖于先前标注数据集的可用性和质量，且未在多种复杂疾病或组织类型中进行广泛验证 | 通过迁移学习自动标注单细胞RNA测序数据中的细胞类型，以克服传统手动聚类或FACS方法的局限性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-02-08 |
Two-phase differential expression analysis for single cell RNA-seq
2018-10-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty329
PMID:29688282
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研究论文 | 本文提出了一种名为SC2P的两阶段差异表达分析方法，用于单细胞RNA测序数据，旨在识别基因表达中的相位转换和幅度调节 | SC2P方法首次将单细胞数据特征融入差异表达分析，通过基于模型和数据驱动的方式，同时考虑细胞和基因特异性背景，识别二进制（从关闭到开启）和连续（表达量）的转录调控 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种改进的单细胞RNA测序差异表达分析方法，以更准确地捕捉转录调控的复杂性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达调控 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于模型的统计方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-02-08 |
BCseq: accurate single cell RNA-seq quantification with bias correction
2018-08-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky308
PMID:29718338
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研究论文 | 本文提出了一种名为BCseq的稳健模型，用于准确量化单细胞RNA-seq数据中的基因表达，通过数据自适应方式校正偏差并有效去除技术噪声 | BCseq通过数据自适应方式校正单细胞RNA-seq的固有偏差，非线性考虑测序深度，并首次为每个细胞中每个基因的表达分配质量评分 | 未在摘要中明确提及 | 提高单细胞RNA-seq数据分析的准确性和稳健性 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | BCseq（偏差校正测序分析） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-12-13 |
The International Conference on Intelligent Biology and Medicine (ICIBM) 2018: systems biology on diverse data types
2018-12-21, BMC systems biology
DOI:10.1186/s12918-018-0648-9
PMID:30577731
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会议摘要 | 本文介绍了2018年国际智能生物学与医学会议（ICIBM）的概况，并重点描述了会议中涉及系统生物学在多种数据类型上的研究进展 | 会议展示了系统生物学在3D基因组结构分析、下一代测序、计算药物发现、癌症基因组学等领域的创新进展，并涵盖了基因调控、环状RNA表达、单细胞RNA测序等多种数据类型 | 本文为会议摘要，未提供具体研究方法的详细描述或实验数据 | 总结ICIBM 2018会议中系统生物学在多样化数据类型上的研究进展和趋势 | 会议涵盖的论文和报告，涉及基因调控、环状RNA、单细胞RNA测序、染色体间相互作用、代谢组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学等 | 系统生物学 | 癌症 | 下一代测序分析，单细胞RNA测序，代谢组学，蛋白质组学，磷酸化蛋白质组学 | NA | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据，代谢组数据，蛋白质组数据，磷酸化蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，下一代测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
SigEMD: A powerful method for differential gene expression analysis in single-cell RNA sequencing data
2018-08-01, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2018.04.017
PMID:29702224
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研究论文 | 提出一种名为SigEMD的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析 | 结合数据插补方法、逻辑回归模型和基于Earth Mover's Distance的非参数方法，并利用基因互作网络信息减少假阳性 | NA | 开发单细胞RNA测序数据中差异表达基因的精确识别方法 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归模型, 非参数方法 | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals gene expression signatures of breast cancer-associated endothelial cells
2018-Feb-16, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.23760
PMID:29541388
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示乳腺癌相关内皮细胞的基因表达特征 | 首次通过单细胞RNA测序系统比较乳腺癌内皮细胞与正常内皮细胞的基因表达差异，发现细胞外基质相关基因在肿瘤内皮细胞中的关键作用 | 研究样本来源有限，仅针对乳腺癌组织，需要更多癌症类型的验证 | 探究乳腺癌中肿瘤内皮细胞的基因表达特征及其生物学功能 | 从人类乳腺癌组织和减乳成形术组织中分离的内皮细胞 | 单细胞测序 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | PCA, 层次聚类分析, GSEA | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Human bone marrow assessment by single-cell RNA sequencing, mass cytometry, and flow cytometry
2018-12-06, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.124928
PMID:30518681
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术对20名健康成人骨髓细胞进行全面评估 | 首次系统比较单细胞RNA测序与多参数流式细胞术在人类骨髓样本分析中的一致性，并利用质谱流式细胞术进行正交验证 | 样本量相对有限（20名健康成人），未包含疾病状态样本 | 评估单细胞分析技术在人类骨髓样本中的交叉验证能力和可重复性 | 健康成人骨髓细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 20名健康成人骨髓捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Single-Cell Sequencing in Normal and Malignant Hematopoiesis
2018 Mar-Apr, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1097/HS9.0000000000000034
PMID:31723762
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在正常和恶性造血系统中的最新研究进展 | 应用新兴单细胞测序技术解析造血系统细胞群体异质性和群体间关系，并比较正常与疾病状态的差异 | NA | 探讨单细胞测序技术在造血系统研究中的应用 | 造血干细胞及其分化产生的10多种成熟细胞类型 | 单细胞生物学 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Maturing Human CD127+ CCR7+ PDL1+ Dendritic Cells Express AIRE in the Absence of Tissue Restricted Antigens
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02902
PMID:30692988
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研究论文 | 本研究识别并分析了人类扁桃体中表达AIRE的树突状细胞及其特征 | 首次在人类外周组织中明确识别AIRE表达细胞为树突状细胞，并发现其表达与组织限制性抗原无关 | 研究主要基于扁桃体组织，未验证其他外周组织中的情况 | 探索人类外周组织中AIRE表达细胞的来源和功能特征 | 人类扁桃体组织中的AIRE+树突状细胞 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 流式细胞术,CyTOF,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 人类扁桃体样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
foxF-1 Controls Specification of Non-body Wall Muscle and Phagocytic Cells in Planarians
2018-12-03, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2018.10.030
PMID:30471994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了foxF-1作为涡虫非体壁肌肉和吞噬细胞的主转录调控因子 | 首次鉴定foxF-1为涡虫所有非体壁肌肉的主转录调控因子，并发现其同时调控多种吞噬细胞的特化 | 未明确foxF-1调控的部分细胞类型功能 | 解析涡虫不同类型肌肉纤维和吞噬细胞的转录调控程序 | 涡虫的背腹肌、肠肌、咽肌及吞噬细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
The adult human testis transcriptional cell atlas
2018-12, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-018-0099-2
PMID:30315278
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建成年人类睾丸转录组细胞图谱，揭示精子发生过程中的细胞状态和发育可塑性 | 识别出五个离散的转录/发育精原细胞状态，包括新型早期精原干细胞状态（State 0），并发现成年State 0与婴儿精原干细胞的相似性 | 研究样本量相对有限（约6500个睾丸细胞），主要聚焦年轻成年人群体 | 解析人类成年精子发生过程中的细胞状态、发育可塑性和生殖细胞-微环境相互作用 | 年轻成年人睾丸细胞（约6500个）和婴儿睾丸细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约6500个年轻成年人睾丸细胞，另包含婴儿睾丸细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |