单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	High-Resolution Single-Cell Sequencing of Malaria Parasites 2017-12-01, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evx256 PMID:29220419	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的单细胞测序方法，用于分析恶性疟原虫的多重感染	通过荧光激活细胞分选和全基因组测序，实现了对恶性疟原虫基因组的高效、近完整捕获	NA	旨在理解恶性疟原虫感染的复杂性	恶性疟原虫的单细胞基因组	基因组学	疟疾	单细胞测序	NA	基因组数据	48个单细胞基因组
62	2024-08-09	Synaptic and peptidergic connectome of a neurosecretory center in the annelid brain 2017-12-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26349 PMID:29199953	研究论文	本研究利用透射电子显微镜和基因表达图谱分析了海洋环节动物幼体脑中神经分泌中心的突触和肽能连接组	首次重建了78个神经分泌神经元，并绘制了它们在脑中的突触连接，揭示了神经分泌中心内广泛的肽能信号网络及其与突触脑的连接	NA	理解动物脑中神经分泌中心的功能	神经分泌中心的细胞类型、突触和肽能网络	神经科学	NA	透射电子显微镜、基因表达图谱	NA	单细胞转录组数据	78个神经分泌神经元
63	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of avian neural crest migration reveals signatures of invasion and molecular transitions 2017-12-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.28415 PMID:29199959	研究论文	本文首次对鸡胚中颅神经嵴细胞迁移的三个进展阶段进行了单细胞转录组分析，并确定了细胞位置与时间特异性转录特征之间的层次关系	发现了神经嵴细胞中最具侵袭性的Trailblazer细胞的新转录特征，并揭示了神经嵴细胞迁移流中的分子多样性和动态变化	基因敲降实验显示对总迁移距离的影响较小，且在体内表达分析中发现了某些盐和胡椒模式	探究神经嵴细胞如何在胚胎中以定向和集体的方式迁移	鸡胚中的颅神经嵴细胞	分子生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约900个基因
64	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq analysis reveals dynamic trajectories during mouse liver development 2017-Dec-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4342-x PMID:29202695	研究论文	本研究利用无标记单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肝脏发育过程中胎儿肝脏干细胞/祖细胞（LSPCs）的转录组动态变化	采用无标记单细胞RNA测序技术，揭示了LSPCs在发育过程中的动态轨迹，并提供了新的生物标志物评估和预测方法	NA	探究小鼠肝脏发育过程中LSPCs的分化和成熟轨迹	小鼠肝脏发育过程中的LSPCs	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	507个细胞从胚胎第11.5天到出生后第2.5天的七个阶段随机选择，以及52个出生后第3.25天的小鼠肝脏Epcam阳性胆管细胞
65	2024-08-09	Multimodal profiling of single-cell morphology, electrophysiology, and gene expression using Patch-seq 2017-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.120 PMID:29189773	研究论文	本文介绍了Patch-seq技术，该技术结合了全细胞膜片钳记录、免疫组织化学和单细胞RNA测序，用于全面分析小鼠脑切片中单个神经元的形态学、电生理学和基因表达特征	Patch-seq技术首次实现了对单个神经元的多模态分析，包括形态学、电生理学和基因表达	该技术需要熟练的电生理学家、分子生物学家和生物统计学家的共同努力，且整个过程需要约两周时间	探索神经元之间多维表型变异性的相关性，并在单细胞水平上关联基因表达与表型	小鼠脑切片中的单个神经元	NA	NA	Patch-seq, 全细胞膜片钳记录, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	NA	形态学数据, 电生理数据, 转录组数据	单个神经元
66	2024-08-09	Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data 2017-11-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01860-2 PMID:29187729	研究论文	本文开发了一个名为“iCpSc”的软件包，用于整合细胞群体RNA测序（cpRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断单细胞转录组的生物学分化时间	通过使用匹配的细胞群体数据作为参考，本文提出了一种无偏倚的方法来关联细胞周期检查点与单细胞内部分子计时器，并预测了M期在调控小鼠胚胎干细胞神经分化速度中的作用	NA	研究单细胞RNA测序数据中的细胞分化时间及其调控机制	小鼠胚胎干细胞的神经分化过程	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算模型	RNA测序数据	未具体说明
67	2024-08-09	Genome-wide segregation of single nucleotide and structural variants into single cancer cells 2017-Nov-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4286-1 PMID:29178827	研究论文	本文介绍了一种新的微流控扩增子策略，用于在单个癌细胞中全面检测单核苷酸和结构变异	该方法通过检测结构变异断点序列而非相对读取深度来推断拷贝数变化，能够重建恶性肿瘤的克隆结构和突变历史	目前的单细胞测序策略在检测所有类型的单核苷酸和结构变异方面能力不足	开发一种能够在单个癌细胞中高效检测所有类别和大小的基因组变异的新方法	单个癌细胞中的单核苷酸和结构变异	数字病理学	白血病	微流控扩增子	NA	基因组数据	来自一名白血病患者的细胞
68	2024-08-09	[The future of forensic DNA analysis for criminal justice] 2017-Nov, Medecine sciences : M/S DOI:10.1051/medsci/20173311014 PMID:29200395	综述	本文综述了法医DNA分析技术在刑事司法中的应用及其未来发展	介绍了高通量测序和单细胞测序等新技术在法医DNA分析中的应用	传统技术在解释复杂DNA样本（如降解DNA和混合DNA）时存在困难	强调新技术在法医DNA分析中的强大功能，并确保符合现有法国立法	法医DNA分析技术及其在刑事司法中的应用	NA	NA	高通量测序、单细胞测序	NA	DNA	约20个DNA微卫星
69	2024-08-09	Multi-region and single-cell sequencing reveal variable genomic heterogeneity in rectal cancer 2017-Nov-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-017-3777-4 PMID:29169336	研究论文	本文通过多区域全外显子测序和单细胞全基因组测序，研究了直肠癌肿瘤内部的基因组异质性	首次在单细胞水平上揭示了直肠癌的基因组异质性，并发现单细胞测序能够揭示批量测序中隐藏的突变和体细胞拷贝数变异	研究样本仅限于两名直肠癌患者，可能无法全面代表所有直肠癌病例	研究直肠癌肿瘤内部的基因组异质性	两名具有相同分子分类的直肠癌患者的肿瘤	数字病理学	直肠癌	全外显子测序，单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	两名患者，共九个肿瘤区域和88个单细胞
70	2024-08-09	Inferring gene regulatory networks from single-cell data: a mechanistic approach 2017-Nov-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-017-0487-0 PMID:29157246	研究论文	本文提出了一种基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的机械模型方法	本文提出的模型是内在随机的，不仅考虑了蛋白质水平，还考虑了mRNA水平，并且可以通过模块化实现各种生物化学假设，包括基因间的因果相互作用	直接的拟合过程在计算上是不可行的，需要通过适当的近似来推导出可行的过程	从单细胞数据中推断基因调控网络	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞转录组学	分段确定性马尔可夫过程	基因表达数据	多个简单的双基因网络模拟数据
71	2024-08-09	Classifying Drosophila Olfactory Projection Neuron Subtypes by Single-Cell RNA Sequencing 2017-Nov-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.10.019 PMID:29149607	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，全面表征了果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的大部分类别转录组，并将转录组明确映射到六个类别的特定嗅觉功能	发现了在电路组装期间，密切相关的PN类别之间转录组差异最大，而在成年果蝇中变得无法区分，表明神经元亚型多样性在发育期间达到峰值	NA	探究神经元类型与转录组之间的关系	果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及六个PN类别的转录组数据
72	2024-08-09	New Developments in CRISPR/Cas-based Functional Genomics and their Implications for Research Using Zebrafish 2017, Current gene therapy IF:3.8Q2 DOI:10.2174/1566523217666171121164132 PMID:29173171	研究论文	本文介绍了基于CRISPR/Cas系统的功能基因组学在斑马鱼研究中的新进展及其应用	探讨了多种新技术如何提高斑马鱼基因组编辑的时间和空间精度，包括人工转录因子、药物诱导或光遗传驱动Cas9表达等	NA	提高基因组编辑的精确性和效率	斑马鱼	功能基因组学	NA	CRISPR/Cas9	NA	基因组数据	NA
73	2024-08-09	The DNA Methyltransferase 1 (DNMT1) Controls the Shape and Dynamics of Migrating POA-Derived Interneurons Fated for the Murine Cerebral Cortex 2017-12-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhw341 PMID:29117290	研究论文	研究探讨了DNA甲基转移酶1（DNMT1）在调控由前脑区域POA衍生的GABA能中间神经元迁移形态和动态中的作用	首次揭示了DNMT1在维持迁移形态中的作用，并通过负调控Pak6影响神经突生成	研究主要集中在DNMT1的删除对迁移和成年皮质中间神经元数量的影响，可能需要进一步研究DNMT1在其他细胞类型或发育阶段的作用	识别调控中间神经元迁移过程的因素	由POA衍生的GABA能中间神经元	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及小鼠迁移GABA能POA衍生细胞
74	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analysis of oligodendrocyte lineage cells 2017-12, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2017.10.005 PMID:29126015	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示少突胶质细胞系细胞异质性方面的最新进展	提出少突胶质细胞及其前体细胞在中枢神经系统中具有不同的形态和区域功能差异，并涉及其他功能过程如与轴突的代谢耦合	NA	探讨少突胶质细胞系细胞的异质性及其与功能状态的关系	少突胶质细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
75	2024-08-09	Simultaneous enumeration of cancer and immune cell types from bulk tumor gene expression data 2017-11-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26476 PMID:29130882	研究论文	本文提出了一种高效算法，用于从大量肿瘤基因表达数据中同时估计癌症和免疫细胞类型的比例	该方法整合了来自肿瘤中主要非恶性细胞类型的新型基因表达谱，基于细胞类型特异性mRNA含量的重整化，并能够考虑未表征和可能高度可变的细胞类型	NA	提高从肿瘤基因表达数据中预测细胞绝对比例的准确性和范围	癌症和免疫细胞类型的比例	生物信息学	皮肤癌，结直肠癌	基因表达分析	算法	基因表达数据	人类黑色素瘤和结直肠肿瘤样本
76	2024-08-09	Characteristics of allelic gene expression in human brain cells from single-cell RNA-seq data analysis 2017-Nov-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4261-x PMID:29126398	研究论文	本研究重新分析了先前发表的来自多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集，观察到个体细胞中普遍存在单等位基因表达，主要以随机方式进行	首次在单细胞和全基因组水平上研究人类脑细胞中的单等位基因表达，并发现许多脑细胞类型特异性的单等位基因表达基因	NA	探讨人类脑细胞中单等位基因表达的普遍性及其在细胞身份和神经多样性中的作用	人类脑细胞中的单等位基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集
77	2024-08-09	Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence 2017-10-15, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.297796.117 PMID:29138277	研究论文	本文通过结合shRNA筛选和单细胞RNA测序技术，研究了mTOR在重编程诱导的衰老中的双重作用	开发了一种创新方法，将单细胞RNA测序与shRNA筛选相结合，揭示了mTOR调控衰老的新机制	NA	识别重编程诱导衰老的调节因子，并研究mTOR在其中的作用机制	人类成纤维细胞中的重编程诱导衰老	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
78	2024-08-09	Phylogenomic analysis of Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea) based on single-cell transcriptome sequencing 2017, Parasite (Paris, France) DOI:10.1051/parasite/2017043 PMID:29134943	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，对来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni进行了转录组数据分析，并基于超矩阵和SSU rDNA进行了系统发生分析	首次为Trichostomatia亚纲的Balantidium ctenopharyngodoni提供了omics数据，并为纤毛虫的系统发生分析及相关omics分析提供了良好的基础	NA	揭示六种纤毛虫类群（Colpodea、Oligohymenophorea、Litostomatea、Spirotrichea、Heterotrichea和Protocruziida）之间的进化关系	Balantidium ctenopharyngodoni的转录组数据	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni样本
79	2024-08-09	IRF3 and type I interferons fuel a fatal response to myocardial infarction 2017-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4428 PMID:29106401	研究论文	研究揭示了心肌梗死（MI）中IRF3和I型干扰素通过激活炎症反应导致致命后果的机制	首次展示了心肌梗死后，缺血细胞死亡和细胞碎片被巨噬细胞摄取激活IRF3和I型干扰素产生的过程，并发现这一机制在心肌梗死后的炎症反应中起关键作用	研究主要在老鼠模型上进行，需要进一步在人类中验证这些发现	探讨心肌梗死后的炎症反应机制及其潜在的治疗靶点	心肌梗死后的炎症反应及其分子驱动因素	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4215个从梗死和非梗死心脏分离的白细胞
80	2024-08-09	Raman-Activated Droplet Sorting (RADS) for Label-Free High-Throughput Screening of Microalgal Single-Cells 2017-11-21, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.7b03884 PMID:29099582	研究论文	本文介绍了一种集成化的拉曼激活液滴分选（RADS）微流控系统，用于无标记和高通量地筛选活细胞	该系统通过使用AXT合成的工业微藻Haematococcus pluvialis作为模型，实现了比现有RACS系统更高的吞吐量，并保持了细胞的活力	NA	开发一种无标记和高通量的活细胞筛选方法	工业微藻Haematococcus pluvialis的单细胞	微流控技术	NA	拉曼微光谱分析	NA	细胞	混合了不同AXT水平的Haematococcus pluvialis细胞