单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Centrosome aberrations and chromosome instability contribute to tumorigenesis and intra-tumor heterogeneity 2018, Journal of cancer metastasis and treatment IF:1.4Q4 DOI:10.20517/2394-4722.2018.24 PMID:30381801	研究论文	本文探讨了中心体异常和染色体不稳定在肿瘤发生和肿瘤内异质性中的作用	最近研究表明，特定组织中中心体数量或结构异常可在小鼠中引发肿瘤和侵袭	中心体异常与癌症的关系一直存在争议，且其在癌症中的作用高度依赖于具体情境	研究中心体异常和染色体不稳定在癌症中的作用及其对肿瘤内异质性的影响	中心体异常、染色体不稳定、肿瘤内异质性	NA	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
22	2024-08-09	Maintenance of human haematopoietic stem and progenitor cells in vitro using a chemical cocktail 2018, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-018-0059-5 PMID:30393564	研究论文	本文研究了使用化学混合物在体外维持和可能扩展人类造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的有效培养条件	发现了一种由CHIR-99021、Forskolin和OAC1（CFO）组成的化学组合，能够有效维持人类CD34阳性细胞	NA	确定在体外维持和可能扩展人类HSPCs的有效培养条件	人类造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	NA	流式细胞术，集落形成试验，异种移植，单细胞RNA测序	NA	细胞	186种化学物质，人类CD34阳性细胞
23	2024-08-09	An assessment of prognostic immunity markers in breast cancer 2018, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-018-0088-0 PMID:30393759	研究论文	本文评估了肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和免疫基因标记在乳腺癌中的预后价值，并构建了一个包含72个基因的免疫评分面板，用于预测乳腺癌的复发风险。	首次将17个免疫基因与TIL的活性状态关联，并构建了一个包含72个基因的免疫评分面板，用于预测乳腺癌的复发风险。	NA	评估免疫基因在乳腺癌中的预后价值，并开发一个用于预测乳腺癌复发风险的基因评分模型。	乳腺癌患者中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和免疫基因表达。	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	Cox模型	基因表达数据	包括1951名患者的Affymetrix基因表达数据，以及来自Illumina beads array数据METABRIC的1997名患者和TCGA的996名患者的全转录组mRNA-seq数据。
24	2024-08-09	A Single-Cell Sequencing Guide for Immunologists 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.02425 PMID:30405621	研究论文	本文比较了四种常用的单细胞测序平台在免疫学领域的优势和局限性	探讨了不同单细胞测序平台的数据集成方法以及如何使用无偏见的生物信息学方法识别未知单细胞群体	未具体说明每种平台的具体局限性	帮助免疫学家选择最适合其生物学问题的单细胞测序协议/平台	四种常用的单细胞测序平台	免疫学	NA	单细胞测序 (scRNA-seq)	NA	数据集	未具体说明样本数量
25	2024-08-09	Assessing Transcriptome Quality in Patch-Seq Datasets 2018, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2018.00363 PMID:30349457	研究论文	本文对五个Patch-seq数据集进行了重新分析，旨在开发评估Patch-seq衍生的单细胞转录组质量的简单标准	开发了一种基于标记基因的方法来评分单细胞转录组质量，并提出了质量控制步骤以优化高质量样本的产量	技术混杂因素可能限制了Patch-seq衍生单细胞转录组的解释性	开发评估Patch-seq衍生的单细胞转录组质量的标准	来自小鼠脑切片和人类干细胞衍生的神经元的细胞	单细胞RNA测序	NA	Patch-seq	NA	转录组数据	五个Patch-seq数据集
26	2024-08-09	Single Cell RNA Sequencing Identifies HSPG2 and APLNR as Markers of Endothelial Cell Injury in Systemic Sclerosis Skin 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.02191 PMID:30327649	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在系统性硬化症皮肤中识别与内皮细胞损伤相关的标记物	首次通过单细胞RNA测序技术，在系统性硬化症皮肤中识别出与内皮细胞损伤相关的标记物HSPG2和APLNR	需要进一步的研究来验证这些标记物在系统性硬化症中的具体作用机制	旨在通过单细胞RNA测序技术识别与系统性硬化症血管损伤相关的内皮细胞标记物和信号通路	系统性硬化症和健康对照皮肤中的内皮细胞	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入	RNA	系统性硬化症和健康对照皮肤中的细胞
27	2024-08-09	CaSTLe - Classification of single cells by transfer learning: Harnessing the power of publicly available single cell RNA sequencing experiments to annotate new experiments 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0205499 PMID:30304022	研究论文	本文提出了一种基于迁移学习的单细胞RNA测序数据分类方法CaSTLe，通过利用公开的已标记数据集来注释新的实验数据	CaSTLe方法通过迁移学习框架，使用XGBoost分类模型和特征工程流程，能够在大多数情况下优于传统的特征选择和分类方法，并具有良好的分类准确性和可扩展性	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据分类方法，以克服现有手动标记和流式细胞术方法的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	XGBoost	基因表达数据	NA
28	2024-08-09	Regulatory network characterization in development: challenges and opportunities 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15271.1 PMID:30271577	综述	本文综述了胚胎发育和干细胞分化过程中基因调控网络（GRNs）的构建及其在谱系决定中的基本机制	随着单细胞RNA测序技术的发展，揭示发育和干细胞过程中的GRNs面临新的挑战和前所未有的机遇	目前对于动态发育调控的可靠GRN注释知识，尤其是揭示组织干细胞复杂时空结构的知识仍然不足	探讨基因调控网络在早期哺乳动物发育和胚胎发生中细胞类型特化过程中的调控本质	胚胎发育和干细胞分化过程中的基因调控网络	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
29	2024-08-09	A Review of Matched-pairs Feature Selection Methods for Gene Expression Data Analysis 2018, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2018.02.005 PMID:30275937	综述	本文综述了针对基因表达数据分析的匹配对特征选择方法	介绍了专门为匹配对数据设计的特征选择方法（MPFS），并比较了其在实际数据集上的性能	匹配对特征选择方法尚未成熟发展	旨在引导和全面展示匹配对特征选择方法，使读者能够轻松理解其特点并选择合适的方法进行分析	基因表达数据分析中的特征选择方法	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个真实数据集
30	2024-08-09	Experimental Considerations for Single-Cell RNA Sequencing Approaches 2018, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2018.00108 PMID:30234113	研究论文	本文详细介绍了单细胞RNA测序（scRNAseq）的实验步骤和关键挑战	单细胞RNA测序技术使得科学家能够深入研究先前未探索的稀有细胞类型	由于scRNAseq的高灵敏度，实验设置和执行需要特别注意	探讨单细胞RNA测序技术的实验考虑和挑战	单细胞RNA测序的实验流程和数据分析	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
31	2024-08-09	Single-Cell mRNA Sequencing of the Mouse Brain Vasculature 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-8712-2_21 PMID:30242769	研究论文	本文描述了一种使用单细胞转录组学分析小鼠大脑血管的方法	本文采用了荧光激活细胞分选（FACS）和Smart-Seq2单细胞文库构建方法，以及详细的质量控制步骤	单细胞测序技术成本较高	研究小鼠大脑血管的单细胞转录组	小鼠大脑血管细胞	数字病理学	NA	单细胞mRNA测序	NA	mRNA	384孔格式细胞
32	2024-08-09	Estimating the frequency of multiplets in single-cell RNA sequencing from cell-mixing experiments 2018, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.5578 PMID:30202659	研究论文	本文通过细胞混合实验估计单细胞RNA测序中多细胞转录组的频率	首次推导出在细胞类型不均匀混合情况下，从观察到的纯和混合转录组数量中解析计算多细胞频率的方程	NA	研究单细胞RNA测序中多细胞转录组的频率	单细胞RNA测序中的多细胞转录组频率	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及两种不同类型的细胞混合
33	2024-08-09	Intra-host Symbiont Diversity and Extended Symbiont Maintenance in Photosymbiotic Acantharea (Clade F) 2018, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2018.01998 PMID:30210473	研究论文	本研究使用单细胞测序方法和高级荧光显微镜技术，探讨了光合共生原生生物中宿主-共生体动态关系，特别是在寡营养亚热带环流中的F类棘球藻。	首次展示了F类棘球藻同时宿主多个来自不同属的甲藻，并发现宿主内共生体群落组成与外部自由生活的共生体群落不同，表明这些棘球藻能长期维持共生体。	NA	研究光合共生原生生物中的宿主-共生体动态关系及其是否为互惠共生。	F类棘球藻及其共生体。	NA	NA	单细胞测序方法，荧光共聚焦显微镜	NA	18S rRNA基因序列	单个棘球藻宿主及环境样本
34	2024-08-09	Monocyte Subsets: Phenotypes and Function in Tuberculosis Infection 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.01726 PMID:30105020	综述	本文综述了单核细胞亚群在结核感染中的表型和功能，包括其分类、频率分布、细胞因子谱及其作为生物标志物的作用	探讨了单核细胞亚群在结核病中的变化及其对细菌持续性的影响	NA	旨在深入理解与结核病发病机制相关的单核细胞亚群的表型和功能特性	单核细胞亚群在结核感染中的作用	NA	结核病	免疫荧光、单细胞RNA测序、全质谱指纹分析	NA	RNA	NA
35	2024-08-09	Zuo Gui Wan Alters Expression of Energy Metabolism Genes and Prevents Cell Death in High-Glucose Loaded Mouse Embryos 2018, Evidence-based complementary and alternative medicine : eCAM DOI:10.1155/2018/2409471 PMID:30046334	研究论文	本研究探讨了中药方剂左归丸对高糖负荷小鼠胚胎细胞死亡的分子机制	左归丸能够逆转高糖对核糖体途径基因的抑制作用，并通过调节线粒体能量代谢来防止胚胎细胞死亡	NA	理解左归丸对受损葡萄糖耐量（IGT）的分子机制	高糖负荷的2细胞期小鼠胚胎	NA	NA	单细胞RNA测序技术	NA	转录组数据	高糖负荷的2细胞期小鼠胚胎
36	2024-08-09	Elucidating T Cell Activation-Dependent Mechanisms for Bifurcation of Regulatory and Effector T Cell Differentiation by Multidimensional and Single-Cell Analysis 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.01444 PMID:30061879	研究论文	本研究通过多维度和单细胞分析方法，探讨了T细胞受体（TCR）信号如何调控调节性T细胞（Treg）和效应T细胞（Teff）的分化机制	首次揭示了TCR信号在Treg和Teff分化中的作用机制，并利用单细胞组合CCA方法分析了肿瘤浸润T细胞的未注释单细胞RNA-seq数据	NA	阐明TCR信号下游的激活机制，以及其如何调控Treg和Teff的分化及成熟过程	T细胞亚群的转录组	免疫学	NA	多维度分析方法（CCA）和单细胞组合CCA	NA	RNA-seq数据	来自独立数据集的各种T细胞亚群
37	2024-08-09	Single Cell RNA Sequencing of Rare Immune Cell Populations 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.01553 PMID:30022984	研究论文	本文描述了采用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术研究罕见免疫细胞在其微解剖生态位中的经验	scRNA-Seq技术的发展使得能够识别和表征以往在群体分析中常被忽视的罕见细胞类型，揭示了免疫系统的异质性和可塑性	NA	探索和表征罕见免疫细胞类型及其在免疫系统中的作用	罕见免疫细胞及其微解剖生态位	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	具体样本数量未提及
38	2024-08-09	netSmooth: Network-smoothing based imputation for single cell RNA-seq 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.13511.3 PMID:29511531	研究论文	本文介绍了一种基于网络扩散的方法netSmooth，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的基因表达值平滑处理	netSmooth利用基因表达谱的协方差结构先验知识，改善了scRNA-seq实验的聚类结果	NA	旨在解决scRNA-seq实验中的技术偏差问题，如丢失值和高方差	单细胞RNA测序实验中的基因表达数据	数字病理学	NA	RNA-seq	网络扩散模型	基因表达数据	涉及不同细胞群体、时间序列实验和癌症基因组学的scRNA-seq实验
39	2024-08-09	A Guide to Single-Cell Transcriptomics in Adult Rodent Brain: The Medium Spiny Neuron Transcriptome Revisited 2018, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2018.00159 PMID:29970990	研究论文	本文分析并简化了从大脑中进行单细胞分离的关键步骤方法，并使用中棘神经元（MSN）作为示例展示了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据。	本文通过标准化单细胞分离的重要步骤，提高了数据的比较性，并通过高分辨率的单细胞测序重新定义了MSN的转录组。	NA	旨在通过单细胞转录组学技术深入理解大脑的细胞复杂性，并标准化单细胞分离技术以提高数据的可比性。	中棘神经元（MSN）及其亚型，特别是表达D1和D2多巴胺受体的MSN亚型。	数字病理学	精神疾病，神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未明确提及
40	2024-08-09	Single-Cell Non-coding RNA in Embryonic Development 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_3 PMID:29943293	研究论文	本文关注单细胞非编码RNA在胚胎发育中的表达及其作用	采用单细胞RNA测序技术检测胚胎发育过程中非编码RNA的表达	NA	探讨非编码RNA在胚胎发育中的调控作用	非编码RNA如长非编码RNA、微小RNA、环状RNA、小核仁RNA和Piwi相互作用RNA	基因表达调控	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA