单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	Chromatin and Single-Cell RNA-Seq Profiling Reveal Dynamic Signaling and Metabolic Transitions during Human Spermatogonial Stem Cell Development 2017-10-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.09.003 PMID:28985528	研究论文	研究分析了人类精原干细胞发育过程中的染色质和单细胞RNA-seq数据，揭示了动态的信号传导和代谢转变	首次通过DNA甲基化和开放染色质（ATAC-seq）以及单细胞RNA-seq技术，全面分析了人类精原干细胞发育过程中的动态染色质和转录景观	研究主要集中在体外实验和数据分析，缺乏体内验证	探讨人类精原干细胞在自我更新和分化之间的平衡机制	人类精原干细胞（hSSCs）及其分化过程中的动态变化	数字病理学	NA	DNA甲基化测序，ATAC-seq，单细胞RNA-seq	NA	基因组数据，转录组数据	涉及SSEA4 hSSCs和分化中的c-KIT精原细胞的多个样本
2	2024-08-05	Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease 2017-10-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aan6828 PMID:28983043	研究论文	本文概述了单细胞转录组学在健康与疾病中的应用，探讨免疫系统的复杂性	提出了利用单细胞RNA测序等最新技术推动免疫学研究的创新观点	未提及具体的实验数据或样本研究结果	研究单细胞分辨率下的免疫系统的多样性和复杂性	免疫细胞及其在健康和疾病状态下的表型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
3	2024-08-07	Comprehensive single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity in endometrioid adenocarcinoma tissues 2017-10-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-14676-3 PMID:29079795	研究论文	本研究利用新开发的单细胞分析技术，对具有鳞状分化的子宫内膜样腺癌组织中的肌层浸润侧（M侧）和子宫内膜侧（E侧）进行了单细胞转录组分析，并分析了从同一组织中衍生的球状培养物，以识别体内干细胞性的潜在调节因子。	本研究首次在单细胞水平上揭示了子宫内膜样腺癌组织中的异质性，特别是E侧的癌细胞具有高度恶性特征，包括高表达与球状体特定肿瘤发生相关的标记物SOX2，以及E侧存在更多的上皮间质转化（EMT）细胞。	本研究仅限于对特定子宫内膜样腺癌组织的分析，其结果可能不适用于所有类型的子宫内膜样腺癌。	旨在通过单细胞转录组分析揭示子宫内膜样腺癌组织中的异质性，并探讨其对预后的影响。	研究对象为具有鳞状分化的子宫内膜样腺癌组织及其衍生的球状培养物。	数字病理学	子宫内膜样腺癌	单细胞分析	NA	转录组	研究涉及子宫内膜样腺癌组织的肌层浸润侧和子宫内膜侧，以及从同一组织中衍生的球状培养物。
4	2024-08-07	Model-based branching point detection in single-cell data by K-branches clustering 2017-Oct-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx325 PMID:28582478	研究论文	本文提出了一种基于K-Branches聚类的方法，用于在单细胞数据中检测分支点，通过局部拟合半线来表示细胞的分化轨迹	引入了一种类似于K-Means的聚类算法，并提出了改进的GAP统计量模型选择方法，以确定最佳描述数据的线数量	NA	旨在通过单细胞技术识别细胞群体中的异质性，推断细胞发育和谱系树	单细胞RNA-Seq数据、单细胞qPCR数据以及人工数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq、单细胞qPCR	K-Branches聚类算法	单细胞数据	包括造血过程中髓系祖细胞的分化、小鼠胚泡发育、人类髓系单核白血病以及人工数据
5	2024-08-07	Establishment of mouse expanded potential stem cells 2017-10-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24052 PMID:29019987	研究论文	本文报道了从单个八细胞胚胎卵裂球中建立扩展潜能干细胞的方法，并通过直接转换小鼠胚胎干细胞和诱导多能干细胞实现	扩展潜能干细胞能够同时贡献于胚胎本身和滋养层谱系，并能直接在体外衍生出真正的滋养层干细胞系和胚外内胚层干细胞	NA	展示建立扩展潜能干细胞的可行性，并探讨其在其他哺乳动物中的应用	小鼠扩展潜能干细胞的建立及其特性	干细胞研究	NA	DNA甲基化分析，单细胞转录组分析	NA	DNA甲基化数据，转录组数据	单个八细胞胚胎卵裂球
6	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis reveals widespread monoallelic gene expression in individual rice mesophyll cells 2017-Oct-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2017.09.011 PMID:36659292	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了水稻叶肉细胞中广泛存在的单等位基因表达现象	开发了一种单细胞RNA测序协议，首次在个体植物细胞水平上研究了单等位基因表达的普遍性及其潜在机制	研究仅限于水稻的特定品种和杂交后代，可能限制了结果的普遍性	探究植物细胞中单等位基因表达的普遍性和机制	水稻的叶肉细胞及其杂交后代	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括indica（93-11）和japonica（Nipponbare）纯系及其F1互交杂交后代
7	2024-08-09	Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence 2017-10-15, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.297796.117 PMID:29138277	研究论文	本文通过结合shRNA筛选和单细胞RNA测序技术，研究了mTOR在重编程诱导的衰老中的双重作用	开发了一种创新方法，将单细胞RNA测序与shRNA筛选相结合，揭示了mTOR调控衰老的新机制	NA	识别重编程诱导衰老的调节因子，并研究mTOR在其中的作用机制	人类成纤维细胞中的重编程诱导衰老	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8	2024-08-09	The trajectory of microbial single-cell sequencing 2017-Oct-31, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4469 PMID:29088131	综述	本文综述了过去十年中微生物单细胞测序技术的发展及其在微生物群落研究中的应用	强调了单细胞基因组学相对于宏基因组学的新优势，并展示了其在细菌和古菌生命基因组树中的新发现	NA	探讨单细胞基因组测序的技术方面和挑战，并讨论其启发的科学研究	微生物单细胞的基因组	基因组学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	从深海热液喷口到昆虫肠道等各种环境样本中的单个微生物细胞
9	2024-08-09	A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer 2017-Oct-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.10.015 PMID:29091754	研究论文	本文通过筛选三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs），识别出对EGFR抑制剂吉非替尼有反应的亚群，并利用单细胞RNA测序深入分析了这些细胞的生物学特征	发现EGFR表达升高的间质/干细胞样细胞簇在响应EGFR抑制剂的亚群中显著富集，并揭示了EGFR依赖的肿瘤扩展和状态转换机制	NA	研究EGFR依赖的肿瘤启动程序在乳腺癌中的作用及其对治疗反应的影响	三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型中的EGFR表达亚群	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	3,500个细胞
10	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Infiltrating Neoplastic Cells at the Migrating Front of Human Glioblastoma 2017-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.10.030 PMID:29091775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人胶质母细胞瘤浸润性肿瘤细胞的基因表达特征	首次在单细胞水平上揭示了胶质母细胞瘤细胞在肿瘤核心及周边区域的基因表达差异，并识别出浸润性肿瘤细胞的共同基因特征	研究样本仅限于四名患者，可能影响结果的普遍性	探究胶质母细胞瘤细胞的基因表达特征及其在肿瘤形成和迁移中的作用	人胶质母细胞瘤的浸润性肿瘤细胞及其基因表达	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3,589个细胞，来自四名患者
11	2024-08-09	Cardiovascular homeostasis dependence on MICU2, a regulatory subunit of the mitochondrial calcium uniporter 2017-10-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1711303114 PMID:29073106	研究论文	本研究通过比较人类和小鼠心血管病理学中的转录组特征，发现MICU2（线粒体钙单向转运体复合物的调节亚单位）表达升高，并通过产生和表征MICU2突变小鼠，探讨其对心脏保护作用的影响。	本研究揭示了MICU2在调节血管紧张素II介导的高血压反应中的新作用，对保护腹主动脉免受损伤至关重要。	NA	探讨MICU2表达在心血管疾病中的保护作用及其机制。	人类和小鼠的心血管病理学转录组特征及MICU2突变小鼠的心脏功能。	心血管疾病	心血管疾病	RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	MICU2突变小鼠和野生型小鼠
12	2024-08-09	Dynamics of lineage commitment revealed by single-cell transcriptomics of differentiating embryonic stem cells 2017-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01076-4 PMID:29061959	研究论文	本文通过单细胞转录组学方法研究了视黄酸驱动的胚胎干细胞从多能态到谱系承诺的基因表达动力学	首次系统地研究了单细胞水平上胚胎干细胞退出多能态和谱系承诺的过程，并揭示了该阶段的几个转录特征	NA	研究胚胎干细胞从多能态到谱系承诺的基因表达动态变化	小鼠胚胎干细胞的谱系承诺过程	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
13	2024-08-09	Transcriptomic correlates of neuron electrophysiological diversity 2017-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1005814 PMID:29069078	研究论文	本文通过整合池化和单细胞转录组学与细胞内电生理学，研究了基因表达与神经元电生理多样性之间的关系	本文首次编译了包含34种神经元类型的脑部数据集，并识别了420个与生理参数变异性显著相关的基因，这些发现有助于理解神经元功能多样性的生成机制	本文的研究主要基于公开可获取的数据，且模型预测能力需要在更多不同类型的细胞中进一步验证	探讨神经元多样性如何从复杂的基因表达模式中产生	神经元的基因表达与电生理特性	神经科学	NA	转录组学、电生理学	统计模型	基因表达数据、电生理数据	34种神经元类型，12种视觉皮层细胞类型
14	2024-08-09	Single-cell analysis identifies cellular markers of the HIV permissive cell 2017-Oct, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1006678 PMID:29073251	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，识别了HIV易感细胞的细胞标志物	本文通过单细胞RNA测序和功能性细胞标志物鉴定，提供了“HIV易感细胞”的特征	NA	探索HIV感染细胞易感性的基础	非感染的CD4+ T细胞	NA	HIV	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自高和低易感个体的CD4+ T细胞
15	2024-08-09	The Role of Chromatin Density in Cell Population Heterogeneity during Stem Cell Differentiation 2017-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-13731-3 PMID:29042584	研究论文	本研究结合三维染色体构象（Hi-C）和单细胞RNA测序数据，通过离散随机模拟探索染色质重塑在发育过程中决定基因表达异质性的作用	本研究展示了染色质重塑如何通过折叠成不同的拓扑域来决定基因表达分布，并假设分化过程中局部DNA密度的增加会因染色质的拥挤效应而加剧转录爆发	NA	探索染色质重塑在发育过程中决定基因表达异质性的作用	染色质重塑和基因表达异质性	生物信息学	NA	Hi-C, 单细胞RNA测序	离散随机模拟	3D构象数据, 测序数据	NA
16	2024-08-09	Detecting Activated Cell Populations Using Single-Cell RNA-Seq 2017-Oct-11, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2017.09.026 PMID:29024657	研究论文	本文开发了一种名为Act-seq的技术，用于检测单细胞RNA测序中的活性细胞群，并揭示了特定细胞类型的分子分类和应激反应	Act-seq技术减少了传统细胞分离过程中人为诱导的转录扰动，能够准确检测基线转录谱和行为/经验驱动活动引起的急性转录变化	NA	开发新技术以准确检测单细胞RNA测序中的活性细胞群	特定细胞类型的分子分类和应激反应	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种细胞类型
17	2024-08-09	Temporal Tracking of Microglia Activation in Neurodegeneration at Single-Cell Resolution 2017-Oct-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.09.039 PMID:29020624	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，追踪了在小鼠严重神经退行性模型中，与阿尔茨海默病类似表型的海马体中分离出的超过1600个单个微胶质细胞的转录组，并在多个时间点进行了分析。	发现了两种分子上不同的反应性微胶质细胞表型，分别以I型和II型干扰素反应基因的共调控模块为特征，并揭示了微胶质细胞对神经退行性反应的先前未观察到的异质性。	NA	研究微胶质细胞在神经退行性疾病中的激活过程。	微胶质细胞在神经退行性疾病中的反应和转录程序。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过1600个单个微胶质细胞
18	2024-08-09	SEQUENCING BRAIN CELLS 2017-10-01, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/000114600 PMID:29048266	评论	文章讨论了单细胞测序技术在人类大脑细胞类型分类中的应用潜力	NA	NA	探讨单细胞测序技术在解决人类大脑细胞类型分类挑战中的应用	人类大脑中的不同细胞类型	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
19	2024-08-09	Molecular architecture underlying fluid absorption by the developing inner ear 2017-10-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26851 PMID:28994389	研究论文	本文研究了小鼠内淋巴囊在SLC26A4依赖性方式下吸收液体的过程，并通过单细胞RNA测序分析了内淋巴囊中两种不同类型的分化细胞	首次揭示了内淋巴囊中两种分化细胞的转录组特征，并提出了NaCl重吸收的分子机制	NA	探讨内淋巴囊液体吸收的分子机制及其与听力损失的关系	小鼠内淋巴囊的液体吸收机制及分化细胞类型	NA	听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20	2024-08-09	Mouse embryonic stem cells can differentiate via multiple paths to the same state 2017-10-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26945 PMID:28990928	research paper	本文通过单细胞RNA测序比较了两种运动神经元分化协议，探讨直接编程与胚胎分化的关系。	发现直接编程路径在分化过程中出现了一个新的过渡状态，该状态具有特定的基因表达特征，并与标准路径最终达到相同的运动神经元状态。	NA	研究直接编程与胚胎分化在细胞分化过程中的关系。	小鼠胚胎干细胞的运动神经元分化。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA