单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	STRT-seq-2i: dual-index 5' single cell and nucleus RNA-seq on an addressable microwell array 2017-11-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-16546-4 PMID:29180631	研究论文	本文介绍了一种名为STRT-seq-2i的新型单细胞RNA测序技术	STRT-seq-2i结合了可寻址的9600微孔阵列和高通量成像，具有竞争性成本的独特优势	该研究未提及对老龄化人脑样本的具体应用效果	研究旨在提高对单细胞RNA测序技术的高通量应用能力	研究对象包括新鲜的小鼠皮质细胞和冷冻的死后人类皮质核	数字病理学	NA	RNA测序	NA	单细胞 RNA 数据	使用了新鲜小鼠皮质细胞和冷冻人类皮质核的样本
2	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reconstructs fate conversion from fibroblast to cardiomyocyte 2017-11-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24454 PMID:29072293	研究论文	本研究通过单细胞转录组学重构了成纤维细胞向心肌细胞的命运转换	揭示了在成纤维细胞转化为心肌细胞过程中，细胞异质性及重编程的分子机制	重编程过程的异步特性以及细胞间的固有异质性使得传统的批量基因组技术难以研究这一过程	探索成纤维细胞向心肌细胞转化的机制及相关基因表达变化	小鼠成纤维细胞及其转化为诱导心肌细胞的过程	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3	2024-08-05	Dense and accurate whole-chromosome haplotyping of individual genomes 2017-11-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01389-4 PMID:29101320	研究论文	本文介绍了一种整合相位策略，用于对个体基因组进行密集且准确的全染色体单倍型分析	提出了一种新颖的整合相位策略，通过结合不同的测序技术实现高效的单倍型分析	缺乏对更广泛生物样本的验证，目前结果主要基于特定个体NA12878	研究旨在提高基因组分析中对单倍型信息的获取和利用	研究对象为人类基因组中的单倍型信息	数字病理学	NA	链特异性单细胞测序、PacBio数据、10X Genomics链接读测序	NA	基因组数据	使用了10个Strand-seq文库和10倍覆盖的PacBio数据或10X Genomics链接读数据
4	2024-08-07	f-scLVM: scalable and versatile factor analysis for single-cell RNA-seq 2017-11-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1334-8 PMID:29115968	研究论文	本文介绍了一种基于因子分析的方法f-scLVM，用于单细胞RNA测序数据中的变异源分解	f-scLVM方法利用通路注释来指导可解释因子的推断，能够同时评估个体因子的相关性、细化基因集注释并推断无注释的因子	NA	研究单细胞RNA测序数据中的基因表达异质性	单细胞RNA测序数据中的变异源	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	因子分析模型	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
5	2024-08-07	Mosaic autosomal aneuploidies are detectable from single-cell RNAseq data 2017-Nov-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4253-x PMID:29178830	研究论文	本文开发了一种利用单细胞RNA测序数据中的染色体范围表达不平衡来识别非整倍体的方法	该方法提供了定量的非整倍体检测，并集成到一个R软件包中，相比传统的单细胞DNA测序技术，成本大幅降低	该方法不适用于基因表达高度可变的数据	开发一种快速、经济的方法来检测单细胞RNA测序数据中的非整倍体	非整倍体及其对细胞行为的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
6	2024-08-07	Assessing the reliability of spike-in normalization for analyses of single-cell RNA sequencing data 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.222877.117 PMID:29030468	研究论文	本文评估了使用spike-in RNA进行归一化在单细胞RNA测序数据分析中的可靠性	通过混合实验量化了板式协议中每个孔添加的spike-in RNA量的变异，并展示了这对下游分析的影响较小	文章未明确提及具体的局限性	评估spike-in RNA归一化方法在单细胞RNA测序数据分析中的可靠性	单细胞RNA测序数据中的技术噪声和细胞特异性偏差	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了两个不同的spike-in RNA集进行混合实验
7	2024-08-09	Growth and Morphogenesis during Early Heart Development in Amniotes 2017-Nov-22, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd4040020 PMID:29367549	综述	本文综述了羊膜动物早期心脏发育中的生长和形态发生过程	讨论了基于固定样本分析之外的新方法，如克隆分析、单细胞测序、活体成像和数据定量分析，可能在未来对早期心脏管区域化和形态发生的理解带来新的见解	心脏形态发生是一个复杂且动态的三维过程，目前对其细胞基础的理解尚不充分	探讨心脏形态发生和区域化的最新进展，并重新解释区域基因表达模式	羊膜动物早期心脏发育中的生长和形态发生	NA	先天性心脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
8	2024-08-09	Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data 2017-11-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01860-2 PMID:29187729	研究论文	本文开发了一个名为“iCpSc”的软件包，用于整合细胞群体RNA测序（cpRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断单细胞转录组的生物学分化时间	通过使用匹配的细胞群体数据作为参考，本文提出了一种无偏倚的方法来关联细胞周期检查点与单细胞内部分子计时器，并预测了M期在调控小鼠胚胎干细胞神经分化速度中的作用	NA	研究单细胞RNA测序数据中的细胞分化时间及其调控机制	小鼠胚胎干细胞的神经分化过程	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算模型	RNA测序数据	未具体说明
9	2024-08-09	Genome-wide segregation of single nucleotide and structural variants into single cancer cells 2017-Nov-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4286-1 PMID:29178827	研究论文	本文介绍了一种新的微流控扩增子策略，用于在单个癌细胞中全面检测单核苷酸和结构变异	该方法通过检测结构变异断点序列而非相对读取深度来推断拷贝数变化，能够重建恶性肿瘤的克隆结构和突变历史	目前的单细胞测序策略在检测所有类型的单核苷酸和结构变异方面能力不足	开发一种能够在单个癌细胞中高效检测所有类别和大小的基因组变异的新方法	单个癌细胞中的单核苷酸和结构变异	数字病理学	白血病	微流控扩增子	NA	基因组数据	来自一名白血病患者的细胞
10	2024-08-09	[The future of forensic DNA analysis for criminal justice] 2017-Nov, Medecine sciences : M/S DOI:10.1051/medsci/20173311014 PMID:29200395	综述	本文综述了法医DNA分析技术在刑事司法中的应用及其未来发展	介绍了高通量测序和单细胞测序等新技术在法医DNA分析中的应用	传统技术在解释复杂DNA样本（如降解DNA和混合DNA）时存在困难	强调新技术在法医DNA分析中的强大功能，并确保符合现有法国立法	法医DNA分析技术及其在刑事司法中的应用	NA	NA	高通量测序、单细胞测序	NA	DNA	约20个DNA微卫星
11	2024-08-09	Multi-region and single-cell sequencing reveal variable genomic heterogeneity in rectal cancer 2017-Nov-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-017-3777-4 PMID:29169336	研究论文	本文通过多区域全外显子测序和单细胞全基因组测序，研究了直肠癌肿瘤内部的基因组异质性	首次在单细胞水平上揭示了直肠癌的基因组异质性，并发现单细胞测序能够揭示批量测序中隐藏的突变和体细胞拷贝数变异	研究样本仅限于两名直肠癌患者，可能无法全面代表所有直肠癌病例	研究直肠癌肿瘤内部的基因组异质性	两名具有相同分子分类的直肠癌患者的肿瘤	数字病理学	直肠癌	全外显子测序，单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	两名患者，共九个肿瘤区域和88个单细胞
12	2024-08-09	Inferring gene regulatory networks from single-cell data: a mechanistic approach 2017-Nov-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-017-0487-0 PMID:29157246	研究论文	本文提出了一种基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的机械模型方法	本文提出的模型是内在随机的，不仅考虑了蛋白质水平，还考虑了mRNA水平，并且可以通过模块化实现各种生物化学假设，包括基因间的因果相互作用	直接的拟合过程在计算上是不可行的，需要通过适当的近似来推导出可行的过程	从单细胞数据中推断基因调控网络	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞转录组学	分段确定性马尔可夫过程	基因表达数据	多个简单的双基因网络模拟数据
13	2024-08-09	Classifying Drosophila Olfactory Projection Neuron Subtypes by Single-Cell RNA Sequencing 2017-Nov-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.10.019 PMID:29149607	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，全面表征了果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的大部分类别转录组，并将转录组明确映射到六个类别的特定嗅觉功能	发现了在电路组装期间，密切相关的PN类别之间转录组差异最大，而在成年果蝇中变得无法区分，表明神经元亚型多样性在发育期间达到峰值	NA	探究神经元类型与转录组之间的关系	果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及六个PN类别的转录组数据
14	2024-08-09	Simultaneous enumeration of cancer and immune cell types from bulk tumor gene expression data 2017-11-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26476 PMID:29130882	研究论文	本文提出了一种高效算法，用于从大量肿瘤基因表达数据中同时估计癌症和免疫细胞类型的比例	该方法整合了来自肿瘤中主要非恶性细胞类型的新型基因表达谱，基于细胞类型特异性mRNA含量的重整化，并能够考虑未表征和可能高度可变的细胞类型	NA	提高从肿瘤基因表达数据中预测细胞绝对比例的准确性和范围	癌症和免疫细胞类型的比例	生物信息学	皮肤癌，结直肠癌	基因表达分析	算法	基因表达数据	人类黑色素瘤和结直肠肿瘤样本
15	2024-08-09	Characteristics of allelic gene expression in human brain cells from single-cell RNA-seq data analysis 2017-Nov-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4261-x PMID:29126398	研究论文	本研究重新分析了先前发表的来自多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集，观察到个体细胞中普遍存在单等位基因表达，主要以随机方式进行	首次在单细胞和全基因组水平上研究人类脑细胞中的单等位基因表达，并发现许多脑细胞类型特异性的单等位基因表达基因	NA	探讨人类脑细胞中单等位基因表达的普遍性及其在细胞身份和神经多样性中的作用	人类脑细胞中的单等位基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集
16	2024-08-09	Raman-Activated Droplet Sorting (RADS) for Label-Free High-Throughput Screening of Microalgal Single-Cells 2017-11-21, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.7b03884 PMID:29099582	研究论文	本文介绍了一种集成化的拉曼激活液滴分选（RADS）微流控系统，用于无标记和高通量地筛选活细胞	该系统通过使用AXT合成的工业微藻Haematococcus pluvialis作为模型，实现了比现有RACS系统更高的吞吐量，并保持了细胞的活力	NA	开发一种无标记和高通量的活细胞筛选方法	工业微藻Haematococcus pluvialis的单细胞	微流控技术	NA	拉曼微光谱分析	NA	细胞	混合了不同AXT水平的Haematococcus pluvialis细胞
17	2024-08-09	Transcriptomes of major renal collecting duct cell types in mouse identified by single-cell RNA-seq 2017-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1710964114 PMID:29089413	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了小鼠肾脏集合管主要细胞类型的完整转录组	首次通过单细胞RNA测序技术，鉴定了小鼠肾脏集合管中A型和B型插入细胞以及主细胞的完整转录组，并创建了一个可自由访问的在线基因表达数据库	NA	旨在鉴定小鼠肾脏集合管主要细胞类型的完整转录组，并理解其在生理调节和病理生理学中的作用	小鼠肾脏集合管中的插入细胞和主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及A型插入细胞、B型插入细胞和主细胞的丰富群体
18	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals a signature of sexual commitment in malaria parasites 2017-11-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24280 PMID:29094698	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，揭示了疟原虫在性分化过程中的转录变化特征	首次通过单细胞RNA测序技术，分析了AP2-G调控的性分化相关基因表达变化	研究仅限于特定的AP2-G敲降株系和NF54野生型疟原虫，可能不适用于所有疟原虫株系	探究疟原虫性分化过程中的转录调控机制	疟原虫的性分化过程及其相关基因表达	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过18,000个单个疟原虫转录组
19	2024-08-09	Inferring Relevant Cell Types for Complex Traits by Using Single-Cell Gene Expression 2017-Nov-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2017.09.009 PMID:29106824	研究论文	本文介绍了一种名为RolyPoly的回归型多基因模型，用于从全基因组关联研究（GWAS）汇总统计数据和基因表达数据中优先考虑与复杂性状相关的细胞类型和基因	RolyPoly模型能够利用来自批量组织或单细胞RNA测序的表达数据，为理解常见变异对复杂性状贡献细胞类型的影响提供了一个强大的框架	以往研究受限于难以表征或稀有细胞群体的功能注释缺乏，导致细胞分辨率受限	解决单细胞RNA测序与感兴趣表型之间联系的不足	复杂性状相关的细胞类型和基因	基因组学	阿尔茨海默病，精神分裂症	单细胞RNA测序（RNA-seq）	回归模型	基因表达数据	NA
20	2024-08-09	Combating subclonal evolution of resistant cancer phenotypes 2017-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01174-3 PMID:29093439	研究论文	本研究追踪了四种乳腺癌在多年治疗过程中的遗传和表型亚克隆进化，以更好地理解乳腺癌如何变得耐药	通过批量和单细胞RNA测序揭示了治疗后恶性表型的获得，包括增强的间质和生长因子信号传导，这可能促进耐药性，以及减少的抗原呈递和TNF-α信号传导，这可能使免疫系统逃避	研究仅追踪了四种乳腺癌样本，可能无法完全代表所有乳腺癌的耐药性进化情况	理解乳腺癌如何通过亚克隆进化变得耐药，并探索针对性的治疗策略	乳腺癌的遗传和表型亚克隆进化	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	四种乳腺癌样本