单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Proliferation Drives Aging-Related Functional Decline in a Subpopulation of the Hematopoietic Stem Cell Compartment 2017-05-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.04.074 PMID:28538171	研究论文	本文探讨了造血干细胞功能衰退的分子基础，特别是与衰老相关的细胞增殖机制	发现了一群携带p53标志的衰老造血干细胞亚群，揭示了JAK2V617F驱动的增殖与p53介导的功能衰退之间的关系	研究主要集中在老鼠模型上，可能无法完全反映人类的衰老过程	探索造血干细胞老化的分子机制	老化的造血干细胞亚群	数字病理学	与衰老相关的疾病	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	使用了一组衰老小鼠的造血干细胞
2	2024-08-07	Selective Photomechanical Detachment and Retrieval of Divided Sister Cells from Enclosed Microfluidics for Downstream Analyses 2017-05-23, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.7b00413 PMID:28480715	research paper	本研究开发了一种光机械方法，用于从封闭的微流控室中有选择地分离和可靠地检索目标细胞，以便进行进一步分析。	首次使用碳纳米管-聚二甲基硅氧烷复合表面和纳秒脉冲激光诱导的剪切力来分离细胞，并保持细胞活性和分子表达水平。	NA	开发一种新的方法来分离和检索封闭微流控室中的姐妹细胞，以便进行下游分析。	癌症干细胞样细胞的自更新和分化过程中的基因变化。	microfluidics	NA	photomechanical method	NA	single-cell transcriptome	96个单细胞
3	2024-08-07	SC3: consensus clustering of single-cell RNA-seq data 2017-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4236 PMID:28346451	研究论文	本文介绍了一种名为SC3的单细胞RNA测序数据共识聚类工具，该工具通过结合多种聚类解决方案来实现高精度和鲁棒性的无监督聚类	SC3通过共识方法结合多个聚类解决方案，提高了聚类的准确性和鲁棒性	NA	开发一种用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	共识聚类	转录组数据	来自患者的肿瘤细胞转录组数据
4	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq of Defined Subsets of Retinal Ganglion Cells 2017-05-22, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/55229 PMID:28570514	研究论文	本文提出了一种新技术，用于在分离和测序前识别细胞的形态和功能，以便更容易地鉴定亚型特异性标记	该技术克服了单细胞RNA测序的许多障碍，并可能适用于非神经元细胞类型和具有微小变化的稀有细胞群体	需要严格的验证方法来确保聚类包含具有相同功能的细胞	旨在识别定义各种细胞亚群的基因表达，并研究与特定视觉功能相关的脑目标	视网膜神经节细胞的亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	许多单细胞的测序深度超过2000万读数
5	2024-08-09	DTWscore: differential expression and cell clustering analysis for time-series single-cell RNA-seq data 2017-May-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-017-1647-3 PMID:28535748	研究论文	本文介绍了一种基于动态时间规整评分（DTWscore）的算法，用于时间序列单细胞RNA测序数据中的差异表达和细胞聚类分析	提出了一种结合动态时间规整评分和时间序列数据的算法，用于检测单细胞RNA测序样本中的基因表达变化并恢复潜在的细胞类型	研究仅限于在R框架内实现和可用的方法	开发一种新算法，用于分析时间序列单细胞RNA测序数据中的基因表达模式和细胞类型	时间序列单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	动态时间规整评分	时间序列数据	多个时间点的单细胞RNA测序数据
6	2024-08-09	Identification of preoptic sleep neurons using retrograde labelling and gene profiling 2017-05-25, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature22350 PMID:28514446	研究论文	本文通过逆行标记和基因分析技术，识别了视前区睡眠神经元的投射目标及其分子标记	首次通过光遗传学和药理遗传学方法，确定了视前区GABA能神经元投射到结节乳头体核的睡眠活性和促进睡眠的作用，并鉴定了这些神经元的候选分子标记	文章未提及具体的局限性	旨在揭示视前区在睡眠生成中的电路机制	视前区睡眠神经元及其分子标记	神经科学	NA	光遗传学、药理遗传学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
7	2024-08-09	Lineage-dependent spatial and functional organization of the mammalian enteric nervous system 2017-05-19, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aam7511 PMID:28522527	研究论文	本文研究了哺乳动物肠神经系统（ENS）的谱系依赖性空间和功能组织	揭示了ENS由迁移后神经嵴来源的祖细胞形成的重叠克隆单元组成，并展示了克隆相关肠神经元在网络刺激下的同步活动	NA	探讨肠神经系统的组织结构及其功能机制	哺乳动物的肠神经系统	神经科学	NA	单细胞转录组学和突变分析	NA	转录组数据	小鼠ENS的多个样本
8	2024-08-09	Cell fixation and preservation for droplet-based single-cell transcriptomics 2017-05-19, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-017-0383-5 PMID:28526029	研究论文	本文研究了使用化学固定方法来稳定和保存细胞，以便进行基于液滴的单细胞转录组测序	提出了一种简单的细胞固定方法，可以稳定和保存细胞数周，而不影响单细胞RNA测序数据的质量	未提及	开发一种新的细胞固定和保存方法，以便进行基于液滴的单细胞转录组测序	人源和鼠源的细胞，以及果蝇胚胎、小鼠后脑和 cerebellum 细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个单细胞
9	2024-08-09	Alternative TSSs are co-regulated in single cells in the mouse brain 2017-05-11, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20167374 PMID:28495919	研究论文	本研究探讨了小鼠大脑中单细胞内替代转录起始位点（TSSs）的使用情况	首次研究了单细胞中替代TSSs的使用情况，发现这些TSSs并非独立表达，而是受到共同因素的调控	研究依赖于先前发表的单细胞RNA测序数据集	探究单细胞中替代TSSs的使用及其调控机制	小鼠大脑中的单细胞	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数千个细胞
10	2024-08-09	Isolation of the Side Population in Myc-induced T-cell Acute Lymphoblastic Leukemia in Zebrafish 2017-05-04, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/55711 PMID:28518092	研究论文	本文描述了一种在斑马鱼中分离Myc诱导的T细胞急性淋巴母细胞白血病（T-ALL）旁系细胞群的方法	首次在斑马鱼T-ALL模型中描述了如何分离旁系细胞群，并提出了通过单细胞转录组学研究这些细胞遗传特征的可能性	目前尚无已知的斑马鱼细胞表面标记物来确认这些旁系细胞是否具有癌症干细胞样特性	研究斑马鱼T-ALL中的旁系细胞群	斑马鱼T-ALL中的旁系细胞群	NA	T细胞急性淋巴母细胞白血病	流式细胞术	NA	细胞	多个斑马鱼胚胎
11	2024-08-09	Hierarchical Specification of Pruriceptors by Runt-Domain Transcription Factor Runx1 2017-05-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0094-17.2017 PMID:28476948	研究论文	本文研究了Runx1转录因子在背根神经节（DRG）感觉神经元中的作用，特别是其在瘙痒感受器发育中的功能	首次揭示了Runx1在瘙痒感受器发育中的双重作用，早期促进NPPB细胞形成，后期转变为基因抑制因子	NA	探讨Runx1在瘙痒感受器发育中的作用及其对感觉神经元形成不同感觉模式的控制机制	背根神经节中的感觉神经元及其在瘙痒信息传递中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用雌雄两性的小鼠进行行为学研究
12	2024-08-09	Vitamin A-Retinoic Acid Signaling Regulates Hematopoietic Stem Cell Dormancy 2017-May-18, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.04.018 PMID:28479188	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了静止期造血干细胞（dHSCs）从静止状态向细胞周期进入的连续发展路径，并探讨了维生素A-视黄酸信号通路对其调控机制的影响。	首次展示了dHSCs从静止状态过渡到细胞周期进入的连续发展路径，并揭示了低Myc水平和高视黄酸程序表达是dHSCs的特征。	NA	探究静止期造血干细胞的分子身份及其维持或退出静止状态的调控机制。	静止期造血干细胞（dHSCs）及其在维生素A-视黄酸信号通路调控下的行为。	NA	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列	NA
13	2024-08-09	Spatially resolved transcriptome profiling in model plant species 2017-May-08, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/nplants.2017.61 PMID:28481330	研究论文	本文介绍了一种在多种模式植物系统中生成和研究高分辨率空间解析功能轮廓的新方法	首次提出了一种适用于广泛模式植物系统的高通量空间转录组分析方法	NA	探索复杂生物系统的功能特征，特别是在植物中的空间表达谱	模式被子植物和裸子植物的微切片	NA	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	在拟南芥中分析了八个花序组织域中的141个基因和189条通路的表达水平
14	2024-08-09	Single-cell RNA-seq enables comprehensive tumour and immune cell profiling in primary breast cancer 2017-05-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms15081 PMID:28474673	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术对乳腺癌组织进行转录组分析，揭示了肿瘤细胞和免疫细胞的异质性	首次在单细胞水平上全面分析了乳腺癌肿瘤细胞及其周围微环境中的免疫细胞	研究样本仅来自11名患者，可能影响结果的普遍性	探讨乳腺癌肿瘤细胞及其微环境中免疫细胞的转录组异质性	乳腺癌肿瘤细胞及其周围的基质和免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	515个细胞来自11名患者
15	2024-08-09	Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephritis 2017-May-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.93009 PMID:28469080	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析狼疮性肾炎患者的肾和皮肤活检组织，以揭示疾病的分子异质性	首次展示了scRNA-seq在常规护理中获取样本的可行性，并揭示了皮肤活检作为肾病标志物的潜力	NA	探讨狼疮性肾炎的分子异质性，并寻找新的诊断和治疗标志物	狼疮性肾炎患者的肾和皮肤组织	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	人类肾和皮肤活检组织样本
16	2024-08-09	Pseudotemporal Ordering of Single Cells Reveals Metabolic Control of Postnatal β Cell Proliferation 2017-May-02, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2017.04.014 PMID:28467932	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了出生后β细胞增殖的代谢调控机制	首次提供了出生后β细胞状态变化的高分辨率分子特征，并揭示了氨基酸代谢、线粒体功能及Srf/Jun/Fos转录因子在β细胞增殖中的作用	NA	探究出生后β细胞增殖的调控机制，并寻找新的治疗靶点以促进β细胞再生	出生后β细胞的转录组动态变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个出生后时间点的β细胞样本
17	2024-08-09	Human organomics: a fresh approach to understanding human development using single-cell transcriptomics 2017-05-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.150458 PMID:28465333	research paper	本文总结了利用单细胞转录组学技术在类器官上进行的研究方法，并讨论了将这些技术应用于生成人体发育和疾病的器官水平机制模型的机遇与挑战	利用创新的单细胞转录组学技术，从多能干细胞重现人体器官发生过程，解析类器官的组成部分并重建细胞分化过程中的谱系轨迹	NA	探索人体发育生物学，生成人体发育和疾病的器官水平机制模型	人体器官发育过程及疾病机制	digital pathology	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
18	2024-08-09	Conditional knockin of Dnmt3a R878H initiates acute myeloid leukemia with mTOR pathway involvement 2017-05-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1703476114 PMID:28461508	research paper	本文通过生成Dnmt3a R878H条件性敲入小鼠，研究了R882H突变在人类急性髓系白血病（AML）中的特征。	首次通过条件性敲入技术生成Dnmt3a R878H小鼠模型，揭示了该突变在AML中的分子和表观遗传学变化。	NA	探索Dnmt3a R878H突变在急性髓系白血病中的作用及其分子机制。	Dnmt3a R878H条件性敲入小鼠及其在AML中的表型和分子特征。	NA	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组和DNA甲基化数据	Dnmt3a R878H条件性敲入小鼠
19	2024-08-09	A Gene Regulatory Network Balances Neural and Mesoderm Specification during Vertebrate Trunk Development 2017-05-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2017.04.002 PMID:28457792	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术，识别神经中胚层前体细胞（NMPs）的分子特征，并逆向工程其分化调控机制	揭示了一个转录调控网络，该网络整合了相互对抗的视黄酸（RA）和Wnt信号，以决定细胞进入和退出NMP状态的速率	NA	研究脊椎动物躯干发育过程中神经和中胚层分化平衡的基因调控网络	神经中胚层前体细胞（NMPs）及其分化调控机制	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
20	2024-08-09	Heterogeneity of hypothalamic pro-opiomelanocortin-expressing neurons revealed by single-cell RNA sequencing 2017-05, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2017.02.007 PMID:28462073	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了下丘脑中表达前阿片黑素皮质素原（POMC）神经元的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分类了POMC神经元的不同亚型，并分析了它们的基因表达特征	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人类研究来验证结果	探索下丘脑中POMC神经元的异质性及其在体重控制中的作用	下丘脑中的POMC神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	163个神经元样本