单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	CBP/Catenin antagonists: Targeting LSCs' Achilles heel 2017-08, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2017.04.010 PMID:28479420	评论	这篇文章讨论了利用小分子特异性CBP/catenin拮抗剂靶向白血病干细胞的机制	创新点在于识别和验证了一种针对LSCs/CSCs的共同“阿基琉斯之踵”的安全有效机制	对LSCs和正常内源性造血干细胞之间关键机制的识别仍然是一个主要挑战	本文旨在研究针对白血病干细胞的治疗策略	研究对象为慢性髓细胞白血病和急性淋巴细胞白血病中的白血病干细胞	数字病理学	白血病	下一代测序，单细胞测序	NA	NA	NA
2	2024-08-07	Extracting Intercellular Signaling Network of Cancer Tissues using Ligand-Receptor Expression Patterns from Whole-tumor and Single-cell Transcriptomes 2017-08-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-09307-w PMID:28821810	研究论文	本文通过分析公共癌症转录组数据库中的配体-受体表达模式，构建了癌症组织中的细胞间信号网络。	本文首次利用全肿瘤和单细胞转录组数据，构建了细胞间通信网络，揭示了癌症细胞间的信号交换机制。	NA	研究癌症细胞间的通信机制，以揭示癌症进展和预后的分子标志。	癌症组织中的细胞间信号网络。	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2,500对配体-受体对
3	2024-08-07	Single-Cell Landscape of Transcriptional Heterogeneity and Cell Fate Decisions during Mouse Early Gastrulation 2017-08-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.07.009 PMID:28768204	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地分析了小鼠早期原肠胚形成过程中转录异质性和细胞命运决定的分子机制	本研究首次系统地绘制了小鼠早期原肠胚形成过程中的转录噪声图谱，并揭示了与早期谱系决定相关的分子过程	NA	探究小鼠早期原肠胚形成过程中转录调控的基本原理	小鼠早期原肠胚形成过程中的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从E3.5到E6.5的概念体
4	2024-08-09	Advances in single-cell RNA sequencing and its applications in cancer research 2017-Aug-08, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.17893 PMID:28881849	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术及其在癌症研究中的应用进展	单细胞RNA测序技术能够实现大规模并行、全长mRNA测序，并具有多组学检测的潜力	NA	探讨单细胞RNA测序技术在癌症研究中的应用，以提高预后准确性和靶向治疗效果	单细胞RNA测序技术在实体肿瘤和循环肿瘤细胞研究中的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个细胞可检测超过10,000个转录本
5	2024-08-09	A Total-variation Constrained Permutation Model for Revealing Common Copy Number Patterns 2017-08-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-09139-8 PMID:28851906	研究论文	本文提出了一种基于总变差约束的排列模型，用于揭示单细胞DNA测序数据中的共同拷贝数模式	通过连续样本排列和总变差范数最小化，有效恢复单细胞DNA测序数据中的隐藏块模式	单细胞DNA测序数据通常起始量低，需要额外扩增步骤，引入噪声，使得常规模式发现具有挑战性	解决单细胞DNA测序数据中恢复隐藏块模式的问题	单细胞DNA测序数据中的拷贝数模式	生物信息学	NA	单细胞测序技术	交替方向乘子法	DNA序列数据	NA
6	2024-08-09	Unravelling biology and shifting paradigms in cancer with single-cell sequencing 2017-08-24, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/nrc.2017.58 PMID:28835719	观点文章	本文讨论了单细胞测序技术在癌症研究中的应用及其对理解癌症生物学的重要意义	单细胞测序技术解决了以往技术限制的问题，为癌症研究提供了更高分辨率的分析方法	NA	深入理解癌症的生物学特性，包括肿瘤内遗传异质性和癌症基因组进化	癌症的单细胞	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
7	2024-08-09	A practical guide to single-cell RNA-sequencing for biomedical research and clinical applications 2017-08-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-017-0467-4 PMID:28821273	综述	本文为单细胞RNA测序技术在生物医学研究和临床应用中的实用指南	随着scRNA-seq平台的商业可用性和生物信息学方法的成熟，非专业实验室的研究人员和临床医生也能利用该技术进行创新发现	NA	帮助研究人员设计他们的首个scRNA-seq研究	单细胞RNA测序技术	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	单个细胞
8	2024-08-09	Human Astrocyte Maturation Captured in 3D Cerebral Cortical Spheroids Derived from Pluripotent Stem Cells 2017-Aug-16, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2017.07.035 PMID:28817799	研究论文	本文介绍了一种利用人源多能干细胞衍生的三维大脑皮层球体生成星形胶质细胞系细胞的方法	首次展示了在三维细胞结构中，从多能干细胞衍生的脑皮层球体中提取的星形胶质细胞与人类胎儿原代星形胶质细胞的相似性，并观察到其随时间从胎儿状态向成熟状态的转变	NA	开发与生理相关的模型，用于研究健康和疾病中的人类星形胶质细胞	人源多能干细胞衍生的三维大脑皮层球体中的星形胶质细胞	数字病理学	NA	免疫磁珠分选和细胞分选，以及高深度批量和单细胞RNA测序	NA	RNA序列	长达20个月的体外培养的人脑皮层球体中的星形胶质细胞系细胞
9	2024-08-09	Whole transcriptome profiling of taste bud cells 2017-08-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-07746-z PMID:28790351	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠味觉细胞中两种不同亚群（Tas1r3表达的II型细胞和生理学上识别的III型细胞）的基因表达	研究揭示了II型细胞中调控刺激响应的基因上调，以及III型细胞中与神经功能相关的通路上调，并发现了与趋化性和轴突导向相关的高表达基因和通路	NA	探索味觉细胞中不同亚群的基因表达特征及其功能	小鼠味觉细胞中的II型和III型细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种不同亚群的小鼠味觉细胞
10	2024-08-09	Adventitial SCA-1+ Progenitor Cell Gene Sequencing Reveals the Mechanisms of Cell Migration in Response to Hyperlipidemia 2017-08-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2017.06.011 PMID:28757161	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了野生型和ApoE缺陷型小鼠的SCA-1+前体细胞基因，揭示了高脂血症诱导的细胞迁移机制	首次详细探讨了SCA-1前体细胞在高脂血症诱导的动脉粥样硬化中的作用及其分子机制	NA	研究高脂血症对血管前体细胞迁移功能的影响及其分子机制	SCA-1+前体细胞和ApoE缺陷型小鼠	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	野生型和ApoE缺陷型小鼠的SCA-1+前体细胞
11	2024-08-09	An approach to suppress the evolution of resistance in BRAFV600E-mutant cancer 2017-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4369 PMID:28714990	研究论文	本文通过建模研究了靶向治疗下BRAF基因扩增在肿瘤进化中的选择和传播机制	本文首次通过单细胞测序和多重荧光原位杂交分析，揭示了BRAF基因扩增在肿瘤治疗后的平行进化轨迹，并提出了通过同时靶向RAF、MEK和ERK激酶来提高适应性阈值，从而防止耐药性进化的治疗策略	本文主要基于小鼠模型进行研究，其结果在人体中的适用性尚需进一步验证	研究靶向治疗下肿瘤进化的机制，并探索有效的治疗策略以抑制耐药性的产生	BRAFV600E突变肿瘤中的BRAF基因扩增	数字病理学	肺癌，黑色素瘤	单细胞测序，多重荧光原位杂交	NA	基因组数据	11个患者来源的肿瘤异种移植模型（PDXs）
12	2024-08-09	Human induced pluripotent stem cell (hiPSC)-derived neurons respond to convulsant drugs when co-cultured with hiPSC-derived astrocytes 2017-08-15, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2017.06.010 PMID:28666936	研究论文	本文研究了人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的神经元在与hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养时对致痉挛药物的反应	首次探讨了hiPSC衍生的神经元与hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养系统在药物诱导癫痫风险评估中的应用	尚未完全解决hiPSC衍生的神经元在药物诱导癫痫风险评估中的应用，尤其是在与hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养的情况下	探讨hiPSC衍生的神经元在与hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养时如何用于评估药物诱导的癫痫风险	hiPSC衍生的神经元和星形胶质细胞	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	共培养8周的hiPSC衍生的神经元与星形胶质细胞
13	2024-08-09	Inflammatory Ly6Chi monocytes and their conversion to M2 macrophages drive atherosclerosis regression 2017-Aug-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI75005 PMID:28650342	研究论文	研究探讨了在正常血脂小鼠中，炎症性Ly6Chi单核细胞转化为M2巨噬细胞在动脉粥样硬化消退中的起源和功能需求	首次证实了Ly6Chi炎症性单核细胞的持续招募及其通过STAT6依赖性极化为M2状态在动脉粥样硬化炎症消退和斑块消退中的必要性	研究仅在实验小鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	开发促进动脉粥样硬化消退的治疗方法	动脉粥样硬化斑块中的M2巨噬细胞和Ly6Chi单核细胞	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了WT、Ccr2-/-、Cx3cr1-/-和Ccr5-/-等多种基因型的小鼠进行移植实验
14	2024-08-09	The comparison of the performance of four whole genome amplification kits on ion proton platform in copy number variation detection 2017-08-31, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20170252 PMID:28572171	研究论文	本文比较了四种全基因组扩增试剂盒在Ion Proton平台上检测拷贝数变异的性能	首次针对Ion Proton平台进行不同全基因组扩增策略的性能比较研究	NA	评估四种商业化全基因组扩增试剂盒在Ion Proton平台上检测拷贝数变异的性能	六种不同核型的细胞系	基因组学	NA	全基因组扩增	NA	基因组数据	六种不同核型的细胞系
15	2024-08-09	Digital Assays Part II: Digital Protein and Cell Assays 2017-08, SLAS technology IF:2.5Q3 DOI:10.1177/2472630317705681 PMID:28548029	综述	本文是关于数字分析技术的第二部分，重点介绍了数字蛋白质和细胞分析方法	数字分析技术通过将样本分隔成多个容器，每个容器包含离散数量的生物实体，从而提高了核酸定量、蛋白质及其酶活性测量以及单细胞基因型和表型探测的精确度	NA	旨在为有兴趣将数字分析技术纳入其工作流程的科学家提供广泛的视角	数字酶分析、数字酶联免疫分析（ELISA）和数字细胞分析	生物技术	NA	数字分析技术	NA	蛋白质和细胞	NA
16	2024-08-09	Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 2017-08, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.12684 PMID:28524227	研究论文	本文讨论了利用高维数据挖掘技术对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行分析的方法	介绍了针对scRNA-seq数据的聚类、伪时间推断、分支推断和基因水平分析等计算分析方法	NA	探索和描述适用于scRNA-seq数据分析的工具和技术	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
17	2024-08-09	Single-cell sequencing deciphers a convergent evolution of copy number alterations from primary to circulating tumor cells 2017-08, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.216788.116 PMID:28487279	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了原发肿瘤细胞和循环肿瘤细胞中的拷贝数变异，揭示了从原发肿瘤到循环肿瘤细胞的拷贝数变异的趋同进化过程	首次揭示了原发肿瘤细胞和循环肿瘤细胞中拷贝数变异的趋同进化机制，并发现了影响基因和基因的局灶性拷贝数变异在循环肿瘤细胞中的普遍存在	研究样本量较小，仅涉及23名患者，可能影响结果的普遍性	探究原发肿瘤细胞和循环肿瘤细胞中拷贝数变异的进化机制及其在癌症转移中的作用	原发肿瘤细胞和循环肿瘤细胞中的拷贝数变异	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	97个循环肿瘤细胞来自23名患者
18	2024-08-09	Removal of batch effects using distribution-matching residual networks 2017-Aug-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx196 PMID:28419223	研究论文	本文提出了一种基于残差神经网络的深度学习方法，用于去除系统性批次效应	该方法通过训练残差神经网络来最小化两个不同批次复制品的多变量分布之间的最大均值差异	NA	去除实验数据中的系统性批次效应	质量细胞测量和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	NA	残差神经网络	数据	NA
19	2024-08-09	ST Pipeline: an automated pipeline for spatial mapping of unique transcripts 2017-Aug-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx211 PMID:28398467	研究论文	本文介绍了一种用于空间转录组学实验中自动高效处理RNA-seq数据以生成下游分析数据集的管道	提出了空间转录组学这一基于RNA-seq的新技术，并开发了新的工具和算法以应对其增加的空间分辨率复杂性	NA	开发一种自动化的管道，用于处理空间转录组学实验中的RNA-seq数据	空间转录组学实验中的RNA-seq数据	转录组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
20	2024-08-09	SCODE: an efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation 2017-Aug-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx194 PMID:28379368	研究论文	本文介绍了一种名为SCODE的新型高效算法，用于从单细胞RNA-Seq数据中推断调控网络，特别是在细胞分化过程中的应用	SCODE算法基于常微分方程，能够高效地从大规模单细胞RNA-Seq数据中推断出调控网络，且运行时间显著短于现有方法	NA	开发一种新型算法以从单细胞RNA-Seq数据中高效推断出细胞分化过程中的调控网络	单细胞RNA-Seq数据在细胞分化过程中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	常微分方程	RNA-Seq数据	三个单细胞RNA-Seq数据集