单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Mex3a Marks a Slowly Dividing Subpopulation of Lgr5+ Intestinal Stem Cells 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.02.007 PMID:28285904	研究论文	本文报道了Lgr5+肠道干细胞群中存在意想不到的异质性，并发现Mex3a蛋白标记了一群缓慢分裂的Lgr5+肠道干细胞亚群，这些细胞对所有肠道谱系有不同的贡献	首次揭示了Lgr5+肠道干细胞群中的异质性，并识别出由Mex3a标记的缓慢分裂的干细胞亚群	NA	研究Lgr5+肠道干细胞的异质性及其对肠道再生的影响	Lgr5+肠道干细胞及其亚群	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
42	2024-08-07	Normalizing single-cell RNA sequencing data: challenges and opportunities 2017-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4292 PMID:28504683	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据标准化过程中存在的问题，并提出了新的方法和建议	提出了适用于单细胞RNA测序数据的新标准化方法	目前使用的标准化方法主要针对批量RNA测序或微阵列数据，不适用于单细胞测序	探讨单细胞RNA测序数据标准化的挑战与机遇	单细胞RNA测序数据	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
43	2024-08-07	SC3: consensus clustering of single-cell RNA-seq data 2017-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4236 PMID:28346451	研究论文	本文介绍了一种名为SC3的单细胞RNA测序数据共识聚类工具，该工具通过结合多种聚类解决方案来实现高精度和鲁棒性的无监督聚类	SC3通过共识方法结合多个聚类解决方案，提高了聚类的准确性和鲁棒性	NA	开发一种用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	共识聚类	转录组数据	来自患者的肿瘤细胞转录组数据
44	2024-08-07	Power analysis of single-cell RNA-sequencing experiments 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4220 PMID:28263961	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中多种协议的灵敏度和准确性	开发了一个灵活的工具用于计数独特分子标识符（UMI），并提供了一个综合框架来比较scRNA-seq协议	NA	比较不同scRNA-seq协议在检测和准确量化基因表达方面的能力	scRNA-seq协议的灵敏度和准确性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	15种计算比较的协议和4种实验比较的协议
45	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of fish immune cells provides insight into the evolution of vertebrate immune cell types 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207704.116 PMID:28087841	研究论文	本文通过单细胞转录组分析鱼类免疫细胞，探讨脊椎动物免疫细胞类型的进化	首次在非哺乳动物物种中获得特定免疫细胞类型的转录组，并发现了新的免疫细胞特异性基因和免疫球蛋白样受体	NA	验证在人类和老鼠中发现的免疫细胞类型基因保守性在远缘脊椎动物物种中的适用性	鱼类免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	zebrafish中的多个细胞样本
46	2024-08-07	MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity 2017-Jan-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14306 PMID:28112173	研究论文	本文介绍了一种新的实验和生物信息学框架metaSort，用于从微生物组样本中有效构建细菌基因组	metaSort采用流式细胞术和单细胞测序方法，结合新的计算算法，从排序的迷你微生物组中高效恢复高质量基因组	NA	提高从复杂或新颖微生物群落中获取微生物基因组的能力	微生物组样本中的细菌基因组	生物信息学	NA	流式细胞术，单细胞测序	NA	基因组数据	75个高质量基因组
47	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis reveals widespread monoallelic gene expression in individual rice mesophyll cells 2017-Oct-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2017.09.011 PMID:36659292	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了水稻叶肉细胞中广泛存在的单等位基因表达现象	开发了一种单细胞RNA测序协议，首次在个体植物细胞水平上研究了单等位基因表达的普遍性及其潜在机制	研究仅限于水稻的特定品种和杂交后代，可能限制了结果的普遍性	探究植物细胞中单等位基因表达的普遍性和机制	水稻的叶肉细胞及其杂交后代	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括indica（93-11）和japonica（Nipponbare）纯系及其F1互交杂交后代
48	2024-08-08	MR-seq: measuring a single cell's transcriptome repeatedly by RNA-seq 2017-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2017.01.029 PMID:36659282	research paper	本文介绍了一种名为MR-seq的新型单细胞RNA-seq技术，该技术通过重复测量单个细胞的转录组，能够统计评估技术变异并识别两个单细胞之间的差异表达基因。	MR-seq技术提高了阳性预测值，并能应用于早期小鼠胚胎，识别出数百个候选的胚胎内异质性基因。	NA	开发和验证一种新的单细胞RNA-seq技术，用于检测少量细胞间的差异表达基因。	单细胞转录组和小鼠早期胚胎。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	每个单细胞测量两次
49	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of Neural Stem Cells 2017-Apr, Current pharmacology reports DOI:10.1007/s40495-017-0084-3 PMID:29862164	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在神经干细胞（NSCs）研究中的最新进展	介绍了scRNA-seq技术及其在NSC研究中的应用，探讨了该技术在基础研究和再生医学中的未来方向	讨论了scRNA-seq技术面临的挑战	探讨scRNA-seq技术在神经干细胞研究中的应用及其未来发展	成年中枢神经系统中的神经干细胞（NSCs）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
50	2024-08-09	Growth and Morphogenesis during Early Heart Development in Amniotes 2017-Nov-22, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd4040020 PMID:29367549	综述	本文综述了羊膜动物早期心脏发育中的生长和形态发生过程	讨论了基于固定样本分析之外的新方法，如克隆分析、单细胞测序、活体成像和数据定量分析，可能在未来对早期心脏管区域化和形态发生的理解带来新的见解	心脏形态发生是一个复杂且动态的三维过程，目前对其细胞基础的理解尚不充分	探讨心脏形态发生和区域化的最新进展，并重新解释区域基因表达模式	羊膜动物早期心脏发育中的生长和形态发生	NA	先天性心脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
51	2024-08-09	Developmental Emergence of Adult Neural Stem Cells as Revealed by Single-Cell Transcriptional Profiling 2017-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.12.017 PMID:29281841	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析胚胎期小鼠大脑皮层，以揭示成年神经干细胞的起源和发展	首次通过单细胞转录组分析揭示了成年神经干细胞从胚胎前体细胞到成年的转录身份维持过程	NA	探讨成年神经干细胞的起源和发展过程	胚胎期小鼠大脑皮层的细胞类型及其转录特征	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个发育时间点的胚胎小鼠大脑皮层样本
52	2024-08-09	Single-cell RNA-seq study determines the ontogeny of macrophages in glioblastomas 2017-Dec-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1375-z PMID:29262851	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序分析，揭示了胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在复杂肿瘤微环境中的新作用和新生物标志物	本文通过单细胞RNA测序技术，首次详细揭示了胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在肿瘤微环境中的新作用	NA	研究胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在肿瘤微环境中的作用	胶质瘤相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	大规模样本
53	2024-08-09	Integrated Bayesian analysis of rare exonic variants to identify risk genes for schizophrenia and neurodevelopmental disorders 2017-Dec-20, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-017-0497-y PMID:29262854	研究论文	本文通过集成贝叶斯分析罕见外显子变异，识别了精神分裂症和神经发育障碍的风险基因	本文扩展了用于自闭症研究的流程，并应用于推断精神分裂症和四种神经发育障碍的罕见遗传参数	NA	识别精神分裂症和神经发育障碍的风险基因	精神分裂症和神经发育障碍的风险基因	遗传学	神经发育障碍	贝叶斯建模	贝叶斯模型	全外显子序列数据	精神分裂症数据包括1,077个三联体家庭、6,699个病例和13,028个对照；四种神经发育障碍数据包括10,792个三联体家庭和4,058个病例和对照
54	2024-08-09	[Study on the spatial expression of trophectoderm cells in human embryonic prenatal blastocysts] 2017-Dec-18, Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences PMID:29263466	研究论文	本研究探讨了人类胚胎前卵泡期囊胚中滋养层细胞的空间表达	首次确定了从人类囊胚中分离出的极性和壁滋养层细胞的全局基因表达模式	NA	研究人类胚胎前卵泡期囊胚中滋养层细胞的空间表达	人类胚胎前卵泡期囊胚中的滋养层细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了来自辅助生殖技术的Gardner评分5AA囊胚，采集于受精后第6天
55	2024-08-09	A Single-Cell RNA Sequencing Study Reveals Cellular and Molecular Dynamics of the Hippocampal Neurogenic Niche 2017-Dec-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.11.050 PMID:29241552	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究，揭示了海马神经发生微环境的细胞和分子动力学	本文通过单细胞RNA测序技术，全面描述了齿状回细胞，并识别了独特的细胞类型特异性标记，定义了神经干细胞（NSC）和前体细胞的发展阶段及转录动力学	NA	全面理解成年神经发生	神经干细胞（NSC）和前体细胞的发展阶段、分子决定因素以及微环境的细胞和分子组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	所有非神经细胞群体
56	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals intrinsic and extrinsic regulatory heterogeneity in yeast responding to stress 2017-12, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2004050 PMID:29240790	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在盐胁迫下和无胁迫条件下，单个酿酒酵母细胞的转录异质性，并探讨了影响应激响应转录组的细胞协变量	本研究揭示了酵母细胞在应激前后的显著调控变异，并发现部分细胞在一定程度上解耦了核糖体蛋白基因表达与环境应激反应，这与细胞周期有关但与酵母超日代谢周期无关	NA	探究同源细胞群体中个体细胞在应激耐受性上的显著变异及其本质	酿酒酵母细胞在盐胁迫下的转录异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个酿酒酵母细胞
57	2024-08-09	Spatial reconstruction of immune niches by combining photoactivatable reporters and scRNA-seq 2017-12-22, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aao4277 PMID:29217582	研究论文	本文开发了一种名为NICHE-seq的方法，结合光激活荧光报告基因、双光子显微镜和单细胞RNA测序，用于推断细胞和分子组成的微环境	NICHE-seq方法能够高度重现空间组织重建，识别特定微环境的稀有免疫亚群和基因程序	NA	阐明细胞类型及其分子途径的高阶空间组织	免疫细胞网络的高阶组装	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	图像	包括感染的B细胞滤泡中的自然杀伤细胞和脾脏及肿瘤中的不同骨髓状态
58	2024-08-09	Estimation of immune cell content in tumour tissue using single-cell RNA-seq data 2017-12-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02289-3 PMID:29230012	研究论文	本文通过数学解卷积方法，利用肿瘤来源的单细胞RNA测序数据中的指示特异性和细胞类型特异的参考基因表达谱（RGEPs），深入分析了如何从批量基因表达数据中推导出实体肿瘤的细胞组成	本文证明了肿瘤来源的RGEPs对于成功解卷积至关重要，而外周血的RGEPs是不够的	NA	预测患者对免疫治疗的反应	实体肿瘤的免疫细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
59	2024-08-09	scRNASeqDB: A Database for RNA-Seq Based Gene Expression Profiles in Human Single Cells 2017-Dec-05, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes8120368 PMID:29206167	research paper	本文介绍了scRNASeqDB数据库，该数据库收集并整理了几乎所有目前可用的人类单细胞转录组数据集，涵盖200种人类细胞系或细胞类型及13,440个样本	scRNASeqDB是首个能够全面收集、整理和比较人类单细胞RNA测序数据表达特征的数据库	NA	构建一个全面的人类单细胞RNA测序数据表达特征数据库	人类单细胞转录组数据集	natural language processing	NA	scRNA-Seq	NA	text	涵盖200种人类细胞系或细胞类型及13,440个样本
60	2024-08-09	Transcriptional Noise and Somatic Mutations in the Aging Pancreas 2017-12-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2017.11.009 PMID:29211979	研究论文	研究探讨了胰腺β细胞异质性的潜在机制及其功能意义	通过单细胞RNA测序技术揭示了随着年龄增长，胰腺细胞转录噪声增加和体细胞突变积累的现象	NA	探讨胰腺β细胞异质性的机制及其功能意义	人类胰腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA