单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-09	Exploratory bioinformatics investigation reveals importance of "junk" DNA in early embryo development 2017-02-23, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-3566-0 PMID:28231763	研究论文	本研究通过探索性数据分析重新分析大量基因组数据，探讨了小鼠植入前发育中复杂的基因调控机制	发现转座元件在早期胚胎发育中的基因表达调控中起重要作用，特别是长末端重复序列和SINE元件的作用	NA	探索性数据分析以发现数据中的信息，特别是转座元件在早期胚胎发育中的作用	小鼠植入前发育阶段的基因表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	259个来自小鼠从受精卵到囊胚阶段的胚胎细胞
2	2024-08-09	Position- and Hippo signaling-dependent plasticity during lineage segregation in the early mouse embryo 2017-02-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.22906 PMID:28226240	研究论文	本文研究了小鼠早期胚胎中由位置依赖的Hippo信号传导决定的滋养层（TE）与内细胞团（ICM）的分化过程	通过单细胞RNA测序揭示了TE转录组比ICM更早稳定，且在胚泡形成之前	Hippo信号传导的响应窗口、谱系承诺的确切时间和细胞承诺与全局基因表达变化之间的关系仍不清楚	探讨Hippo信号传导在小鼠早期胚胎谱系分离中的作用及其与基因表达动态的关系	小鼠早期胚胎中的滋养层（TE）和内细胞团（ICM）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	个体胚细胞
3	2024-08-09	[Advances in Classification and Research Methods of Lung Epithelial Stem  and Progenitor Cells] 2017-Feb-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2017.02.08 PMID:28228225	综述	本文综述了肺上皮干细胞和祖细胞的分类及研究方法的最新进展	总结了肺上皮干细胞和祖细胞的区域特异性分类以及多种研究方法，如肺损伤模型、谱系追踪实验、三维培养、移植、慢性标记细胞和单细胞转录组分析	NA	探讨肺上皮干细胞和祖细胞在肺生理病理中的特定作用，以及它们在预防和控制肺疾病中的应用	肺上皮干细胞和祖细胞	NA	肺癌	单细胞转录组分析	NA	NA	NA
4	2024-08-09	Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods 2017-Feb-16, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.01.023 PMID:28212749	研究论文	本文通过比较六种单细胞RNA测序方法在583个小鼠胚胎干细胞中的表现，评估了各方法的性能	首次系统性地比较了六种主要的单细胞RNA测序方法的性能	仅限于小鼠胚胎干细胞样本，未涵盖其他细胞类型或物种	评估和比较不同单细胞RNA测序方法的性能	六种单细胞RNA测序方法在583个小鼠胚胎干细胞中的表现	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	583个小鼠胚胎干细胞
5	2024-08-09	Dpath software reveals hierarchical haemato-endothelial lineages of Etv2 progenitors based on single-cell transcriptome analysis 2017-02-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14362 PMID:28181481	research paper	本文开发了一种名为dpath的算法，利用metagene熵概念对细胞进行基于其分化潜能的排序，并结合自组织映射（SOM）和随机游走重启（RWR）算法，从分化细胞中分离出前体细胞并重建无偏的谱系层次结构。	提出了一种新的算法dpath，结合SOM和RWR算法，能够无偏地评估单细胞RNA-seq数据集中的前体细胞和分化状态。	NA	旨在通过单细胞转录组分析揭示Etv2前体细胞的血细胞-内皮细胞谱系层次结构。	Etv2-EYFP转基因小鼠胚胎的单细胞。	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	SOM, RWR	transcriptome	Etv2-EYFP转基因小鼠胚胎的单细胞
6	2024-08-09	Expression of β-globin by cancer cells promotes cell survival during blood-borne dissemination 2017-02-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14344 PMID:28181495	研究论文	本文通过比较乳腺癌、前列腺癌和肺癌中单细胞RNA测序（RNA-Seq）的CTCs（循环肿瘤细胞），观察到β-globin（HBB）的一致诱导现象，并探讨了其在肿瘤细胞血液传播中的生存机制。	首次发现并证实了β-globin在肿瘤细胞中的特异性表达，及其在循环肿瘤细胞中的保护作用。	研究主要集中在乳腺癌、前列腺癌和肺癌的CTCs上，可能不适用于所有类型的癌症。	探讨循环肿瘤细胞在血液中生存的机制，特别是β-globin的作用。	乳腺癌、前列腺癌和肺癌的循环肿瘤细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及乳腺癌、前列腺癌和肺癌的循环肿瘤细胞
7	2024-08-09	New RNA-seq approaches for the study of bacterial pathogens 2017-02, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2017.01.001 PMID:28214646	研究论文	本文探讨了利用新型RNA测序方法研究细菌病原体的基因表达和调控	介绍了超越标准mRNA分析的新型RNA测序方法，包括捕获由小RNA控制的转录后网络和发现相关的RNA结合蛋白，以及同时分析病原体和宿主的双RNA测序和单细胞RNA测序	NA	深入了解细菌如何引发疾病，特别是基因表达和调控在感染过程中的作用	细菌病原体的基因表达和调控	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
8	2024-08-09	BASIC: BCR assembly from single cells 2017-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw631 PMID:28172415	research paper	本文开发了一种名为BASIC的新软件工具，用于从单细胞RNA测序数据中组装B细胞受体序列	BASIC软件首次实现了从单细胞RNA测序数据中组装全长重链和轻链序列	NA	开发一种新的软件工具，用于从单细胞RNA测序数据中组装B细胞受体序列	单个人B细胞的B细胞受体序列	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	近200个单个人B细胞
9	2024-08-09	Recent progress in single-cell cancer genomics 2017-Feb, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2017.01.002 PMID:28126650	研究论文	本文聚焦于最新的单细胞方法在癌症基因组学中的应用	单细胞分析技术能够揭示传统批量测序无法发现的信息，有助于深入理解癌症的复杂机制	NA	探讨单细胞测序技术在癌症基因组学中的最新进展及其在个性化治疗和非侵入性监测诊断中的应用	单细胞测序技术在癌症基因组学中的应用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
10	2024-08-09	Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells 2017-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2016.12.003 PMID:28089370	综述	本文综述了从单个细胞中并行检测多种分子类型的首批实验方法，并探讨了这些及未来技术带来的挑战与机遇	介绍了从同一单个细胞中同时测量多种分子类型（如RNA、甲基化DNA或开放染色质）的技术	文章主要讨论了现有技术的挑战，未详细说明具体的技术限制	探讨单细胞多组学技术的发展及其在生物学研究中的应用	单个细胞中的多种分子类型	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	单个细胞
11	2024-08-09	Single-Cell Genomics: Approaches and Utility in Immunology 2017-02, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2016.12.001 PMID:28094102	review	本文综述了单细胞基因组学在免疫学中的应用，特别是通过计算分析单细胞RNA测序数据的方法和应用	单细胞基因组学提供了强大的工具来研究免疫细胞，能够观察到在群体水平上无法解析的罕见和中间细胞状态	免疫学家面临的挑战是如何利用计算将大量的定量数据转化为有意义的免疫学原理、预测模型和治疗策略	综述单细胞RNA测序数据的计算分析方法及其在免疫学中的应用，并强调未来研究的重要方向	单细胞RNA测序数据及其在免疫学中的应用	natural language processing	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	NA
12	2024-08-09	Single cell transcriptomics reveals unanticipated features of early hematopoietic precursors 2017-02-17, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw1214 PMID:28003475	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术分析了小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞在不同细胞周期阶段的分子特征	揭示了早期造血前体细胞的意外特征，并发现贫血诱导下细胞周期进展对前体细胞谱系特异性基因表达的影响	NA	探究干细胞分化过程中的分子变化	小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞样本
13	2024-08-09	Single cell transcriptomic profiling of mouse pancreatic progenitors 2017-02-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00114.2016 PMID:28011883	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胚胎期13.5天的小鼠胰腺，并结合成熟胰腺的单细胞数据，识别了新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体。	首次使用单细胞RNA测序技术在胚胎期13.5天的小鼠胰腺中识别出新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体，并发现了SLC38A5作为早期α细胞系分化的标记基因。	研究仅限于胚胎期13.5天的小鼠胰腺，未涉及其他发育阶段或物种。	识别早期发育组织中的特征基因，特别是胰腺前体细胞和α细胞前体。	小鼠胚胎期13.5天的胰腺组织。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎期13.5天的小鼠胰腺细胞
14	2024-08-09	Molecular interrogation of hypothalamic organization reveals distinct dopamine neuronal subtypes 2017-02, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4462 PMID:27991900	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究者对下丘脑中的神经元身份进行了图谱绘制，区分了62种产生谷氨酸、多巴胺或GABA标记的神经元亚型，并发现了一种独特的多巴胺神经元亚型。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了下丘脑中神经元的多样性和功能，特别是发现了一种新型多巴胺神经元亚型。	NA	揭示下丘脑组织的分子结构，特别是神经元亚型的多样性及其功能。	下丘脑中的神经元亚型及其在神经传递和神经内分泌中的作用。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	62种神经元亚型
15	2024-08-09	Cerebral cortical neuron diversity and development at single-cell resolution 2017-02, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2016.11.001 PMID:27888678	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在单细胞分辨率下研究大脑皮层神经元的多样性和发育的早期努力、未来挑战和机遇。	scRNA-seq技术为分类大脑皮层神经元的多样性提供了全基因组基因表达模式，有望揭示神经元身份在发育、分化、活动和疾病中的转变。	NA	探讨应用scRNA-seq技术阐明神经元亚型及其发育的未来挑战和机遇。	大脑皮层神经元的多样性和发育。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数百上千的单细胞转录组
16	2024-08-09	Single-cell transcriptomes identify human islet cell signatures and reveal cell-type-specific expression changes in type 2 diabetes 2017-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.212720.116 PMID:27864352	研究论文	研究通过单细胞转录组分析，揭示了人类胰岛细胞的特征以及2型糖尿病中细胞类型特异性的表达变化	首次报道了来自非糖尿病和2型糖尿病人类胰岛样本的638个细胞的单细胞转录组，并识别了delta和PP/gamma细胞类型中与胰岛功能障碍和糖尿病相关的基因	研究主要集中在胰岛细胞的转录组分析，未涉及细胞功能的具体实验验证	识别胰腺胰岛功能障碍的基本细胞类型特异性特征，并提供理解胰岛生物学和糖尿病发病机制的关键资源	人类胰岛细胞及其在2型糖尿病中的表达变化	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组	NA	转录组数据	638个细胞