单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing reveals microglia-like cells in cerebrospinal fluid during virologically suppressed HIV 2018-09-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121718 PMID:30232286	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了HIV感染者脑脊液和血液中的细胞，发现了与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术在脑脊液中识别出与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群，揭示了其在HIV感染中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于HIV感染者，未来需要更大规模的研究来验证结果	探讨HIV感染期间中枢神经系统免疫激活与神经元损伤的细胞机制	HIV感染者和非感染者的脑脊液和血液中的细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成人的脑脊液和血液样本
2	2024-11-22	A structural equation model for imaging genetics using spatial transcriptomics 2018-Nov-02, Brain informatics DOI:10.1186/s40708-018-0091-0 PMID:30390165	研究论文	本文提出了一种结合遗传标记和影像特征的结构方程模型，利用空间转录组学数据来解释疾病背景下脑体积变化及其与遗传变异的关系	本文的创新点在于将空间转录组学数据引入结构方程模型，以减少噪声并提高模型的解释性	NA	研究遗传变异与影像变量之间的关系，特别是在疾病背景下的脑体积变化	脑体积变化及其与遗传变异的关系	数字病理学	阿尔茨海默病	结构方程模型	结构方程模型	影像数据	NA
3	2024-11-15	Single-cell RNA sequencing of the mammalian pineal gland identifies two pinealocyte subtypes and cell type-specific daily patterns of gene expression 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0205883 PMID:30347410	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了大鼠松果体转录组，识别出两种松果体细胞亚型，并揭示了细胞类型特异性的每日基因表达模式	首次通过单细胞RNA测序技术识别出大鼠松果体中的两种松果体细胞亚型，并揭示了细胞类型特异性的每日基因表达模式	研究仅限于大鼠松果体，结果可能不适用于其他物种	通过单细胞RNA测序技术分析大鼠松果体细胞的组成及其基因表达的每日变化模式	大鼠松果体细胞及其基因表达模式	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约17,000个松果体细胞
4	2024-11-14	Background fluorescence and spreading error are major contributors of variability in high-dimensional flow cytometry data visualization by t-distributed stochastic neighboring embedding 2018-08, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23566 PMID:30107099	研究论文	本文探讨了在高维流式细胞术数据可视化中，背景荧光和扩散误差对t-分布随机邻域嵌入（tSNE）算法的影响	本文首次识别了背景值分布差异和扩散误差是高维流式细胞术数据可视化中tSNE算法的主要变异来源，并提出了通过双指数变换和限制扩散误差来改善数据可视化的方法	本文主要关注了背景荧光和扩散误差的影响，未全面探讨其他可能影响tSNE算法性能的因素	研究tSNE算法在高维流式细胞术数据可视化中的应用及其变异来源	高维流式细胞术数据及其在tSNE算法中的可视化效果	生物信息学	NA	流式细胞术	tSNE	流式细胞术数据	多个独立实验或临床试验中的大量样本
5	2024-11-13	Rainbow-Seq: Combining Cell Lineage Tracing with Single-Cell RNA Sequencing in Preimplantation Embryos 2018-Sep-28, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.08.009 PMID:30267678	研究论文	开发了Rainbow-seq技术，结合细胞谱系追踪和单细胞RNA测序，揭示胚胎植入前胚胎的细胞分裂历史和单细胞转录组	Rainbow-seq技术能够在单细胞RNA测序实验中同时解码谱系标记基因和读取单细胞转录组，填补了细胞分裂历史与单细胞RNA测序之间的关键空白	谱系差异在单个基因水平上并不明确，但在整体转录组分析中变得清晰	开发新技术以追踪细胞分裂历史并揭示单细胞转录组	胚胎植入前胚胎的细胞分裂历史和单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	每个实验涉及多个单细胞样本，包括4-细胞和8-细胞阶段的胚胎细胞
6	2024-11-11	Mapping gene regulatory networks from single-cell omics data 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx046 PMID:29342231	综述	本文综述了从单细胞组学数据中构建基因调控网络（GRN）的最新方法	讨论了单细胞转录组数据中噪声水平和数据稀疏性增加的挑战，并介绍了单细胞表观基因组学技术（如单细胞ATAC-seq和单细胞DNA甲基化分析）在解析基因调控程序中的应用	NA	探讨如何从单细胞数据中解析基因调控网络，以理解细胞异质性	单细胞转录组数据和单细胞表观基因组数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA甲基化分析	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
7	2024-10-11	Terminal exon characterization with TECtool reveals an abundance of cell-specific isoforms 2018-10, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0114-z PMID:30202060	研究论文	本文开发了TEC工具，用于鉴定和表征细胞特异性终端外显子	发现了数百种先前未知的同工型和细胞类型特异性终端外显子，并通过单细胞测序数据验证了这些新同工型的表达	NA	开发和应用TEC工具以鉴定细胞特异性终端外显子	人类细胞中的终端外显子和同工型	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA序列数据	单细胞测序数据
8	2024-08-15	Single-Cell RNA Sequencing of Lymph Node Stromal Cells Reveals Niche-Associated Heterogeneity 2018-05-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.04.006 PMID:29752062	研究论文	本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，揭示了淋巴结基质细胞的异质性及其在免疫反应中的作用	首次全面揭示了淋巴结基质细胞的多样性，并识别出九种非内皮基质细胞簇	NA	探索淋巴结基质细胞的多样性及其在免疫功能中的作用	淋巴结基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	九种非内皮基质细胞簇
9	2024-08-07	Single-cell profiling of the developing mouse brain and spinal cord with split-pool barcoding 2018-04-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aam8999 PMID:29545511	研究论文	本文开发了一种名为SPLiT-seq的单细胞RNA测序方法，用于对发育中的小鼠大脑和脊髓进行单细胞转录组分析	SPLiT-seq方法通过组合条形码标记细胞来源，适用于固定细胞或细胞核，无需定制设备，并允许高效样本复用	NA	研究小鼠大脑和脊髓在早期发育阶段的单细胞转录组特征	小鼠大脑和脊髓的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	156,049个单核转录组
10	2024-08-05	Human primitive brain displays negative mitochondrial-nuclear expression correlation of respiratory genes 2018-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.226324.117 PMID:29903725	研究论文	本文探讨了人类原始大脑中线粒体与核基因间呼吸基因的负表达相关性	首次揭示了在原始大脑区域内线粒体和核基因表达的负相关性，并分析了其与细胞类型及空间分布的关系	仅分析了人类和小鼠大脑的特定部位，可能不适用于其他区域或物种	探讨线粒体和核基因在氧化磷酸化中的共同调控机制	人类和小鼠大脑的RNA-seq实验数据	数字病理学	NA	RNA-seq, DNase-seq, ChIP-seq	NA	RNA数据	分析了来自48个人体部位的约8500个RNA-seq实验
11	2024-08-05	Reconstructing differentiation networks and their regulation from time series single-cell expression data 2018-Mar-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.225979.117 PMID:29317474	研究论文	本研究开发了一种方法，通过整合表达相似性与调控信息来重建动态的发育细胞轨迹	该方法不仅考虑了基因表达水平的相似性，还整合了转录因子的调控信息以改善细胞谱系重建	该方法在样本多样性、不同步的细胞种群中可能表现不佳	旨在通过单细胞RNA测序数据生成详细准确的器官发生模型	主要研究小鼠肺部发育数据中的细胞类型和谱系	数字病理学	肺癌	RNA-seq	概率模型	单细胞表达数据	涉及小鼠肺部发育数据的实验数据
12	2024-08-05	A Single-Cell Approach to the Elusive Latent Human Cytomegalovirus Transcriptome 2018-06-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.01001-18 PMID:29895640	研究论文	本研究探讨了人类巨型细胞病毒潜伏转录组的单细胞RNA测序特点	通过单细胞RNA测序定义了人类巨型细胞病毒潜伏期的转录组特征	在潜伏期的定义和单细胞RNA测序分析中存在众多挑战	探讨人类巨型细胞病毒的潜伏转录组特征	关注于宿主内不同的细胞亚群体及其潜伏感染	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
13	2024-08-05	CD49b defines functionally mature Treg cells that survey skin and vascular tissues 2018-11-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20181442 PMID:30355617	研究论文	本研究识别了一种表达CD49b的功能成熟的Treg细胞亚群。	发现了具有独特组织分布和功能的短暂效应Treg细胞亚群。	未阐明不同组织来源的Treg细胞之间的关系的全部情况。	阐明功能成熟的Treg细胞亚群的身份和发展。	CD49b Treg细胞亚群及其在外周组织中的作用。	免疫学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
14	2024-08-05	Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells 2018-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4231 PMID:30222169	研究论文	本研究通过配对细胞测序技术实现肝脏内皮细胞的空间基因表达映射	首创性地结合配对细胞测序与空间基因表达映射，适用于低mRNA含量细胞的区域性分析	主要集中于肝脏内皮细胞，其他非实质性细胞的应用尚待验证	研究肝脏内皮细胞的空间基因表达模式	重点研究小鼠肝细胞与肝脏内皮细胞的配对	数字病理学	NA	配对细胞测序	NA	单细胞RNA测序	小鼠的肝细胞和肝脏内皮细胞对
15	2024-08-05	Genetic identification of brain cell types underlying schizophrenia 2018-06, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-018-0129-5 PMID:29785013	研究论文	本研究评估了与精神分裂症相关的基因组位点是否映射到特定的大脑细胞类型上	首次将精神分裂症的常见变异基因组结果与特定的大脑神经元类型相对应	该研究未详细探讨胚胎、前体或胶质细胞的作用	研究精神分裂症的遗传基础与大脑细胞类型之间的关系	主要关注神经元类型，特别是锥体细胞和中型棘突神经元	数字病理学	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
16	2024-08-05	The subiculum is a patchwork of discrete subregions 2018-10-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.37701 PMID:30375971	研究论文	这篇文章探讨了小鼠次皮质中锥体细胞的异质性及其组织原则	本研究发现次皮质的锥体细胞可以分解为八个独立的亚类，并呈现出复杂的层级和柱状组织	本文主要基于小鼠模型，结果可能不适用于其他物种或不同的生理条件	研究小鼠次皮质内锥体细胞的异质性及其组织结构	小鼠的次皮质锥体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
17	2024-08-05	Transcriptional Programming of Normal and Inflamed Human Epidermis at Single-Cell Resolution 2018-10-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.006 PMID:30355494	研究论文	本文报告了正常和发炎人类表皮的单细胞转录组编程	首次在单细胞分辨率下定义了表皮细胞转录程序的全球范围和组织	未提及具体的局限性	研究表皮分化的转录程序与皮肤病理之间的关系	92,889个人表皮细胞的转录组数据，来自9个正常和3个发炎的皮肤样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	92,889个细胞，来自9个正常与3个发炎的皮肤样本
18	2024-08-05	A virus or more in (nearly) every cell: ubiquitous networks of virus-host interactions in extreme environments 2018-06, The ISME journal DOI:10.1038/s41396-018-0071-7 PMID:29467398	研究论文	本研究使用单细胞测序和环境宏基因组学，解析黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒-宿主关联结构	通过结合宏病毒组学和单细胞基因组学，展示了极端环境中病毒-宿主相互作用的网络，并发现大多数细胞中存在多种病毒类型	研究仅在黄石国家公园一个特定环境中进行，可能不适用于其他环境的病毒-宿主关系研究	探讨病毒和宿主之间在极端环境中广泛的相互作用	黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒和宿主细胞	微生物组学	NA	单细胞测序，环境宏基因组学	NA	微生物组数据	NA
19	2024-08-05	Single-cell profiling of peanut-responsive T cells in patients with peanut allergy reveals heterogeneous effector TH2 subsets 2018-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2017.11.060 PMID:29408715	研究论文	该研究系统性地表征了花生特异性T细胞在花生过敏患者外周血中的表型。	首次发现花生过敏患者中存在多种效应性TH2亚群，并识别出与调节性T细胞相关的CD154表达变化。	研究主要集中在特定患者人群，结果可能不适用于其他类型的过敏或不同的种族人群。	全面表征花生特异性T细胞在花生过敏患者中的作用及其表型变化。	花生过敏患者及健康对照者的外周血样本中的花生反应性T细胞。	数字病理学	花生过敏	单细胞RNA测序	NA	样本细胞	包括花生过敏患者、健康对照者及高阈值个体的多个样本
20	2024-08-05	Sensory Neuron Diversity in the Inner Ear Is Shaped by Activity 2018-08-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.07.007 PMID:30078709	研究论文	这篇文章探讨了内耳感觉神经元的多样性及其被活动影响的机制	通过单细胞RNA测序，提出了一种小鼠I型螺旋神经节神经元的分子分类，并揭示了其在听觉处理中意想不到的活跃角色	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于其他物种	研究I型螺旋神经节神经元的特征与多样性的起源	小鼠的类型I螺旋神经节神经元	数字病理学	先天性耳聋	单细胞RNA测序	NA	分子数据	小鼠模型的多种类型I螺旋神经节神经元