单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 331 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis of avian neural crest migration reveals signatures of invasion and molecular transitions
2017-12-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.28415
PMID:29199959
|
研究论文 | 本文首次对鸡胚中颅神经嵴细胞迁移的三个进展阶段进行了单细胞转录组分析，并确定了细胞位置与时间特异性转录特征之间的层次关系 | 发现了神经嵴细胞中最具侵袭性的Trailblazer细胞的新转录特征，并揭示了神经嵴细胞迁移流中的分子多样性和动态变化 | 基因敲降实验显示对总迁移距离的影响较小，且在体内表达分析中发现了某些盐和胡椒模式 | 探究神经嵴细胞如何在胚胎中以定向和集体的方式迁移 | 鸡胚中的颅神经嵴细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 约900个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 102 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq analysis reveals dynamic trajectories during mouse liver development
2017-Dec-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-017-4342-x
PMID:29202695
|
研究论文 | 本研究利用无标记单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肝脏发育过程中胎儿肝脏干细胞/祖细胞（LSPCs）的转录组动态变化 | 采用无标记单细胞RNA测序技术，揭示了LSPCs在发育过程中的动态轨迹，并提供了新的生物标志物评估和预测方法 | NA | 探究小鼠肝脏发育过程中LSPCs的分化和成熟轨迹 | 小鼠肝脏发育过程中的LSPCs | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 507个细胞从胚胎第11.5天到出生后第2.5天的七个阶段随机选择，以及52个出生后第3.25天的小鼠肝脏Epcam阳性胆管细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 103 | 2024-08-09 |
Multimodal profiling of single-cell morphology, electrophysiology, and gene expression using Patch-seq
2017-Dec, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/nprot.2017.120
PMID:29189773
|
研究论文 | 本文介绍了Patch-seq技术，该技术结合了全细胞膜片钳记录、免疫组织化学和单细胞RNA测序，用于全面分析小鼠脑切片中单个神经元的形态学、电生理学和基因表达特征 | Patch-seq技术首次实现了对单个神经元的多模态分析，包括形态学、电生理学和基因表达 | 该技术需要熟练的电生理学家、分子生物学家和生物统计学家的共同努力，且整个过程需要约两周时间 | 探索神经元之间多维表型变异性的相关性，并在单细胞水平上关联基因表达与表型 | 小鼠脑切片中的单个神经元 | NA | NA | Patch-seq, 全细胞膜片钳记录, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 形态学数据, 电生理数据, 转录组数据 | 单个神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 104 | 2024-08-09 |
Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data
2017-11-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-017-01860-2
PMID:29187729
|
研究论文 | 本文开发了一个名为“iCpSc”的软件包，用于整合细胞群体RNA测序（cpRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断单细胞转录组的生物学分化时间 | 通过使用匹配的细胞群体数据作为参考，本文提出了一种无偏倚的方法来关联细胞周期检查点与单细胞内部分子计时器，并预测了M期在调控小鼠胚胎干细胞神经分化速度中的作用 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中的细胞分化时间及其调控机制 | 小鼠胚胎干细胞的神经分化过程 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 计算模型 | RNA测序数据 | 未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 105 | 2024-08-09 |
Genome-wide segregation of single nucleotide and structural variants into single cancer cells
2017-Nov-25, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-017-4286-1
PMID:29178827
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的微流控扩增子策略，用于在单个癌细胞中全面检测单核苷酸和结构变异 | 该方法通过检测结构变异断点序列而非相对读取深度来推断拷贝数变化，能够重建恶性肿瘤的克隆结构和突变历史 | 目前的单细胞测序策略在检测所有类型的单核苷酸和结构变异方面能力不足 | 开发一种能够在单个癌细胞中高效检测所有类别和大小的基因组变异的新方法 | 单个癌细胞中的单核苷酸和结构变异 | 数字病理学 | 白血病 | 微流控扩增子 | NA | 基因组数据 | 来自一名白血病患者的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 106 | 2024-08-09 |
[The future of forensic DNA analysis for criminal justice]
2017-Nov, Medecine sciences : M/S
DOI:10.1051/medsci/20173311014
PMID:29200395
|
综述 | 本文综述了法医DNA分析技术在刑事司法中的应用及其未来发展 | 介绍了高通量测序和单细胞测序等新技术在法医DNA分析中的应用 | 传统技术在解释复杂DNA样本（如降解DNA和混合DNA）时存在困难 | 强调新技术在法医DNA分析中的强大功能，并确保符合现有法国立法 | 法医DNA分析技术及其在刑事司法中的应用 | NA | NA | 高通量测序、单细胞测序 | NA | DNA | 约20个DNA微卫星 | NA | NA | NA | NA |
| 107 | 2024-08-09 |
Multi-region and single-cell sequencing reveal variable genomic heterogeneity in rectal cancer
2017-Nov-23, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-017-3777-4
PMID:29169336
|
研究论文 | 本文通过多区域全外显子测序和单细胞全基因组测序，研究了直肠癌肿瘤内部的基因组异质性 | 首次在单细胞水平上揭示了直肠癌的基因组异质性，并发现单细胞测序能够揭示批量测序中隐藏的突变和体细胞拷贝数变异 | 研究样本仅限于两名直肠癌患者，可能无法全面代表所有直肠癌病例 | 研究直肠癌肿瘤内部的基因组异质性 | 两名具有相同分子分类的直肠癌患者的肿瘤 | 数字病理学 | 直肠癌 | 全外显子测序，单细胞全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 两名患者，共九个肿瘤区域和88个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 108 | 2024-08-09 |
Inferring gene regulatory networks from single-cell data: a mechanistic approach
2017-Nov-21, BMC systems biology
DOI:10.1186/s12918-017-0487-0
PMID:29157246
|
研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的机械模型方法 | 本文提出的模型是内在随机的，不仅考虑了蛋白质水平，还考虑了mRNA水平，并且可以通过模块化实现各种生物化学假设，包括基因间的因果相互作用 | 直接的拟合过程在计算上是不可行的，需要通过适当的近似来推导出可行的过程 | 从单细胞数据中推断基因调控网络 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 分段确定性马尔可夫过程 | 基因表达数据 | 多个简单的双基因网络模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 109 | 2024-08-09 |
Classifying Drosophila Olfactory Projection Neuron Subtypes by Single-Cell RNA Sequencing
2017-Nov-16, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2017.10.019
PMID:29149607
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，全面表征了果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的大部分类别转录组，并将转录组明确映射到六个类别的特定嗅觉功能 | 发现了在电路组装期间，密切相关的PN类别之间转录组差异最大，而在成年果蝇中变得无法区分，表明神经元亚型多样性在发育期间达到峰值 | NA | 探究神经元类型与转录组之间的关系 | 果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及六个PN类别的转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 110 | 2024-08-09 |
New Developments in CRISPR/Cas-based Functional Genomics and their Implications for Research Using Zebrafish
2017, Current gene therapy
IF:3.8Q2
|
研究论文 | 本文介绍了基于CRISPR/Cas系统的功能基因组学在斑马鱼研究中的新进展及其应用 | 探讨了多种新技术如何提高斑马鱼基因组编辑的时间和空间精度，包括人工转录因子、药物诱导或光遗传驱动Cas9表达等 | NA | 提高基因组编辑的精确性和效率 | 斑马鱼 | 功能基因组学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 111 | 2024-08-09 |
The DNA Methyltransferase 1 (DNMT1) Controls the Shape and Dynamics of Migrating POA-Derived Interneurons Fated for the Murine Cerebral Cortex
2017-12-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991)
DOI:10.1093/cercor/bhw341
PMID:29117290
|
研究论文 | 研究探讨了DNA甲基转移酶1（DNMT1）在调控由前脑区域POA衍生的GABA能中间神经元迁移形态和动态中的作用 | 首次揭示了DNMT1在维持迁移形态中的作用，并通过负调控Pak6影响神经突生成 | 研究主要集中在DNMT1的删除对迁移和成年皮质中间神经元数量的影响，可能需要进一步研究DNMT1在其他细胞类型或发育阶段的作用 | 识别调控中间神经元迁移过程的因素 | 由POA衍生的GABA能中间神经元 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠迁移GABA能POA衍生细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 112 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic analysis of oligodendrocyte lineage cells
2017-12, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2017.10.005
PMID:29126015
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在揭示少突胶质细胞系细胞异质性方面的最新进展 | 提出少突胶质细胞及其前体细胞在中枢神经系统中具有不同的形态和区域功能差异，并涉及其他功能过程如与轴突的代谢耦合 | NA | 探讨少突胶质细胞系细胞的异质性及其与功能状态的关系 | 少突胶质细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 113 | 2024-08-09 |
Simultaneous enumeration of cancer and immune cell types from bulk tumor gene expression data
2017-11-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.26476
PMID:29130882
|
研究论文 | 本文提出了一种高效算法，用于从大量肿瘤基因表达数据中同时估计癌症和免疫细胞类型的比例 | 该方法整合了来自肿瘤中主要非恶性细胞类型的新型基因表达谱，基于细胞类型特异性mRNA含量的重整化，并能够考虑未表征和可能高度可变的细胞类型 | NA | 提高从肿瘤基因表达数据中预测细胞绝对比例的准确性和范围 | 癌症和免疫细胞类型的比例 | 生物信息学 | 皮肤癌，结直肠癌 | 基因表达分析 | 算法 | 基因表达数据 | 人类黑色素瘤和结直肠肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 114 | 2024-08-09 |
Characteristics of allelic gene expression in human brain cells from single-cell RNA-seq data analysis
2017-Nov-10, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-017-4261-x
PMID:29126398
|
研究论文 | 本研究重新分析了先前发表的来自多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集，观察到个体细胞中普遍存在单等位基因表达，主要以随机方式进行 | 首次在单细胞和全基因组水平上研究人类脑细胞中的单等位基因表达，并发现许多脑细胞类型特异性的单等位基因表达基因 | NA | 探讨人类脑细胞中单等位基因表达的普遍性及其在细胞身份和神经多样性中的作用 | 人类脑细胞中的单等位基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 115 | 2024-08-09 |
Phylogenomic analysis of Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea) based on single-cell transcriptome sequencing
2017, Parasite (Paris, France)
DOI:10.1051/parasite/2017043
PMID:29134943
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，对来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni进行了转录组数据分析，并基于超矩阵和SSU rDNA进行了系统发生分析 | 首次为Trichostomatia亚纲的Balantidium ctenopharyngodoni提供了omics数据，并为纤毛虫的系统发生分析及相关omics分析提供了良好的基础 | NA | 揭示六种纤毛虫类群（Colpodea、Oligohymenophorea、Litostomatea、Spirotrichea、Heterotrichea和Protocruziida）之间的进化关系 | Balantidium ctenopharyngodoni的转录组数据 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni样本 | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2024-08-09 |
IRF3 and type I interferons fuel a fatal response to myocardial infarction
2017-Dec, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/nm.4428
PMID:29106401
|
研究论文 | 研究揭示了心肌梗死（MI）中IRF3和I型干扰素通过激活炎症反应导致致命后果的机制 | 首次展示了心肌梗死后，缺血细胞死亡和细胞碎片被巨噬细胞摄取激活IRF3和I型干扰素产生的过程，并发现这一机制在心肌梗死后的炎症反应中起关键作用 | 研究主要在老鼠模型上进行，需要进一步在人类中验证这些发现 | 探讨心肌梗死后的炎症反应机制及其潜在的治疗靶点 | 心肌梗死后的炎症反应及其分子驱动因素 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 4215个从梗死和非梗死心脏分离的白细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 117 | 2024-08-09 |
Raman-Activated Droplet Sorting (RADS) for Label-Free High-Throughput Screening of Microalgal Single-Cells
2017-11-21, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.7b03884
PMID:29099582
|
研究论文 | 本文介绍了一种集成化的拉曼激活液滴分选（RADS）微流控系统，用于无标记和高通量地筛选活细胞 | 该系统通过使用AXT合成的工业微藻Haematococcus pluvialis作为模型，实现了比现有RACS系统更高的吞吐量，并保持了细胞的活力 | NA | 开发一种无标记和高通量的活细胞筛选方法 | 工业微藻Haematococcus pluvialis的单细胞 | 微流控技术 | NA | 拉曼微光谱分析 | NA | 细胞 | 混合了不同AXT水平的Haematococcus pluvialis细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 118 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals a signature of sexual commitment in malaria parasites
2017-11-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature24280
PMID:29094698
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，揭示了疟原虫在性分化过程中的转录变化特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术，分析了AP2-G调控的性分化相关基因表达变化 | 研究仅限于特定的AP2-G敲降株系和NF54野生型疟原虫，可能不适用于所有疟原虫株系 | 探究疟原虫性分化过程中的转录调控机制 | 疟原虫的性分化过程及其相关基因表达 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 超过18,000个单个疟原虫转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 119 | 2024-08-09 |
Inferring Relevant Cell Types for Complex Traits by Using Single-Cell Gene Expression
2017-Nov-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2017.09.009
PMID:29106824
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为RolyPoly的回归型多基因模型，用于从全基因组关联研究（GWAS）汇总统计数据和基因表达数据中优先考虑与复杂性状相关的细胞类型和基因 | RolyPoly模型能够利用来自批量组织或单细胞RNA测序的表达数据，为理解常见变异对复杂性状贡献细胞类型的影响提供了一个强大的框架 | 以往研究受限于难以表征或稀有细胞群体的功能注释缺乏，导致细胞分辨率受限 | 解决单细胞RNA测序与感兴趣表型之间联系的不足 | 复杂性状相关的细胞类型和基因 | 基因组学 | 阿尔茨海默病，精神分裂症 | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | 回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 120 | 2024-08-09 |
Combating subclonal evolution of resistant cancer phenotypes
2017-11-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-017-01174-3
PMID:29093439
|
研究论文 | 本研究追踪了四种乳腺癌在多年治疗过程中的遗传和表型亚克隆进化，以更好地理解乳腺癌如何变得耐药 | 通过批量和单细胞RNA测序揭示了治疗后恶性表型的获得，包括增强的间质和生长因子信号传导，这可能促进耐药性，以及减少的抗原呈递和TNF-α信号传导，这可能使免疫系统逃避 | 研究仅追踪了四种乳腺癌样本，可能无法完全代表所有乳腺癌的耐药性进化情况 | 理解乳腺癌如何通过亚克隆进化变得耐药，并探索针对性的治疗策略 | 乳腺癌的遗传和表型亚克隆进化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 四种乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |