单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 22 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-08-07 |
Novel approaches in function-driven single-cell genomics
2017-07-01, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fux009
PMID:28591840
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综述 | 本文综述了功能驱动单细胞基因组学的策略及其未来发展方向 | 提出了一种基于功能的筛选方法，用于从复杂的微生物群落中靶向分离和单细胞基因组测序，从而聚焦于具有特定表型或代谢特征的细胞 | NA | 旨在提高对微生物群落功能及其未表征基因产物空间的理解 | 环境微生物群落及其在生物地球化学中的作用 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组学 | NA | 基因组数据 | NA |
| 2 | 2024-08-07 |
Functional characterization of human pluripotent stem cell-derived arterial endothelial cells
2017-07-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1702295114
PMID:28696312
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研究论文 | 本文报道了从人多能干细胞中衍生出的动脉内皮细胞，这些细胞在体外和体内表现出动脉特异性功能 | 结合单细胞RNA测序和双报告人胚胎干细胞系，识别调控动脉内皮细胞分化的因子，并开发了一种无异种成分的培养协议 | NA | 研究人多能干细胞衍生的动脉内皮细胞的功能特性 | 人多能干细胞衍生的动脉内皮细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个人的胚胎和诱导多能干细胞系 |
| 3 | 2024-08-07 |
Overcoming confounding plate effects in differential expression analyses of single-cell RNA-seq data
2017-Jul-01, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxw055
PMID:28334062
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序数据中，由于细胞分组与系统性板效应混杂，导致差异表达分析中未能考虑板效应的问题，并提出了一种解决方案 | 提出了一种通过汇总每个板中所有细胞的计数来进行差异表达分析的方法，该方法在模拟数据和真实数据中均能恢复类型I错误控制并提高相关基因的排名 | NA | 解决单细胞RNA测序数据差异表达分析中板效应混杂的问题 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个板中的多个细胞 |
| 4 | 2024-08-09 |
InDrops and Drop-seq technologies for single-cell sequencing
2017-07-25, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/c7lc90070h
PMID:28721415
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2024-08-09 |
Perspective on droplet-based single-cell sequencing
2017-07-25, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/c7lc90069d
PMID:28721425
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2024-08-09 |
Massively parallel whole genome amplification for single-cell sequencing using droplet microfluidics
2017-07-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-017-05436-4
PMID:28701744
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研究论文 | 介绍了一种名为单液滴多重置换扩增（sd-MDA）的方法，用于大规模并行扩增单细胞基因组，同时保持序列准确性和特异性 | 该方法通过在微流控通道中使用被动液滴融合技术，实现了数万个单细胞在数百万皮升液滴中的分隔和全基因组扩增，提高了扩增的通量和质量 | NA | 进一步理解复杂生物系统中的遗传多样性 | 单细胞基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组序列 | 数万个单细胞 |
| 7 | 2024-08-09 |
Gene expression profiles of brain endothelial cells during embryonic development at bulk and single-cell levels
2017-07-11, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.aag2476
PMID:28698213
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研究论文 | 本文通过翻译核糖体亲和纯化和单细胞RNA测序技术，生成了小鼠胚胎脑内皮细胞的高分辨率基因表达谱，以探索脑血管发育和分化的分子机制 | 本文首次在批量和单细胞水平上分析了脑内皮细胞在胚胎发育过程中的基因表达变化，并识别了与血脑屏障成熟相关的特定转录因子 | NA | 探索脑内皮细胞在胚胎发育过程中的分子机制 | 小鼠胚胎脑内皮细胞的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎脑内皮细胞 |
| 8 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of East-Asian pancreatic islets cells
