单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	Granatum: a graphical single-cell RNA-Seq analysis pipeline for genomics scientists 2017-Dec-05, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-017-0492-3 PMID:29202807	研究论文	本文介绍了Granatum，一个基于网络的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析管道，旨在使分析过程更广泛地适用于研究人员	Granatum通过提供一个易于使用的图形界面，使没有编程技能的实验室科学家也能进行scRNA-Seq数据分析	NA	开发一个用户友好的scRNA-Seq数据分析工具，以促进单细胞RNA测序技术的广泛应用	单细胞RNA测序数据分析	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
22	2024-08-07	The promise of single-cell RNA sequencing for kidney disease investigation 2017-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2017.06.033 PMID:28893418	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展及其在肾脏疾病研究中的应用前景	scRNA-seq技术能够在细胞分辨率下生成大量转录组数据，有助于发现新的细胞类型、状态和动态变化	scRNA-seq数据分析存在计算挑战，且现有软件工具需进一步优化	探讨scRNA-seq技术在肾脏发育和疾病研究中的应用潜力	单细胞RNA测序技术及其在肾脏疾病研究中的应用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
23	2024-08-07	f-scLVM: scalable and versatile factor analysis for single-cell RNA-seq 2017-11-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1334-8 PMID:29115968	研究论文	本文介绍了一种基于因子分析的方法f-scLVM，用于单细胞RNA测序数据中的变异源分解	f-scLVM方法利用通路注释来指导可解释因子的推断，能够同时评估个体因子的相关性、细化基因集注释并推断无注释的因子	NA	研究单细胞RNA测序数据中的基因表达异质性	单细胞RNA测序数据中的变异源	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	因子分析模型	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
24	2024-08-07	Comprehensive single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity in endometrioid adenocarcinoma tissues 2017-10-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-14676-3 PMID:29079795	研究论文	本研究利用新开发的单细胞分析技术，对具有鳞状分化的子宫内膜样腺癌组织中的肌层浸润侧（M侧）和子宫内膜侧（E侧）进行了单细胞转录组分析，并分析了从同一组织中衍生的球状培养物，以识别体内干细胞性的潜在调节因子。	本研究首次在单细胞水平上揭示了子宫内膜样腺癌组织中的异质性，特别是E侧的癌细胞具有高度恶性特征，包括高表达与球状体特定肿瘤发生相关的标记物SOX2，以及E侧存在更多的上皮间质转化（EMT）细胞。	本研究仅限于对特定子宫内膜样腺癌组织的分析，其结果可能不适用于所有类型的子宫内膜样腺癌。	旨在通过单细胞转录组分析揭示子宫内膜样腺癌组织中的异质性，并探讨其对预后的影响。	研究对象为具有鳞状分化的子宫内膜样腺癌组织及其衍生的球状培养物。	数字病理学	子宫内膜样腺癌	单细胞分析	NA	转录组	研究涉及子宫内膜样腺癌组织的肌层浸润侧和子宫内膜侧，以及从同一组织中衍生的球状培养物。
25	2024-08-07	Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells 2017-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4380 PMID:28759029	研究论文	本文介绍了一种名为CITE-seq的方法，该方法通过使用寡核苷酸标记的抗体，将细胞蛋白质和转录组测量整合到单细胞读出中	CITE-seq方法能够同时测量单细胞中的表位和转录组，这是传统单细胞RNA测序所不能提供的	NA	开发一种能够同时测量单细胞中表位和转录组的新方法	单细胞中的表位和转录组	生物技术	NA	CITE-seq	NA	转录组数据	单细胞
26	2024-08-07	Discovering sparse transcription factor codes for cell states and state transitions during development 2017-03-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20488 PMID:28296636	研究论文	本文通过计算分析基因表达水平，发现了一组稀疏的基因子集在B细胞和T细胞发育谱系中的表达模式，并开发了一种统计框架来同时推断谱系转换和决定这些关系的基因	本文开发了一种新的统计框架，能够同时推断细胞谱系转换和关键基因，并将其应用于早期造血、肠道和人类皮质发育的单细胞RNA测序数据分析	NA	确定多能细胞在发育过程中做出的谱系选择顺序，并识别影响这些选择的基因	B细胞和T细胞发育谱系中的细胞状态和状态转换	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计框架	基因表达数据	早期造血、肠道和人类皮质发育的细胞样本
27	2024-08-07	Model-based branching point detection in single-cell data by K-branches clustering 2017-Oct-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx325 PMID:28582478	研究论文	本文提出了一种基于K-Branches聚类的方法，用于在单细胞数据中检测分支点，通过局部拟合半线来表示细胞的分化轨迹	引入了一种类似于K-Means的聚类算法，并提出了改进的GAP统计量模型选择方法，以确定最佳描述数据的线数量	NA	旨在通过单细胞技术识别细胞群体中的异质性，推断细胞发育和谱系树	单细胞RNA-Seq数据、单细胞qPCR数据以及人工数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq、单细胞qPCR	K-Branches聚类算法	单细胞数据	包括造血过程中髓系祖细胞的分化、小鼠胚泡发育、人类髓系单核白血病以及人工数据
28	2024-08-07	Novel approaches in function-driven single-cell genomics 2017-07-01, FEMS microbiology reviews IF:10.1Q1 DOI:10.1093/femsre/fux009 PMID:28591840	综述	本文综述了功能驱动单细胞基因组学的策略及其未来发展方向	提出了一种基于功能的筛选方法，用于从复杂的微生物群落中靶向分离和单细胞基因组测序，从而聚焦于具有特定表型或代谢特征的细胞	NA	旨在提高对微生物群落功能及其未表征基因产物空间的理解	环境微生物群落及其在生物地球化学中的作用	基因组学	NA	单细胞基因组学	NA	基因组数据	NA
29	2024-08-07	Establishment of mouse expanded potential stem cells 2017-10-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24052 PMID:29019987	研究论文	本文报道了从单个八细胞胚胎卵裂球中建立扩展潜能干细胞的方法，并通过直接转换小鼠胚胎干细胞和诱导多能干细胞实现	扩展潜能干细胞能够同时贡献于胚胎本身和滋养层谱系，并能直接在体外衍生出真正的滋养层干细胞系和胚外内胚层干细胞	NA	展示建立扩展潜能干细胞的可行性，并探讨其在其他哺乳动物中的应用	小鼠扩展潜能干细胞的建立及其特性	干细胞研究	NA	DNA甲基化分析，单细胞转录组分析	NA	DNA甲基化数据，转录组数据	单个八细胞胚胎卵裂球
30	2024-08-07	Selective Photomechanical Detachment and Retrieval of Divided Sister Cells from Enclosed Microfluidics for Downstream Analyses 2017-05-23, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.7b00413 PMID:28480715	research paper	本研究开发了一种光机械方法，用于从封闭的微流控室中有选择地分离和可靠地检索目标细胞，以便进行进一步分析。	首次使用碳纳米管-聚二甲基硅氧烷复合表面和纳秒脉冲激光诱导的剪切力来分离细胞，并保持细胞活性和分子表达水平。	NA	开发一种新的方法来分离和检索封闭微流控室中的姐妹细胞，以便进行下游分析。	癌症干细胞样细胞的自更新和分化过程中的基因变化。	microfluidics	NA	photomechanical method	NA	single-cell transcriptome	96个单细胞
31	2024-08-07	Extracting Intercellular Signaling Network of Cancer Tissues using Ligand-Receptor Expression Patterns from Whole-tumor and Single-cell Transcriptomes 2017-08-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-09307-w PMID:28821810	研究论文	本文通过分析公共癌症转录组数据库中的配体-受体表达模式，构建了癌症组织中的细胞间信号网络。	本文首次利用全肿瘤和单细胞转录组数据，构建了细胞间通信网络，揭示了癌症细胞间的信号交换机制。	NA	研究癌症细胞间的通信机制，以揭示癌症进展和预后的分子标志。	癌症组织中的细胞间信号网络。	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2,500对配体-受体对
32	2024-08-07	Diversity amongst trigeminal neurons revealed by high throughput single cell sequencing 2017, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0185543 PMID:28957441	研究论文	本文通过单细胞测序和原位杂交技术研究了小鼠三叉神经节中感觉神经元的细胞多样性，定义了十三种神经元集群	展示了功能重要基因在多个集群中的分布，表明这些遗传定义的类别在生理上可能是异质的，而非高度并行的感觉输入	NA	探索三叉神经节中感觉神经元的细胞多样性及其功能分类	小鼠三叉神经节中的感觉神经元	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	十三种神经元集群
33	2024-08-07	shinyheatmap: Ultra fast low memory heatmap web interface for big data genomics 2017, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0176334 PMID:28493881	研究论文	本文介绍了一种名为shinyheatmap的先进用户友好型热图软件套件，能够在网络浏览器中高效创建高度可定制的静态和交互式生物热图	shinyheatmap具有低内存占用特性，特别适合于交互式可视化由于大小限制而无法在内存中计算的极大数据集。此外，它内置了高性能的web插件fastheatmap，能够快速绘制包含多达105-107行的数据集的交互式热图，显著超越了之前的热图渲染速度基准	NA	开发一种能够高效处理和可视化大型基因组数据集的工具	转录组学、代谢组学、宏基因组学等下一代测序领域产生的大数据集	数字病理学	NA	下一代测序	NA	数值数据	数据集大小可达105-107行
34	2024-08-07	Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing 2017-12-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02001-5 PMID:29225342	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了四个发育阶段的乳腺上皮细胞（MECs）的基因表达谱	研究提出了乳腺上皮细胞应被视为连续分化谱系的一部分，并支持存在一个共同的腔内祖细胞	NA	揭示乳腺上皮细胞的分化动态及其在成人发育中的调控机制	乳腺上皮细胞在不同发育阶段的分化动态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	23,184个细胞
35	2024-08-07	Functional characterization of human pluripotent stem cell-derived arterial endothelial cells 2017-07-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1702295114 PMID:28696312	研究论文	本文报道了从人多能干细胞中衍生出的动脉内皮细胞，这些细胞在体外和体内表现出动脉特异性功能	结合单细胞RNA测序和双报告人胚胎干细胞系，识别调控动脉内皮细胞分化的因子，并开发了一种无异种成分的培养协议	NA	研究人多能干细胞衍生的动脉内皮细胞的功能特性	人多能干细胞衍生的动脉内皮细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个人的胚胎和诱导多能干细胞系
36	2024-08-07	Antibody Tumor Targeting Is Enhanced by CD27 Agonists through Myeloid Recruitment 2017-Dec-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2017.11.001 PMID:29198913	研究论文	研究探讨了通过CD27激动剂增强抗体肿瘤靶向性的治疗潜力	首次证明结合直接肿瘤靶向单克隆抗体与免疫调节单克隆抗体可以提供治愈效果，特别是在淋巴瘤模型中	NA	研究结合直接肿瘤靶向单克隆抗体与免疫调节单克隆抗体的治疗潜力	淋巴瘤模型中的肿瘤治疗效果	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括huCD27转基因小鼠在内的多个淋巴瘤模型
37	2024-08-07	Mosaic autosomal aneuploidies are detectable from single-cell RNAseq data 2017-Nov-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4253-x PMID:29178830	研究论文	本文开发了一种利用单细胞RNA测序数据中的染色体范围表达不平衡来识别非整倍体的方法	该方法提供了定量的非整倍体检测，并集成到一个R软件包中，相比传统的单细胞DNA测序技术，成本大幅降低	该方法不适用于基因表达高度可变的数据	开发一种快速、经济的方法来检测单细胞RNA测序数据中的非整倍体	非整倍体及其对细胞行为的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
38	2024-08-07	Assessing the reliability of spike-in normalization for analyses of single-cell RNA sequencing data 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.222877.117 PMID:29030468	研究论文	本文评估了使用spike-in RNA进行归一化在单细胞RNA测序数据分析中的可靠性	通过混合实验量化了板式协议中每个孔添加的spike-in RNA量的变异，并展示了这对下游分析的影响较小	文章未明确提及具体的局限性	评估spike-in RNA归一化方法在单细胞RNA测序数据分析中的可靠性	单细胞RNA测序数据中的技术噪声和细胞特异性偏差	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了两个不同的spike-in RNA集进行混合实验
39	2024-08-07	Single-Cell Landscape of Transcriptional Heterogeneity and Cell Fate Decisions during Mouse Early Gastrulation 2017-08-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.07.009 PMID:28768204	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地分析了小鼠早期原肠胚形成过程中转录异质性和细胞命运决定的分子机制	本研究首次系统地绘制了小鼠早期原肠胚形成过程中的转录噪声图谱，并揭示了与早期谱系决定相关的分子过程	NA	探究小鼠早期原肠胚形成过程中转录调控的基本原理	小鼠早期原肠胚形成过程中的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从E3.5到E6.5的概念体
40	2024-08-07	Overcoming confounding plate effects in differential expression analyses of single-cell RNA-seq data 2017-Jul-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxw055 PMID:28334062	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序数据中，由于细胞分组与系统性板效应混杂，导致差异表达分析中未能考虑板效应的问题，并提出了一种解决方案	提出了一种通过汇总每个板中所有细胞的计数来进行差异表达分析的方法，该方法在模拟数据和真实数据中均能恢复类型I错误控制并提高相关基因的排名	NA	解决单细胞RNA测序数据差异表达分析中板效应混杂的问题	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	基因表达	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个板中的多个细胞