单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	Single-cell transcriptomics uncovers distinct molecular signatures of stem cells in chronic myeloid leukemia 2017-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4336 PMID:28504724	研究论文	本文开发了一种结合高灵敏度突变检测和单细胞全转录组分析的方法，用于研究慢性髓性白血病中的癌症干细胞	本文创新性地结合了高灵敏度突变检测和单细胞全转录组分析，揭示了慢性髓性白血病中癌症干细胞的异质性和治疗抵抗的分子特征	当前的单细胞RNA测序方法缺乏检测体细胞突变的灵敏度	揭示慢性髓性白血病中癌症干细胞的异质性和治疗抵抗的分子特征	慢性髓性白血病患者的癌症干细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2000个慢性髓性白血病患者的癌症干细胞样本
2	2024-08-05	SIDEseq: A Cell Similarity Measure Defined by Shared Identified Differentially Expressed Genes for Single-Cell RNA sequencing Data 2017-Jun, Statistics in biosciences IF:0.8Q4 DOI:10.1007/s12561-017-9194-z PMID:30774736	研究论文	本文介绍了一种新颖的相似性度量SIDEseq，用于评估单细胞RNA测序数据中的细胞间相似性	SIDEseq通过整合所有DE基因列表信息，提供了一种全新的细胞相似性度量方法，能够从全局视角调查细胞间关系	研究中没有提及特定的局限性，可能未考虑全部类型的细胞异质性	探讨如何通过单细胞RNA测序数据识别细胞亚群体	人类卵巢癌scRNA测序数据和公共人类胚胎scRNA测序数据以及几个模拟数据集	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	数据集	多个数据集，包括人类卵巢癌和公共人类胚胎数据集
3	2024-08-05	Deconstructing Olfactory Stem Cell Trajectories at Single-Cell Resolution 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.04.003 PMID:28506465	研究论文	本研究详细描述了嗅觉干细胞在产生成熟后代时的轨迹	集成单细胞RNA测序和统计分析与体内谱系追踪，揭示了嗅觉上皮中的细胞命运潜力和分支点	NA	阐明细胞命运决策和组织稳态的机制	嗅觉上皮中的嗅觉干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
4	2024-08-07	Mex3a Marks a Slowly Dividing Subpopulation of Lgr5+ Intestinal Stem Cells 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.02.007 PMID:28285904	研究论文	本文报道了Lgr5+肠道干细胞群中存在意想不到的异质性，并发现Mex3a蛋白标记了一群缓慢分裂的Lgr5+肠道干细胞亚群，这些细胞对所有肠道谱系有不同的贡献	首次揭示了Lgr5+肠道干细胞群中的异质性，并识别出由Mex3a标记的缓慢分裂的干细胞亚群	NA	研究Lgr5+肠道干细胞的异质性及其对肠道再生的影响	Lgr5+肠道干细胞及其亚群	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
5	2024-08-07	Normalizing single-cell RNA sequencing data: challenges and opportunities 2017-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4292 PMID:28504683	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据标准化过程中存在的问题，并提出了新的方法和建议	提出了适用于单细胞RNA测序数据的新标准化方法	目前使用的标准化方法主要针对批量RNA测序或微阵列数据，不适用于单细胞测序	探讨单细胞RNA测序数据标准化的挑战与机遇	单细胞RNA测序数据	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6	2024-08-09	IFNγ-Dependent Tissue-Immune Homeostasis Is Co-opted in the Tumor Microenvironment 2017-Jun-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.06.016 PMID:28666115	研究论文	本文探讨了IFNγ依赖的组织免疫稳态在肿瘤微环境中的作用	发现IFNγ依赖的稳态程序在多种人类原发性肿瘤中富集，并影响患者的生存	NA	研究免疫稳态如何影响肿瘤监测及其在肿瘤微环境中的作用	免疫单核吞噬细胞在健康组织中的稳态程序及其在肿瘤中的作用	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类原发性肿瘤样本，包括黑色素瘤
7	2024-08-09	BRIE: transcriptome-wide splicing quantification in single cells 2017-06-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1248-5 PMID:28655331	研究论文	本文介绍了BRIE模型，用于单细胞转录组中剪接事件的定量分析	BRIE模型通过学习序列特征的先验分布，解决了单细胞RNA测序技术在RNA加工事件分析中的局限性	NA	探索单细胞RNA测序实验中RNA加工的随机性	单细胞转录组中的剪接事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯层次模型	转录组数据	NA
