单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Aging increases cell-to-cell transcriptional variability upon immune stimulation 2017-03-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aah4115 PMID:28360329	研究论文	本研究探讨了衰老如何影响在免疫刺激下的转录动态	发现衰老增加了细胞间的转录变异性，这是衰老的一个显著特征	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的衰老过程	揭示衰老对免疫细胞转录动态的影响	来自年轻和老年小鼠的天真和效应记忆CD4 T细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	来自两个不同物种的年轻和老年小鼠中的天真和效应记忆CD4 T细胞
2	2024-08-05	Single-cell RNA-seq and computational analysis using temporal mixture modelling resolves Th1/Tfh fate bifurcation in malaria 2017-Mar-03, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aal2192 PMID:28345074	研究论文	该研究利用单细胞转录组学和计算分析重构了小鼠血液阶段感染中的Th1和Tfh细胞的发育轨迹	研究首次在种群和单克隆水平上展示了Th1/Tfh分叉的发生，并揭示了Galectin-1在支持Th1分化中的T细胞内在作用	研究未讨论单细胞RNA测序和模型的潜在偏差或限制	阐明CD4 T细胞在疟疾感染中的分化过程和命运分叉机制	小鼠的CD4 T细胞及其向Th1和Tfh的分化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	NA
3	2024-08-05	Single-Cell Profiling of an In Vitro Model of Human Interneuron Development Reveals Temporal Dynamics of Cell Type Production and Maturation 2017-Mar-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2017.02.014 PMID:28279351	research paper	这篇文章描述了一种从人类胚胎干细胞生成皮质抑制神经元的协议，并分析了不同细胞类型的特性和成熟时间过程	文章创新性在于揭示了细胞类型的产生和成熟时间动态，模拟了体内神经元和胶质细胞的生成时间模式	文中未具体提及实验样本的多样性和研究的长期效果	研究人类抑制神经元的生成及其在神经精神疾病中的潜在应用	主要研究对象为从人类胚胎干细胞生成的皮质抑制神经元	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	表达数据	使用人类胚胎干细胞产生的皮质抑制神经元样本
4	2024-08-05	Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout 2017-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4177 PMID:28099430	研究论文	本文结合了池化CRISPR筛选和单细胞RNA测序的方法	提出了一种CRISPR水滴测序（CROP-seq）方法，能够在单细胞转录组分辨率下进行池化CRISPR筛选	当前方法的提出可能仍受到现有CRISPR技术的限制	旨在促进对复杂调控机制和异质细胞群体的高通量功能解析	针对单个细胞的转录组响应与引导RNA表达进行关联	数字病理学	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成千上个体细胞
5	2024-08-05	Next-generation molecular diagnosis: single-cell sequencing from bench to bedside 2017-03, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-016-2368-x PMID:27738745	综述	本综述提供了单细胞测序在基因组医学中诊断应用的现状和前景概述	该文章强调了单细胞测序在新生物标志物识别和靶向治疗中的潜力，促进了基因组医学的下一步发展	NA	简要说明单细胞测序在早期疾病检测和诊断中的应用	单细胞测序在胚前基因诊断、非侵入性产前诊断和循环肿瘤细胞分析中的使用	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
6	2024-08-07	Discovering sparse transcription factor codes for cell states and state transitions during development 2017-03-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20488 PMID:28296636	研究论文	本文通过计算分析基因表达水平，发现了一组稀疏的基因子集在B细胞和T细胞发育谱系中的表达模式，并开发了一种统计框架来同时推断谱系转换和决定这些关系的基因	本文开发了一种新的统计框架，能够同时推断细胞谱系转换和关键基因，并将其应用于早期造血、肠道和人类皮质发育的单细胞RNA测序数据分析	NA	确定多能细胞在发育过程中做出的谱系选择顺序，并识别影响这些选择的基因	B细胞和T细胞发育谱系中的细胞状态和状态转换	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计框架	基因表达数据	早期造血、肠道和人类皮质发育的细胞样本
7	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of fish immune cells provides insight into the evolution of vertebrate immune cell types 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207704.116 PMID:28087841	研究论文	本文通过单细胞转录组分析鱼类免疫细胞，探讨脊椎动物免疫细胞类型的进化	首次在非哺乳动物物种中获得特定免疫细胞类型的转录组，并发现了新的免疫细胞特异性基因和免疫球蛋白样受体	NA	验证在人类和老鼠中发现的免疫细胞类型基因保守性在远缘脊椎动物物种中的适用性	鱼类免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	zebrafish中的多个细胞样本
8	2024-08-08	MR-seq: measuring a single cell's transcriptome repeatedly by RNA-seq 2017-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2017.01.029 PMID:36659282	research paper	本文介绍了一种名为MR-seq的新型单细胞RNA-seq技术，该技术通过重复测量单个细胞的转录组，能够统计评估技术变异并识别两个单细胞之间的差异表达基因。	MR-seq技术提高了阳性预测值，并能应用于早期小鼠胚胎，识别出数百个候选的胚胎内异质性基因。	NA	开发和验证一种新的单细胞RNA-seq技术，用于检测少量细胞间的差异表达基因。	单细胞转录组和小鼠早期胚胎。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	每个单细胞测量两次
9	2024-08-09	Probabilistic modeling of bifurcations in single-cell gene expression data using a Bayesian mixture of factor analyzers 2017-Mar-15, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.11087.1 PMID:28503665	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯层次混合因子分析器的生成式、完全概率模型，用于单细胞转录组数据中的分叉建模	本文首次提出了一个生成式、完全概率模型，用于从单细胞转录组数据中推断分叉结构，并具有独特的层次先验结构，能够自动确定驱动分叉过程的基因	文章讨论了这种统一概率方法在实际生物信息学分析中的优缺点	研究单细胞转录组数据中的分叉建模	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	贝叶斯层次混合因子分析器	因子分析器	转录组数据	大样本数据集
10	2024-08-09	Single-cell genomic profiling of acute myeloid leukemia for clinical use: A pilot study 2017-Mar, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2017.5669 PMID:28454300	研究论文	本研究探讨了单细胞基因组学在临床诊断中的应用，特别是针对急性髓系白血病的单细胞RNA测序。	通过单细胞基因组学技术，能够区分肿瘤异质性，并可能通过识别和表征潜在的亚克隆群体来改善临床诊断。	研究中识别的局限性包括显著的随机RNA丢失和当前提议平台的相对低通量。	验证单细胞基因组学在临床诊断中的应用概念。	急性髓系白血病骨髓样本中的单个细胞。	数字病理学	血液病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	20个细胞
11	2024-08-09	Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq 2017-03-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aai8478 PMID:28360267	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了IDH突变型胶质瘤中的遗传、谱系和微环境因素	首次通过大规模单细胞RNA测序数据揭示了IDH突变型胶质瘤中不同肿瘤亚类的遗传和微环境差异	NA	解析IDH突变型胶质瘤中遗传、谱系和微环境的影响	IDH突变型胶质瘤	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	14,226个单细胞RNA测序数据来自16名患者，165名患者的批量RNA测序数据
12	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies distinct mouse medial ganglionic eminence cell types 2017-03-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep45656 PMID:28361918	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）中的两种不同细胞类型	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了小鼠胚胎MGE发育程序，并提出了皮质中间神经元（CINs）的指定机制	未能在MGE前体细胞中识别出可能对应不同CINs前体的细胞	探究小鼠皮质中间神经元多样性的生成机制	小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）细胞及从胚胎干细胞分化出的MGE样细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠胚胎MGE细胞及MGE样细胞
13	2024-08-09	CIDR: Ultrafast and accurate clustering through imputation for single-cell RNA-seq data 2017-03-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1188-0 PMID:28351406	研究论文	本文介绍了一种名为CIDR的超快速算法，通过隐式插补和降维方法处理单细胞RNA测序数据中的丢失数据，以提高聚类准确性	CIDR采用了一种新颖且简单的隐式插补方法来减轻单细胞RNA测序数据中丢失数据的影响	NA	开发一种快速且准确的算法用于单细胞RNA测序数据的聚类	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百到数千个细胞的数据集
14	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Hypothalamic Cell Diversity 2017-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.03.004 PMID:28355573	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠下丘脑的细胞多样性	首次通过单细胞RNA测序定义了下丘脑中11种非神经元和34种神经元细胞群，并揭示了它们独特的转录特征	NA	旨在理解下丘脑的功能及其相关疾病，通过定义细胞组成和细胞类型特异性的转录特征	成年小鼠的下丘脑细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年小鼠的下丘脑样本
15	2024-08-09	Advanced Methodologies in High-Throughput Sequencing of Immune Repertoires 2017-03, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2016.09.010 PMID:28341036	综述	本文详细概述了用于测序适应性免疫库的高级方法学，特别关注减少测序错误和偏差以及实现高吞吐量配对可变区域的策略	本文介绍了最新的单细胞转录组测序技术，这些技术可以与免疫库整合	NA	探讨高级免疫库测序技术在基础免疫学、生物制药药物发现与开发以及癌症免疫治疗中的应用	适应性免疫库的测序方法和技术	生物信息学	NA	高吞吐量测序	NA	转录组数据	NA
16	2024-08-09	Mechanism for microbial population collapse in a fluctuating resource environment 2017-03-20, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20167058 PMID:28320772	研究论文	研究了微生物群落在波动资源环境中的基因调控机制及其对生态稳定性的影响	发现单一调控突变能防止微生物群落崩溃的现象	研究仅限于特定的硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用	探究微生物群落在波动资源环境中的适应性和稳定性	硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用及其基因调控	NA	NA	RNA-seq分析, 蛋白质组学, 微量热法, 单细胞转录组分析	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	多个微生物培养物
17	2024-08-09	Dynamics of embryonic stem cell differentiation inferred from single-cell transcriptomics show a series of transitions through discrete cell states 2017-03-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20487 PMID:28296635	研究论文	本研究利用统计框架分析单细胞转录组数据，推断早期小鼠胚胎干细胞分化的基因表达动态，揭示了跨越九种细胞状态的离散转变	本研究提供了一个框架，从单细胞转录组数据推断分化动态，并构建驱动发育过程中细胞命运决策序列的基因调控网络的预测模型	NA	理解导致多能细胞获得不同细胞命运的基因调控网络的复杂性，并量化分化过程	早期小鼠胚胎干细胞的分化过程及其基因表达动态	基因组学	NA	单细胞转录组学	概率模型	转录组数据	九种细胞状态的单细胞样本
18	2024-08-09	Planarian Epidermal Stem Cells Respond to Positional Cues to Promote Cell-Type Diversity 2017-03-13, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2017.02.008 PMID:28292427	研究论文	本文研究了扁形虫表皮干细胞如何响应位置信号以促进细胞类型的多样性	首次揭示了扁形虫表皮干细胞在再生过程中通过位置信号激活区域化转录程序，从而促进细胞类型多样性的机制	NA	探究扁形虫再生过程中不同谱系的前体细胞如何形成适当的缺失细胞类型	扁形虫表皮干细胞及其在再生过程中的功能身份获取	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
19	2024-08-09	Single-cell transcriptome conservation in cryopreserved cells and tissues 2017-03-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1171-9 PMID:28249587	研究论文	本文描述了一种样本保存方法，该方法能够在活单细胞中维持转录本，使得采样时间和地点与后续处理步骤分离	本文介绍了一种新的样本保存方法，能够在冷冻保存的细胞和组织中保持单细胞转录组的完整性	NA	验证冷冻保存方法对单细胞转录组的影响	单细胞转录组	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过1000个新鲜和冷冻保存的细胞
20	2024-08-09	Converting Adult Pancreatic Islet α Cells into β Cells by Targeting Both Dnmt1 and Arx 2017-03-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2017.01.009 PMID:28215845	研究论文	本文研究了在小鼠中通过靶向Dnmt1和Arx将胰腺α细胞转化为β细胞的机制，并探讨了这一转化在人类1型糖尿病中的相关性	首次揭示了通过调控Arx和Dnmt1实现成年胰腺α细胞向β细胞转化的途径	NA	探索胰腺α细胞转化为β细胞的分子机制及其在1型糖尿病治疗中的潜在应用	小鼠和人类的胰腺α细胞	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA