单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	The neuropeptide NMU amplifies ILC2-driven allergic lung inflammation 2017-09-21, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24029 PMID:28902842	研究论文	这篇文章探讨了神经肽NMU在ILC2驱动的过敏性肺炎症中的作用	首次揭示了NMUR1信号通路在促进ILC2炎性反应中的重要性	尚未详细阐明ILC2在维持稳态与促进炎症之间的信号转导机制	识别指引ILC2促进稳态与炎症的分子信号	小鼠肺部常驻ILC的单细胞RNA测序和刺激后的分析	数字病理学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型
2	2024-08-05	Systematic single-cell analysis provides new insights into heterogeneity and plasticity of the pancreas 2017-09, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2017.06.021 PMID:28951822	综述	该综述探讨了单细胞分析在胰腺细胞类型背景下的内源性β细胞再生机制的最新文献	介绍了单细胞技术如何提供胰腺内部细胞异质性的高分子分辨率	相关信息未指明具体的研究限制	旨在系统地表征和解开所有胰腺细胞类型的转录程序	关注胰腺中不同细胞类型的再生潜力	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序, 单细胞质谱细胞分析, 流式细胞术	NA	NA	NA
3	2024-08-07	Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells 2017-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4380 PMID:28759029	研究论文	本文介绍了一种名为CITE-seq的方法，该方法通过使用寡核苷酸标记的抗体，将细胞蛋白质和转录组测量整合到单细胞读出中	CITE-seq方法能够同时测量单细胞中的表位和转录组，这是传统单细胞RNA测序所不能提供的	NA	开发一种能够同时测量单细胞中表位和转录组的新方法	单细胞中的表位和转录组	生物技术	NA	CITE-seq	NA	转录组数据	单细胞
4	2024-08-09	Single-cell sequencing reveals dissociation-induced gene expression in tissue subpopulations 2017-09-29, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4437 PMID:28960196	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5	2024-08-09	Using neural networks for reducing the dimensions of single-cell RNA-Seq data 2017-Sep-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx681 PMID:28973464	研究论文	本文开发并测试了一种基于神经网络的方法，用于分析和检索单细胞RNA-Seq数据，以解决单细胞表达数据聚类、细胞群识别和细胞状态或功能推断等问题	本文提出的神经网络方法在细胞分组和细胞类型或状态推断方面优于先前的方法，并能处理大规模的单细胞数据库查询	NA	解决单细胞RNA-Seq数据分析中的计算挑战	单细胞RNA-Seq数据	机器学习	NA	scRNA-Seq	神经网络 (NN)	表达数据	数万个单细胞样本
6	2024-08-09	Sweepstake evolution revealed by population-genetic analysis of copy-number alterations in single genomes of breast cancer 2017-Sep, Royal Society open science IF:2.9Q1 DOI:10.1098/rsos.171060 PMID:28989791	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，对乳腺癌中单细胞基因组DNA拷贝数变异进行量化分析，揭示了乳腺癌细胞的遗传多样性和进化机制	开发了一种结合分子进化理论的生物信息学框架，用于分析单细胞水平的拷贝数丢失，并采用多重合并共祖模型进行参数估计	需要进一步发展基于群体遗传学的生物信息学方法，以更精确地分析单细胞测序数据	揭示乳腺癌细胞的遗传多样性和进化机制	乳腺癌中单细胞基因组的DNA拷贝数变异	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	多重合并共祖模型	基因组数据	多个乳腺癌单细胞样本
7	2024-08-09	Single-cell analyses to tailor treatments 2017-Sep-20, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aan4730 PMID:28931656	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序在个性化医疗中的应用，特别是在癌症等人类疾病的细胞、通路和基因特征分析中的作用	利用单细胞RNA测序技术，为个性化医疗提供更精细的细胞和基因层面的分析方法	NA	探索单细胞RNA测序在个性化医疗中的应用	单细胞RNA测序技术在癌症等人类疾病中的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因数据	NA
8	2024-08-09	Targeted reconstruction of T cell receptor sequence from single cell RNA-seq links CDR3 length to T cell differentiation state 2017-Sep-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx615 PMID:28934479	研究论文	本文介绍了一种名为TRAPeS的公开可用工具，该工具能够从短读长单细胞RNA测序库中高效提取T细胞受体序列信息，并应用于研究人类和小鼠中CD8+ T细胞反应的异质性	TRAPeS工具提高了从单细胞RNA测序数据中推断T细胞受体序列的敏感性，且适用于短读长测序	当前方法在敏感性和需要长读长测序方面存在限制，增加了成本并减少了可分析的细胞数量	研究T细胞受体差异如何影响T细胞状态的异质性	CD8+ T细胞对黄热病毒的反应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的CD8+ T细胞
9	2024-08-09	SiFit: inferring tumor trees from single-cell sequencing data under finite-sites models 2017-09-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1311-2 PMID:28927434	研究论文	本文提出了一种基于有限位点模型的统计推断方法SiFit，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤进化树	SiFit方法采用了有限位点模型，相较于传统的无限位点假设，能更好地处理染色体缺失和杂合性丢失等问题	NA	开发一种新的统计推断方法，以从单细胞测序数据中更准确地推断肿瘤进化树	单细胞测序数据中的肿瘤进化树	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	有限位点模型	数据集	两个结直肠癌患者的合成和实验数据集
10	2024-08-09	Splatter: simulation of single-cell RNA sequencing data 2017-09-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1305-0 PMID:28899397	研究论文	本文介绍了Splatter Bioconductor包，用于简单、可重复且有良好文档记录的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据模拟	Splatter包提供了多种模拟方法的接口，包括基于伽马-泊松分布的Splat模拟方法	NA	开发一种简单、可重复且有良好文档记录的scRNA-seq数据模拟工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	伽马-泊松分布	文本	NA
11	2024-08-09	Profiling of Single-Cell Transcriptomes 2017-Sep-08, Current protocols in mouse biology DOI:10.1002/cpmo.30 PMID:28884792	研究论文	本文介绍了一种改进的Smart-seq2方法，用于同时分析数百个单细胞的转录组，无需商业试剂盒或特殊设备	提出了一个无需商业试剂盒或特殊单细胞捕获/文库制备工具的改进Smart-seq2方法，并引入了自动化单细胞分析管道（ASAP）	NA	开发一种新的单细胞RNA测序技术，以解析复杂生物系统的细胞异质性	单细胞转录组	生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数百个单细胞
12	2024-08-09	Early X chromosome inactivation during human preimplantation development revealed by single-cell RNA-sequencing 2017-09-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-11044-z PMID:28883481	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据，研究了人类胚胎植入前发育过程中X染色体失活的现象	首次在人类胚胎植入前发育阶段展示了X染色体失活的过程，并反驳了之前的X表达抑制假说	NA	探讨人类胚胎植入前发育过程中X染色体失活的过程及其机制	人类胚胎植入前发育过程中的X染色体失活	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
13	2024-08-09	Distinct Mesenchymal Lineages and Niches Promote Epithelial Self-Renewal and Myofibrogenesis in the Lung 2017-Sep-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.07.034 PMID:28886382	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和信号传导谱系报告基因生成肺间质的空间和转录图谱，揭示了不同间质谱系在肺部结构中的独特作用及其对上皮细胞自我更新和肌成纤维生成的调控机制。	首次详细描绘了肺间质的细胞和分子框架，揭示了间质微环境在促进上皮细胞自我更新和组织损伤后的病理性反应中的功能重要性。	NA	研究肺部间质谱系及其微环境如何促进上皮细胞的自我更新和肌成纤维生成。	肺部的间质细胞和上皮细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
14	2024-08-09	Anatomically and Functionally Distinct Lung Mesenchymal Populations Marked by Lgr5 and Lgr6 2017-Sep-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.07.028 PMID:28886383	研究论文	本研究通过遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和类器官培养方法，揭示了Lgr5和Lgr6标记的肺间质细胞在成年肺中的解剖学和功能上的不同群体	首次展示了Lgr5和Lgr6作为成年肺中间质细胞的标记物，并阐明了它们在肺部上皮细胞稳态和再生中的作用	NA	探索肺中间质细胞类型的多样性及其在上皮细胞稳态和再生中的作用	肺中间质细胞及其在上皮细胞稳态和再生中的作用	NA	NA	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、类器官培养	NA	RNA	NA
15	2024-08-09	Characteristics of 29 novel atypical solute carriers of major facilitator superfamily type: evolutionary conservation, predicted structure and neuronal co-expression 2017-09, Open biology IF:4.5Q1 DOI:10.1098/rsob.170142 PMID:28878041	研究论文	研究了29种新型非典型主要易位超家族类型溶质载体蛋白的基本特性，包括进化保守性、预测结构和神经元共表达	通过系统发育分析和生物信息学序列比较，将蛋白质分为15个家族，并使用隐马尔可夫模型识别从人类到其他物种的直系同源物	NA	研究新型非典型溶质载体蛋白的特性及其在神经元中的共表达	29种新型非典型溶质载体蛋白及其在神经元中的共表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，邻位连接分析	隐马尔可夫模型	序列数据	涉及从人类到其他物种的直系同源物
16	2024-08-09	Current research development of single cell genome in urological tumor 2017-09, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2017.08.003 PMID:28802562	综述	本文综述了单细胞基因组技术在泌尿系统肿瘤（包括肾癌、膀胱癌和前列腺癌）中的最新进展和应用	介绍了单细胞基因组技术在检测个体癌细胞基因组病变中的新进展，以及其在肿瘤异质性研究中的应用	NA	探讨单细胞基因组技术在泌尿系统肿瘤研究中的应用及其在早期诊断、靶向治疗和预后判断中的潜力	泌尿系统肿瘤，包括肾癌、膀胱癌和前列腺癌	数字病理学	泌尿系统肿瘤	全基因组扩增	NA	基因组数据	NA
17	2024-08-09	Fusion of Regionally Specified hPSC-Derived Organoids Models Human Brain Development and Interneuron Migration 2017-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.07.007 PMID:28757360	研究论文	本文描述了从人多能干细胞生成特定于内侧神经节隆起（MGE）和皮质区域的类器官，这些类器官能够重现MGE和皮质区域的发育过程	首次开发了模拟人内侧神经节隆起（MGE）发育的系统，并展示了区域特异性类器官融合后的活体成像分析	NA	提供一个平台用于生成特定区域的脑类器官，并模拟人中间神经元迁移	人多能干细胞衍生的MGE和皮质特定类器官	数字病理学	NA	RNA测序（RNA-seq），转座酶可及染色质的高通量测序（ATAC-seq）	NA	单细胞数据	未具体说明样本数量
18	2024-08-09	Environments Tune and Select Cellular Diversity 2017-09, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2017.07.006 PMID:28774723	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术进步及其在大样本应用中揭示的细胞间表达水平和分子间变异传播的显著差异	引入了新的定量方法，结合机制和统计模型，以系统性的方式阐明表型多样性的驱动因素	NA	揭示细胞间表达水平和分子间变异传播的机制	单细胞测序数据	NA	NA	单细胞测序	NA	数据	大样本
19	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals an altered gene expression pattern as a result of CRISPR/cas9-mediated deletion of Gene 33/Mig6 and chronic exposure to hexavalent chromium in human lung epithelial cells 2017-09-01, Toxicology and applied pharmacology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.taap.2017.07.003 PMID:28688920	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了CRISPR/cas9介导的Gene 33/Mig6缺失及慢性暴露于六价铬的人肺上皮细胞中基因表达模式的变化	首次揭示了Gene 33缺失和六价铬暴露联合作用下肺上皮细胞的基因表达模式和表型变化，特别是UCHL1基因的上调	未详细描述细胞形态的明显变化	探究Gene 33缺失和六价铬暴露对肺上皮细胞基因表达和表型的影响	BEAS-2B肺上皮细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	CRISPR/cas9	基因表达数据	83个差异表达基因
20	2024-08-09	Time-lapse observation and transcriptome analysis of a case with repeated multiple pronuclei after IVF/ICSI 2017-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-017-0972-9 PMID:28643089	研究论文	本研究通过时间流逝观察和转录组分析，探讨了一位患者在接受体外受精（IVF）和胞浆内单精子注射（ICSI）后反复形成多原核合子的原因	本研究首次通过时间流逝观察和转录组分析，识别了影响原核形成的几个候选基因，为不孕症提供了新的病因	本研究为个案研究，样本量较小，需要进一步的大样本研究验证结果	探讨IVF/ICSI后反复形成多原核合子的原因	一位不明原因原发性不孕患者的多原核合子	NA	不孕症	荧光原位杂交（FISH），单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	患者1例，捐赠者4例