单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 330 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-09 |
APE1/Ref-1 knockdown in pancreatic ductal adenocarcinoma - characterizing gene expression changes and identifying novel pathways using single-cell RNA sequencing
2017-12, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.12138
PMID:28922540
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胰腺导管腺癌中APE1/Ref-1敲低后的基因表达变化，并识别了新的相关通路 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究APE1/Ref-1敲低后的基因表达变化，并发现多个与APE1相关的新通路 | 研究主要集中在细胞系中，未来需在临床样本中验证这些发现 | 探究APE1/Ref-1在胰腺导管腺癌中的基因表达调控作用及新通路 | 胰腺导管腺癌细胞中的APE1/Ref-1蛋白 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个胰腺癌细胞系 |
| 122 | 2024-08-09 |
Disturbed Placental Imprinting in Preeclampsia Leads to Altered Expression of DLX5, a Human-Specific Early Trophoblast Marker
2017-Nov-07, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了子痫前期中胎盘印记紊乱对DLX5表达的影响，并揭示了DLX5在人类特异性滋养层细胞分化中的作用。 | 首次揭示了子痫前期中胎盘印记紊乱与DLX5表达上调的关联，并建立了体外入侵-分化滋养层细胞模型。 | 研究主要基于体外模型和基因表达分析，缺乏直接的临床干预验证。 | 探究子痫前期中胎盘印记紊乱是否导致DLX5表达改变，并分析其对滋养层细胞功能的影响。 | 子痫前期患者的胎盘样本及健康对照组的胎盘样本。 | 数字病理学 | 妊娠疾病 | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 多个胎盘样本 |
| 123 | 2024-08-09 |
SiFit: inferring tumor trees from single-cell sequencing data under finite-sites models
2017-09-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1311-2
PMID:28927434
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研究论文 | 本文提出了一种基于有限位点模型的统计推断方法SiFit，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤进化树 | SiFit方法采用了有限位点模型，相较于传统的无限位点假设，能更好地处理染色体缺失和杂合性丢失等问题 | NA | 开发一种新的统计推断方法，以从单细胞测序数据中更准确地推断肿瘤进化树 | 单细胞测序数据中的肿瘤进化树 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | 有限位点模型 | 数据集 | 两个结直肠癌患者的合成和实验数据集 |
| 124 | 2024-08-09 |
Splatter: simulation of single-cell RNA sequencing data
2017-09-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1305-0
PMID:28899397
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研究论文 | 本文介绍了Splatter Bioconductor包，用于简单、可重复且有良好文档记录的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据模拟 | Splatter包提供了多种模拟方法的接口，包括基于伽马-泊松分布的Splat模拟方法 | NA | 开发一种简单、可重复且有良好文档记录的scRNA-seq数据模拟工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 伽马-泊松分布 | 文本 | NA |
| 125 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptome analysis of muscle satellite cells reveals widespread transcriptional heterogeneity
2017-Dec-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2017.09.014
PMID:28893664
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析肌肉卫星细胞的转录组，揭示了广泛的转录异质性 | 本研究首次利用单细胞RNA测序技术揭示了肌肉卫星细胞在多个层面的转录异质性，并提出了基因表达“指纹”可能与功能多样性相关的假设 | 目前对肌肉卫星细胞异质性的自然和范围的理解尚不完整 | 探索肌肉卫星细胞的转录异质性及其对功能多样性的影响 | 肌肉卫星细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新鲜分离的肌肉卫星细胞 |
| 126 | 2024-08-09 |
Dissecting hematopoietic and renal cell heterogeneity in adult zebrafish at single-cell resolution using RNA sequencing
2017-Oct-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20170976
PMID:28878000
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研究论文 | 本研究利用大规模并行单细胞RNA测序技术，解析成年斑马鱼肾脏骨髓中的细胞异质性，构建了一个全面的分子图谱。 | 本研究首次提供了成年斑马鱼肾脏和骨髓细胞的全面单细胞转录组分析，并发现了新的细胞类型，如两种自然杀伤免疫细胞、红细胞前体造血干细胞和祖细胞、粘蛋白分泌的肾细胞以及肾干细胞/祖细胞。 | NA | 研究目的是定义斑马鱼肾脏骨髓中的细胞异质性，并构建一个全面的分子图谱。 | 研究对象包括斑马鱼的肾脏和骨髓细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年斑马鱼的肾脏和骨髓细胞 |
| 127 | 2024-08-09 |
Profiling of Single-Cell Transcriptomes
2017-Sep-08, Current protocols in mouse biology
DOI:10.1002/cpmo.30
PMID:28884792