2017-07-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-017-05266-4
PMID:28694456
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了东亚人群胰腺胰岛细胞的基因表达特征 | 首次在东亚人群中进行胰腺胰岛细胞的单细胞RNA测序，并发现了与欧洲人群不同的基因表达特征 | 样本量较小，仅包括三名东亚非糖尿病患者 | 评估东亚人群胰腺胰岛细胞的基因表达特征 | 东亚人群的胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 448个胰岛细胞，来自三名东亚非糖尿病患者 |
| 9 | 2024-08-09 |
Massively parallel nanowell-based single-cell gene expression profiling
2017-07-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-017-3893-1
PMID:28687070
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研究论文 | 本文介绍了一种新型纳米孔单细胞RNA测序系统ICELL8，该系统能够高效处理数千个细胞样本，提供单细胞水平的基因表达谱分析 | ICELL8系统采用含有5,184个纳米孔的微芯片，每个纳米孔包含预印的寡核苷酸编码多聚dT、独特的孔条形码和独特的分子标识符，实现了简单且高通量的单细胞表达谱分析 | NA | 开发一种简单且高通量的单细胞表达谱分析方法 | 人源和鼠源的培养细胞以及鼠源的实体组织样本 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过一千个人源和鼠源培养细胞以及468个鼠源胰腺胰岛细胞 |
| 10 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing made simple
2017-07-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/547125a
PMID:28682345
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-09 |
Identifying Cell Subpopulations and Their Genetic Drivers from Single-Cell RNA-Seq Data Using a Biclustering Approach
2017-Jul, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2017.0049
PMID:28657835
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研究论文 | 本文介绍了一种基于SNN-Cliq算法的快速简单迭代双聚类方法BiSNN-Walk，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞亚群及其相关的遗传驱动因子 | BiSNN-Walk方法返回一个按可靠性排序的聚类列表，并根据基因与相关细胞聚类的关联程度对基因进行排序，使结果更具生物学解释性 | NA | 开发一种新的双聚类方法，用于分析单细胞RNA测序数据，以识别细胞亚群及其遗传驱动因子 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群及其遗传驱动因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法 | 基因表达数据 | 三项大型单细胞RNA测序研究 |
| 12 | 2024-08-09 |
A TRPV1-to-secretagogin regulatory axis controls pancreatic β-cell survival by modulating protein turnover
2017-07-14, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.201695347
PMID:28637794
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研究论文 | 本文探讨了TRPV1通道通过招募Sp1转录因子诱导secretagogin表达，从而调控胰腺β细胞生存和胰岛素释放的机制 | 揭示了TRPV1与secretagogin之间的调控轴，这一机制在糖尿病胰腺中对维持β细胞结构完整性和信号传递能力至关重要 | NA | 研究TRPV1与secretagogin在胰腺β细胞生存和胰岛素释放中的调控作用 | 胰腺β细胞、TRPV1通道、secretagogin蛋白 | 生物医学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自糖尿病供体的β细胞和secretagogin敲除小鼠的胰腺胰岛 |
| 13 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Expanded Clones of Islet Antigen-Reactive CD4+ T Cells in Peripheral Blood of Subjects with Type 1 Diabetes
2017-07-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.1700172
PMID:28566371
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了1型糖尿病患者和健康对照组外周血中胰岛抗原反应性CD4+记忆T细胞的TCR克隆型和转录组特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了1型糖尿病患者外周血中胰岛抗原反应性CD4+ T细胞的扩展克隆，并发现这些克隆具有独特的抗原特异性和表型 | 研究样本量较小，且未涉及更广泛的疾病阶段和人群 | 探讨1型糖尿病患者外周血中胰岛抗原反应性CD4+ T细胞的特征及其在疾病进展中的作用 | 1型糖尿病患者和健康对照组的外周血中的胰岛抗原反应性CD4+记忆T细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及1型糖尿病患者和健康对照组的外周血样本 |
| 14 | 2024-08-09 |
De Novo Gene Expression Reconstruction in Space
2017-07, Trends in molecular medicine
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.molmed.2017.05.004
PMID:28571832
|
研究论文 | 本文讨论了空间中新基因表达重建的下一代方法，并提出了更有效的方法来检测基因表达的远距离空间变化 | 提出了更有效的方法来检测基因表达的远距离空间变化，并讨论了未来用于组织中生物途径和过程可视化的原位测序化学 | NA | 探讨空间中新基因表达重建的方法，以更好地应用于人类健康和疾病状况 | 基因表达的空间重建和远距离空间变化的检测 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，原位RNA成像 | NA | 基因组数据 | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
Defining epithelial cell dynamics and lineage relationships in the developing lacrimal gland
2017-07-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.150789
PMID:28576768
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序和其他分子工具，揭示了泪腺发育过程中的新型细胞身份和上皮细胞谱系动态 | 首次展示了泪腺从早期发育阶段开始由多种免疫、上皮和间充质细胞谱系组成，并揭示了上皮细胞谱系在发育过程中的转录状态变化 | NA | 探究泪腺发育过程中的细胞类型和谱系关系 | 泪腺的上皮细胞动态和谱系关系 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 多种免疫、上皮和间充质细胞谱系 |
| 16 | 2024-08-09 |
Controlled Human Malaria Infection Leads to Long-Lasting Changes in Innate and Innate-like Lymphocyte Populations
2017-07-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.1601989
PMID:28576979
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研究论文 | 本研究通过分析坦桑尼亚人群中受控人类疟疾感染（CHMI）的血样，探讨了先天性淋巴细胞及其类似细胞群在感染后的长期变化 | 发现疟疾感染后，先天性淋巴细胞类似细胞群的变化持续数月，且这种变化由类似稳态扩增的机制介导 | 研究仅限于坦桑尼亚的特定人群，可能限制了结果的普遍性 | 探讨疟疾感染后人体先天性淋巴细胞群的长期变化及其对后续感染和疫苗设计的影响 | 先天性淋巴细胞及其类似细胞群在疟疾感染后的变化 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序和TCR αβ链使用分析 | NA | 血液样本 | 坦桑尼亚的志愿者群体 |
| 17 | 2024-08-09 |
Early Detection of Cancer in Blood Using Single-Cell Analysis: A Proposal
2017-07, Trends in molecular medicine
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.molmed.2017.05.005
PMID:28587830
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞基因组分析血液进行癌症早期检测的潜力 | 提出了一种基于稀疏单细胞测序的拷贝数变异模式筛查方法 | 目前仅基于模拟分析，实际应用中需进一步验证 | 研究单细胞基因组分析在血液中早期检测癌症的可行性 | 单细胞基因组数据和癌症拷贝数变异模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 多个已发表的肿瘤样本 |
| 18 | 2024-08-09 |
Plant genetics: Spatial transcriptomics in plants
2017-07, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg.2017.41
PMID:28529334
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Identification of innate lymphoid cells in single-cell RNA-Seq data
2017-07, Immunogenetics
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s00251-017-1002-x
PMID:28534222
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研究论文 | 本文提出并验证了一种新的框架，用于使用单细胞RNA测序数据在转录组水平上研究先天淋巴细胞（ILCs） | 该框架结合了无监督聚类和基于小鼠ILC基因表达数据训练的新型细胞类型分类器，仅依赖于跨脊椎动物保守的基因，因此原则上适用于任何脊椎动物物种 | NA | 研究ILC2细胞在单细胞转录组数据中的识别及其在远缘脊椎动物物种中的保守性 | 先天淋巴细胞（ILCs）及其亚型ILC2细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类和细胞类型分类器 | 基因表达数据 | 小鼠和人类ILC基因表达数据 |
| 20 | 2024-08-09 |
Recruited Monocytes and Type 2 Immunity Promote Lung Regeneration following Pneumonectomy
2017-07-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2017.03.024
PMID:28506464
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研究论文 | 研究免疫细胞在肺再生的作用，使用单侧肺切除模型促进剩余肺叶中新肺泡的形成 | 揭示了骨髓来源的巨噬细胞通过CCL2-CCR2趋化因子轴迁移至肺部，对肺再生至关重要，并发现2型先天淋巴细胞是IL-13的来源，促进肺再生 | NA | 探讨免疫细胞在肺再生中的作用 | 肺再生过程中的免疫细胞和细胞因子 | NA | NA | 免疫荧光和单细胞RNA测序 | NA | 细胞和分子数据 | 小鼠模型 |