单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Somatic Mutations Activating the mTOR Pathway in Dorsal Telencephalic Progenitors Cause a Continuum of Cortical Dysplasias 2017-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.11.106 PMID:29281825	研究论文	本文探讨了在背侧端脑祖细胞中激活mTOR通路的体细胞突变导致皮层发育不良的连续性。	本研究揭示了mTOR通路基因突变导致的局灶性皮层发育不良和半侧脑巨头症之间的连续性，并且确认了特定神经元谱系中激活mTOR的机制。	样本数量相对有限，仅涵盖66个病例，可能影响结果的普遍适用性。	研究mTOR通路突变在神经发育缺陷中的作用，特别是在皮层发育不良和半侧脑巨头症中的作用。	研究对象为局灶性皮层发育不良和半侧脑巨头症脑组织中的mTOR通路基因变异。	数字病理	NA	深度测序	小鼠模型	脑组织样本	66个病例
2	2024-08-05	Dissecting Cell-Type Composition and Activity-Dependent Transcriptional State in Mammalian Brains by Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq 2017-Dec-07, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.11.017 PMID:29220646	研究论文	本文提出了一种新的单核RNA测序方法，可以有效地分析成年哺乳动物大脑中的细胞类型组成和活性依赖的转录状态	创新点在于结合了蔗糖梯度纯化和液滴微流体技术，开发出无酶解和无核Sorting的高通量单核RNA-seq方法	研究未提及样本来源的具体多样性和可能的生物学变异性	研究成年哺乳动物大脑中细胞多样性及其活性依赖的转录状态	成年小鼠皮层组织中的约18,000个细胞核	数字病理学	NA	单核RNA-seq	NA	RNA数据	约18,000个细胞核
3	2024-08-07	Granatum: a graphical single-cell RNA-Seq analysis pipeline for genomics scientists 2017-Dec-05, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-017-0492-3 PMID:29202807	研究论文	本文介绍了Granatum，一个基于网络的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析管道，旨在使分析过程更广泛地适用于研究人员	Granatum通过提供一个易于使用的图形界面，使没有编程技能的实验室科学家也能进行scRNA-Seq数据分析	NA	开发一个用户友好的scRNA-Seq数据分析工具，以促进单细胞RNA测序技术的广泛应用	单细胞RNA测序数据分析	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
4	2024-08-07	The promise of single-cell RNA sequencing for kidney disease investigation 2017-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2017.06.033 PMID:28893418	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展及其在肾脏疾病研究中的应用前景	scRNA-seq技术能够在细胞分辨率下生成大量转录组数据，有助于发现新的细胞类型、状态和动态变化	scRNA-seq数据分析存在计算挑战，且现有软件工具需进一步优化	探讨scRNA-seq技术在肾脏发育和疾病研究中的应用潜力	单细胞RNA测序技术及其在肾脏疾病研究中的应用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
5	2024-08-07	Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing 2017-12-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02001-5 PMID:29225342	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了四个发育阶段的乳腺上皮细胞（MECs）的基因表达谱	研究提出了乳腺上皮细胞应被视为连续分化谱系的一部分，并支持存在一个共同的腔内祖细胞	NA	揭示乳腺上皮细胞的分化动态及其在成人发育中的调控机制	乳腺上皮细胞在不同发育阶段的分化动态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	23,184个细胞
6	2024-08-07	Antibody Tumor Targeting Is Enhanced by CD27 Agonists through Myeloid Recruitment 2017-Dec-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2017.11.001 PMID:29198913	研究论文	研究探讨了通过CD27激动剂增强抗体肿瘤靶向性的治疗潜力	首次证明结合直接肿瘤靶向单克隆抗体与免疫调节单克隆抗体可以提供治愈效果，特别是在淋巴瘤模型中	NA	研究结合直接肿瘤靶向单克隆抗体与免疫调节单克隆抗体的治疗潜力	淋巴瘤模型中的肿瘤治疗效果	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括huCD27转基因小鼠在内的多个淋巴瘤模型
7	2024-08-09	Developmental Emergence of Adult Neural Stem Cells as Revealed by Single-Cell Transcriptional Profiling 2017-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.12.017 PMID:29281841	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析胚胎期小鼠大脑皮层，以揭示成年神经干细胞的起源和发展	首次通过单细胞转录组分析揭示了成年神经干细胞从胚胎前体细胞到成年的转录身份维持过程	NA	探讨成年神经干细胞的起源和发展过程	胚胎期小鼠大脑皮层的细胞类型及其转录特征	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个发育时间点的胚胎小鼠大脑皮层样本
8	2024-08-09	Single-cell RNA-seq study determines the ontogeny of macrophages in glioblastomas 2017-Dec-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1375-z PMID:29262851	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序分析，揭示了胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在复杂肿瘤微环境中的新作用和新生物标志物	本文通过单细胞RNA测序技术，首次详细揭示了胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在肿瘤微环境中的新作用	NA	研究胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在肿瘤微环境中的作用	胶质瘤相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	大规模样本
9	2024-08-09	Integrated Bayesian analysis of rare exonic variants to identify risk genes for schizophrenia and neurodevelopmental disorders 2017-Dec-20, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-017-0497-y PMID:29262854	研究论文	本文通过集成贝叶斯分析罕见外显子变异，识别了精神分裂症和神经发育障碍的风险基因	本文扩展了用于自闭症研究的流程，并应用于推断精神分裂症和四种神经发育障碍的罕见遗传参数	NA	识别精神分裂症和神经发育障碍的风险基因	精神分裂症和神经发育障碍的风险基因	遗传学	神经发育障碍	贝叶斯建模	贝叶斯模型	全外显子序列数据	精神分裂症数据包括1,077个三联体家庭、6,699个病例和13,028个对照；四种神经发育障碍数据包括10,792个三联体家庭和4,058个病例和对照
10	2024-08-09	[Study on the spatial expression of trophectoderm cells in human embryonic prenatal blastocysts] 2017-Dec-18, Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences PMID:29263466	研究论文	本研究探讨了人类胚胎前卵泡期囊胚中滋养层细胞的空间表达	首次确定了从人类囊胚中分离出的极性和壁滋养层细胞的全局基因表达模式	NA	研究人类胚胎前卵泡期囊胚中滋养层细胞的空间表达	人类胚胎前卵泡期囊胚中的滋养层细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了来自辅助生殖技术的Gardner评分5AA囊胚，采集于受精后第6天
11	2024-08-09	A Single-Cell RNA Sequencing Study Reveals Cellular and Molecular Dynamics of the Hippocampal Neurogenic Niche 2017-Dec-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.11.050 PMID:29241552	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究，揭示了海马神经发生微环境的细胞和分子动力学	本文通过单细胞RNA测序技术，全面描述了齿状回细胞，并识别了独特的细胞类型特异性标记，定义了神经干细胞（NSC）和前体细胞的发展阶段及转录动力学	NA	全面理解成年神经发生	神经干细胞（NSC）和前体细胞的发展阶段、分子决定因素以及微环境的细胞和分子组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	所有非神经细胞群体
12	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals intrinsic and extrinsic regulatory heterogeneity in yeast responding to stress 2017-12, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2004050 PMID:29240790	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在盐胁迫下和无胁迫条件下，单个酿酒酵母细胞的转录异质性，并探讨了影响应激响应转录组的细胞协变量	本研究揭示了酵母细胞在应激前后的显著调控变异，并发现部分细胞在一定程度上解耦了核糖体蛋白基因表达与环境应激反应，这与细胞周期有关但与酵母超日代谢周期无关	NA	探究同源细胞群体中个体细胞在应激耐受性上的显著变异及其本质	酿酒酵母细胞在盐胁迫下的转录异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个酿酒酵母细胞
13	2024-08-09	Spatial reconstruction of immune niches by combining photoactivatable reporters and scRNA-seq 2017-12-22, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aao4277 PMID:29217582	研究论文	本文开发了一种名为NICHE-seq的方法，结合光激活荧光报告基因、双光子显微镜和单细胞RNA测序，用于推断细胞和分子组成的微环境	NICHE-seq方法能够高度重现空间组织重建，识别特定微环境的稀有免疫亚群和基因程序	NA	阐明细胞类型及其分子途径的高阶空间组织	免疫细胞网络的高阶组装	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	图像	包括感染的B细胞滤泡中的自然杀伤细胞和脾脏及肿瘤中的不同骨髓状态
14	2024-08-09	Estimation of immune cell content in tumour tissue using single-cell RNA-seq data 2017-12-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02289-3 PMID:29230012	研究论文	本文通过数学解卷积方法，利用肿瘤来源的单细胞RNA测序数据中的指示特异性和细胞类型特异的参考基因表达谱（RGEPs），深入分析了如何从批量基因表达数据中推导出实体肿瘤的细胞组成	本文证明了肿瘤来源的RGEPs对于成功解卷积至关重要，而外周血的RGEPs是不够的	NA	预测患者对免疫治疗的反应	实体肿瘤的免疫细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15	2024-08-09	scRNASeqDB: A Database for RNA-Seq Based Gene Expression Profiles in Human Single Cells 2017-Dec-05, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes8120368 PMID:29206167	research paper	本文介绍了scRNASeqDB数据库，该数据库收集并整理了几乎所有目前可用的人类单细胞转录组数据集，涵盖200种人类细胞系或细胞类型及13,440个样本	scRNASeqDB是首个能够全面收集、整理和比较人类单细胞RNA测序数据表达特征的数据库	NA	构建一个全面的人类单细胞RNA测序数据表达特征数据库	人类单细胞转录组数据集	natural language processing	NA	scRNA-Seq	NA	text	涵盖200种人类细胞系或细胞类型及13,440个样本
16	2024-08-09	Transcriptional Noise and Somatic Mutations in the Aging Pancreas 2017-12-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2017.11.009 PMID:29211979	研究论文	研究探讨了胰腺β细胞异质性的潜在机制及其功能意义	通过单细胞RNA测序技术揭示了随着年龄增长，胰腺细胞转录噪声增加和体细胞突变积累的现象	NA	探讨胰腺β细胞异质性的机制及其功能意义	人类胰腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
17	2024-08-09	High-Resolution Single-Cell Sequencing of Malaria Parasites 2017-12-01, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evx256 PMID:29220419	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的单细胞测序方法，用于分析恶性疟原虫的多重感染	通过荧光激活细胞分选和全基因组测序，实现了对恶性疟原虫基因组的高效、近完整捕获	NA	旨在理解恶性疟原虫感染的复杂性	恶性疟原虫的单细胞基因组	基因组学	疟疾	单细胞测序	NA	基因组数据	48个单细胞基因组
18	2024-08-09	Synaptic and peptidergic connectome of a neurosecretory center in the annelid brain 2017-12-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26349 PMID:29199953	研究论文	本研究利用透射电子显微镜和基因表达图谱分析了海洋环节动物幼体脑中神经分泌中心的突触和肽能连接组	首次重建了78个神经分泌神经元，并绘制了它们在脑中的突触连接，揭示了神经分泌中心内广泛的肽能信号网络及其与突触脑的连接	NA	理解动物脑中神经分泌中心的功能	神经分泌中心的细胞类型、突触和肽能网络	神经科学	NA	透射电子显微镜、基因表达图谱	NA	单细胞转录组数据	78个神经分泌神经元
19	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of avian neural crest migration reveals signatures of invasion and molecular transitions 2017-12-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.28415 PMID:29199959	研究论文	本文首次对鸡胚中颅神经嵴细胞迁移的三个进展阶段进行了单细胞转录组分析，并确定了细胞位置与时间特异性转录特征之间的层次关系	发现了神经嵴细胞中最具侵袭性的Trailblazer细胞的新转录特征，并揭示了神经嵴细胞迁移流中的分子多样性和动态变化	基因敲降实验显示对总迁移距离的影响较小，且在体内表达分析中发现了某些盐和胡椒模式	探究神经嵴细胞如何在胚胎中以定向和集体的方式迁移	鸡胚中的颅神经嵴细胞	分子生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约900个基因
20	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq analysis reveals dynamic trajectories during mouse liver development 2017-Dec-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4342-x PMID:29202695	研究论文	本研究利用无标记单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肝脏发育过程中胎儿肝脏干细胞/祖细胞（LSPCs）的转录组动态变化	采用无标记单细胞RNA测序技术，揭示了LSPCs在发育过程中的动态轨迹，并提供了新的生物标志物评估和预测方法	NA	探究小鼠肝脏发育过程中LSPCs的分化和成熟轨迹	小鼠肝脏发育过程中的LSPCs	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	507个细胞从胚胎第11.5天到出生后第2.5天的七个阶段随机选择，以及52个出生后第3.25天的小鼠肝脏Epcam阳性胆管细胞