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研究论文 | 本文介绍了一种改进的Smart-seq2方法，用于同时分析数百个单细胞的转录组，无需商业试剂盒或特殊设备 | 提出了一个无需商业试剂盒或特殊单细胞捕获/文库制备工具的改进Smart-seq2方法，并引入了自动化单细胞分析管道（ASAP） | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序技术，以解析复杂生物系统的细胞异质性 | 单细胞转录组 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数百个单细胞 |
| 128 | 2024-08-09 |
Early X chromosome inactivation during human preimplantation development revealed by single-cell RNA-sequencing
2017-09-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-017-11044-z
PMID:28883481
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据，研究了人类胚胎植入前发育过程中X染色体失活的现象 | 首次在人类胚胎植入前发育阶段展示了X染色体失活的过程，并反驳了之前的X表达抑制假说 | NA | 探讨人类胚胎植入前发育过程中X染色体失活的过程及其机制 | 人类胚胎植入前发育过程中的X染色体失活 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 129 | 2024-08-09 |
Distinct Mesenchymal Lineages and Niches Promote Epithelial Self-Renewal and Myofibrogenesis in the Lung
2017-Sep-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2017.07.034
PMID:28886382
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和信号传导谱系报告基因生成肺间质的空间和转录图谱，揭示了不同间质谱系在肺部结构中的独特作用及其对上皮细胞自我更新和肌成纤维生成的调控机制。 | 首次详细描绘了肺间质的细胞和分子框架，揭示了间质微环境在促进上皮细胞自我更新和组织损伤后的病理性反应中的功能重要性。 | NA | 研究肺部间质谱系及其微环境如何促进上皮细胞的自我更新和肌成纤维生成。 | 肺部的间质细胞和上皮细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 130 | 2024-08-09 |
Anatomically and Functionally Distinct Lung Mesenchymal Populations Marked by Lgr5 and Lgr6
2017-Sep-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2017.07.028
PMID:28886383
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研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和类器官培养方法，揭示了Lgr5和Lgr6标记的肺间质细胞在成年肺中的解剖学和功能上的不同群体 | 首次展示了Lgr5和Lgr6作为成年肺中间质细胞的标记物，并阐明了它们在肺部上皮细胞稳态和再生中的作用 | NA | 探索肺中间质细胞类型的多样性及其在上皮细胞稳态和再生中的作用 | 肺中间质细胞及其在上皮细胞稳态和再生中的作用 | NA | NA | 遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、类器官培养 | NA | RNA | NA |
| 131 | 2024-08-09 |
Characteristics of 29 novel atypical solute carriers of major facilitator superfamily type: evolutionary conservation, predicted structure and neuronal co-expression
2017-09, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.170142
PMID:28878041
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研究论文 | 研究了29种新型非典型主要易位超家族类型溶质载体蛋白的基本特性，包括进化保守性、预测结构和神经元共表达 | 通过系统发育分析和生物信息学序列比较，将蛋白质分为15个家族，并使用隐马尔可夫模型识别从人类到其他物种的直系同源物 | NA | 研究新型非典型溶质载体蛋白的特性及其在神经元中的共表达 | 29种新型非典型溶质载体蛋白及其在神经元中的共表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，邻位连接分析 | 隐马尔可夫模型 | 序列数据 | 涉及从人类到其他物种的直系同源物 |
| 132 | 2024-08-09 |
Advances in single-cell RNA sequencing and its applications in cancer research
2017-Aug-08, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.17893
PMID:28881849
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术及其在癌症研究中的应用进展 | 单细胞RNA测序技术能够实现大规模并行、全长mRNA测序，并具有多组学检测的潜力 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在癌症研究中的应用，以提高预后准确性和靶向治疗效果 | 单细胞RNA测序技术在实体肿瘤和循环肿瘤细胞研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个细胞可检测超过10,000个转录本 |
| 133 | 2024-08-09 |
Bioconductor workflow for single-cell RNA sequencing: Normalization, dimensionality reduction, clustering, and lineage inference
2017, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.12122.1
PMID:28868140
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研究论文 | 本文提供了一个关于单细胞RNA测序数据处理的工作流程，包括归一化、降维、聚类和细胞谱系推断的教程。 | 本文介绍了针对单细胞转录组测序数据的新方法和软件，特别是处理零膨胀和过度分散问题，以及基因和细胞水平协变量的调整。 | NA | 旨在解决单细胞转录组测序中的统计和计算挑战，并提供一个综合的工作流程。 | 以小鼠嗅上皮中的干细胞分化为例，研究细胞类型和细胞谱系。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠嗅上皮中的干细胞 |
| 134 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing Technologies for Cardiac Stem Cell Studies
2017-11-01, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2017.0050
PMID:28859577
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在心脏干细胞研究中的最新进展及其应用 | 单细胞测序技术为干细胞和再生医学研究提供了新的视角 | NA | 探讨单细胞测序技术在心脏干细胞研究中的应用，以理解心脏发育和再生的机制 | 心脏干细胞（CSCs） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | NA |
| 135 | 2024-08-09 |
The Drosophila embryo at single-cell transcriptome resolution
2017-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aan3235
PMID:28860209
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研究论文 | 本文利用单细胞测序技术对精确分期的果蝇胚胎进行研究，并开发了一种计算映射策略DistMap，以重建胚胎并预测接近单细胞分辨率的空间基因表达。 | 本文创新性地使用了单细胞测序技术，并开发了DistMap计算映射策略和DVEX数据库，能够生成三维虚拟原位杂交并计算基因表达梯度。 | NA | 旨在重建果蝇胚胎并预测接近单细胞分辨率的空间基因表达。 | 果蝇胚胎的单细胞转录组。 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | DistMap计算映射策略 | 转录组数据 | 约6000个细胞 |
| 136 | 2024-08-09 |
Psychrophilic proteases dramatically reduce single-cell RNA-seq artifacts: a molecular atlas of kidney development
2017-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.151142
PMID:28851704
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研究论文 | 本文介绍了一种使用低温活性蛋白酶的单细胞RNA测序分离方法，该方法在6°C或更低温度下进行，有效减少了基因表达的伪影，并生成新生小鼠肾脏的单细胞分辨率基因表达图谱。 | 使用来自嗜冷微生物的低温活性蛋白酶，在6°C或更低温度下进行单细胞RNA测序，有效减少了基因表达的伪影。 | 传统的单细胞RNA测序方法在37°C下酶解组织，可能导致基因表达模式的伪影变化。 | 开发一种新的单细胞RNA测序方法，减少基因表达伪影，并生成新生小鼠肾脏的基因表达图谱。 | 新生小鼠肾脏的单细胞RNA测序。 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 20,424个单细胞 |
| 137 | 2024-08-09 |
A Total-variation Constrained Permutation Model for Revealing Common Copy Number Patterns
2017-08-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-017-09139-8
PMID:28851906
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研究论文 | 本文提出了一种基于总变差约束的排列模型，用于揭示单细胞DNA测序数据中的共同拷贝数模式 | 通过连续样本排列和总变差范数最小化，有效恢复单细胞DNA测序数据中的隐藏块模式 | 单细胞DNA测序数据通常起始量低，需要额外扩增步骤，引入噪声，使得常规模式发现具有挑战性 | 解决单细胞DNA测序数据中恢复隐藏块模式的问题 | 单细胞DNA测序数据中的拷贝数模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | 交替方向乘子法 | DNA序列数据 | NA |
| 138 | 2024-08-09 |
Unravelling biology and shifting paradigms in cancer with single-cell sequencing
2017-08-24, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/nrc.2017.58
PMID:28835719
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观点文章 | 本文讨论了单细胞测序技术在癌症研究中的应用及其对理解癌症生物学的重要意义 | 单细胞测序技术解决了以往技术限制的问题，为癌症研究提供了更高分辨率的分析方法 | NA | 深入理解癌症的生物学特性，包括肿瘤内遗传异质性和癌症基因组进化 | 癌症的单细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 139 | 2024-08-09 |
A practical guide to single-cell RNA-sequencing for biomedical research and clinical applications
2017-08-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-017-0467-4
PMID:28821273
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综述 | 本文为单细胞RNA测序技术在生物医学研究和临床应用中的实用指南 | 随着scRNA-seq平台的商业可用性和生物信息学方法的成熟，非专业实验室的研究人员和临床医生也能利用该技术进行创新发现 | NA | 帮助研究人员设计他们的首个scRNA-seq研究 | 单细胞RNA测序技术 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 单个细胞 |
| 140 | 2024-08-09 |
Human Astrocyte Maturation Captured in 3D Cerebral Cortical Spheroids Derived from Pluripotent Stem Cells
2017-Aug-16, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2017.07.035
PMID:28817799
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研究论文 | 本文介绍了一种利用人源多能干细胞衍生的三维大脑皮层球体生成星形胶质细胞系细胞的方法 | 首次展示了在三维细胞结构中，从多能干细胞衍生的脑皮层球体中提取的星形胶质细胞与人类胎儿原代星形胶质细胞的相似性，并观察到其随时间从胎儿状态向成熟状态的转变 | NA | 开发与生理相关的模型，用于研究健康和疾病中的人类星形胶质细胞 | 人源多能干细胞衍生的三维大脑皮层球体中的星形胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 免疫磁珠分选和细胞分选，以及高深度批量和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 长达20个月的体外培养的人脑皮层球体中的星形胶质细胞系细胞 |