单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 92 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-09 |
Single-nucleus and single-cell transcriptomes compared in matched cortical cell types
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0209648
PMID:30586455
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研究论文 | 本文比较了单核和单细胞转录组在匹配的皮质细胞类型中的应用 | 证明了单核RNA测序（snRNA-seq）在分析复杂组织转录组时相较于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的优势，包括更少的细胞偏倚覆盖、不受细胞分离导致的转录伪影影响，以及可应用于冷冻存档样本 | NA | 比较单核和单细胞转录组在识别细胞类型方面的效果 | 小鼠视觉皮质的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 小鼠视觉皮质样本 | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-09 |
Exploiting antigen receptor information to quantify index switching in single-cell transcriptome sequencing experiments
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0208484
PMID:30517183
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研究论文 | 本文利用免疫细胞上抗原受体的多样性和高度细胞特异性表达，量化了单细胞转录组测序实验中的索引切换问题 | 采用排除扩增（ExAmp）与HiSeq 3000/HiSeq 4000/HiSeq X测序系统的图案化流动池技术相结合，量化了索引切换的发生率 | 未检测到某些索引比其他索引更容易切换的一致模式，表明索引切换是一个随机过程 | 量化单细胞转录组测序实验中的索引切换问题 | 单细胞RNA-seq数据中的索引切换 | 下一代测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 55个不同孔的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics in Cancer Immunobiology: The Future of Precision Oncology
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02582
PMID:30483257
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在癌症免疫生物学中的应用，特别是单细胞RNA测序技术在解析肿瘤异质性和罕见细胞群体中的作用 | 单细胞RNA测序技术能够无偏倚地研究数千个肿瘤细胞，并针对肿瘤中的罕见群体进行研究，有助于发现传统批量转录组分析中遗漏的细胞类型和途径 | 目前单细胞水平上研究癌症仍面临挑战，包括技术上的限制和现有方法的改进需求 | 探讨单细胞RNA测序技术在癌症免疫生物学中的应用，以及其在精准肿瘤治疗中的潜力 | 研究肿瘤微环境中的免疫系统及其在癌症免疫耐受中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 数千个肿瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-09 |
Characterization of sensory neuronal subtypes innervating mouse tongue
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0207069
PMID:30408082
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研究论文 | 本研究基于先前在背根神经节（DRG）神经元中描述的神经元亚型分类，鉴定并表征了支配小鼠舌头的三叉神经节（TG）传入神经元的分子和功能组织 | 本研究首次详细描述了支配小鼠舌头的感觉神经元的亚型，并发现了TG和DRG神经元之间的一些差异 | 需要对所有TG以及DRG神经元进行基于组织类型的单细胞测序以进一步研究 | 鉴定和表征支配小鼠舌头的感觉神经元亚型 | 小鼠舌头的感觉神经元 | NA | NA | 免疫组织化学，单细胞PCR | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-09 |
Centrosome aberrations and chromosome instability contribute to tumorigenesis and intra-tumor heterogeneity
2018, Journal of cancer metastasis and treatment
IF:1.4Q4
DOI:10.20517/2394-4722.2018.24
PMID:30381801
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研究论文 | 本文探讨了中心体异常和染色体不稳定在肿瘤发生和肿瘤内异质性中的作用 | 最近研究表明，特定组织中中心体数量或结构异常可在小鼠中引发肿瘤和侵袭 | 中心体异常与癌症的关系一直存在争议，且其在癌症中的作用高度依赖于具体情境 | 研究中心体异常和染色体不稳定在癌症中的作用及其对肿瘤内异质性的影响 | 中心体异常、染色体不稳定、肿瘤内异质性 | NA | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-09 |
Maintenance of human haematopoietic stem and progenitor cells in vitro using a chemical cocktail
2018, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-018-0059-5
PMID:30393564
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研究论文 | 本文研究了使用化学混合物在体外维持和可能扩展人类造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的有效培养条件 | 发现了一种由CHIR-99021、Forskolin和OAC1（CFO）组成的化学组合，能够有效维持人类CD34阳性细胞 | NA | 确定在体外维持和可能扩展人类HSPCs的有效培养条件 | 人类造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | NA | NA | 流式细胞术，集落形成试验，异种移植，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 186种化学物质，人类CD34阳性细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-09 |
An assessment of prognostic immunity markers in breast cancer
2018, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-018-0088-0
PMID:30393759
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研究论文 | 本文评估了肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和免疫基因标记在乳腺癌中的预后价值，并构建了一个包含72个基因的免疫评分面板，用于预测乳腺癌的复发风险。 | 首次将17个免疫基因与TIL的活性状态关联，并构建了一个包含72个基因的免疫评分面板，用于预测乳腺癌的复发风险。 | NA | 评估免疫基因在乳腺癌中的预后价值，并开发一个用于预测乳腺癌复发风险的基因评分模型。 | 乳腺癌患者中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和免疫基因表达。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | Cox模型 | 基因表达数据 | 包括1951名患者的Affymetrix基因表达数据，以及来自Illumina beads array数据METABRIC的1997名患者和TCGA的996名患者的全转录组mRNA-seq数据。 | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-09 |
A Single-Cell Sequencing Guide for Immunologists
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02425
PMID:30405621
|
研究论文 | 本文比较了四种常用的单细胞测序平台在免疫学领域的优势和局限性 | 探讨了不同单细胞测序平台的数据集成方法以及如何使用无偏见的生物信息学方法识别未知单细胞群体 | 未具体说明每种平台的具体局限性 | 帮助免疫学家选择最适合其生物学问题的单细胞测序协议/平台 | 四种常用的单细胞测序平台 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 (scRNA-seq) | NA | 数据集 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-09 |
Assessing Transcriptome Quality in Patch-Seq Datasets
2018, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2018.00363
PMID:30349457
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研究论文 | 本文对五个Patch-seq数据集进行了重新分析，旨在开发评估Patch-seq衍生的单细胞转录组质量的简单标准 | 开发了一种基于标记基因的方法来评分单细胞转录组质量，并提出了质量控制步骤以优化高质量样本的产量 | 技术混杂因素可能限制了Patch-seq衍生单细胞转录组的解释性 | 开发评估Patch-seq衍生的单细胞转录组质量的标准 | 来自小鼠脑切片和人类干细胞衍生的神经元的细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | Patch-seq | NA | 转录组数据 | 五个Patch-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-09 |
Single Cell RNA Sequencing Identifies HSPG2 and APLNR as Markers of Endothelial Cell Injury in Systemic Sclerosis Skin
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02191
PMID:30327649
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在系统性硬化症皮肤中识别与内皮细胞损伤相关的标记物 | 首次通过单细胞RNA测序技术，在系统性硬化症皮肤中识别出与内皮细胞损伤相关的标记物HSPG2和APLNR | 需要进一步的研究来验证这些标记物在系统性硬化症中的具体作用机制 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别与系统性硬化症血管损伤相关的内皮细胞标记物和信号通路 | 系统性硬化症和健康对照皮肤中的内皮细胞 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | t-分布随机邻域嵌入 | RNA | 系统性硬化症和健康对照皮肤中的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-09 |
CaSTLe - Classification of single cells by transfer learning: Harnessing the power of publicly available single cell RNA sequencing experiments to annotate new experiments
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0205499
PMID:30304022
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研究论文 | 本文提出了一种基于迁移学习的单细胞RNA测序数据分类方法CaSTLe，通过利用公开的已标记数据集来注释新的实验数据 | CaSTLe方法通过迁移学习框架，使用XGBoost分类模型和特征工程流程，能够在大多数情况下优于传统的特征选择和分类方法，并具有良好的分类准确性和可扩展性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据分类方法，以克服现有手动标记和流式细胞术方法的局限性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-09 |
Regulatory network characterization in development: challenges and opportunities
2018, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.15271.1
PMID:30271577
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综述 | 本文综述了胚胎发育和干细胞分化过程中基因调控网络（GRNs）的构建及其在谱系决定中的基本机制 | 随着单细胞RNA测序技术的发展，揭示发育和干细胞过程中的GRNs面临新的挑战和前所未有的机遇 | 目前对于动态发育调控的可靠GRN注释知识，尤其是揭示组织干细胞复杂时空结构的知识仍然不足 | 探讨基因调控网络在早期哺乳动物发育和胚胎发生中细胞类型特化过程中的调控本质 | 胚胎发育和干细胞分化过程中的基因调控网络 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-09 |
A Review of Matched-pairs Feature Selection Methods for Gene Expression Data Analysis
2018, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2018.02.005
PMID:30275937
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综述 | 本文综述了针对基因表达数据分析的匹配对特征选择方法 | 介绍了专门为匹配对数据设计的特征选择方法（MPFS），并比较了其在实际数据集上的性能 | 匹配对特征选择方法尚未成熟发展 | 旨在引导和全面展示匹配对特征选择方法，使读者能够轻松理解其特点并选择合适的方法进行分析 | 基因表达数据分析中的特征选择方法 | 生物信息学 | NA | RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-09 |
Experimental Considerations for Single-Cell RNA Sequencing Approaches
2018, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2018.00108
PMID:30234113
|
研究论文 | 本文详细介绍了单细胞RNA测序（scRNAseq）的实验步骤和关键挑战 | 单细胞RNA测序技术使得科学家能够深入研究先前未探索的稀有细胞类型 | 由于scRNAseq的高灵敏度，实验设置和执行需要特别注意 | 探讨单细胞RNA测序技术的实验考虑和挑战 | 单细胞RNA测序的实验流程和数据分析 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-09 |
Single-Cell mRNA Sequencing of the Mouse Brain Vasculature
2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-8712-2_21
PMID:30242769
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研究论文 | 本文描述了一种使用单细胞转录组学分析小鼠大脑血管的方法 | 本文采用了荧光激活细胞分选（FACS）和Smart-Seq2单细胞文库构建方法，以及详细的质量控制步骤 | 单细胞测序技术成本较高 | 研究小鼠大脑血管的单细胞转录组 | 小鼠大脑血管细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | mRNA | 384孔格式细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-09 |
Estimating the frequency of multiplets in single-cell RNA sequencing from cell-mixing experiments
2018, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.5578
PMID:30202659
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研究论文 | 本文通过细胞混合实验估计单细胞RNA测序中多细胞转录组的频率 | 首次推导出在细胞类型不均匀混合情况下，从观察到的纯和混合转录组数量中解析计算多细胞频率的方程 | NA | 研究单细胞RNA测序中多细胞转录组的频率 | 单细胞RNA测序中的多细胞转录组频率 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及两种不同类型的细胞混合 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-09 |
Intra-host Symbiont Diversity and Extended Symbiont Maintenance in Photosymbiotic Acantharea (Clade F)
2018, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2018.01998
PMID:30210473
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研究论文 | 本研究使用单细胞测序方法和高级荧光显微镜技术，探讨了光合共生原生生物中宿主-共生体动态关系，特别是在寡营养亚热带环流中的F类棘球藻。 | 首次展示了F类棘球藻同时宿主多个来自不同属的甲藻，并发现宿主内共生体群落组成与外部自由生活的共生体群落不同，表明这些棘球藻能长期维持共生体。 | NA | 研究光合共生原生生物中的宿主-共生体动态关系及其是否为互惠共生。 | F类棘球藻及其共生体。 | NA | NA | 单细胞测序方法，荧光共聚焦显微镜 | NA | 18S rRNA基因序列 | 单个棘球藻宿主及环境样本 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-09 |
Monocyte Subsets: Phenotypes and Function in Tuberculosis Infection
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.01726
PMID:30105020
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综述 | 本文综述了单核细胞亚群在结核感染中的表型和功能，包括其分类、频率分布、细胞因子谱及其作为生物标志物的作用 | 探讨了单核细胞亚群在结核病中的变化及其对细菌持续性的影响 | NA | 旨在深入理解与结核病发病机制相关的单核细胞亚群的表型和功能特性 | 单核细胞亚群在结核感染中的作用 | NA | 结核病 | 免疫荧光、单细胞RNA测序、全质谱指纹分析 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-09 |
Zuo Gui Wan Alters Expression of Energy Metabolism Genes and Prevents Cell Death in High-Glucose Loaded Mouse Embryos
2018, Evidence-based complementary and alternative medicine : eCAM
DOI:10.1155/2018/2409471
PMID:30046334
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研究论文 | 本研究探讨了中药方剂左归丸对高糖负荷小鼠胚胎细胞死亡的分子机制 | 左归丸能够逆转高糖对核糖体途径基因的抑制作用，并通过调节线粒体能量代谢来防止胚胎细胞死亡 | NA | 理解左归丸对受损葡萄糖耐量（IGT）的分子机制 | 高糖负荷的2细胞期小鼠胚胎 | NA | NA | 单细胞RNA测序技术 | NA | 转录组数据 | 高糖负荷的2细胞期小鼠胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-09 |
Elucidating T Cell Activation-Dependent Mechanisms for Bifurcation of Regulatory and Effector T Cell Differentiation by Multidimensional and Single-Cell Analysis
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.01444
PMID:30061879
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研究论文 | 本研究通过多维度和单细胞分析方法，探讨了T细胞受体（TCR）信号如何调控调节性T细胞（Treg）和效应T细胞（Teff）的分化机制 | 首次揭示了TCR信号在Treg和Teff分化中的作用机制，并利用单细胞组合CCA方法分析了肿瘤浸润T细胞的未注释单细胞RNA-seq数据 | NA | 阐明TCR信号下游的激活机制，以及其如何调控Treg和Teff的分化及成熟过程 | T细胞亚群的转录组 | 免疫学 | NA | 多维度分析方法（CCA）和单细胞组合CCA | NA | RNA-seq数据 | 来自独立数据集的各种T细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |