单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Building a lineage from single cells: genetic techniques for cell lineage tracking 2017-04, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.159 PMID:28111472	综述	本文讨论了细胞谱系追踪的技术	探讨了最新的外源性标记和单细胞测序方法，这些方法使得在更大规模和更多物种中进行谱系追踪成为可能	未提及具体的实验数据和案例研究	研究细胞谱系关系及其对病理状态和发育途径的影响	关注细胞谱系追踪的技术和方法	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
2	2024-08-07	Power analysis of single-cell RNA-sequencing experiments 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4220 PMID:28263961	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中多种协议的灵敏度和准确性	开发了一个灵活的工具用于计数独特分子标识符（UMI），并提供了一个综合框架来比较scRNA-seq协议	NA	比较不同scRNA-seq协议在检测和准确量化基因表达方面的能力	scRNA-seq协议的灵敏度和准确性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	15种计算比较的协议和4种实验比较的协议
3	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of Neural Stem Cells 2017-Apr, Current pharmacology reports DOI:10.1007/s40495-017-0084-3 PMID:29862164	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在神经干细胞（NSCs）研究中的最新进展	介绍了scRNA-seq技术及其在NSC研究中的应用，探讨了该技术在基础研究和再生医学中的未来方向	讨论了scRNA-seq技术面临的挑战	探讨scRNA-seq技术在神经干细胞研究中的应用及其未来发展	成年中枢神经系统中的神经干细胞（NSCs）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
4	2024-08-09	SCALE: modeling allele-specific gene expression by single-cell RNA sequencing 2017-04-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1200-8 PMID:28446220	研究论文	本文提出了一种名为SCALE的方法，用于通过单细胞RNA测序分析基因组范围内的等位基因特异性爆发	SCALE方法能够调整技术变异性，检测表现出等位基因爆发参数差异的基因以及等位基因非独立爆发的基因	NA	研究等位基因特异性表达及其爆发特性	小鼠囊胚和人类成纤维细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	SCALE	基因表达数据	小鼠囊胚和人类成纤维细胞样本
5	2024-08-09	Principles of Systems Biology, No. 16 2017-04-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2017.04.002 PMID:28448794	review	本篇文章回顾了系统生物学领域的几个关键进展，包括T细胞的二元信号传导、交互作用图谱的进展、单细胞RNA测序等	NA	NA	回顾系统生物学领域的最新进展	T细胞信号传导、细胞间交互作用、单细胞RNA测序等	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
6	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors 2017-04-21, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aah4573 PMID:28428369	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了人类血液中树突状细胞和单核细胞的新亚型及其相互关系	发现了六种新的树突状细胞亚型和四种单核细胞亚型，并重新定义了浆细胞样树突状细胞的特性	NA	深入理解树突状细胞和单核细胞的亚型及其在免疫反应中的作用	人类血液中的树突状细胞和单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	约2400个细胞
7	2024-08-09	Epithelial-Mesenchymal Micro-niches Govern Stem Cell Lineage Choices 2017-04-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.03.038 PMID:28413068	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了毛囊中干细胞和过渡放大细胞的意外异质性，并追踪这种异质性源于上皮-间质界面的微环境	发现了干细胞和过渡放大细胞在毛囊中的异质性，并揭示了这种异质性由上皮-间质界面的微环境调控	NA	探究干细胞在组织中的行为及其对形态发生和再生的影响	成人组织干细胞及其微环境	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个毛囊中的单个细胞
8	2024-08-09	Functional Enhancer Screening in Single Cells 2017-Apr-20, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.03.018 PMID:28431229	research paper	本文介绍了一种名为Mosaic-seq的技术，结合CRISPRi和单细胞RNA测序，用于高吞吐量评估增强子对基因调控的贡献	Mosaic-seq技术结合了CRISPRi和单细胞RNA测序，实现了对增强子功能的高通量评估	NA	开发和应用新技术以评估增强子在基因调控中的作用	增强子在基因调控中的功能	基因组学	NA	CRISPRi, 单细胞RNA测序	NA	RNA	单细胞
9	2024-08-09	Measuring Signaling and RNA-Seq in the Same Cell Links Gene Expression to Dynamic Patterns of NF-κB Activation 2017-04-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2017.03.010 PMID:28396000	研究论文	本文通过整合活细胞成像和单细胞测序技术，研究了脂多糖诱导的NF-κB激活动态与基因表达输出之间的关系	本文首次在同一细胞内同时测量NF-κB激活动态和全局转录反应，揭示了NF-κB动态在决定细胞表型中的功能作用	NA	探索信号蛋白动态响应的异质性及其对基因表达输出的影响	NF-κB激活动态与基因表达输出之间的关系	基因表达	NA	RNA-Seq	NA	图像和文本	单个细胞
10	2024-08-09	Visualization and analysis of single-cell RNA-seq data by kernel-based similarity learning 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4207 PMID:28263960	研究论文	本文介绍了通过多核学习（SIMLR）对单细胞RNA测序数据进行相似性度量学习的分析框架和软件，用于降维、聚类和可视化	SIMLR方法在七个已发表的数据集上与最先进的方法进行了基准测试，显示出其可扩展性，并显著提高了聚类性能，同时改善了单细胞测序数据的可视化和可解释性	NA	开发一种新的分析框架和软件，用于从单细胞RNA测序数据中学习相似性度量，以进行数据降维、聚类和可视化	单细胞RNA测序数据	计算机视觉	NA	RNA-seq	多核学习（SIMLR）	RNA测序数据	七个已发表的数据集
11	2024-08-09	Early transcriptional and epigenetic regulation of CD8+ T cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing 2017-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3688 PMID:28218746	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了病毒感染过程中CD8+ T细胞分化的早期转录和表观遗传调控机制	发现了CD8+ T细胞在第一次分裂后显著的转录分化，并识别了控制CD8+ T细胞命运指定的先前未知的分子决定因素	NA	阐明微生物感染过程中CD8+ T细胞分化背后的动态转录变化	CD8+ T细胞在病毒感染过程中的分化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个CD8+ T细胞
12	2024-08-09	Seq-Well: portable, low-cost RNA sequencing of single cells at high throughput 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4179 PMID:28192419	研究论文	本文介绍了一种便携式、低成本的高通量单细胞RNA测序平台Seq-Well	Seq-Well平台通过使用条形码mRNA捕获珠和单细胞密封在亚纳升孔阵列中，实现了高效的细胞裂解和转录本捕获	NA	开发一种适用于低输入样本的高通量单细胞RNA测序方法	主要研究了暴露于结核分枝杆菌的人类巨噬细胞	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个
13	2024-08-09	Advances in understanding tumour evolution through single-cell sequencing 2017-Apr, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2017.02.001 PMID:28193548	综述	本文综述了通过单细胞测序技术理解肿瘤演化的最新进展	介绍了通过单细胞测序分析肿瘤演化历史和伴随异质性的新计算挑战和建模框架	NA	探讨如何通过单细胞测序数据理解肿瘤的亚克隆组成和突变历史，以设计针对个体患者的治疗方案	肿瘤的亚克隆组成和突变历史	数字病理学	NA	下一代测序(NGS)	NA	单细胞测序数据	大量肿瘤样本
14	2024-08-09	Modeling the Genetic Regulation of Cancer Metabolism: Interplay between Glycolysis and Oxidative Phosphorylation 2017-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-16-2074 PMID:28202516	研究论文	本研究采用系统生物学方法，解析了癌症细胞中糖酵解和氧化磷酸化之间的调控原理	提出了癌症细胞中糖酵解和氧化磷酸化共存的混合状态，并开发了量化这两种代谢活性的特征	NA	揭示癌症代谢的调控原理，并设计针对代谢的癌症治疗策略	癌症细胞中的糖酵解和氧化磷酸化调控	数字病理学	癌症	系统生物学	NA	转录组数据	多癌症类型的癌症基因组图谱患者转录组数据及肺腺癌的单细胞RNA测序数据
15	2024-08-09	Human iPSC-Derived Cerebral Organoids Model Cellular Features of Lissencephaly and Reveal Prolonged Mitosis of Outer Radial Glia 2017-04-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.12.007 PMID:28111201	研究论文	本研究通过分析从正常和Miller-Dieker综合征（MDS）诱导的多能干细胞（iPSCs）衍生的脑类器官，探讨MDS对控制神经元输出和影响脑拓扑结构的人类前体细胞亚型的影响。	本研究首次揭示了MDS相关的外放射状胶质细胞的延长有丝分裂缺陷，并展示了脑类器官在模拟人类神经发育障碍方面的广泛应用。	NA	探讨Miller-Dieker综合征对人类前体细胞亚型的影响及其在神经发育障碍中的作用。	从正常和MDS诱导的多能干细胞衍生的脑类器官。	数字病理学	神经发育障碍	时间流逝成像、免疫染色和单细胞RNA测序。	NA	细胞	NA
16	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing highlights transcription activity of autophagy-related genes during hematopoietic stem cell formation in mouse embryos 2017-Apr-03, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2016.1278093 PMID:28129010	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠胚胎发育过程中，造血干细胞形成期间自噬相关基因的转录活性动态变化	首次在单细胞水平上探讨了小鼠胚胎发育过程中造血干细胞形成期间自噬相关基因的动态表达	NA	探究自噬在胚胎造血干细胞形成中的作用	小鼠胚胎发育过程中的造血干细胞形成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5个与造血干细胞形成相关的细胞群体
17	2024-08-09	Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R 2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw777 PMID:28088763	研究论文	本文介绍了R/Bioconductor包scater，用于单细胞RNA测序数据的前处理、质量控制、归一化和可视化	scater包提供了一个方便、灵活的工作流程，用于将原始测序读取数据处理成高质量的表达数据集，并提供了一套丰富的单细胞数据绘图工具	NA	开发一个工具，用于简化单细胞RNA测序数据的前处理、质量控制、归一化和可视化过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
18	2024-08-09	SLICE: determining cell differentiation and lineage based on single cell entropy 2017-04-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw1278 PMID:27998929	研究论文	开发了一种名为SLICE的新算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）基于单细胞熵定量测量细胞分化状态，并通过构建熵引导的细胞轨迹预测细胞分化谱系	SLICE算法通过单细胞熵定量测量细胞分化状态，并预测细胞分化谱系，具有创新性	NA	理解细胞的谱系和分化状态，以最终阐明器官形成和功能	单细胞的分化状态和谱系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自人类和鼠类的三个独立数据集，以及胚胎小鼠肺的scRNA-seq数据
19	2024-08-09	switchde: inference of switch-like differential expression along single-cell trajectories 2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw798 PMID:28011787	research paper	本文介绍了一种名为switchde的统计框架和相应的R包，用于识别沿着伪时间轨迹的基因开关样差异表达	提出了一种新的统计框架switchde，用于模型拟合快速，提供可解释的参数估计，并报告支持拒绝恒定表达模型的P值	NA	开发一种方法来模拟沿着单细胞轨迹的基因差异表达	单细胞RNA-seq数据中的基因差异表达	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	统计模型	基因表达数据	NA