单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	Transcriptomes of major renal collecting duct cell types in mouse identified by single-cell RNA-seq 2017-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1710964114 PMID:29089413	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了小鼠肾脏集合管主要细胞类型的完整转录组	首次通过单细胞RNA测序技术，鉴定了小鼠肾脏集合管中A型和B型插入细胞以及主细胞的完整转录组，并创建了一个可自由访问的在线基因表达数据库	NA	旨在鉴定小鼠肾脏集合管主要细胞类型的完整转录组，并理解其在生理调节和病理生理学中的作用	小鼠肾脏集合管中的插入细胞和主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及A型插入细胞、B型插入细胞和主细胞的丰富群体
82	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals a signature of sexual commitment in malaria parasites 2017-11-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24280 PMID:29094698	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，揭示了疟原虫在性分化过程中的转录变化特征	首次通过单细胞RNA测序技术，分析了AP2-G调控的性分化相关基因表达变化	研究仅限于特定的AP2-G敲降株系和NF54野生型疟原虫，可能不适用于所有疟原虫株系	探究疟原虫性分化过程中的转录调控机制	疟原虫的性分化过程及其相关基因表达	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过18,000个单个疟原虫转录组
83	2024-08-09	Inferring Relevant Cell Types for Complex Traits by Using Single-Cell Gene Expression 2017-Nov-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2017.09.009 PMID:29106824	研究论文	本文介绍了一种名为RolyPoly的回归型多基因模型，用于从全基因组关联研究（GWAS）汇总统计数据和基因表达数据中优先考虑与复杂性状相关的细胞类型和基因	RolyPoly模型能够利用来自批量组织或单细胞RNA测序的表达数据，为理解常见变异对复杂性状贡献细胞类型的影响提供了一个强大的框架	以往研究受限于难以表征或稀有细胞群体的功能注释缺乏，导致细胞分辨率受限	解决单细胞RNA测序与感兴趣表型之间联系的不足	复杂性状相关的细胞类型和基因	基因组学	阿尔茨海默病，精神分裂症	单细胞RNA测序（RNA-seq）	回归模型	基因表达数据	NA
84	2024-08-09	Combating subclonal evolution of resistant cancer phenotypes 2017-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01174-3 PMID:29093439	研究论文	本研究追踪了四种乳腺癌在多年治疗过程中的遗传和表型亚克隆进化，以更好地理解乳腺癌如何变得耐药	通过批量和单细胞RNA测序揭示了治疗后恶性表型的获得，包括增强的间质和生长因子信号传导，这可能促进耐药性，以及减少的抗原呈递和TNF-α信号传导，这可能使免疫系统逃避	研究仅追踪了四种乳腺癌样本，可能无法完全代表所有乳腺癌的耐药性进化情况	理解乳腺癌如何通过亚克隆进化变得耐药，并探索针对性的治疗策略	乳腺癌的遗传和表型亚克隆进化	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	四种乳腺癌样本
85	2024-08-09	The trajectory of microbial single-cell sequencing 2017-Oct-31, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4469 PMID:29088131	综述	本文综述了过去十年中微生物单细胞测序技术的发展及其在微生物群落研究中的应用	强调了单细胞基因组学相对于宏基因组学的新优势，并展示了其在细菌和古菌生命基因组树中的新发现	NA	探讨单细胞基因组测序的技术方面和挑战，并讨论其启发的科学研究	微生物单细胞的基因组	基因组学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	从深海热液喷口到昆虫肠道等各种环境样本中的单个微生物细胞
86	2024-08-09	A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer 2017-Oct-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.10.015 PMID:29091754	研究论文	本文通过筛选三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs），识别出对EGFR抑制剂吉非替尼有反应的亚群，并利用单细胞RNA测序深入分析了这些细胞的生物学特征	发现EGFR表达升高的间质/干细胞样细胞簇在响应EGFR抑制剂的亚群中显著富集，并揭示了EGFR依赖的肿瘤扩展和状态转换机制	NA	研究EGFR依赖的肿瘤启动程序在乳腺癌中的作用及其对治疗反应的影响	三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型中的EGFR表达亚群	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	3,500个细胞
87	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Infiltrating Neoplastic Cells at the Migrating Front of Human Glioblastoma 2017-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.10.030 PMID:29091775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人胶质母细胞瘤浸润性肿瘤细胞的基因表达特征	首次在单细胞水平上揭示了胶质母细胞瘤细胞在肿瘤核心及周边区域的基因表达差异，并识别出浸润性肿瘤细胞的共同基因特征	研究样本仅限于四名患者，可能影响结果的普遍性	探究胶质母细胞瘤细胞的基因表达特征及其在肿瘤形成和迁移中的作用	人胶质母细胞瘤的浸润性肿瘤细胞及其基因表达	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3,589个细胞，来自四名患者
88	2024-08-09	Neuromedin B Expression Defines the Mouse Retrotrapezoid Nucleus 2017-11-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2055-17.2017 PMID:29066557	研究论文	本文通过多重杂交和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠延髓旁面部区域的RTN神经元的表型多样性，发现Neuromedin B mRNA可以作为RTN神经元的单一特异性标记物。	本文首次证明了Neuromedin B mRNA可以作为小鼠RTN神经元的单一特异性标记物，并揭示了RTN神经元的表型多样性。	本文主要集中在小鼠模型上，未涉及其他物种，且对于高表达Neuromedin B mRNA的RTN神经元的功能尚未明确。	研究小鼠RTN神经元的表型多样性及其特异性标记物。	小鼠RTN神经元及其表型多样性。	神经科学	NA	单细胞RNA测序，多重杂交	NA	RNA	雄性和雌性小鼠
89	2024-08-09	Cardiovascular homeostasis dependence on MICU2, a regulatory subunit of the mitochondrial calcium uniporter 2017-10-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1711303114 PMID:29073106	研究论文	本研究通过比较人类和小鼠心血管病理学中的转录组特征，发现MICU2（线粒体钙单向转运体复合物的调节亚单位）表达升高，并通过产生和表征MICU2突变小鼠，探讨其对心脏保护作用的影响。	本研究揭示了MICU2在调节血管紧张素II介导的高血压反应中的新作用，对保护腹主动脉免受损伤至关重要。	NA	探讨MICU2表达在心血管疾病中的保护作用及其机制。	人类和小鼠的心血管病理学转录组特征及MICU2突变小鼠的心脏功能。	心血管疾病	心血管疾病	RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	MICU2突变小鼠和野生型小鼠
90	2024-08-09	Dynamics of lineage commitment revealed by single-cell transcriptomics of differentiating embryonic stem cells 2017-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01076-4 PMID:29061959	研究论文	本文通过单细胞转录组学方法研究了视黄酸驱动的胚胎干细胞从多能态到谱系承诺的基因表达动力学	首次系统地研究了单细胞水平上胚胎干细胞退出多能态和谱系承诺的过程，并揭示了该阶段的几个转录特征	NA	研究胚胎干细胞从多能态到谱系承诺的基因表达动态变化	小鼠胚胎干细胞的谱系承诺过程	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
91	2024-08-09	Transcriptomic correlates of neuron electrophysiological diversity 2017-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1005814 PMID:29069078	研究论文	本文通过整合池化和单细胞转录组学与细胞内电生理学，研究了基因表达与神经元电生理多样性之间的关系	本文首次编译了包含34种神经元类型的脑部数据集，并识别了420个与生理参数变异性显著相关的基因，这些发现有助于理解神经元功能多样性的生成机制	本文的研究主要基于公开可获取的数据，且模型预测能力需要在更多不同类型的细胞中进一步验证	探讨神经元多样性如何从复杂的基因表达模式中产生	神经元的基因表达与电生理特性	神经科学	NA	转录组学、电生理学	统计模型	基因表达数据、电生理数据	34种神经元类型，12种视觉皮层细胞类型
92	2024-08-09	Single-cell analysis identifies cellular markers of the HIV permissive cell 2017-Oct, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1006678 PMID:29073251	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，识别了HIV易感细胞的细胞标志物	本文通过单细胞RNA测序和功能性细胞标志物鉴定，提供了“HIV易感细胞”的特征	NA	探索HIV感染细胞易感性的基础	非感染的CD4+ T细胞	NA	HIV	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自高和低易感个体的CD4+ T细胞
93	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals a distinct transcriptome signature of aneuploid hematopoietic cells 2017-12-21, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2017-08-803353 PMID:29030335	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了来自健康供体和骨髓衰竭患者的骨髓中的造血干细胞和祖细胞，以揭示非整倍体造血细胞的转录组特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了非整倍体细胞与二倍体细胞在转录组水平上的差异，并探讨了染色体增减对细胞功能的影响	研究样本量有限，且仅包括健康供体和骨髓衰竭患者，可能限制了结果的普遍性	探讨非整倍体细胞在转录组水平上的特征及其对细胞功能的影响	健康供体和骨髓衰竭患者的骨髓中的造血干细胞和祖细胞	数字病理学	骨髓衰竭	单细胞RNA测序	NA	转录组	共分析了391个对照细胞和588个患者细胞
94	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals developmental heterogeneity among early lymphoid progenitors 2017-12-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.201797105 PMID:29030486	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了早期淋巴祖细胞的发育异质性	本文首次识别了一个新的亚群，作为B细胞定向分化的直接前体，并揭示了B220CD117CD19NK1.1祖细胞在单细胞水平上的异质性	NA	研究早期淋巴祖细胞的发育异质性及其潜在的细胞分化关系	B220CD117CD19NK1.1未定型的造血祖细胞及其亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个B220CD117CD19NK1.1祖细胞及其亚群的单细胞
95	2024-08-09	Pathologic Stimulus Determines Lineage Commitment of Cardiac C-kit+ Cells 2017-Dec-12, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.117.030137 PMID:29021323	研究论文	研究不同病理刺激对心脏c-kit+细胞谱系分化的影响	首次揭示了不同病理刺激对心脏c-kit+细胞最终命运的影响，并发现p53在c-kit+细胞向心肌细胞分化中的关键作用	心肌细胞从c-kit+细胞形成的总体速率仍低于临床相关水平	探讨不同病理刺激对心脏c-kit+细胞谱系分化的影响	心脏c-kit+细胞	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	心脏CD45-c-kit+细胞
96	2024-08-09	Accounting for technical noise in differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data 2017-Nov-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx754 PMID:29036714	研究论文	本文提出了一种名为TASC的统计框架，用于在单细胞RNA测序数据中考虑细胞间的技术差异，以准确估计基因的生物学变异并检测差异表达基因	TASC框架采用经验贝叶斯方法，通过使用外部RNA spike-ins可靠地建模细胞特异性dropout率和放大偏差，并能调整协变量以进一步消除细胞大小和细胞周期差异带来的混杂影响	NA	开发一种方法来调整单细胞RNA测序数据中的技术噪声，以提高差异表达分析的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的技术噪声和差异表达基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	分层混合模型	RNA测序数据	NA
97	2024-08-09	Single-cell gene expression analysis reveals regulators of distinct cell subpopulations among developing human neurons 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.223313.117 PMID:29030469	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了发育中的人类神经元的基因表达，揭示了神经前体细胞亚型的调控机制	本研究采用无监督的高分辨率策略，识别细胞发育的分支点，追踪亚群的随机转录动力学，阐明调控网络，并发现关键调控因子	NA	揭示个体人类神经前体细胞分化为成熟神经元的随机动力学和调控机制	发育中的人类神经元及其神经前体细胞亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
98	2024-08-09	Single-cell sequencing data reveal widespread recurrence and loss of mutational hits in the life histories of tumors 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.220707.117 PMID:29030470	研究论文	本文通过单细胞测序数据，揭示了肿瘤生命史中广泛存在的突变复发和丢失现象	开发了一种严格的统计框架，用于测试无限位点假设，并发现多个单细胞测序数据集中存在同一基因组位置多次突变的情况	仅基于12个单细胞测序数据集进行分析，可能需要更多数据以验证结果的普遍性	评估无限位点假设的有效性，并探索更复杂的模型以量化肿瘤内异质性	人类癌症的单细胞测序数据	数字病理学	NA	单细胞测序	统计框架	基因组数据	12个单细胞测序数据集
99	2024-08-09	powsimR: power analysis for bulk and single cell RNA-seq experiments 2017-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx435 PMID:29036287	研究论文	PowsimR 是一个灵活的工具，用于模拟和评估批量及单细胞 RNA-seq 数据中的差异表达，适用于事前和事后功效分析	PowsimR 提供了对批量和单细胞 RNA-seq 数据进行差异表达模拟和评估的功能，这在现有工具中较为少见	NA	优化 RNA-seq 实验设计并评估和比较检测差异表达基因的能力	批量和单细胞 RNA-seq 数据中的差异表达	RNA 测序	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq 数据	NA
100	2024-08-09	The Role of Chromatin Density in Cell Population Heterogeneity during Stem Cell Differentiation 2017-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-13731-3 PMID:29042584	研究论文	本研究结合三维染色体构象（Hi-C）和单细胞RNA测序数据，通过离散随机模拟探索染色质重塑在发育过程中决定基因表达异质性的作用	本研究展示了染色质重塑如何通过折叠成不同的拓扑域来决定基因表达分布，并假设分化过程中局部DNA密度的增加会因染色质的拥挤效应而加剧转录爆发	NA	探索染色质重塑在发育过程中决定基因表达异质性的作用	染色质重塑和基因表达异质性	生物信息学	NA	Hi-C, 单细胞RNA测序	离散随机模拟	3D构象数据, 测序数据	NA