单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	High-throughput screening of rare metabolically active tumor cells in pleural effusion and peripheral blood of lung cancer patients 2017-03-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1612229114 PMID:28223509	研究论文	本文描述了一种高灵敏度的方法，通过利用肿瘤细胞与良性细胞之间葡萄糖代谢的改变，快速检测恶性胸腔积液中的代谢活跃肿瘤细胞	该方法通过高吞吐量的荧光筛选技术，在一个包含200,000个可寻址微孔的芯片中识别并收集代谢活跃的肿瘤细胞，用于恶性确认	NA	开发一种新的诊断方法，用于准确检测恶性胸腔积液中的肿瘤细胞，并帮助识别驱动致癌基因和导致耐药的突变	恶性胸腔积液和外周血中的肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	图像	分析了一组肺癌患者的恶性胸腔积液样本
22	2024-08-09	Detection of Imprinted Genes by Single-Cell Allele-Specific Gene Expression 2017-Mar-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2017.01.028 PMID:28190458	研究论文	本文报道了一种结合单细胞RNA测序和全基因组测序的原创且稳健的方法，用于分析特定细胞类型和不同个体中的基因组印记	本文提出的单细胞方法相较于传统的批量RNA测序，能更有效地识别印记基因	NA	验证已知印记基因的印记状态并发现新的印记基因	人类和小鼠模型中的印记基因	基因组学	糖尿病, 癌症	单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	RNA序列	1,084个初级成纤维细胞样本
23	2024-08-09	Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq 2017-03, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.003 PMID:28207000	研究论文	本文介绍了使用Geo-seq方法结合激光捕获显微切割（LCM）和单细胞RNA测序技术进行空间转录组分析的过程	Geo-seq方法能够同时解析细胞异质性和空间变异，保留了细胞的原生空间信息	数据分析时间较长，取决于数据量和处理器速度	探索细胞特性的生物学和病理学问题，如潜在的细胞命运、生物学功能和基因调控网络	小鼠早期胚胎、小鼠大脑、病理肝脏和精子组织的空间转录组	数字病理学	NA	Geo-seq	NA	转录组数据	少量细胞
24	2024-08-09	The impact of melanoma genetics on treatment response and resistance in clinical and experimental studies 2017-03, Cancer metastasis reviews DOI:10.1007/s10555-017-9657-1 PMID:28210865	研究论文	本文探讨了黑色素瘤遗传学对治疗反应和耐药性的影响，特别是在临床和实验研究中	利用高通量测序技术识别了新的黑色素瘤相关基因和通路，并探讨了肿瘤异质性对治疗反应的影响	目前的研究主要集中在大量肿瘤的测序上，未充分考虑肿瘤内的小部分耐药细胞	旨在理解黑色素瘤的分子发病机制、治疗反应和耐药性	黑色素瘤的遗传变异及其对治疗反应和耐药性的影响	数字病理学	黑色素瘤	高通量测序技术	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
25	2024-08-09	Whole-genome single-cell copy number profiling from formalin-fixed paraffin-embedded samples 2017-Mar, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4279 PMID:28165479	研究论文	本文开发并验证了一种稳健准确的方法，用于从福尔马林固定石蜡包埋的临床肿瘤样本中获取的单个细胞核进行全基因组拷贝数分析	首次实现了从福尔马林固定石蜡包埋样本中进行单细胞全基因组拷贝数分析	NA	研究肿瘤内遗传异质性及其对精准医疗实施的挑战	从福尔马林固定石蜡包埋的临床肿瘤样本中获取的单个细胞核	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
26	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the human placenta: inferring the cell communication network of the maternal-fetal interface 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207597.116 PMID:28174237	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，研究了胎盘滋养层细胞与母体子宫内膜基质细胞间的细胞互作网络	发现G蛋白偶联受体的高度细胞类型特异性表达，以及子宫蜕膜细胞作为细胞互作中心的特性	NA	探究人类胎盘中母胎界面的细胞通信网络	胎盘滋养层细胞与母体子宫内膜基质细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
27	2024-08-09	Single-cell mRNA quantification and differential analysis with Census 2017-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4150 PMID:28114287	研究论文	本文介绍了Census算法，用于将单细胞RNA-seq的相对表达水平转换为相对转录本计数，无需实验中的spike-in对照	Census算法提高了单细胞RNA-seq数据分析的准确性，并启用了新的统计测试来识别发育调控基因	NA	开发和验证一种新的算法，用于改进单细胞基因表达数据的分析	单细胞RNA-seq数据，特别是发育和疾病研究中的数据	生物信息学	NA	RNA-seq	Census算法	基因表达数据	多个发育和疾病研究的单细胞数据
28	2024-08-09	Xist-dependent imprinted X inactivation and the early developmental consequences of its failure 2017-03, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/nsmb.3365 PMID:28134930	research paper	本研究通过单细胞RNA测序分析早期胚胎，揭示了Xist依赖的印迹X染色体失活及其失败的早期发育后果。	首次发现印迹X染色体失活的启动绝对需要Xist，并揭示了Xist缺乏导致的基因组范围转录失调和胚外途径激活失败。	NA	探究Xist依赖的印迹X染色体失活及其失败的早期发育后果。	小鼠早期胚胎中的Xist依赖性X染色体失活。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	早期胚胎
29	2024-08-09	Effective detection of variation in single-cell transcriptomes using MATQ-seq 2017-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4145 PMID:28092691	研究论文	本文介绍了一种名为MATQ-seq的高灵敏度和定量性的单细胞总RNA测序方法，用于有效检测单细胞转录组变异	MATQ-seq方法通过系统地确定技术噪声，能够捕捉单细胞整个转录组之间的真实生物变异	NA	开发和验证一种新的单细胞RNA测序技术，以提高转录变异的检测灵敏度和准确性	单细胞转录组变异	数字病理学	NA	MATQ-seq	NA	RNA序列	单细胞
30	2024-08-09	UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.209601.116 PMID:28100584	研究论文	本文介绍了UMI-tools软件包，该软件包采用网络方法来处理UMI序列中的错误，以提高定量准确性	引入了网络方法来处理UMI序列中的错误，并展示了在模拟条件和实际数据集中的改进效果	NA	提高使用UMI的高通量测序实验的定量准确性	UMI序列中的错误处理方法	生物信息学	NA	高通量测序	网络方法	序列数据	涉及iCLIP和单细胞RNA-seq数据集
31	2024-08-09	Molecular diversity of corticotropin-releasing hormone mRNA-containing neurons in the hypothalamus 2017-03, The Journal of endocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1530/JOE-16-0256 PMID:28057867	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序和电路图谱技术，探讨下丘脑中含皮质释放激素（CRH）mRNA神经元的分子多样性	提出CRH的产生反映了下丘脑神经元的状态转换，而非表型分离神经元的身份标志	NA	探讨下丘脑中CRH神经元的功能和分子多样性	下丘脑中含CRH mRNA的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
32	2024-08-09	Quantitative approaches for investigating the spatial context of gene expression 2017-03, Wiley interdisciplinary reviews. Systems biology and medicine DOI:10.1002/wsbm.1369 PMID:28001340	研究论文	本文探讨了现代原位和单细胞遗传方法的基本原理，量化影响细胞决策的内在和外在力量的挑战，以及制作基因调控、形态和功能可视化图谱的技术要求	介绍了荧光原位测序（FISSEQ）等原位测序技术，尝试直接在显微镜图像中可视化遗传特征	量化影响细胞决策的内在和外在力量存在技术障碍	研究生长、发育和癌症进展过程中调控序列的功能进化	基因表达的空间信息及其在发育中的转录调控	NA	NA	荧光原位测序（FISSEQ）、单细胞RNA测序结合荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	NA
33	2024-08-09	Falco: a quick and flexible single-cell RNA-seq processing framework on the cloud 2017-03-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw732 PMID:28025200	研究论文	介绍了一种基于云的单细胞RNA测序处理框架Falco，利用Apache Hadoop和Apache Spark技术实现大规模并行分析	Falco框架能够使现有的RNA测序处理流程并行化，处理速度比在高度优化的独立计算机上运行快2.6至145.4倍，并能利用亚马逊网络服务的低成本现货实例降低分析成本约65%	NA	开发一种快速且灵活的单细胞RNA测序处理框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个公开的单细胞RNA测序数据集
34	2024-08-09	Neurogenic Radial Glia-like Cells in Meninges Migrate and Differentiate into Functionally Integrated Neurons in the Neonatal Cortex 2017-03-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.020 PMID:27889318	研究论文	本文报道了围产期小鼠脑膜中含有在胚胎发育期间形成的一群神经发生性前体细胞，这些细胞迁移到尾侧皮质并分化为皮质II-IV层的Satb2神经元	首次发现脑膜中的胚胎来源的放射状胶质样细胞能在新生期的大脑皮质中迁移并分化为功能性神经元	NA	探讨出生后大脑皮质是否会增加新的神经元	围产期小鼠的脑膜和新生期大脑皮质中的神经发生性前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	围产期小鼠的脑膜细胞
35	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals lincRNA expression differences in Hela-S3 cells 2017-Mar, Biotechnology letters IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s10529-016-2260-7 PMID:27878653	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析Hela-S3细胞中的长链非编码RNA（lincRNA）表达差异	首次在单细胞水平上揭示了Hela-S3细胞中lincRNA的表达特异性及其在细胞功能网络中的作用	NA	研究宫颈癌发展中lincRNA的功能验证和临床应用	Hela-S3细胞中的lincRNA	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	37个Hela-S3细胞
36	2024-08-09	Integrative Single-Cell Transcriptomics Reveals Molecular Networks Defining Neuronal Maturation During Postnatal Neurogenesis 2017-03-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhw040 PMID:26989163	研究论文	本研究利用单细胞转录组学结合新的整合生物信息学方法，揭示了在哺乳动物海马体中，DCX表达的未成熟神经元在神经发生过程中通过特定的转录网络进展到不同的发育阶段	本研究首次通过单细胞RNA测序和整合生物信息学方法，分类了未成熟神经元的不同发育亚群，并揭示了与神经元成熟相关的新途径	NA	测试DCX表达的未成熟神经元通过特定转录网络进展到不同发育阶段的假设	哺乳动物海马体中的未成熟神经元及其在神经发生过程中的分子网络	数字病理学	神经发育疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA