单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	High Throughput Single Cell RNA Sequencing, Bioinformatics Analysis and Applications 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_4 PMID:29943294	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的高通量生物信息学分析及其在癌症生物学中的应用	scRNA-seq技术使得研究人员能够重新审视癌症生物学中的长期问题，如癌症转移、异质性和进化	NA	探讨单细胞RNA测序技术在癌症生物学中的应用	单细胞RNA测序数据及其在癌症转移、异质性和进化中的应用	生物信息学	癌症	NGS	NA	RNA-seq	NA
42	2024-08-09	Application of Single Cell Sequencing in Cancer 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_11 PMID:29943301	review	本文综述了单细胞测序技术在癌症研究与应用中的现状	单细胞测序技术提供了前所未有的手段来表征肿瘤内异质性并分析癌细胞的基因组	NA	探讨单细胞测序技术在癌症诊断和预后应用中的潜力	癌症细胞及其基因组	digital pathology	cancer	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
43	2024-08-09	Is Pooled CRISPR-Screening the Dawn of a New Era for Functional Genomics 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_14 PMID:29943304	研究论文	本文综述了CRISPR-Cas9系统及其在遗传筛选中的应用，特别是CROP-seq、Perturb-seq和CRISPR-seq方法，这些方法结合了CRISPR和单细胞RNA测序，提高了基因编辑的速度、准确性和效率。	介绍了CROP-seq、Perturb-seq和CRISPR-seq等新方法，这些方法结合了CRISPR和单细胞RNA测序，为功能基因组学研究提供了更快速、准确和高效的手段。	CRISPR-based方法虽然有所改进，但仍未能在所有方面超越传统方法，存在一定的局限性。	探讨CRISPR-Cas9系统在遗传筛选中的应用及其对功能基因组学研究的影响。	CRISPR-Cas9系统及其在遗传筛选中的应用，特别是CROP-seq、Perturb-seq和CRISPR-seq方法。	功能基因组学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	NA	DNA, RNA	NA
44	2024-08-09	Emergence of Bias During the Synthesis and Amplification of cDNA for scRNA-seq 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_12 PMID:29943302	综述	本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术中cDNA合成和扩增过程中偏差的产生及其对测序结果的影响	介绍了当前几种改进的scRNA-seq方法，这些方法有助于减少和评估偏差	当前scRNA-seq技术在RNA逆转录和cDNA预扩增步骤中存在偏差，限制了定量准确性	探讨scRNA-seq技术中偏差的产生机制及其对测序协议的影响	单细胞RNA测序技术中的偏差问题	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
45	2024-08-09	Transcriptome analysis of PCOS arrested 2-cell embryos 2018, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2018.1467678 PMID:29912628	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了多囊卵巢综合征（PCOS）患者停滞在2细胞阶段的胚胎的转录组特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析PCOS患者停滞在2细胞阶段胚胎的转录组差异表达基因	NA	探索多囊卵巢综合征患者胚胎早期发育停滞的分子机制	多囊卵巢综合征患者停滞在2细胞阶段的胚胎	NA	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组	PCOS停滞2细胞胚胎、非PCOS停滞2细胞胚胎和非停滞2细胞胚胎
46	2024-08-09	ShinyCortex: Exploring Single-Cell Transcriptome Data From the Developing Human Cortex 2018, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2018.00315 PMID:29867326	研究论文	本文介绍了ShinyCortex资源，该资源整合了来自发育中的人类和小鼠皮质的多项scRNA-seq研究数据，以便进一步分析	ShinyCortex提供了一个基于R的动态且易于访问的平台，用于生物学家探索scRNA-seq数据	NA	探索单细胞转录组数据在发育中的人类皮质研究中的应用	发育中的人类和小鼠皮质细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
47	2024-08-09	Transcriptomic Profiling of Zebrafish Hair Cells Using RiboTag 2018, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2018.00047 PMID:29765956	研究论文	本文开发了一种转基因斑马鱼模型，用于评估内耳和侧线毛细胞在其原始组织环境中的翻译组	该模型通过表达GFP和HA标记基因，使得斑马鱼幼体的毛细胞mRNA可以通过免疫沉淀方法富集，从而在不诱导基因表达变化的情况下识别新的毛细胞表达基因	NA	研究斑马鱼毛细胞特异性基因表达的变化	斑马鱼的毛细胞	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	mRNA	NA
48	2024-08-09	Current and Future Methods for mRNA Analysis: A Drive Toward Single Molecule Sequencing 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7834-2_11 PMID:29767365	综述	本文综述了当前和未来的mRNA分析方法，特别是单分子测序技术的发展	介绍了长读长RNA测序和单细胞RNA测序等新技术，这些技术在从头组装转录组和异构体定量方面具有优势	短读长RNA测序在从头转录组组装和异构体定量方面存在局限性	探讨当前RNA测序技术的现状及其未来发展方向	转录组，包括mRNA和其他非编码RNA	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-Seq）	NA	RNA	NA
49	2024-08-09	Next-Generation Immune Repertoire Sequencing as a Clue to Elucidate the Landscape of Immune Modulation by Host-Gut Microbiome Interactions 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.00668 PMID:29666626	研究论文	本文讨论了下一代免疫组库测序技术在营养与肠道免疫学领域的应用潜力	该技术结合单细胞转录组学/蛋白质组学，提供了揭示宿主-微生物免疫稳态新原理的关键工具	目前仍存在未解决的问题	探讨高吞吐量免疫受体测序在营养与肠道免疫学领域的应用	宿主与肠道微生物的免疫交互作用	NA	NA	下一代测序	NA	序列数据	单个个体
50	2024-08-09	Comparison of EpCAMhighCD44+ cancer stem cells with EpCAMhighCD44- tumor cells in colon cancer by single-cell sequencing 2018, Cancer biology & therapy IF:4.4Q2 DOI:10.1080/15384047.2018.1456605 PMID:29580161	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序技术，比较了结肠癌中EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤细胞的体细胞拷贝数变异（SCNAs）	首次在单细胞水平上比较了结肠癌中EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤干细胞的SCNAs，揭示了它们在SCNAs模式上的相似性和差异性	研究样本量较小，仅涉及两个原发性结肠肿瘤的47个合格单细胞	旨在确定单个肿瘤干细胞（EpCAM高表达CD44阳性）和分化肿瘤细胞（EpCAM高表达CD44阴性）在体细胞拷贝数变异方面的差异	结肠癌中的EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞全基因组测序（WGS）	NA	基因组数据	47个合格单细胞
51	2024-08-09	High-Throughput Single-Cell RNA Sequencing and Data Analysis 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7768-0_15 PMID:29605858	研究论文	本文描述了一种定制的高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议，结合流式细胞术和纳米级机器人系统，并介绍了用于识别细胞亚群和推导分化轨迹的先进数据分析算法	提出了一种结合流式细胞术和纳米级机器人系统的高通量scRNA-seq协议，并开发了用于识别细胞亚群和推导分化轨迹的先进数据分析算法	scRNA-seq由于需要放大少量内源性细胞RNA，导致数据集中存在大量技术噪声，需要特殊的数据过滤和分析	旨在通过单细胞分辨率理解生物系统，揭示传统群体技术无法发现的新见解	单细胞转录组测序技术及其数据分析算法	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
52	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals Regulators of Neuronal Migration and Maturation During Brain Development 2018, Journal of experimental neuroscience DOI:10.1177/1179069518760783 PMID:29551912	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了大脑发育过程中神经迁移和成熟的调控因子	发现了DNMT1通过转录调控促进迁移后细胞的神经突复杂性，并首次报道了CCDC184基因在有丝分裂后中间神经元中的高表达及其与细胞粘附相关基因的正相关性	研究主要集中在单细胞转录组分析，未涉及更广泛的细胞和分子机制研究	探究大脑发育过程中γ-氨基丁酸表达的皮层中间神经元的迁移和成熟的调控机制	大脑发育过程中的神经迁移和成熟	数字病理学	精神疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及多种中间神经元的单细胞样本
53	2024-08-09	Recent advances in lineage differentiation from stem cells: hurdles and opportunities? 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.12596.1 PMID:29552337	research paper	本文综述了干细胞谱系分化的最新进展，探讨了面临的挑战和机遇	利用单细胞转录组学和基因调控网络的计算模型来更好地理解谱系承诺，并推动现代基因编辑方法的发展	生成与天然细胞相似的成熟分化细胞仍然具有挑战性	探讨干细胞谱系分化的进展及其在人类发育、疾病建模和再生医学中的应用潜力	干细胞的谱系分化及其在医学领域的应用	NA	NA	单细胞转录组学、基因编辑	基因调控网络的计算模型	基因表达数据	NA
54	2024-08-09	Data Analysis in Single-Cell Transcriptome Sequencing 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7717-8_18 PMID:29536451	research paper	本文主要介绍和讨论了单细胞转录组测序数据中的归一化和聚类分析的研究现状	提出了一个利用单细胞RNA测序发现和验证癌症干细胞的协议	单细胞转录组测序数据分析仍面临许多挑战	促进对细胞功能、疾病进展和治疗反应的理解	单细胞转录组测序数据的归一化和聚类分析	digital pathology	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
55	2024-08-09	Applications of Single-Cell Sequencing for Multiomics 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7717-8_19 PMID:29536452	综述	本文综述了单细胞测序技术在多组学中的应用及其面临的挑战	单细胞测序技术提供了更高分辨率的细胞差异，并更好地理解了个体细胞在微环境中的生存和适应的遗传和表观遗传机制	单细胞测序由于起始材料量极少、样本损失和污染，以及在样本准备过程中需要大量扩增导致的数据覆盖不均、噪声和量化不准确等问题，使得其执行和下游数据分析更具挑战性	综述当前单细胞测序的策略和挑战，包括单细胞转录组、基因组和表观基因组	单细胞的序列或染色质信息	基因组学	NA	单细胞测序	NA	序列数据	NA
56	2024-08-09	Novel mutational landscapes and expression signatures of lung squamous cell carcinoma 2018-Jan-26, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.23716 PMID:29484121	研究论文	本研究通过外显子测序和RNA测序分析了16个由致癌物诱导的小鼠肺鳞状细胞癌肿瘤和8个正常小鼠肺组织样本，并在单细胞水平上进行了RNA测序，以深入了解肺鳞状细胞癌的病理生物学。	研究发现了59个在小鼠肺鳞状细胞癌肿瘤中反复突变的癌症基因，并识别出一种表达特征，可作为肺鳞状细胞癌肿瘤的有效分类器和肺癌患者生存结果的强预测因子。	NA	增加对肺鳞状细胞癌病理生物学的理解	肺鳞状细胞癌肿瘤和正常肺组织	数字病理学	肺癌	外显子测序, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	16个肺鳞状细胞癌肿瘤样本和8个正常肺组织样本
57	2024-08-09	Regulatory Architecture of the LβT2 Gonadotrope Cell Underlying the Response to Gonadotropin-Releasing Hormone 2018, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2018.00034 PMID:29487567	研究论文	本研究整合了LβT2细胞在GnRH刺激下的转录组和全基因组染色质可及性状态，并使用Gel bead-in-Emulsion Drop-seq技术检测了细胞间转录反应的变异性。	首次进行了LβT2细胞的全基因组表观遗传和单细胞转录组学特征研究。	NA	研究LβT2细胞在GnRH刺激下的基因调控机制和单细胞转录组反应变异性。	LβT2小鼠垂体细胞系在GnRH刺激下的表观遗传和转录组学响应。	数字病理学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, Gel bead-in-Emulsion Drop-seq	NA	基因组, 转录组	1,992个未处理细胞和1,889个GnRH处理细胞
58	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Using SINCERA Pipeline 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7710-9_15 PMID:29508300	研究论文	本文介绍了SINCERA分析流程，用于处理来自整个器官或已分类细胞的单细胞RNA-Seq数据	SINCERA是一个通用的分析流程，支持识别主要细胞类型、细胞类型特异性基因签名及特定细胞类型的驱动因素	NA	开发计算方法或分析流程以促进大量单细胞RNA-Seq数据分析	单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自整个器官或已分类细胞的单细胞数据
59	2024-08-09	Exploring the Complexity of Cortical Development Using Single-Cell Transcriptomics 2018, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2018.00031 PMID:29456488	综述	本文综述了利用单细胞转录组技术探索哺乳动物大脑新皮质发育中细胞群体异质性的研究	利用新兴的单细胞技术在转录组水平上解码皮质发育过程中细胞群体的异质性及其分子细节	讨论了当前实施单细胞技术以全面理解新皮质发育的遗传和表观遗传机制所面临的挑战	综述单细胞转录组技术在脑研究中的应用潜力及其可能的生物学见解	哺乳动物大脑新皮质的发育过程中的细胞类型多样性及其基因调控机制	NA	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组	NA
60	2024-08-09	States and Origins of Mammalian Embryonic Pluripotency In Vivo and in a Dish 2018, Current topics in developmental biology DOI:10.1016/bs.ctdb.2017.11.002 PMID:29477162	研究论文	本文讨论了哺乳动物早期胚胎多能性的状态和起源，并探讨了体外培养条件下的多能性细胞研究进展。	文章介绍了通过单细胞转录组学研究不同物种胚胎细胞相互作用和细胞命运决策的新方法，这些方法有助于理解多能性的出现。	NA	探讨哺乳动物早期胚胎多能性的理解和体外培养条件的改进。	哺乳动物早期胚胎的多能性细胞及其在不同物种中的差异。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及不同物种的胚胎