单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 36 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Aging increases cell-to-cell transcriptional variability upon immune stimulation
2017-03-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aah4115
PMID:28360329
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析年轻与年老小鼠CD4 T细胞的转录动态，发现衰老会增加免疫刺激后细胞间的转录变异性 | 首次在两种不同物种中揭示衰老会导致免疫激活核心程序紊乱并增加细胞间转录异质性 | 研究仅针对CD4 T细胞，未涉及其他细胞类型或组织 | 探索衰老对免疫细胞转录动态的影响机制 | 年轻与年老小鼠的初始和效应记忆CD4 T细胞 | 单细胞基因组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两种不同物种的年轻和年老小鼠CD4 T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Probabilistic modeling of bifurcations in single-cell gene expression data using a Bayesian mixture of factor analyzers
2017-Mar-15, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.11087.1
PMID:28503665
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研究论文 | 提出首个基于贝叶斯分层因子分析混合模型的生成式概率模型，用于单细胞转录组数据中的分支推断 | 首个完全概率生成模型，采用贝叶斯分层因子分析混合方法和经验贝叶斯扩展处理零膨胀数据 | 讨论了统一概率方法在实践生物信息学分析中的优缺点 | 推断单细胞转录组数据中的分支结构 | 单细胞基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯分层因子分析混合模型，马尔可夫链蒙特卡洛采样 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Planarian Epidermal Stem Cells Respond to Positional Cues to Promote Cell-Type Diversity
2017-03-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2017.02.008
PMID:28292427
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示涡虫表皮干细胞如何响应位置信号促进细胞类型多样性 | 发现表皮干细胞在谱系早期就表现出空间身份差异，并揭示BMP信号通路在建立背腹侧表皮身份中的关键作用 | 研究主要聚焦于表皮谱系，其他细胞谱系的位置调控机制尚未探索 | 探究成体祖细胞如何通过位置信号获得不同功能身份 | 涡虫表皮干细胞及其后代细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq and computational analysis using temporal mixture modelling resolves Th1/Tfh fate bifurcation in malaria
2017-Mar-03, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aal2192
PMID:28345074
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和计算分析解析疟疾感染中Th1/Tfh细胞命运分叉 | 开发了GPfates时间混合模型重建Th1/Tfh细胞发育轨迹，首次在群体和单克隆水平证明Th1/Tfh分叉 | 研究局限于小鼠疟疾感染模型，人类细胞中的适用性需要进一步验证 | 解析CD4 T细胞在疟疾感染中分化为Th1和Tfh细胞的命运决定机制 | 小鼠疟疾感染模型中的 naïve CD4 T细胞、Th1细胞、Tfh细胞和Tr1细胞 | 计算生物学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序，TCR序列追踪，计算建模 | 高斯过程混合模型(GPfates) | 单细胞转录组数据，TCR序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Detection of Imprinted Genes by Single-Cell Allele-Specific Gene Expression
2017-Mar-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2017.01.028
PMID:28190458
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研究论文 | 开发了一种结合单细胞RNA测序和全基因组测序的新方法，用于检测特定细胞类型中的印记基因 | 将单细胞RNA-seq与全基因组测序结合到优化的统计框架中，能够在特定细胞类型和不同个体中分析基因组印记 | 样本量相对较小，仅使用了2个家庭三人组和3个无关个体的样本 | 开发检测印记基因的新方法并建立细胞类型特异性的基因组印记图谱 | 人类原代成纤维细胞 | 基因组学 | 糖尿病,癌症 | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | beta-二项分布统计模型 | RNA测序数据,基因组测序数据 | 1,084个原代成纤维细胞，来自2个家庭三人组和3个无关个体 | NA | 单细胞RNA-seq,全基因组测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout
2017-Mar, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4177
PMID:28099430
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研究论文 | 开发了一种将CRISPR筛选与单细胞RNA测序相结合的新方法CROP-seq | 首次将CRISPR筛选与单细胞转录组测序整合，实现数千个单细胞中直接关联gRNA表达与转录组响应 | NA | 开发高通量功能基因组学筛选方法 | 复杂调控机制和异质性细胞群体 | 基因组学 | NA | CRISPR筛选，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | CRISPR droplet sequencing (CROP-seq) |
| 7 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis of fish immune cells provides insight into the evolution of vertebrate immune cell types
2017-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.207704.116
PMID:28087841
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较脊椎动物免疫细胞类型的进化特征 | 首次在非哺乳类脊椎动物（斑马鱼）中获得特定免疫细胞类型的转录组，发现新型NK样细胞和免疫细胞特异性基因 | 仅分析了斑马鱼一种非哺乳类物种，需要更多物种验证普遍性 | 研究脊椎动物免疫细胞类型的进化特征 | 人类、小鼠和斑马鱼的免疫细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Xist-dependent imprinted X inactivation and the early developmental consequences of its failure
2017-03, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/nsmb.3365
PMID:28134930
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Xist在早期小鼠胚胎中调控印记X染色体失活的关键作用 | 首次证明印记X染色体失活的启动绝对需要Xist，并发现Xist缺失导致囊胚期全基因组转录失调和胚外发育通路激活失败 | 研究仅限于小鼠胚胎模型，未涉及其他物种 | 探究Xist依赖性印记X染色体失活机制及其早期发育后果 | 小鼠早期植入前胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 早期植入前小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy
2017-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.209601.116
PMID:28100584
|
研究论文 | 开发了基于网络的方法来建模UMI测序错误，提高高通量测序实验的定量准确性 | 首次提出网络化方法系统处理UMI测序错误，相比传统忽略或临时解决方案有显著改进 | 未明确说明方法在超大规模数据集上的计算效率 | 提高高通量测序中基于UMI的定量分析准确性 | 独特分子标识符(UMI)的测序错误建模 | 生物信息学 | NA | iCLIP, 单细胞RNA测序 | 基于网络的方法 | 测序数据 | 模拟条件和真实iCLIP及单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2024-08-05 |
Single-Cell Profiling of an In Vitro Model of Human Interneuron Development Reveals Temporal Dynamics of Cell Type Production and Maturation
2017-Mar-08, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2017.02.014
PMID:28279351
|
research paper | 这篇文章描述了一种从人类胚胎干细胞生成皮质抑制神经元的协议，并分析了不同细胞类型的特性和成熟时间过程 | 文章创新性在于揭示了细胞类型的产生和成熟时间动态，模拟了体内神经元和胶质细胞的生成时间模式 | 文中未具体提及实验样本的多样性和研究的长期效果 | 研究人类抑制神经元的生成及其在神经精神疾病中的潜在应用 | 主要研究对象为从人类胚胎干细胞生成的皮质抑制神经元 | 数字病理学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | 使用人类胚胎干细胞产生的皮质抑制神经元样本 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-05 |
Next-generation molecular diagnosis: single-cell sequencing from bench to bedside
2017-03, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-016-2368-x
PMID:27738745
|
综述 | 本综述提供了单细胞测序在基因组医学中诊断应用的现状和前景概述 | 该文章强调了单细胞测序在新生物标志物识别和靶向治疗中的潜力，促进了基因组医学的下一步发展 | NA | 简要说明单细胞测序在早期疾病检测和诊断中的应用 | 单细胞测序在胚前基因诊断、非侵入性产前诊断和循环肿瘤细胞分析中的使用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
Discovering sparse transcription factor codes for cell states and state transitions during development
2017-03-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.20488
PMID:28296636
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研究论文 | 本文通过计算分析基因表达水平，发现了一组稀疏的基因子集在B细胞和T细胞发育谱系中的表达模式，并开发了一种统计框架来同时推断谱系转换和决定这些关系的基因 | 本文开发了一种新的统计框架，能够同时推断细胞谱系转换和关键基因，并将其应用于早期造血、肠道和人类皮质发育的单细胞RNA测序数据分析 | NA | 确定多能细胞在发育过程中做出的谱系选择顺序，并识别影响这些选择的基因 | B细胞和T细胞发育谱系中的细胞状态和状态转换 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 早期造血、肠道和人类皮质发育的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-08 |
MR-seq: measuring a single cell's transcriptome repeatedly by RNA-seq
2017-Mar-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2017.01.029
PMID:36659282
|
research paper | 本文介绍了一种名为MR-seq的新型单细胞RNA-seq技术，该技术通过重复测量单个细胞的转录组，能够统计评估技术变异并识别两个单细胞之间的差异表达基因。 | MR-seq技术提高了阳性预测值，并能应用于早期小鼠胚胎，识别出数百个候选的胚胎内异质性基因。 | NA | 开发和验证一种新的单细胞RNA-seq技术，用于检测少量细胞间的差异表达基因。 | 单细胞转录组和小鼠早期胚胎。 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 每个单细胞测量两次 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-09 |
Single-cell genomic profiling of acute myeloid leukemia for clinical use: A pilot study
2017-Mar, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2017.5669
PMID:28454300
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞基因组学在临床诊断中的应用，特别是针对急性髓系白血病的单细胞RNA测序。 | 通过单细胞基因组学技术，能够区分肿瘤异质性，并可能通过识别和表征潜在的亚克隆群体来改善临床诊断。 | 研究中识别的局限性包括显著的随机RNA丢失和当前提议平台的相对低通量。 | 验证单细胞基因组学在临床诊断中的应用概念。 | 急性髓系白血病骨髓样本中的单个细胞。 | 数字病理学 | 血液病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 20个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq
2017-03-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aai8478
PMID:28360267
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了IDH突变型胶质瘤中的遗传、谱系和微环境因素 | 首次通过大规模单细胞RNA测序数据揭示了IDH突变型胶质瘤中不同肿瘤亚类的遗传和微环境差异 | NA | 解析IDH突变型胶质瘤中遗传、谱系和微环境的影响 | IDH突变型胶质瘤 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 14,226个单细胞RNA测序数据来自16名患者，165名患者的批量RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies distinct mouse medial ganglionic eminence cell types
2017-03-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep45656
PMID:28361918
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）中的两种不同细胞类型 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了小鼠胚胎MGE发育程序，并提出了皮质中间神经元（CINs）的指定机制 | 未能在MGE前体细胞中识别出可能对应不同CINs前体的细胞 | 探究小鼠皮质中间神经元多样性的生成机制 | 小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）细胞及从胚胎干细胞分化出的MGE样细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 小鼠胚胎MGE细胞及MGE样细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
CIDR: Ultrafast and accurate clustering through imputation for single-cell RNA-seq data
2017-03-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1188-0
PMID:28351406
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CIDR的超快速算法，通过隐式插补和降维方法处理单细胞RNA测序数据中的丢失数据，以提高聚类准确性 | CIDR采用了一种新颖且简单的隐式插补方法来减轻单细胞RNA测序数据中丢失数据的影响 | NA | 开发一种快速且准确的算法用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数百到数千个细胞的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Hypothalamic Cell Diversity
2017-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2017.03.004
PMID:28355573
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠下丘脑的细胞多样性 | 首次通过单细胞RNA测序定义了下丘脑中11种非神经元和34种神经元细胞群，并揭示了它们独特的转录特征 | NA | 旨在理解下丘脑的功能及其相关疾病，通过定义细胞组成和细胞类型特异性的转录特征 | 成年小鼠的下丘脑细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠的下丘脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Advanced Methodologies in High-Throughput Sequencing of Immune Repertoires
2017-03, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2016.09.010
PMID:28341036
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综述 | 本文详细概述了用于测序适应性免疫库的高级方法学，特别关注减少测序错误和偏差以及实现高吞吐量配对可变区域的策略 | 本文介绍了最新的单细胞转录组测序技术，这些技术可以与免疫库整合 | NA | 探讨高级免疫库测序技术在基础免疫学、生物制药药物发现与开发以及癌症免疫治疗中的应用 | 适应性免疫库的测序方法和技术 | 生物信息学 | NA | 高吞吐量测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Mechanism for microbial population collapse in a fluctuating resource environment
2017-03-20, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20167058
PMID:28320772
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研究论文 | 研究了微生物群落在波动资源环境中的基因调控机制及其对生态稳定性的影响 | 发现单一调控突变能防止微生物群落崩溃的现象 | 研究仅限于特定的硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用 | 探究微生物群落在波动资源环境中的适应性和稳定性 | 硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用及其基因调控 | NA | NA | RNA-seq分析, 蛋白质组学, 微量热法, 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 多个微生物培养物 | NA | NA | NA | NA |