单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Neuromedin B Expression Defines the Mouse Retrotrapezoid Nucleus 2017-11-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2055-17.2017 PMID:29066557	研究论文	本文通过多重杂交和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠延髓旁面部区域的RTN神经元的表型多样性，发现Neuromedin B mRNA可以作为RTN神经元的单一特异性标记物。	本文首次证明了Neuromedin B mRNA可以作为小鼠RTN神经元的单一特异性标记物，并揭示了RTN神经元的表型多样性。	本文主要集中在小鼠模型上，未涉及其他物种，且对于高表达Neuromedin B mRNA的RTN神经元的功能尚未明确。	研究小鼠RTN神经元的表型多样性及其特异性标记物。	小鼠RTN神经元及其表型多样性。	神经科学	NA	单细胞RNA测序，多重杂交	NA	RNA	雄性和雌性小鼠
22	2024-08-09	Accounting for technical noise in differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data 2017-Nov-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx754 PMID:29036714	研究论文	本文提出了一种名为TASC的统计框架，用于在单细胞RNA测序数据中考虑细胞间的技术差异，以准确估计基因的生物学变异并检测差异表达基因	TASC框架采用经验贝叶斯方法，通过使用外部RNA spike-ins可靠地建模细胞特异性dropout率和放大偏差，并能调整协变量以进一步消除细胞大小和细胞周期差异带来的混杂影响	NA	开发一种方法来调整单细胞RNA测序数据中的技术噪声，以提高差异表达分析的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的技术噪声和差异表达基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	分层混合模型	RNA测序数据	NA
23	2024-08-09	Single-cell gene expression analysis reveals regulators of distinct cell subpopulations among developing human neurons 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.223313.117 PMID:29030469	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了发育中的人类神经元的基因表达，揭示了神经前体细胞亚型的调控机制	本研究采用无监督的高分辨率策略，识别细胞发育的分支点，追踪亚群的随机转录动力学，阐明调控网络，并发现关键调控因子	NA	揭示个体人类神经前体细胞分化为成熟神经元的随机动力学和调控机制	发育中的人类神经元及其神经前体细胞亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
24	2024-08-09	Single-cell sequencing data reveal widespread recurrence and loss of mutational hits in the life histories of tumors 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.220707.117 PMID:29030470	研究论文	本文通过单细胞测序数据，揭示了肿瘤生命史中广泛存在的突变复发和丢失现象	开发了一种严格的统计框架，用于测试无限位点假设，并发现多个单细胞测序数据集中存在同一基因组位置多次突变的情况	仅基于12个单细胞测序数据集进行分析，可能需要更多数据以验证结果的普遍性	评估无限位点假设的有效性，并探索更复杂的模型以量化肿瘤内异质性	人类癌症的单细胞测序数据	数字病理学	NA	单细胞测序	统计框架	基因组数据	12个单细胞测序数据集
25	2024-08-09	powsimR: power analysis for bulk and single cell RNA-seq experiments 2017-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx435 PMID:29036287	研究论文	PowsimR 是一个灵活的工具，用于模拟和评估批量及单细胞 RNA-seq 数据中的差异表达，适用于事前和事后功效分析	PowsimR 提供了对批量和单细胞 RNA-seq 数据进行差异表达模拟和评估的功能，这在现有工具中较为少见	NA	优化 RNA-seq 实验设计并评估和比较检测差异表达基因的能力	批量和单细胞 RNA-seq 数据中的差异表达	RNA 测序	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq 数据	NA
26	2024-08-09	SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering 2017-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4463 PMID:28991892	研究论文	本文介绍了SCENIC方法，用于从单细胞RNA测序数据中同时重建基因调控网络和识别细胞状态	SCENIC方法通过cis-调控分析指导转录因子和细胞状态的识别，为理解细胞异质性提供了新的生物学见解	NA	开发一种计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络并识别细胞状态	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络和细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自肿瘤和大脑的单细胞数据集
27	2024-08-09	Network embedding-based representation learning for single cell RNA-seq data 2017-Nov-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx750 PMID:28977434	研究论文	本文提出了一种基于网络嵌入的单细胞RNA测序数据表示学习方法SCRL	SCRL方法能够有效实现数据驱动的非线性投影，并结合先验生物学知识（如通路信息）学习更有意义的低维表示	NA	克服单细胞RNA测序数据中的高噪声和低覆盖率问题，提高数据处理的效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	网络嵌入	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
28	2024-08-09	Long-term expansion of alveolar stem cells derived from human iPS cells in organoids 2017-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4448 PMID:28967890	研究论文	本文报道了一种从人诱导多能干细胞（hiPSCs）高效生成并长期扩展含有SFTPC肺泡干细胞的肺泡类器官（AOs）的方法	本文首次实现了从hiPSCs中稳定扩展肺泡类器官，并展示了其在药物毒理学研究中的应用	NA	开发一种新的方法来模拟人类肺泡并应用于疾病建模和再生医学	人诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的肺泡上皮细胞类型II（AT2）细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
29	2024-08-09	Developmental biology: Single-cell RNA sequencing identifies novel kidney cell types in zebrafish 2017-11, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/nrneph.2017.137 PMID:28944777	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
30	2024-08-09	A short review of variants calling for single-cell-sequencing data with applications 2017-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2017.09.018 PMID:28951246	综述	本文综述了单细胞测序数据中变异检测的方法及其应用	介绍了两种流行的基因组扩增方法并比较了它们的能力，以及几种用于单核苷酸多态性和拷贝数变异检测的流行模型	单细胞测序需要额外的基因组扩增步骤，这会产生大量偏差，对使用批量细胞测序方法提出了挑战	旨在为开发专门的分析方法以及使用现有工具提供指导	单细胞测序数据中的变异检测	基因组学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	NA
31	2024-08-09	Disturbed Placental Imprinting in Preeclampsia Leads to Altered Expression of DLX5, a Human-Specific Early Trophoblast Marker 2017-Nov-07, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.117.028110 PMID:28904069	研究论文	本研究探讨了子痫前期中胎盘印记紊乱对DLX5表达的影响，并揭示了DLX5在人类特异性滋养层细胞分化中的作用。	首次揭示了子痫前期中胎盘印记紊乱与DLX5表达上调的关联，并建立了体外入侵-分化滋养层细胞模型。	研究主要基于体外模型和基因表达分析，缺乏直接的临床干预验证。	探究子痫前期中胎盘印记紊乱是否导致DLX5表达改变，并分析其对滋养层细胞功能的影响。	子痫前期患者的胎盘样本及健康对照组的胎盘样本。	数字病理学	妊娠疾病	转录组分析	NA	基因表达数据	多个胎盘样本
32	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Technologies for Cardiac Stem Cell Studies 2017-11-01, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2017.0050 PMID:28859577	综述	本文综述了单细胞测序技术在心脏干细胞研究中的最新进展及其应用	单细胞测序技术为干细胞和再生医学研究提供了新的视角	NA	探讨单细胞测序技术在心脏干细胞研究中的应用，以理解心脏发育和再生的机制	心脏干细胞（CSCs）	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	转录组和表观基因组数据	NA
33	2024-08-09	Proinflammatory Dual Receptor T Cells in Chronic Graft-versus-Host Disease 2017-Nov, Biology of blood and marrow transplantation : journal of the American Society for Blood and Marrow Transplantation DOI:10.1016/j.bbmt.2017.07.016 PMID:28750779	研究论文	本文研究了慢性移植物抗宿主病（cGVHD）中双T细胞受体（TCR）细胞的作用	首次揭示了双TCR细胞在cGVHD中的病理作用，并指出了Tbet驱动的T细胞功能作为潜在治疗靶点	NA	探讨双TCR细胞在慢性移植物抗宿主病中的潜在作用	慢性移植物抗宿主病患者中的双TCR细胞	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
34	2024-08-09	Genome-wide identification of genes essential for podocyte cytoskeletons based on single-cell RNA sequencing 2017-11, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2017.04.022 PMID:28709640	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对20个鼠足细胞进行分析，鉴定出对足细胞细胞骨架至关重要的基因	通过单细胞RNA测序技术，扩展了足细胞细胞骨架关键基因的列表	NA	鉴定对足细胞细胞骨架至关重要的基因	鼠足细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	20个鼠足细胞