8	2024-08-09	Independent regulation of gene expression level and noise by histone modifications 2017-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1005585 PMID:28665997	研究论文	研究通过计算分析单细胞RNA测序数据和酵母流式细胞术实验，探讨了组蛋白修饰在人类胚胎细胞和酵母中独立调控基因表达水平和噪声的机制	揭示了组蛋白修饰通过影响基因表达的爆发大小和频率，实现对基因表达水平和噪声的独立调控，扩展了“组蛋白密码”假说	NA	探讨组蛋白修饰如何独立调控基因表达水平和噪声	人类胚胎细胞和酵母中的基因表达噪声	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	RNA测序数据	NA
9	2024-08-09	Reconstructing cell cycle pseudo time-series via single-cell transcriptome data 2017-06-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-00039-z PMID:28630425	研究论文	本文开发了一种基于旅行商问题和隐马尔可夫模型的计算方法reCAT，用于从非同步单细胞转录组数据中恢复细胞周期时间序列	reCAT方法能够准确可靠地恢复细胞周期，并展示细胞周期相关基因的表达波峰，以及细胞周期中的甲基化变化	NA	研究单细胞转录组数据中的细胞周期解析	单细胞转录组数据中的细胞周期阶段	生物信息学	NA	单细胞mRNA测序	隐马尔可夫模型	转录组数据	多个数据集
10	2024-08-09	Dosage compensation in the process of inactivation/reactivation during both germ cell development and early embryogenesis in mouse 2017-06-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-03829-z PMID:28623283	研究论文	本研究通过获取小鼠在生殖细胞发育和早期胚胎发生过程中经历失活/再激活的细胞的RNA-seq数据，特别是单细胞RNA-seq数据，计算X:A比率，以探讨哺乳动物中X染色体的上调机制。	本研究提供了直接证据，表明单个活跃的X染色体的平均基因剂量被上调，以达到与两个活跃的X染色体和两份常染色体相似的水平。	NA	探讨哺乳动物中X染色体的失活和上调机制。	小鼠在生殖细胞发育和早期胚胎发生过程中经历失活/再激活的细胞。	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据，特别是单细胞RNA-seq数据	多个小鼠预植入胚胎的单个细胞
11	2024-08-09	Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing 2017-Jun-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.05.035 PMID:28622514	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了肝癌患者肿瘤浸润T细胞的转录组特征	首次详细描述了肝癌中11种T细胞亚群的分子和功能特性及其发育轨迹，并鉴定了各亚群的特征基因	研究样本仅来自六名肝细胞癌患者，可能影响结果的普遍性	揭示肝癌中浸润T细胞的景观，为免疫治疗和临床反应预测提供依据	肝细胞癌患者的肿瘤浸润T细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	5,063个单个T细胞，来自六名肝细胞癌患者的外周血、肿瘤和邻近正常组织
12	2024-08-09	Multilineage communication regulates human liver bud development from pluripotency 2017-06-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature22796 PMID:28614297	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，从多能性细胞出发，在二维和三维培养系统中重建肝细胞样谱系进展，并探讨异型细胞间相互作用对肝芽发育的影响	首次通过三维肝芽类器官模型，揭示了肝细胞前体细胞在肝芽发育中的谱系分化和迁移特征，以及血管内皮生长因子在促进内皮网络形成和肝细胞前体分化中的作用	NA	探讨多谱系细胞间通信在人肝芽从多能性细胞发育过程中的作用	肝细胞样谱系进展、肝芽类器官发育	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
13	2024-08-09	Generation of Single-Cell Transcript Variability by Repression 2017-Jun-19, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2017.05.028 PMID:28602650	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了Dictyostelium分化过程中转录变异性的产生机制，发现这种变异性主要由抑制而非激活驱动	本研究揭示了细胞间差异的产生可能是转录调控基本机制的直接结果，并提出了一个简单的转录产物生成模型，其中表达由转录事件的频率而非幅度控制	NA	探讨基因表达变异性的产生机制及其在细胞命运多样性中的作用	Dictyostelium分化过程中的单细胞转录变异性	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录数据	NA
14	2024-08-09	Single-cell entropy for accurate estimation of differentiation potency from a cell's transcriptome 2017-06-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms15599 PMID:28569836	研究论文	本文通过计算单细胞转录组在交互网络中的信号混杂度（熵），展示了如何准确估计单细胞的分化潜能	提出了一种新的方法，通过计算信号熵来更准确和稳健地估计单细胞的分化潜能，无需特征选择	NA	研究如何量化单细胞的分化潜能	单细胞的分化潜能	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	转录组数据	超过7,000个单细胞
15	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis Maps Development of Human Germline Cells and Gonadal Niche Interactions 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.05.009 PMID:28575695	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16	2024-08-09	Lineage Establishment and Progression within the Inner Cell Mass of the Mouse Blastocyst Requires FGFR1 and FGFR2 2017-06-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2017.05.003 PMID:28552559	研究论文	本文研究了在小鼠胚泡的内细胞团（ICM）中，纤维母细胞生长因子受体1（FGFR1）和FGFR2在原始内胚层（PrE）和多能外胚层（EPI）分化中的作用	通过单细胞分辨率的定量成像和单细胞转录组学，结合野生型和Fgf受体突变胚胎的研究，揭示了FGFR1和FGFR2在ICM细胞中的独特和加性活动	NA	探究FGF4信号在小鼠胚泡ICM细胞中的受体响应机制	小鼠胚泡的内细胞团（ICM）中的FGFR1和FGFR2	NA	NA	单细胞分辨率定量成像，单细胞转录组学	NA	转录组数据	534个单ICM细胞
17	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq unveils tumor microenvironment 2017-Jun, BMB reports IF:2.9Q3 DOI:10.5483/bmbrep.2017.50.6.086 PMID:28539161	研究论文	本文利用单细胞转录组分析技术揭示肿瘤微环境	本文通过单细胞RNA测序技术，深入解析了肿瘤微环境中复杂的细胞类型和亚群	NA	研究肿瘤微环境的组成和功能，探索其作为抗癌靶点的潜力	肿瘤微环境中的细胞类型和亚群	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
18	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing: Unraveling the Brain One Cell at a Time 2017-06, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2017.04.006 PMID:28501348	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析中枢神经系统复杂性和动态性方面的应用	scRNA-seq技术能够分析单个细胞的转录组，为神经系统研究提供了新的视角	文章提到了应用scRNA-seq技术面临的挑战，但未具体说明	推动对神经系统的理解，并探索神经退行性疾病的治疗新方法	中枢神经系统及其在神经退行性疾病中的分子机制	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	单个细胞
19	2024-08-09	Single-cell template strand sequencing by Strand-seq enables the characterization of individual homologs 2017-Jun, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.029 PMID:28492527	研究论文	本文介绍了一种名为Strand-seq的单细胞测序技术，该技术通过限制序列分析仅限于DNA复制过程中使用的模板链，从而能够在单个细胞中解析同源染色体的个体序列	Strand-seq技术通过仅测序模板链，保留了每个同源染色体的结构和身份，这是对传统单细胞测序协议的重要改进	NA	研究同源染色体在单细胞中的基因组序列，以支持无拷贝数基因组重排（如倒位和易位）、构建染色体长度单体型、改进基因组组装、映射姐妹染色单体交换事件和探索细胞异质性等研究	单细胞中的同源染色体基因组序列	基因组学	NA	Strand-seq	NA	DNA序列	单个细胞
20	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis Maps Development of Human Germline Cells and Gonadal Niche Interactions 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.03.007 PMID:28457750	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了超过2,000个人类胚胎的性腺细胞及其性腺微环境细胞，揭示了人类胎儿生殖细胞（FGCs）的发育轨迹和异质性	发现了女性FGCs经历四个不同的连续阶段，以及男性FGCs的发育阶段，并观察到FGCs与其性腺微环境细胞之间的相互信号作用	NA	探讨人类胎儿生殖细胞的发育轨迹和异质性	人类胎儿生殖细胞及其性腺微环境细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	超过2,000个人类胚胎的性腺细胞及其性腺微环境细胞