单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-15	Single-cell RNA sequencing of the mammalian pineal gland identifies two pinealocyte subtypes and cell type-specific daily patterns of gene expression 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0205883 PMID:30347410	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了大鼠松果体转录组，识别出两种松果体细胞亚型，并揭示了细胞类型特异性的每日基因表达模式	首次通过单细胞RNA测序技术识别出大鼠松果体中的两种松果体细胞亚型，并揭示了细胞类型特异性的每日基因表达模式	研究仅限于大鼠松果体，结果可能不适用于其他物种	通过单细胞RNA测序技术分析大鼠松果体细胞的组成及其基因表达的每日变化模式	大鼠松果体细胞及其基因表达模式	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约17,000个松果体细胞
2	2024-08-05	Single-cell analysis of experience-dependent transcriptomic states in the mouse visual cortex 2018-01, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-017-0029-5 PMID:29230054	研究论文	本文探讨了小鼠视觉皮层中经历依赖的转录组状态的单细胞分析	识别了30种细胞类型中显著且不同的刺激响应，揭示了611个刺激响应基因	尚缺乏对所有皮层细胞类型转录响应多样性的全面理解	研究小鼠视觉皮层在光照刺激后的转录变化	小鼠视觉皮层中的不同细胞类型	数字病理学	发育性脑障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	30种细胞类型
3	2024-08-07	Bloody Zebrafish: Novel Methods in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2018.00124 PMID:30374440	研究论文	本文讨论了斑马鱼模型在生理和病理造血研究中的应用，以及新技术如何改变该领域的理解	介绍了斑马鱼模型在造血研究中的新应用，以及单细胞转录组分析、表观遗传调控、蛋白质组学、代谢组学和大数据处理等新技术的使用	NA	探讨斑马鱼模型在生理和病理造血研究中的益处以及新技术的影响	斑马鱼模型及其在造血研究中的应用	数字病理学	恶性血液病	单细胞转录组分析、表观遗传调控、蛋白质组学、代谢组学	NA	大数据集	NA
4	2024-08-07	The Evolution of Gene-Specific Transcriptional Noise Is Driven by Selection at the Pathway Level 2018-01, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1534/genetics.117.300467 PMID:29097405	研究论文	本文利用单细胞转录组数据研究了家鼠基因特异性转录噪声的进化驱动力	首次揭示了生物途径层面的自然选择对基因特异性转录噪声的影响	NA	探讨基因特异性转录噪声的进化驱动力	家鼠的单细胞转录组	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
5	2024-08-07	Bringing Renal Biopsy Interpretation Into the Molecular Age With Single-Cell RNA Sequencing 2018-01, Seminars in nephrology IF:2.8Q2 DOI:10.1016/j.semnephrol.2017.09.005 PMID:29291760	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肾活检解释中的应用及其对肾脏疾病研究的影响	单细胞RNA测序技术能够同时测量数千个单细胞中的数千个基因表达，为全面描述人类肾脏疾病提供了新的视角	NA	探讨单细胞RNA测序技术在肾活检中的应用及其对肾脏疾病理解的潜在影响	肾活检样本及其在急性肾损伤、慢性肾脏病和同种异体移植功能障碍中的应用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞基因表达数据	NA
6	2024-08-07	The European Bioinformatics Institute in 2017: data coordination and integration 2018-01-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx1154 PMID:29186510	research paper	本文介绍了欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）在2017年如何通过提供开放数据、开源软件和分析工具以及技术基础设施来支持全球生命科学研究，并整合日益多样化的数据类型	EMBL-EBI通过整合高质量的生物成像、生物银行和其他类型的分子数据，以及参与Open Targets、植物表型标准（MIAPPE）和人类细胞图谱数据协调平台等项目，展示了其在数据整合和服务开发方面的深入参与	NA	支持全球生命科学研究，整合多样化数据类型，以便各学科的生物学家能够更详细地探索生命	EMBL-EBI提供的开放数据、开源软件、分析工具和技术基础设施	生物信息学	NA	细胞成像和单细胞测序技术	NA	高维数据	数据存储量在不到两年内翻倍至120PB
7	2024-08-07	Patch-Seq Protocol to Analyze the Electrophysiology, Morphology and Transcriptome of Whole Single Neurons Derived From Human Pluripotent Stem Cells 2018, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2018.00261 PMID:30147644	研究论文	本文介绍了一种名为Patch-seq的新方法，结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、膜片钳电生理记录和形态学分析，用于全面分析从人多能干细胞衍生的单个神经元的电生理、形态和转录组特征。	Patch-seq方法的创新之处在于它能够同时进行多模态的神经元分析，揭示功能特性、形态和基因表达之间的联系。	NA	研究目的是通过Patch-seq方法深入剖析神经元的类型和状态，揭示人类神经多样性的分子基础，并探索脑部疾病的细胞机制。	研究对象是从人胚胎和诱导多能干细胞（ESCs/iPSCs）衍生的单个神经元。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	研究中使用了从健康受试者衍生的胚胎和诱导多能干细胞（ESCs/iPSCs）衍生的神经元。
8	2024-08-07	Maturing Human CD127+ CCR7+ PDL1+ Dendritic Cells Express AIRE in the Absence of Tissue Restricted Antigens 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.02902 PMID:30692988	研究论文	本研究在人类扁桃体中鉴定出表达AIRE的细胞，并通过流式细胞术、CyTOF和单细胞RNA测序对其进行了详细分析	发现AIRE在人体外周表达并不与组织限制性抗原（TRAs）的丰富表达相关，这一意外发现可能解释了缺乏功能性AIRE的APECED患者的非自身免疫症状	NA	鉴定并分析人体中表达AIRE的细胞来源及其功能	人类扁桃体中的AIRE+树突状细胞（DCs）	免疫学	NA	流式细胞术，CyTOF，单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
9	2024-08-07	Precursors of human CD4+ cytotoxic T lymphocytes identified by single-cell transcriptome analysis 2018-01-19, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aan8664 PMID:29352091	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了人类CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CD4-CTL）的异质性、转录谱和克隆性	首次在人类中识别出CD4-CTL前体细胞群体，并探讨了其与CD4-CTL效应细胞的关系	NA	研究CD4-CTL的生物学特性及其在人类中的生成机制	人类CD4+细胞毒性T淋巴细胞及其前体细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过9000个细胞
10	2024-08-09	A systematic performance evaluation of clustering methods for single-cell RNA-seq data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15666.3 PMID:30271584	研究论文	本文对14种基于不同算法的聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能进行了系统且可扩展的评估	首次系统评估了多种聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，并探讨了共识聚类的效果	评估主要基于公开的单细胞RNA-seq数据集和模拟数据，可能未涵盖所有可能的数据情况	评估不同聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，以识别最优方法	14种聚类算法在单细胞RNA-seq数据上的性能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	单细胞RNA-seq数据	使用了九个公开的单细胞RNA-seq数据集以及三个模拟数据集
11	2024-08-09	An accessible, interactive GenePattern Notebook for analysis and exploration of single-cell transcriptomic data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15830.2 PMID:31316748	研究论文	本文介绍了一种交互式GenePattern Notebook，用于单细胞转录组数据的分析和探索，无需编程知识	提供了一个易于使用的界面，使得非编程用户也能进行单细胞RNA测序数据的分析	NA	开发一种无需编程的工具，以便更广泛的用户群体能够分析单细胞转录组数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
12	2024-08-09	scClustViz - Single-cell RNAseq cluster assessment and visualization 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.16198.2 PMID:31016009	研究论文	本文介绍了一种名为scClustViz的R Shiny软件工具，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的聚类评估和可视化	scClustViz提供了一个简单的交互式图形用户界面，用于探索scRNAseq数据并评估聚类结果的生物学相关性	NA	开发一种工具，用于评估和可视化单细胞RNA测序数据的聚类结果	单细胞RNA测序数据及其聚类结果的生物学相关性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	数千个单个细胞
13	2024-08-09	False signals induced by single-cell imputation 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.16613.2 PMID:30906525	研究论文	本文评估了使用六种不同方法进行单细胞RNA测序数据插补时产生假阳性或不可重复差异表达的风险	首次系统评估了不同插补方法在单细胞RNA测序数据中引入假阳性的程度，并提出了减少这些影响的策略	所有插补方法都降低了细胞类型特异性标记的可重复性，尽管可以通过选择具有较大效应量和显著性的标记来缓解	评估单细胞RNA测序数据插补方法的可靠性和潜在风险	单细胞RNA测序数据的插补方法及其对基因表达分析的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种模拟数据集和真实单细胞RNA测序数据集
14	2024-08-09	Comparison of SureSelect and Nextera Exome Capture Performance in Single-Cell Sequencing 2018, Human heredity IF:1.1Q4 DOI:10.1159/000490506 PMID:30669152	研究论文	本研究比较了Agilent SureSelectXT Target Enrichment System与Nextera rapid capture在单细胞全外显子测序中的性能	首次详细比较了两种不同外显子捕获试剂盒在单细胞全外显子测序中的性能	研究样本数量有限，仅基于12个高产量细胞进行分析	评估不同外显子捕获试剂盒在单细胞全外显子测序中的性能	从黑色素瘤样本中分离的192个单细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞全外显子测序	NA	DNA	192个单细胞
15	2024-08-09	Comparison of clustering tools in R for medium-sized 10x Genomics single-cell RNA-sequencing data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15809.2 PMID:30228881	研究论文	本文比较了R语言中多种聚类工具对中等规模的10x Genomics单细胞RNA测序数据的性能	首次系统地评估了多种聚类方法在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的准确性、运行时间和鲁棒性	研究结果表明不同方法的聚类结果差异较大，选择合适的聚类工具对数据解读至关重要	评估不同聚类工具在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的性能	10x Genomics单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类方法	基因表达数据	包括一个黄金标准数据集和多个白银标准数据集
16	2024-08-09	Technical Advances in Single-Cell RNA Sequencing and Applications in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2018.00582 PMID:30581771	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在正常和恶性造血中的最新进展及其应用	scRNA-seq技术的发展改变了我们对许多生物现象的理解，包括器官发育和癌症发生	NA	旨在进一步理解造血层次结构，并阐明个性化治疗和精准医学方法在临床治疗血液恶性肿瘤中的应用	正常和恶性造血细胞	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
17	2024-08-09	Single-nucleus and single-cell transcriptomes compared in matched cortical cell types 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0209648 PMID:30586455	研究论文	本文比较了单核和单细胞转录组在匹配的皮质细胞类型中的应用	证明了单核RNA测序（snRNA-seq）在分析复杂组织转录组时相较于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的优势，包括更少的细胞偏倚覆盖、不受细胞分离导致的转录伪影影响，以及可应用于冷冻存档样本	NA	比较单核和单细胞转录组在识别细胞类型方面的效果	小鼠视觉皮质的细胞类型	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠视觉皮质样本
18	2024-08-09	Exploiting antigen receptor information to quantify index switching in single-cell transcriptome sequencing experiments 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0208484 PMID:30517183	研究论文	本文利用免疫细胞上抗原受体的多样性和高度细胞特异性表达，量化了单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	采用排除扩增（ExAmp）与HiSeq 3000/HiSeq 4000/HiSeq X测序系统的图案化流动池技术相结合，量化了索引切换的发生率	未检测到某些索引比其他索引更容易切换的一致模式，表明索引切换是一个随机过程	量化单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	单细胞RNA-seq数据中的索引切换	下一代测序	NA	单细胞RNA测序	NA	序列数据	55个不同孔的数据
19	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics in Cancer Immunobiology: The Future of Precision Oncology 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.02582 PMID:30483257	综述	本文综述了单细胞转录组学在癌症免疫生物学中的应用，特别是单细胞RNA测序技术在解析肿瘤异质性和罕见细胞群体中的作用	单细胞RNA测序技术能够无偏倚地研究数千个肿瘤细胞，并针对肿瘤中的罕见群体进行研究，有助于发现传统批量转录组分析中遗漏的细胞类型和途径	目前单细胞水平上研究癌症仍面临挑战，包括技术上的限制和现有方法的改进需求	探讨单细胞RNA测序技术在癌症免疫生物学中的应用，以及其在精准肿瘤治疗中的潜力	研究肿瘤微环境中的免疫系统及其在癌症免疫耐受中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	数千个肿瘤细胞
20	2024-08-09	Characterization of sensory neuronal subtypes innervating mouse tongue 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0207069 PMID:30408082	研究论文	本研究基于先前在背根神经节（DRG）神经元中描述的神经元亚型分类，鉴定并表征了支配小鼠舌头的三叉神经节（TG）传入神经元的分子和功能组织	本研究首次详细描述了支配小鼠舌头的感觉神经元的亚型，并发现了TG和DRG神经元之间的一些差异	需要对所有TG以及DRG神经元进行基于组织类型的单细胞测序以进一步研究	鉴定和表征支配小鼠舌头的感觉神经元亚型	小鼠舌头的感觉神经元	NA	NA	免疫组织化学，单细胞PCR	NA	NA	NA